单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2481	2025-03-14	Loss of cell junctional components and matrix alterations drive cell desquamation and fibrotic changes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.17.599411 PMID:38948715	研究论文	本文研究了特发性肺纤维化（IPF）中远端细支气管上皮细胞脱屑的机制，揭示了细胞连接成分的下调、上皮-间质转化特征的上升以及基底膜基质的失调	首次描述了IPF患者中远端细支气管上皮细胞脱屑的病理现象，并通过空间转录组学和空间蛋白质组学揭示了其机制	研究样本量未明确说明，且未涉及其他类型肺纤维化的比较	探讨特发性肺纤维化中远端细支气管上皮细胞脱屑的机制及其对疾病进展的影响	特发性肺纤维化患者和健康对照者的远端细支气管上皮细胞和基底膜	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明
2482	2025-03-14	Single-Cell Analyses Offer Insights into the Different Remodeling Programs of Arteries and Veins 2024-05-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100793 PMID:38786017	研究论文	本研究通过单细胞分析对比了人类外周动脉和静脉的细胞组成，揭示了它们在重塑潜力上的差异	首次在单细胞水平上对比了动脉和静脉的细胞组成和转录程序，揭示了它们在重塑潜力上的显著差异	研究样本量较小，仅包括30名器官捐赠者的上臂动脉和静脉	探讨动脉和静脉在闭塞性疾病和损伤反应中的生物学差异	人类外周动脉和静脉	单细胞分析	心血管疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术、组织学	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据、流式细胞数据、组织学数据	30名器官捐赠者的上臂动脉和静脉
2483	2025-03-14	Early cellular mechanisms of type I interferon-driven susceptibility to tuberculosis 2023-12-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.11.002 PMID:38029747	研究论文	本文探讨了I型干扰素在结核病易感性中的早期细胞机制	揭示了间质巨噬细胞和浆细胞样树突状细胞在结核分枝杆菌感染中的主导作用，并发现浆细胞样树突状细胞在人类结核肉芽肿附近定位	研究主要基于小鼠和非人灵长类动物模型，人类数据有限	研究结核病发病机制中的细胞机制	结核分枝杆菌感染的小鼠和非人灵长类动物	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠和非人灵长类动物
2484	2025-03-14	Osteosarcoma tumors maintain intra-tumoral transcriptional heterogeneity during bone and lung colonization 2023-04-27, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-023-01593-3 PMID:37106386	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了骨肉瘤肿瘤在骨和肺转移过程中维持肿瘤内转录异质性的机制	揭示了骨肉瘤肿瘤在骨和肺转移过程中如何维持肿瘤内转录异质性，并发现葡萄糖代谢的异质性特征	研究主要基于细胞系和患者来源的异种移植模型，可能无法完全反映人体内肿瘤的复杂性	研究骨肉瘤肿瘤在骨和肺转移过程中维持肿瘤内转录异质性的机制	骨肉瘤肿瘤细胞	肿瘤生物学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	细胞系和患者来源的异种移植模型	单细胞RNA测序数据	47,977个细胞
2485	2025-03-14	Mucosal Vaccination with Cyclic Dinucleotide Adjuvants Induces Effective T Cell Homing and IL-17-Dependent Protection against Mycobacterium tuberculosis Infection 2022-01-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100029 PMID:34965963	研究论文	本研究探讨了使用环状二核苷酸（CDN）作为佐剂的黏膜疫苗在抗结核感染中的机制和效果	揭示了CDN疫苗通过诱导CD4 T细胞归巢至肺实质并渗透到肺巨噬细胞病变中，以及通过IL-17和IFN-γ依赖的保护机制来对抗结核感染	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索CDN疫苗在抗结核感染中的保护机制	小鼠	免疫学	结核病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
2486	2025-03-14	Targeting the TREM1-positive myeloid microenvironment in glioblastoma 2022 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdac149 PMID:36249290	研究论文	本文研究了胶质母细胞瘤中髓系来源微环境的作用，并提供了抑制该微环境的药理学途径	首次揭示了TREM1+髓系微环境在胶质母细胞瘤异质性中的作用，并提出了通过抑制HuR二聚化来抑制该微环境的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索胶质母细胞瘤中髓系来源微环境的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤及其髓系来源微环境	肿瘤学	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	小鼠胶质母细胞瘤模型	基因表达数据	五个PDX细胞系和两个免疫活性小鼠模型
2487	2025-03-13	Therapeutic potential of p-coumaric acid in alleviating renal fibrosis through inhibition of M2 macrophage infiltration and cellular communication 2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156507 PMID:39978279	研究论文	本研究探讨了p-香豆酸（p-CA）在缓解肾纤维化中的治疗潜力，特别是通过抑制M2巨噬细胞浸润和细胞间通讯	首次详细阐明了p-CA通过靶向M2巨噬细胞及其与肾小管上皮细胞的相互作用来减轻肾纤维化的机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验验证p-CA在人体中的效果	评估p-CA在肾纤维化中的治疗潜力并阐明其作用机制	肾纤维化模型中的M2巨噬细胞和肾小管上皮细胞	生物医学	肾纤维化	液相色谱-串联质谱（LC-MS）、飞行时间细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、Western blot（WB）、实时定量PCR（qRT-PCR）、免疫组织化学（IHC）、免疫荧光（IF）	NA	代谢组学数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据	NA
2488	2025-03-13	Dihydromyricetin regulates the miR-155-5p/SIRT1/VDAC1 pathway to promote liver regeneration and improve alcohol-induced liver injury 2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156522 PMID:39986231	研究论文	本研究探讨了二氢杨梅素（DMY）在酒精性肝病（ALD）中促进肝再生和改善肝损伤的分子机制	首次揭示了DMY通过调节miR-155-5p/SIRT1/VDAC1正反馈环路改善肝炎症和细胞衰老，促进肝再生以改善ALD	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限，需进一步临床试验验证	探索DMY在ALD相关肝再生障碍中的治疗潜力和分子机制	酒精性肝病（ALD）小鼠模型及临床ALD样本	生物医学	酒精性肝病	血清非靶向代谢组学、肝脏转录组学、单细胞测序、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、免疫荧光	NA	生化标志物、肝组织病理学、代谢组学、转录组学、单细胞测序数据	ALD小鼠模型及临床ALD样本
2489	2025-03-13	Parvalbumin neurons mediate neurological phenotypes of anti-NMDAR encephalitis 2025-Mar-12, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae374 PMID:40071389	研究论文	本研究通过构建抗NMDAR脑炎动物模型，揭示了抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理机制，并探讨了parvalbumin神经元在其中的作用	首次通过动物模型揭示了抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理机制，并发现parvalbumin神经元在其中的关键作用，为治疗提供了新的靶点	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理机制	抗NMDAR脑炎患者和健康个体的血清IgG，以及小鼠的parvalbumin神经元	神经科学	脑炎	免疫组织化学染色、电生理测试、光遗传学、药物遗传学、单细胞测序	动物模型	生理数据、基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了患者和健康个体的血清IgG，以及小鼠的parvalbumin神经元
2490	2025-03-13	Modeling epilepsy by loss-of-function of the CUG-binding protein Elav-like family member 2 in zebrafish with multi-omics analysis 2025-Mar-11, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003398 PMID:40066778	研究论文	本研究利用斑马鱼模型和多组学分析探讨了CELF2基因突变在癫痫中的致病机制	首次建立了CELF2基因敲除和敲低的斑马鱼模型，并通过行为学和电生理学分析确认了癫痫样表型，同时结合蛋白质组学和代谢组学分析揭示了CELF2缺陷对代谢途径的影响	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨CELF2基因突变在癫痫中的致病机制	斑马鱼模型和一名与CELF2基因突变相关的婴儿癫痫痉挛综合征患者	生物医学	癫痫	全外显子测序、CRISPR/Cas9技术、蛋白质组学分析、代谢组学分析、单细胞测序	斑马鱼模型	基因序列数据、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞测序数据	一名患者和多个斑马鱼模型
2491	2025-03-13	Transcriptomic profiling after B-cell depletion reveals central and peripheral immune cell changes in multiple sclerosis 2025-Mar-11, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182790 PMID:40067358	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了B细胞耗竭疗法如何调节多发性硬化症患者的免疫景观	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析B细胞耗竭疗法对多发性硬化症患者免疫细胞的影响，揭示了特定细胞类型的变化	研究样本量未明确提及，可能限制了结果的普遍性	探索B细胞耗竭疗法对多发性硬化症患者免疫景观的影响	多发性硬化症患者的脑脊液巨噬细胞和外周血单核细胞	生物信息学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	NA
2492	2025-03-13	Identification of conserved gene expression changes across common glomerular diseases by spatial transcriptomics 2025-Mar-11, Journal of nephrology IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s40620-025-02233-5 PMID:40067649	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，识别了多种肾小球疾病中共有的基因表达变化	首次使用空间转录组学技术分析多种肾小球疾病中共有的基因表达变化，揭示了潜在的分子机制	样本量相对较小，且仅分析了肾小球疾病中的基因表达变化，未涉及其他肾脏疾病	研究目的是识别多种肾小球疾病中共有的基因表达变化，以揭示其潜在的分子机制	研究对象为肾小球疾病患者和健康对照者的肾活检标本	空间转录组学	肾小球疾病	空间转录组学分析，GeoMx Digital Spatial Profiler	NA	基因表达数据	肾小球疾病患者和健康对照者的肾活检标本，具体样本数量未明确
2493	2025-03-13	Modulating lipid metabolism by nanoparticles (NPs)-mediated ACSL3 silencing to inhibit hepatocellular carcinoma growth and metastasis 2025-Mar-10, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02274-1 PMID:40059153	研究论文	本文通过分析肝细胞癌（HCC）患者的蛋白质组测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）结果，揭示了ACSL3在HCC细胞中的主要表达及其与异常脂质代谢的正相关关系，并开发了一种用于系统性递送ACSL3 siRNA的纳米颗粒平台，以抑制HCC肿瘤的生长和转移	揭示了ACSL3在HCC中的关键作用及其与脂质代谢的关系，并开发了一种新型的纳米颗粒平台用于ACSL3 siRNA的递送	ACSL3的具体作用机制尚未完全阐明，且纳米颗粒平台的临床应用效果仍需进一步验证	研究ACSL3在HCC中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）患者	生物医学工程	肝细胞癌	蛋白质组测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据, RNA测序数据	HCC患者的蛋白质组和RNA测序数据
2494	2025-03-13	Exploring the "chemo" in chemoimmunotherapy for triple-negative breast cancer 2025-Mar-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.02.016 PMID:40068590	研究论文	本文通过单细胞RNA测序比较了三阴性乳腺癌在接受PD-L1抑制剂atezolizumab联合紫杉醇或白蛋白结合型紫杉醇治疗后的免疫细胞动态变化	揭示了白蛋白结合型紫杉醇组合中独特的T细胞激活模式以及肥大细胞在免疫激活中的独特作用	NA	探索三阴性乳腺癌化疗免疫治疗中的化疗作用	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2495	2025-03-13	IL-19 as a promising theranostic target to reprogram the glioblastoma immunosuppressive microenvironment 2025-Mar-08, Journal of biomedical science IF:9.0Q1 DOI:10.1186/s12929-025-01126-w PMID:40057744	研究论文	本文探讨了IL-19作为胶质母细胞瘤（GBM）免疫抑制微环境的治疗诊断靶点的潜力	首次将IL-19识别为GBM免疫抑制微环境的关键因子，并开发了新型CHOL-PEG-SPIO-IL-19纳米颗粒用于靶向治疗和诊断	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行大规模临床试验	研究旨在通过靶向IL-19来改善GBM的免疫抑制和侵袭性特性，以提高临床治疗效果	胶质母细胞瘤（GBM）患者样本、小鼠模型	数字病理学	胶质母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、CRISPR、MRI成像	CRISPR Il-19-/-细胞系、Il-19-/-小鼠模型	基因组数据、RNA测序数据、影像数据	台湾GBM队列和TCGA数据库中的患者样本、小鼠模型
2496	2025-03-13	Lactylation modification in cancer: mechanisms, functions, and therapeutic strategies 2025-Mar-08, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00622-x PMID:40057816	review	本文综述了乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及治疗策略	乳酸化修饰作为一种新发现的翻译后修饰，在癌症中的作用机制和功能被详细探讨	当前研究在揭示乳酸化修饰机制方面仍存在许多障碍	探讨乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及潜在治疗策略	癌症细胞及肿瘤微环境	癌症研究	癌症	单细胞转录组学和空间转录组学	NA	NA	NA
2497	2025-03-13	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing to predict prognosis and therapeutic response for colorectal cancer 2025-Mar-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91761-y PMID:40055390	研究论文	本文通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一个新的预后模型，用于预测结直肠癌的预后和治疗反应	开发了一个由9个基因组成的预后模型，并基于此模型将患者分为高风险和低风险组，揭示了不同风险组与特定免疫细胞类型的相关性	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	理解结直肠癌的分子机制，识别有效的预后标志物，并为临床预后评估和治疗提供新的理论支持	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	LASSO回归，Cox回归	RNA测序数据	来自GEO和TCGA数据库的结直肠癌样本
2498	2025-03-13	Role of GPX3+ astrocytes in breast cancer brain metastasis activated by circulating tumor cell exosomes 2025-Mar-07, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00833-9 PMID:40055530	研究论文	本研究探讨了循环肿瘤细胞（CTC）衍生的外泌体在乳腺癌脑转移过程中激活GPX3+星形胶质细胞的作用	揭示了CTC通过激活GPX3+星形胶质细胞促进乳腺癌脑转移的新机制，并提出了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索乳腺癌脑转移的机制，特别是CTC衍生的外泌体对GPX3+星形胶质细胞的激活作用	乳腺癌脑转移中的GPX3+星形胶质细胞和循环肿瘤细胞（CTC）	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和代谢组学	小鼠模型	RNA序列数据和代谢物数据	NA
2499	2025-03-05	Scupa: single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf090 PMID:39999031	研究论文	本文介绍了一种名为Scupa的计算方法，用于全面评估单细胞RNA测序数据中的免疫细胞极化状态	Scupa是首个用于全面评估免疫细胞极化的计算方法，利用单细胞基础模型Universal Cell Embeddings的细胞嵌入数据，有效识别不同物种和实验条件下的极化细胞	NA	开发一种系统的方法来评估单细胞RNA测序数据中的细胞因子驱动的免疫细胞极化状态	免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Universal Cell Embeddings	单细胞RNA测序数据	14种免疫细胞类型
2500	2025-03-13	Inferring gene regulatory networks from time-series scRNA-seq data via GRANGER causal recurrent autoencoders 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf089 PMID:40062616	研究论文	本文介绍了一种名为GRANGER的无监督深度学习方法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	GRANGER方法整合了多种先进技术，包括循环变分自编码器、GRANGER因果关系、稀疏性诱导惩罚和基于负二项分布的损失函数，以处理时间序列scRNA-seq数据中的高噪声和数据稀疏性问题	尽管GRANGER在多个基准数据集上表现出色，但其在更广泛的应用场景中的有效性和鲁棒性仍需进一步验证	研究目的是开发一种能够准确处理时间序列单细胞RNA测序数据的方法，以推断基因调控网络	研究对象是时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	循环变分自编码器	时间序列单细胞RNA测序数据	多个流行的基准数据集以及来自BRAIN Initiative项目的小鼠全脑scRNA-seq数据