单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24881	2024-08-09	Tau Pathology Drives Dementia Risk-Associated Gene Networks toward Chronic Inflammatory States and Immunosuppression 2020-11-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108398 PMID:33207193	研究论文	本研究通过系统功能基因组分析，探讨了神经-免疫相关基因和通路在神经退行性疾病病理生理学中的作用	揭示了与tau病理相关的微胶质-免疫通路复杂的时间轨迹，并发现了与痴呆遗传风险相关的疾病特异性通路富集模式	NA	理解神经-免疫相关基因和通路如何参与神经退行性疾病的病理生理学	从人鼠AD、FTD和PSP的纯化微胶质和bulk组织中进行系统功能基因组分析	NA	神经退行性疾病	系统功能基因组分析、化学遗传学、实验扰动数据分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
24882	2024-08-09	A molecular cell atlas of the human lung from single-cell RNA sequencing 2020-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2922-4 PMID:33208946	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，构建了人类肺部的分子细胞图谱	首次系统性地识别并定位了人类肺部所有分子细胞类型，包括14种先前未知的细胞类型	NA	创建一个全面的人类肺部细胞图谱，揭示肺细胞的生物化学功能及其在疾病和进化中的变化	人类肺部的细胞类型及其基因表达模式	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约75,000个人类肺部细胞和循环血液细胞
24883	2024-08-09	SCRINSHOT enables spatial mapping of cell states in tissue sections with single-cell resolution 2020-11, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000675 PMID:33216742	研究论文	SCRINSHOT技术通过单细胞分辨率在组织切片中实现细胞状态的空间映射	开发了SCRINSHOT技术，一种敏感的多重RNA映射方法，通过直接杂交padlock探针到mRNA上，随后通过SplintR连接酶进行环化并进行滚环扩增，实现对组织切片中单细胞的数千个细胞的序列检测	NA	研究细胞身份和位置的变化如何影响组织发育和疾病进展	小鼠和人类器官中的细胞类型及其空间分布	数字病理学	NA	scRNA-Seq, 滚环扩增(RCA)	NA	mRNA	小鼠和人类器官中的数千个细胞
24884	2024-08-09	Single-Cell Profiling Reveals Divergent, Globally Patterned Immune Responses in Murine Skin Inflammation 2020-Oct-23, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101582 PMID:33205009	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了在小鼠皮肤炎症模型中免疫细胞的异质性反应	首次揭示了不同炎症诱导剂在小鼠皮肤炎症中引起的全局分子模式差异	NA	探讨不同炎症诱导剂如何影响小鼠皮肤免疫细胞的转录反应	小鼠皮肤免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	13种CD45亚群的免疫细胞
24885	2024-08-09	A Random Matrix Theory Approach to Denoise Single-Cell Data 2020-Jun-12, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2020.100035 PMID:33205104	研究论文	本文提出了一种基于随机矩阵理论的新方法，用于分析和去噪单细胞测序数据	利用随机矩阵理论的普遍分布来区分噪声和信号，并解释了稀疏性如何导致虚假的特征向量定位	仅在标记的细胞群体的多种示例中验证了方法的有效性	开发一种新方法来去噪单细胞数据，以更好地识别生物信号	单细胞测序数据	生物信息学	NA	随机矩阵理论	NA	测序数据	涉及的单细胞数据中，约95%的信息与随机矩阵理论的预测相符，3%为稀疏性引起的虚假信号，2%为真实生物信号
24886	2024-08-09	Autophagy Regulatory Genes MET and RIPK2 Play a Prognostic Role in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma: A Bioinformatic Analysis Based on GEO and TCGA 2020, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2020/8537381 PMID:33204717	研究论文	本研究通过分析GEO和TCGA数据库中的基因表达数据，探讨了自噬调控基因MET和RIPK2在胰腺导管腺癌中的预后作用	本研究首次构建了基于MET和RIPK2的预后风险特征，并通过基因集富集分析预测了这两个基因在胰腺导管腺癌中促进自噬的作用	研究主要基于公共数据库数据，未进行体内外实验验证	预测胰腺导管腺癌中的预后自噬调控基因及其在自噬调控中的作用	胰腺导管腺癌中的自噬调控基因MET和RIPK2	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq	NA	基因表达数据	使用了来自不同平台的多个数据集，包括GSE62165、GSE85916、TCGA和GSE111672
24887	2024-08-09	Benchmarking algorithms for pathway activity transformation of single-cell RNA-seq data 2020, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2020.10.007 PMID:33209207	研究论文	本文收集了七种广泛使用的通路活性转换算法和32个基于16种scRNA-seq技术的数据集，提出一个综合框架评估这些算法的准确性、稳定性和可扩展性	提出了一个综合框架来评估通路活性转换算法的性能，并发现Pagoda2在准确性、可扩展性和稳定性方面表现最佳	NA	评估不同通路活性转换算法在单细胞RNA测序数据分析中的性能	七种通路活性转换算法和32个scRNA-seq数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	32个数据集
24888	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Microenvironmental Infiltration of Plasma Cells and Hepatocytic Prognostic Markers in HCC With Cirrhosis 2020, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2020.596318 PMID:33224891	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了肝硬化相关肝细胞癌（HCC）中浆细胞的微环境浸润及肝细胞的预后标志物	本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了肝硬化相关HCC中体液免疫浸润的关键作用及肝细胞自身的关键肿瘤预后基因	NA	揭示肝硬化相关肝细胞癌中的免疫细胞浸润情况及肝细胞的预后标志物	健康供体、肝硬化患者及肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康供体、肝硬化患者及肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据
24889	2024-08-09	A systematic performance evaluation of clustering methods for single-cell RNA-seq data 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.15666.3 PMID:30271584	研究论文	本文对14种基于不同算法的聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能进行了系统且可扩展的评估	首次系统评估了多种聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能，并探讨了共识聚类的效果	评估主要基于公开的单细胞RNA-seq数据集和模拟数据，可能未涵盖所有可能的数据情况	评估不同聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能，以识别最优方法	14种聚类算法在单细胞RNA-seq数据上的性能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类算法	单细胞RNA-seq数据	使用了九个公开的单细胞RNA-seq数据集以及三个模拟数据集
24890	2024-08-09	Neuraminidase inhibitors rewire neutrophil function in vivo in murine sepsis and ex vivo in COVID-19 2022-Oct-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2020.11.12.379115 PMID:33200130	研究论文	研究报告了抗病毒神经氨酸酶抑制剂在体内外调节中性粒细胞功能的作用，特别是在小鼠脓毒症和COVID-19患者中的应用	首次揭示了神经氨酸酶抑制剂通过限制宿主神经氨酸酶活性、表面唾液酸释放、ROS产生和中性粒细胞释放的NETs，来控制感染和提高宿主生存率	NA	探讨神经氨酸酶抑制剂在严重感染中调节中性粒细胞功能的作用	小鼠脓毒症模型和COVID-19患者的血液细胞	NA	脓毒症, COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	公开数据集中的呼吸道样本
24891	2024-08-09	FunRes: resolving tissue-specific functional cell states based on a cell-cell communication network model 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa283 PMID:33179736	研究论文	本文介绍了一种名为FunRes的计算方法，用于识别组织特异性的功能细胞状态，该方法基于单细胞RNA测序数据重建细胞间通信网络，进而划分细胞类型为功能细胞状态	FunRes能够识别现有计算工具无法再现的各种细胞类型的已知功能细胞状态	NA	开发一种新的计算方法来识别组织特异性的功能细胞状态	177种细胞类型在10种不同组织中的功能细胞状态	数字病理学	NA	scRNA-seq	细胞间通信网络模型	单细胞RNA测序数据	177种细胞类型在10种不同组织中
24892	2024-08-09	Are dropout imputation methods for scRNA-seq effective for scHi-C data? 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa289 PMID:33201180	研究论文	本文探讨了将单细胞RNA测序（scRNA-seq）的缺失值插补方法应用于单细胞Hi-C（scHiC）数据的有效性	本文首次将scRNA-seq的插补方法应用于scHiC数据，并评估了其在识别结构零和插补缺失值方面的效果	文章未提及具体的局限性	研究目的是评估scRNA-seq插补方法在scHiC数据中的应用效果	研究对象是scHiC数据中的缺失值和结构零	生物信息学	NA	scRNA-seq, scHiC	NA	基因组数据	文章未提及具体的样本数量
24893	2024-08-09	An extracellular vesicle-related gene expression signature identifies high-risk patients in medulloblastoma 2021-04-12, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaa254 PMID:33175161	研究论文	本研究旨在通过单细胞转录组学、细胞培养模型和生物物理方法等技术，探索髓母细胞瘤（MB）中的细胞间通讯，并识别与高风险患者相关的基因表达特征。	本研究发现了与髓母细胞瘤高风险患者相关的新型基因表达特征EVS，具有较高的预后意义。	NA	研究髓母细胞瘤的转录组景观，并识别高风险患者的基因表达特征。	髓母细胞瘤及其亚组的肿瘤细胞和患者样本。	数字病理学	脑瘤	单细胞转录组学、纳米粒子跟踪分析、电子显微镜	NA	基因表达数据	大规模患者样本
24894	2024-08-09	A Hierarchy of Proliferative and Migratory Keratinocytes Maintains the Tympanic Membrane 2021-02-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.10.006 PMID:33181078	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、谱系追踪、全器官移植和活细胞成像技术，揭示了鼓膜表皮与其他表皮部位不同的稳态机制，并展示了鼓膜表皮中多个角质形成细胞群体的三维层次结构。	首次揭示了鼓膜表皮的稳态机制，包括其独特的三维层次结构和角质形成细胞的定向侧向迁移。	NA	研究鼓膜表皮的稳态机制及其在鼓膜疾病中的作用。	鼓膜表皮中的角质形成细胞及其稳态机制。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
24895	2024-08-09	Single-cell transcriptome analyses reveal heterogeneity in suspension cultures and clonal markers of CHO-K1 cells 2021-02, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.27624 PMID:33179258	研究论文	本研究探讨了高细胞密度悬浮培养中CHO-K1细胞转录组的异质性及其与细胞周期的关系	首次揭示了高细胞密度悬浮培养中CHO-K1细胞转录组的异质性，并开发了一种线粒体全基因组单细胞测序方法用于验证细胞克隆性	研究未发现细胞周期依赖性亚群和细胞簇，且观察到的细胞异质性增加未见减弱	探究高细胞密度悬浮培养中细胞转录组的异质性及其与细胞周期的关系	CHO-K1细胞在高细胞密度悬浮培养中的转录组异质性	数字病理学	NA	单细胞转录组测序，线粒体全基因组单细胞测序	NA	转录组数据，线粒体基因组数据	未具体说明样本数量
24896	2024-08-09	Characterization of sheep spermatogenesis through single-cell RNA sequencing 2021-02, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202001035RRR PMID:33197070	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术全面无偏地分析了绵羊精子发生过程中的细胞转录水平变化	首次对绵羊精子发生进行了全面的单细胞转录组研究，并意外发现了一种含有白细胞的体细胞	NA	探索绵羊精子发生过程中不同细胞类型的转录水平变化	绵羊的精子发生过程及其细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从成年绵羊睾丸中收集了11,772个细胞
24897	2024-08-09	Molecular detection of maturation stages in the developing kidney 2021-02, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2020.11.002 PMID:33197428	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠发育中肾脏的不同阶段，以确定肾脏发育阶段的分子标志	首次使用单细胞RNA测序技术来确定肾脏发育阶段的分子标志，并应用于体外培养的肾脏类器官	当前的类器官仍然不成熟，且其精确的成熟阶段难以确定	建立与肾脏发育阶段相关的分子坐标	小鼠发育中肾脏的不同阶段	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	不同发育阶段的小鼠肾脏样本
24898	2024-08-09	TISCH: a comprehensive web resource enabling interactive single-cell transcriptome visualization of tumor microenvironment 2021-01-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa1020 PMID:33179754	research paper	本文介绍了Tumor Immune Single Cell Hub (TISCH)，一个大规模的单细胞转录组数据库，整合了来自27种癌症类型的近200万个细胞的单细胞转录组数据。	TISCH提供了一个用户友好的界面，用于系统地可视化、搜索和下载肿瘤微环境中的基因表达图谱，支持跨多个数据集的单细胞或集群级别的交互式基因表达可视化。	NA	旨在通过整合和利用大量已发表的单细胞RNA-seq数据集，为免疫治疗提供信息支持。	肿瘤微环境中的免疫系统异质性。	digital pathology	NA	single-cell RNA-seq	NA	基因表达数据	近200万个细胞，来自76个高质量肿瘤数据集
24899	2024-08-09	Spatiotemporal sequence of mesoderm and endoderm lineage segregation during mouse gastrulation 2021-01-07, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.193789 PMID:33199445	研究论文	本文研究了小鼠原条期间中胚层和内胚层谱系分离的时空序列	结合遗传命运标记和成像方法与单细胞RNA测序(scRNA-seq)来追踪转录身份并定义细胞类型的谱系轨迹	NA	探索小鼠胚胎原条期间中胚层和内胚层谱系分离的精确时空模式和分子细节	小鼠胚胎中的中胚层和内胚层谱系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
24900	2024-08-09	VEGF-B Promotes Endocardium-Derived Coronary Vessel Development and Cardiac Regeneration 2021-01-05, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.120.050635 PMID:33203221	研究论文	本文研究了血管内皮生长因子B（VEGF-B）在心脏中促进源自心内膜的冠状血管发育和心脏再生的作用。	VEGF-B在心脏发育期间促进源自心内膜的冠状血管形成，并在成年小鼠中促进心内膜下心肌的血管内皮细胞增殖，以及心肌梗死后心脏组织的结构和功能恢复。	NA	研究VEGF-B在心脏中对冠状血管发育和心脏再生的影响。	VEGF-B在心脏中的作用及其对冠状血管发育和心脏再生的影响。	心血管疾病	心血管疾病	基因转移，细胞周期标记，流式细胞术，组织学，免疫组织化学，生物化学方法，单细胞RNA测序，生物信息学分析，微型计算机断层扫描，荧光和示踪剂介导的血管灌注成像分析。	NA	图像	使用表达VEGF-B转基因的小鼠和大鼠，VEGF-B基因敲除的小鼠和大鼠，以及成年小鼠中的病毒载体介导的VEGF-B基因转移。