单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2481	2025-03-30	Pulmonary Myeloid Cells in Mild Cases of COVID-19 Upregulate the Intracellular Fc Receptor TRIM21 and Transcribe Proteasome-Associated Molecules 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062769 PMID:40141410	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了轻度和重度COVID-19患者支气管肺泡灌洗液中的细胞群，重点研究了TRIM21及其下游信号分子的转录情况	首次在轻度COVID-19患者的髓系细胞中发现TRIM21上调，并观察到与蛋白酶体相关分子的转录关联	研究仅基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证；样本量有限且仅来自特定严重程度的患者	探究COVID-19患者肺部免疫细胞中Fc受体TRIM21的表达模式及其在抗病毒反应中的作用	健康个体和COVID-19患者（轻度和重度）的支气管肺泡灌洗液样本	免疫学	COVID-19	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，包含健康个体、轻度COVID-19患者和重度COVID-19患者三类样本
2482	2025-03-30	Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveal a Novel Prognostic Signature of Combining Cuproptosis- and Ferroptosis-Related Genes in Hepatocellular Carcinoma 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062779 PMID:40141422	research paper	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，研究铜死亡和铁死亡相关基因在肝细胞癌中的预后特征	构建了一个基于铜死亡和铁死亡相关基因的评分模型，并发现该评分与患者生存概率、免疫特征及药物敏感性相关	研究依赖于公共数据集，未进行实验验证	探索铜死亡和铁死亡相关基因在肝细胞癌中的预后价值及治疗策略	肝细胞癌患者	digital pathology	hepatocellular carcinoma	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, molecular docking	CFRG scoring model, WGCNA	RNA sequencing data	未明确说明样本数量
2483	2025-03-30	Diverse Subsets of γδT Cells and Their Specific Functions Across Liver Diseases 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062778 PMID:40141420	research paper	该论文探讨了γδT细胞在不同肝脏疾病中的功能多样性和调控机制	揭示了γδT细胞亚群（特别是Vδ1和Vδ2）的显著异质性及其在肝脏疾病中的不同免疫作用	γδT细胞的功能多样性和调控机制尚未完全理解	研究γδT细胞在肝脏疾病中的作用及其免疫治疗潜力	γδT细胞及其亚群（Vδ1、Vδ2、γδT17等）	免疫学	肝脏疾病（病毒性肝炎、NAFLD、ALD、肝纤维化、自身免疫性肝病、HCC等）	高通量单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
2484	2025-03-30	Inflammatory Transformation of Skin Basal Cells as a Key Driver of Cutaneous Aging 2025-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062617 PMID:40141258	研究论文	本研究通过单细胞测序、转录组学和面部衰老相关的全基因组关联研究（GWAS）数据，全面探讨了皮肤衰老过程中角质形成细胞亚群的异质性和发育轨迹	揭示了基底细胞在皮肤衰老过程中分化为棘细胞或炎症状态的两条不同路径，并发现IFI27细胞在衰老过程中比例显著增加，表现出更活跃的炎症和免疫调节信号	NA	探讨皮肤衰老的复杂细胞和分子机制，为新型诊断方法和治疗干预提供潜在靶点	角质形成细胞亚群（基底细胞、棘细胞和IFI27角质形成细胞）	生物医学	皮肤衰老	单细胞测序、转录组学、GWAS	NA	基因组数据、转录组数据	NA
2485	2025-03-30	Single-Cell Analysis of Molecular Mechanisms in Rapid Antler Osteogenesis During Growth and Ossification Stages 2025-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062642 PMID:40141284	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，全面分析了鹿角在生长和骨化阶段的快速成骨分子调控机制	首次在单细胞水平上揭示了鹿角生长和骨化阶段的基因表达模式及细胞间动态相互作用	研究仅针对梅花鹿鹿角，结果可能不适用于其他物种或组织	探究哺乳动物快速成骨的分子机制	梅花鹿鹿角组织	单细胞组学	骨质疏松症	scRNA-seq, bulk-RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量（梅花鹿鹿角组织）
2486	2025-03-30	NAD+ prevents chronic kidney disease by activating renal tubular metabolism 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181443 PMID:40059824	research paper	该研究探讨了NAD+补充通过激活肾小管代谢预防慢性肾病（CKD）的机制	首次揭示了NAD+补充通过刺激肾PPARα信号通路和恢复近端小管脂肪酸氧化（FAO）来保护免受CKD的机制，并首次在Alport小鼠模型中报告了转录水平的性别差异	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究NAD+补充如何通过激活肾小管代谢预防CKD	Alport综合征小鼠模型	代谢研究	慢性肾病	RNA测序（RNA-seq）、单核RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	Alport综合征小鼠模型（未明确具体数量）
2487	2025-03-30	Altered inflammatory mucosal signatures within their spatial and cellular context during active ileal Crohn's disease 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171783 PMID:40059828	研究论文	该研究结合空间转录组学和单细胞转录组学技术，深入探究了克罗恩病（CD）活动期回肠炎症的分子特征及其空间和细胞背景	首次将空间转录组学与单细胞转录组学相结合，揭示了CD炎症过程中上皮细胞与免疫/间质细胞互作模式的变化及其空间定位特征	研究样本仅限于手术切除的冷冻组织，可能无法完全反映疾病早期阶段的分子变化	解析克罗恩病活动期回肠炎症的分子机制及其空间分布特征	克罗恩病患者回肠黏膜组织	空间转录组学	克罗恩病	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量（克罗恩病手术组织切片）
2488	2025-03-30	SUV39H1 maintains cancer stem cell chromatin state and properties in glioblastoma 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186344 PMID:40059829	研究论文	本文研究发现SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的维持和肿瘤进展中起关键作用	首次揭示SUV39H1通过调控染色质状态维持GSC特性，并证明其抑制剂Chaetocin能降低GSC干性并增强化疗敏感性	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探索胶质母细胞瘤干细胞维持机制并寻找新的治疗靶点	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、全细胞RNA-seq	患者来源异种移植模型（PDX）	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确提及具体样本数量，包括正常脑组织与GBM组织对比、患者来源异种移植模型
2489	2025-03-30	Impact of Peripheral Inflammation on Blood-Brain Barrier Dysfunction and Its Role in Neurodegenerative Diseases 2025-Mar-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062440 PMID:40141084	综述	本文探讨了外周炎症对血脑屏障功能障碍的影响及其在神经退行性疾病中的作用	强调了肠-脑轴在血脑屏障完整性中的关键作用，以及肠道菌群失调和慢性炎症通过免疫和代谢途径对屏障破坏的贡献	关于血脑屏障功能障碍的精确机制仍存在关键知识空白	研究外周炎症、肠道菌群和血脑屏障功能障碍之间的分子机制，及其在神经退行性疾病中的作用	血脑屏障、外周炎症、肠道菌群、神经退行性疾病	神经科学	阿尔茨海默病、帕金森病	单细胞转录组学、器官芯片模型	NA	文献数据	涵盖2015年至2025年的出版物
2490	2025-03-30	PRMT5 highly expressed on CD16 + CD56- natural killer cells is correlated with NK cells exhaustion in colorectal cancer mesenchyme 2025-Mar-08, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03981-w PMID:40056169	research paper	研究结直肠癌微环境中自然杀伤细胞（NK细胞）表型变化与重要免疫检查点表达的关系	首次发现PRMT5和TIGIT在CD16+CD56- NK细胞中的高表达与NK细胞功能衰竭相关	样本量有限（194例患者），未进行功能验证实验	探究结直肠癌微环境中NK细胞表型变化与免疫检查点的关系	结直肠癌患者的肿瘤微环境中的NK细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	免疫组化染色、多重免疫组化、单细胞测序	NA	蛋白质表达数据、单细胞测序数据	194例结直肠癌患者
2491	2025-03-30	Construction of T-Cell-Related Prognostic Risk Models and Prediction of Tumor Immune Microenvironment Regulation in Pancreatic Adenocarcinoma via Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq 2025-Mar-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062384 PMID:40141028	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了T细胞相关的预后风险模型，并预测了胰腺腺癌肿瘤免疫微环境的调控	首次基于T细胞标记基因构建了胰腺腺癌的预后风险模型，并探索了其与免疫治疗效果的关联	研究依赖于公开数据库的数据，未进行独立队列验证	开发可靠的预测标志物以指导胰腺腺癌的临床免疫治疗	胰腺腺癌(PAAD)患者	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	预后风险模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的胰腺腺癌样本
2492	2025-03-30	Single-cell transcriptomics reveals inter-ethnic variation in immune response to Falciparum malaria 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.01.020 PMID:39970911	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了非洲不同种族对恶性疟疾免疫反应的差异	首次在单细胞水平上比较了Fulani和Mossi两个种族对疟疾的免疫反应差异，并发现了种族特异性的免疫特征和遗传调控变异	研究样本仅来自布基纳法索农村地区的儿童，可能无法完全代表其他人群	探究非洲不同种族对恶性疟疾免疫反应差异的分子和细胞机制	126名感染和未感染的Fulani和Mossi儿童的外周血单个核细胞	单细胞转录组学	疟疾	单细胞转录组测序	eQTL分析	转录组数据	126名儿童，超过70,000个单细胞转录组
2493	2025-03-30	Genome-wide prediction of dominant and recessive neurodevelopmental disorder-associated genes 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.001 PMID:40015282	research paper	提出一种利用机器学习加速神经发育障碍（NDD）风险基因识别的计算方法	首次展示了仅基于单细胞RNA测序数据训练的模型可以稳健预测与自闭症谱系障碍（ASD）、发育性和癫痫性脑病（DEE）及发育迟缓（DD）相关的基因，并发现单等位基因和双等位基因在人类发育皮层中的表达模式差异	未提及具体样本量或数据集的局限性	加速神经发育障碍（NDD）风险基因的识别	神经发育障碍（NDD）相关的基因	machine learning	neurodevelopmental disorder	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	semi-supervised machine learning (mantis-ml)	RNA测序数据	NA
2494	2025-03-30	Identification of intratumoral microbiome-driven immune modulation and therapeutic implications in diffuse large B-cell lymphoma 2025-Mar-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03972-x PMID:40029433	研究论文	本研究通过分析弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者肿瘤内微生物组数据，识别了与预后、免疫浸润和治疗敏感性相关的微生物组亚型	首次在DLBCL中鉴定出微生物组驱动的免疫调节亚型，并揭示了B细胞分化轨迹与微生物组的相互作用机制	样本量较小（48例），且为回顾性研究，需要更大规模的前瞻性研究验证	探究肿瘤内微生物组对DLBCL免疫微环境的影响及其治疗意义	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	数字病理学	淋巴瘤	转录组测序、单细胞RNA测序、微生物组分析	共识聚类	转录组数据、微生物组数据	48例DLBCL患者
2495	2025-03-30	Radiotherapy-resistant prostate cancer cells escape immune checkpoint blockade through the senescence-related ataxia telangiectasia and Rad3-related protein 2025-Mar, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12636 PMID:39698847	research paper	该研究揭示了放疗抵抗的前列腺癌细胞通过衰老相关的ATR蛋白逃避免疫检查点阻断的分子机制	首次发现细胞质ATR通过磷酸化CD86并增强其与E3连接酶MARCH1的相互作用，从而促进前列腺癌细胞逃避免疫检测	研究主要基于LNCaP细胞系和小鼠模型，临床样本验证有限	阐明前列腺癌细胞对放疗后免疫检查点阻断抵抗的分子机制	放疗抵抗的前列腺癌细胞	肿瘤免疫学	前列腺癌	scRNA-seq, 免疫组化, 免疫共沉淀, 突变分析, Western blotting	小鼠异种移植模型	RNA测序数据, 蛋白质相互作用数据	LNCaP细胞系和临床患者样本
2496	2025-03-30	Targeting Mesothelin Enhances Personalized Neoantigen Vaccine Induced Antitumor Immune Response in Orthotopic Pancreatic Cancer Mouse Models 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407976 PMID:39887656	研究论文	本研究探讨了靶向间皮素（MSLN）如何增强个性化新抗原疫苗在胰腺癌小鼠模型中的抗肿瘤免疫反应	发现MSLN表达与肿瘤中细胞毒性T细胞呈负相关，并证明抗MSLN抗体与新抗原肽疫苗联合使用可显著提高T细胞浸润和抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺癌组织中的验证仍需进一步研究	探索提高胰腺癌免疫治疗效果的新策略	胰腺癌小鼠模型和人类胰腺癌组织	肿瘤免疫学	胰腺癌	多免疫荧光染色、单细胞转录组分析	小鼠皮下和原位胰腺癌模型	组织微阵列数据、单细胞转录组数据	三个数据集和多个组织微阵列样本
2497	2025-03-30	NGR-Modified CAF-Derived exos Targeting Tumor Vasculature to Induce Ferroptosis and Overcome Chemoresistance in Osteosarcoma 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410918 PMID:39889249	研究论文	本研究探讨了使用NGR修饰的CAF来源的外泌体靶向肿瘤血管，通过促进自噬依赖性铁死亡来逆转骨肉瘤化疗耐药性的潜力	首次利用NGR修饰的CAF来源的外泌体递送circ_0004872编码的小肽，通过促进自噬依赖性铁死亡逆转骨肉瘤化疗耐药性	NA	克服骨肉瘤化疗耐药性	骨肉瘤细胞	肿瘤治疗	骨肉瘤	单细胞转录组分析、高通量测序	NA	转录组数据	NA
2498	2025-03-30	Longitudinal MRI-Driven Multi-Modality Approach for Predicting Pathological Complete Response and B Cell Infiltration in Breast Cancer 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413702 PMID:39921294	研究论文	本研究开发了一种基于纵向MRI的多模态模型，用于预测乳腺癌患者对新辅助治疗的病理完全缓解及B细胞浸润情况	整合了纵向MRI空间栖息地放射组学、转录组学和单细胞RNA测序数据，捕捉治疗过程中肿瘤内部的动态异质性	需要在不同患者群体和临床环境中进行前瞻性验证以确认其普适性	提高乳腺癌新辅助治疗病理完全缓解预测的准确性	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	MRI、转录组学、单细胞RNA测序	多模态模型	影像、转录组、单细胞RNA测序数据	来自12个中心的2279名患者
2499	2025-03-30	Single-cell transcriptome sequencing reveals the immune microenvironment in bronchoalveolar lavage fluid of checkpoint inhibitor-related pneumonitis 2025-Mar-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03983-8 PMID:40024929	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，揭示了检查点抑制剂相关肺炎（CIP）患者支气管肺泡灌洗液中的免疫微环境	首次在严重CIP患者中发现了一类未报道的上皮细胞——异常基底样细胞，并揭示了其通过CXCL3/5-CXCR2途径招募和激活中性粒细胞的机制	样本量较小（仅11例患者），且仅分析了支气管肺泡灌洗液，未涉及其他组织或体液	阐明不同严重程度CIP的免疫微环境和分子机制	检查点抑制剂相关肺炎（CIP）患者的支气管肺泡灌洗液	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	11例CIP患者的121,409个高质量细胞
2500	2025-03-30	Comprehensive analysis and experimental validation of disulfidptosis-associated prognostic signature and immune microenvironment characterization of gastric cancer 2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03883-3 PMID:39998563	research paper	该研究通过综合分析胃癌中与双硫死亡相关的基因表达，建立了一个预后模型，并通过实验验证了APC11基因在胃癌中的作用	首次将双硫死亡相关基因（DPAGs）与胃癌预后模型结合，并通过单细胞测序和体外实验验证了APC11的功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	探索双硫死亡在胃癌发生发展中的作用，并建立基于DPAGs的预后模型	胃癌组织和细胞	digital pathology	gastric cancer	单细胞测序、siRNA、qRT-PCR、Western blot、CCK-8、Transwell实验	LASSO回归和Cox回归模型	基因表达数据、单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括正常和胃癌组织及细胞