单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27621 篇文献，本页显示第 24921 - 24940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24921 | 2024-08-09 |
Identification of the key gene and pathways associated with osteoarthritis via single-cell RNA sequencing on synovial fibroblasts
2020-Aug-14, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000021707
PMID:32872047
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析滑膜成纤维细胞，旨在识别与骨关节炎相关的关键基因和通路 | 首次通过单细胞RNA测序技术在滑膜成纤维细胞中识别出与骨关节炎发生密切相关的关键基因FN1及其相关通路 | NA | 探索与骨关节炎发生相关的关键基因和通路 | 骨关节炎患者的滑膜成纤维细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因数据 | 来自骨关节炎患者的滑膜成纤维细胞数据 |
| 24922 | 2024-08-09 |
Effects of Cryopreservation and Thawing on Single-Cell Transcriptomes of Human T Cells
2020-Aug, Immune network
IF:4.3Q2
DOI:10.4110/in.2020.20.e34
PMID:32895621
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研究论文 | 研究了冷冻保存和解冻过程对人类T细胞单细胞转录组的影响 | 首次详细探讨了冷冻保存和解冻对PBMCs中Tregs分子特征的影响 | 需要谨慎解释使用冷冻保存和解冻样本进行scRNA-seq时与热休克相关特性的细胞簇 | 探究冷冻保存和解冻对人类免疫学实验中PBMCs转录组的影响 | 人类T细胞的单细胞转录组 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自同一捐赠者的PBMCs样本 |
| 24923 | 2024-08-09 |
Systematic determination of the mitochondrial proportion in human and mice tissues for single-cell RNA-sequencing data quality control
2021-05-17, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa751
PMID:32840568
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研究论文 | 本文系统分析了1,349个注释数据集中的人和鼠组织单细胞RNA测序数据，以确定线粒体比例作为质量控制指标的适用性 | 提出了针对人和鼠不同组织的新线粒体比例参考值，并建议重新考虑人类组织中线粒体比例5%的阈值 | 未充分评估统一阈值在不同物种、单细胞技术、组织和细胞类型中的有效性 | 评估线粒体比例作为单细胞RNA测序数据质量控制指标的适用性 | 人和鼠的组织单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5,530,106个细胞，来自1,349个注释数据集 |
| 24924 | 2024-08-09 |
STACAS: Sub-Type Anchor Correction for Alignment in Seurat to integrate single-cell RNA-seq data
2021-05-05, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa755
PMID:32845323
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研究论文 | STACAS是一种计算方法，用于在Seurat环境中识别整合锚点，优化了仅共享部分细胞类型的单细胞RNA-seq数据集的整合 | 通过纠正批次效应同时保留跨数据集的相关生物变异性、使用定量距离度量过滤异常整合锚点以及构建最优引导树进行整合，STACAS能够准确对齐仅部分重叠细胞群体的scRNA-seq数据集 | NA | 开发一种新的计算方法，用于优化单细胞RNA-seq数据集的整合 | 单细胞RNA-seq数据集的整合锚点识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 24925 | 2024-08-09 |
Reinvigorating exhausted CD8+ cytotoxic T lymphocytes in the tumor microenvironment and current strategies in cancer immunotherapy
2021-01, Medicinal research reviews
IF:10.9Q1
DOI:10.1002/med.21727
PMID:32844499
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综述 | 本文综述了肿瘤微环境中耗竭的CD8+细胞毒性T淋巴细胞的激活以及当前癌症免疫治疗策略 | 探讨了CD8 T细胞耗竭的内在和外在机制，并利用单细胞RNA测序或质谱流式细胞术（CyTOF）描绘了转录和表观遗传景观 | 尽管免疫治疗在癌症患者中显示出益处，但仍需努力完全规避耗竭T细胞在治疗中的局限性 | 旨在探讨和描述基于免疫治疗激活耗竭CD8 T细胞的假设性治疗途径 | 肿瘤微环境中耗竭的CD8+细胞毒性T淋巴细胞 | 免疫治疗 | 癌症 | 单细胞RNA测序，质谱流式细胞术（CyTOF） | NA | 转录和表观遗传数据 | NA |
| 24926 | 2024-08-09 |
Got your mother in a whirl: The role of maternal T cells and myeloid cells in pregnancy
2020-11, HLA
IF:5.9Q1
DOI:10.1111/tan.14055
PMID:32841539
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综述 | 本文综述了母体T细胞和髓系细胞（巨噬细胞、树突状细胞）在妊娠中的作用及其与滋养层细胞的相互作用 | 讨论了单细胞测序实验在研究母体免疫细胞异质性和预测细胞间相互作用中的应用，以及长期培养初级滋养层细胞的新方法 | 需要在未来研究中解决这些细胞类型及其途径的未决问题 | 探讨母体免疫细胞在健康和复杂妊娠中的功能及其与滋养层细胞的相互作用 | 母体T细胞、髓系细胞（巨噬细胞、树突状细胞）和滋养层细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 24927 | 2024-08-09 |
SARS-CoV-2 Entry Factors: ACE2 and TMPRSS2 Are Expressed in Peri-Implantation Embryos and the Maternal-Fetal Interface
2020-Oct, Engineering (Beijing, China)
DOI:10.1016/j.eng.2020.07.013
PMID:32837754
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研究论文 | 本文探讨了SARS-CoV-2进入因子ACE2和TMPRSS2在胚胎植入期和母胎界面中的表达模式 | 首次利用单细胞转录组数据分析了ACE2和TMPRSS2在不同发育阶段的胚胎和母胎界面细胞中的表达情况，揭示了SARS-CoV-2感染的潜在风险 | 研究依赖于已发表的单细胞转录组数据，可能存在样本选择偏差 | 研究SARS-CoV-2垂直传播的潜在风险 | 胚胎植入期的胚胎和母胎界面细胞 | NA | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 包括6天胚胎滋养层细胞、8周妊娠期的合体滋养层细胞和24周妊娠期的外胚层滋养层细胞 |
| 24928 | 2024-08-09 |
A pathogenic and clonally expanded B cell transcriptome in active multiple sclerosis
2020-09-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2008523117
PMID:32859762
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞免疫球蛋白测序，探讨了多发性硬化症中B细胞的致病作用及其分子机制 | 首次通过多种测序技术综合分析了多发性硬化症患者脑脊液和血液中B细胞的转录组特征，揭示了特定信号通路的激活与抑制 | 样本量相对较小，且未检测到病毒转录本，可能限制了对病毒在多发性硬化症中作用的理解 | 探究多发性硬化症中B细胞的致病作用及其分子机制 | 多发性硬化症患者的脑脊液和血液中的B细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、单细胞免疫球蛋白测序（scIg-Seq）、荧光激活细胞分选（FACS）、批量RNA测序（RNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 12名复发缓解型多发性硬化症患者、1名其他神经系统疾病患者、3名健康对照者 |
| 24929 | 2024-08-09 |
β2 Integrins differentially regulate γδ T cell subset thymic development and peripheral maintenance
2020-09-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1921930117
PMID:32848068
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研究论文 | 研究探讨了β整合素在γδ T细胞亚群胸腺发育和外周维持中的不同调控作用 | 揭示了β整合素在γδ T细胞稳态中的重要作用，特别是抑制IL-17产生Vγ6Vδ1细胞的生存和促进IFNγ产生Vγ4亚群的胸腺发育 | NA | 探究γδ T细胞的基本生物学特性及其在体内的数量调控机制 | γδ T细胞及其亚群 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | β整合素缺陷小鼠的肺、子宫和循环系统中的γδ T细胞 |
| 24930 | 2024-08-09 |
A clustering-independent method for finding differentially expressed genes in single-cell transcriptome data
2020-08-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17900-3
PMID:32859930
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研究论文 | 本文介绍了一种无需依赖细胞聚类即可预测单细胞转录组数据中差异表达基因的方法singleCellHaystack | 该方法使用Kullback-Leibler散度来识别在多维空间中非随机定位的细胞子集中表达的基因，相比现有方法具有更高的准确性 | NA | 开发一种不依赖细胞聚类的新方法来预测单细胞转录组数据中的差异表达基因 | 单细胞转录组数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 136个真实转录组数据集和一个空间转录组数据集 |
| 24931 | 2024-08-09 |
A systematic evaluation of single-cell RNA-sequencing imputation methods
2020-08-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02132-x
PMID:32854757
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研究论文 | 本文系统评估了18种单细胞RNA测序（scRNA-seq）插补方法的准确性和可用性 | 首次系统性地比较了多种scRNA-seq插补方法，并评估了它们在下游分析中的表现 | 大多数插补方法在下游分析中的表现并未优于无插补方法，特别是在聚类和轨迹分析中 | 评估scRNA-seq插补方法的性能，以确定其在恢复基因表达和下游分析中的有效性 | 18种scRNA-seq插补方法 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用了来自细胞系和组织的样本，以及基于板和液滴的单细胞平台的数据 |
| 24932 | 2024-08-09 |
High-Quality Draft Single-Cell Genome Sequences of Two Gammaproteobacteria Strains Sampled from Soil in a Strawberry Farm
2020-Aug-27, Microbiology resource announcements
IF:0.7Q4
DOI:10.1128/MRA.00743-20
PMID:32855250
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研究论文 | 本文介绍了从草莓农场土壤中采集的两个Gammaproteobacteria菌株BBSC-SA01和BBSC-SA02的高质量单细胞基因组草图序列 | 这些草图基因组可能代表了新的物种，并为进一步研究土壤微生物组提供了可能 | NA | 研究草莓农场土壤中的Gammaproteobacteria菌株的单细胞基因组 | Gammaproteobacteria菌株BBSC-SA01和BBSC-SA02 | NA | NA | 单细胞测序平台bit-MAP | NA | 基因组序列 | 两个菌株样本 |
| 24933 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Colon Cancer Cell Response to 5-Fluorouracil-Induced DNA Damage
2020-08-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108077
PMID:32846134
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶诱导的DNA损伤的转录组响应 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶诱导的DNA损伤的异质性细胞命运响应 | 研究仅限于细胞培养模型，未涉及临床样本 | 探究结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶诱导的DNA损伤的转录组响应 | 结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶诱导的DNA损伤的转录组响应 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 一个结直肠癌细胞群体 |
| 24934 | 2024-08-09 |
Landscape of Exhausted Virus-Specific CD8 T Cells in Chronic LCMV Infection
2020-08-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108078
PMID:32846135
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，详细描述了在慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）感染期间，从六个不同组织中分离出的耗竭性CD8 T细胞的特征 | 揭示了耗竭性CD8 T细胞的异质性，并发现它们具有器官特异性的转录组特征，可以分为五个主要的功能亚群 | NA | 研究慢性LCMV感染中耗竭性病毒特异性CD8 T细胞的特性 | 慢性LCMV感染中的耗竭性CD8 T细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从六个不同组织中分离出的耗竭性CD8 T细胞 |
| 24935 | 2024-08-09 |
OscoNet: inferring oscillatory gene networks
2020-Aug-21, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03561-y
PMID:32838730
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研究论文 | 本文提出了一种改进的优化方案OscoNet，用于从单细胞RNA-seq数据中识别振荡基因网络，并提供了一种校准良好的非参数假设检验方法来选择振荡基因 | OscoNet通过改进优化方案和提供非参数假设检验方法，提高了对振荡基因的检测灵敏度，并能更准确地恢复基因簇的真实细胞顺序 | NA | 旨在从单细胞数据中发现振荡基因网络 | 振荡基因及其在生物学中的作用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及合成数据和三个真实数据集 |
| 24936 | 2024-08-09 |
Isolation of Adipogenic and Fibro-Inflammatory Stromal Cell Subpopulations from Murine Intra-Abdominal Adipose Depots
2020-08-16, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/61610
PMID:32865529
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研究论文 | 本文描述了从成年小鼠的腹腔内脂肪库中分离脂肪生成和纤维炎症间质细胞亚群的方法 | 利用单细胞测序技术识别了功能上不同的纤维炎症和脂肪生成PDGFRβ+周围血管细胞亚群，并介绍了通过荧光激活细胞分选（FACS）或基于生物素化抗体的免疫磁珠技术分离这些细胞亚群的方法 | NA | 研究在生理或病理条件下，单独研究间质细胞亚群的功能特性，以扩展我们对脂肪组织重塑的当前认识 | 成年小鼠腹腔内脂肪库中的脂肪生成和纤维炎症间质细胞亚群 | NA | NA | 单细胞测序技术，荧光激活细胞分选（FACS），免疫磁珠技术 | NA | 细胞 | 成年小鼠的腹腔内脂肪库中的细胞亚群 |
| 24937 | 2024-08-09 |
Vascular underpinning of COVID-19
2020-08, Open biology
IF:4.5Q1
DOI:10.1098/rsob.200208
PMID:32847471
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研究论文 | 本文综述了COVID-19的血管基础，包括微血管炎症、细胞因子释放失调、血管通透性增加和促血栓形成状态，并探讨了SARS-CoV-2进入宿主血管细胞的途径及实验设计考虑。 | 首次整合了COVID-19的微血管炎症和细胞因子释放失调的信息，并探讨了SARS-CoV-2进入血管细胞的替代途径。 | NA | 理解COVID-19发病机制的血管基础，以改善治疗结果和降低死亡率。 | COVID-19的血管功能障碍、血栓形成和炎症调节。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织 | 多个器官的病人组织 |
| 24938 | 2024-08-09 |
Heterotypic cell-cell communication regulates glandular stem cell multipotency
2020-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2632-y
PMID:32848220
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研究论文 | 研究显示，在腺体上皮中，LCs的缺失会重新激活BSCs的多能性，并通过RNA测序揭示了BSCs在LCs缺失后激活的混合基底和腔细胞分化程序。 | 首次揭示了LCs与BCs之间的异型细胞间通讯对于维持腺体上皮干细胞谱系忠实性的重要性。 | NA | 探讨腺体上皮干细胞多能性的调控机制。 | 腺体上皮的基底细胞（BCs）和腔细胞（LCs）。 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | 涉及小鼠体内的多个上皮组织和体外器官培养模型。 |
| 24939 | 2024-08-09 |
Cellular diversity of the regenerating caudal fin
2020-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aba2084
PMID:32851162
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研究论文 | 本文通过创建单细胞转录组图谱，研究了斑马鱼尾鳍再生过程中基因调控程序的动态变化。 | 首次系统性地描述了再生尾鳍中细胞的组成及其状态转换的分子定义。 | NA | 研究斑马鱼尾鳍再生过程中细胞多样性和基因调控程序的动态变化。 | 斑马鱼尾鳍再生过程中的细胞类型和基因表达模式。 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 包括受伤前和受伤后1/2/4天的尾鳍组织样本 |
| 24940 | 2024-08-09 |
Ischemia Reperfusion Injury Triggers CXCL13 Release and B-Cell Recruitment After Allogenic Kidney Transplantation
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.01204
PMID:32849490
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研究论文 | 本研究探讨了缺血再灌注损伤（IRI）在同种异体肾移植后是否会导致CXCL13水平上调及其对B细胞招募的影响 | 首次证明了IRI在肾移植中与CXCL13水平升高相关，并揭示了B细胞的招募与CXCL13表达的关系 | 研究仅在鼠模型中进行，结果的临床相关性需要进一步验证 | 探索IRI在肾移植中对CXCL13水平的影响及其机制 | CXCL13在肾移植中的表达及其对B细胞招募的作用 | NA | 肾移植 | 免疫组织化学研究，单细胞RNA测序分析 | NA | 细胞 | 研究使用了单侧和双侧肾IRI的鼠模型 |