单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28174 篇文献，本页显示第 24841 - 24860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24841 | 2024-08-09 |
A hitchhiker's guide to single-cell transcriptomics and data analysis pipelines
2021-03, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2021.01.007
PMID:33485955
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学（SCT）技术及其数据分析流程 | SCT技术提供了前所未有的单细胞分辨率，揭示了细胞异质性和罕见细胞群 | SCT数据高度复杂，需要先进的统计和计算方法进行分析 | 探讨SCT技术的最新趋势、挑战、数据分析的机器学习方法及未来展望 | 单细胞转录组数据及其在细胞生物学和疾病研究中的应用 | NA | NA | 单细胞转录组学（SCT） | NA | 转录组数据 | NA |
| 24842 | 2024-08-09 |
Derivation of snake venom gland organoids for in vitro venom production
2021-03, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-020-00463-4
PMID:33504990
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研究论文 | 本文描述了如何生成、维护和应用蛇毒腺器官，以实现体外蛇毒生产 | 首次提出使用蛇毒腺器官作为体外生产蛇毒的安全替代方法 | NA | 开发一种安全的方法来生产蛇毒，以促进抗蛇毒和新型治疗药物的开发 | 蛇毒腺器官的生成、维护及其在蛇毒生产中的应用 | NA | NA | 组织培养技术 | 3D 培养模型 | 细胞 | 从胚胎晚期和最近死亡的成年蛇的毒腺组织中提取 |
| 24843 | 2024-08-09 |
Sex-Stratified Gene Regulatory Networks Reveal Female Key Driver Genes of Atherosclerosis Involved in Smooth Muscle Cell Phenotype Switching
2021-02-16, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究通过生成性别特异性的基因调控网络（GRNs），揭示了女性在动脉粥样硬化中平滑肌细胞表型转换的关键驱动基因。 | 首次在女性中识别出动脉粥样硬化的关键驱动基因，并展示了这些基因在平滑肌细胞表型转换中的作用。 | 研究样本仅包括160名女性和年龄匹配的男性，可能限制了结果的普遍性。 | 探索性别差异在动脉粥样硬化中的分子机制，并寻找性别特异性的治疗靶点。 | 动脉粥样硬化患者的动脉壁组织和平滑肌细胞。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因调控网络数据 | 160名女性和年龄匹配的男性 |
| 24844 | 2024-08-09 |
Changes in genome architecture and transcriptional dynamics progress independently of sensory experience during post-natal brain development
2021-02-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.12.032
PMID:33484631
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研究论文 | 本研究通过高分辨率的多重退火和循环扩增环技术（MALBAC-DT）和二倍体染色质构象捕获（Dip-C）方法，生成了发育中的小鼠大脑皮层和海马体的转录组和三维基因组图谱。 | 首次揭示了单个脑细胞的三维基因组结构，并展示了转录组和三维基因组在出生后的动态变化，这些变化与感觉经验无关。 | 研究主要集中在小鼠大脑皮层和海马体，可能不适用于其他物种或大脑区域。 | 探索哺乳动物大脑发育过程中基因组结构和转录动态的独立变化。 | 小鼠大脑皮层和海马体的转录组和三维基因组。 | 基因组学 | NA | 多重退火和循环扩增环技术（MALBAC-DT），二倍体染色质构象捕获（Dip-C） | NA | 转录组数据，三维基因组数据 | 3,517个细胞的转录组，3,646个细胞的三维基因组 |
| 24845 | 2024-08-09 |
Targeting the tumor microenvironment in cholangiocarcinoma: implications for therapy
2021-02, Expert opinion on therapeutic targets
IF:4.6Q1
DOI:10.1080/14728222.2021.1882998
PMID:33502260
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综述 | 本文综述了胆管癌（CCA）中肿瘤微环境（TME）的作用，并探讨了针对TME的潜在治疗策略 | 利用单细胞RNA测序技术对CCA中的TME进行功能性表征，为免疫疗法和癌症相关成纤维细胞及细胞外基质导向治疗铺平道路 | 文章指出手术和细胞毒性化疗的低效性，强调需要新的治疗策略和伴随生物标志物 | 探讨胆管癌中肿瘤微环境的作用，并开发新的治疗策略 | 胆管癌及其肿瘤微环境 | NA | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 24846 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals transcriptomic heterogeneity mediated by host-pathogen dynamics in lymphoblastoid cell lines
2021-01-27, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.62586
PMID:33501914
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了五个淋巴母细胞样细胞系的转录组特征，并使用离散时间模拟探索了随机性对细胞克隆进化的影响 | 首次揭示了淋巴母细胞样细胞系中由宿主-病原体动态介导的转录组异质性，并通过模拟展示了初始细胞异质性、随机抽样等因素对细胞群体动态多样性的影响 | NA | 探索淋巴母细胞样细胞系中的转录组异质性及其影响因素 | 淋巴母细胞样细胞系及其转录组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 五个淋巴母细胞样细胞系 |
| 24847 | 2024-08-09 |
Time-course single-cell RNA sequencing reveals transcriptional dynamics and heterogeneity of limbal stem cells derived from human pluripotent stem cells
2021-Jan-23, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-021-00541-4
PMID:33485387
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研究论文 | 本文通过时间进程单细胞RNA测序研究了从人类胚胎干细胞衍生的角膜缘干细胞的转录异质性和表达变化 | 揭示了人类胚胎干细胞衍生的角膜缘干细胞在体外分化过程中的时间进程表达变化和显著的转录异质性，并发现了新的候选标记物 | NA | 探索人类胚胎干细胞衍生的角膜缘干细胞的发育轨迹和身份 | 从人类胚胎干细胞衍生的角膜缘干细胞及其后代细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 24848 | 2024-08-09 |
Phenotypically supervised single-cell sequencing parses within-cell-type heterogeneity
2021-Jan-22, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101991
PMID:33490901
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研究论文 | 本文探讨了在细胞类型内部功能异质性的分子机制，通过使用表型监督的单细胞RNA测序（pheno-scRNAseq）分析，比较了其与无监督scRNAseq在乳腺癌模型中的应用效果 | 提出了一种表型监督的单细胞RNA测序分析方法（pheno-scRNAseq），能够更深入地解析细胞行为异质性 | NA | 揭示细胞类型内部功能异质性的分子机制 | 乳腺癌细胞的侵袭性和非侵袭性细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 24849 | 2024-08-09 |
High expression of ACE2 and TMPRSS2 and clinical characteristics of COVID-19 in colorectal cancer patients
2021-Jan-21, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-020-00139-y
PMID:33479506
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研究论文 | 研究了COVID-19患者中结直肠癌患者的ACE2和TMPRSS2表达模式及其临床特征 | 首次探讨了结直肠癌患者中ACE2和TMPRSS2的高表达及其对COVID-19临床特征的影响 | 需要进一步的机制研究来支持发现 | 探讨结直肠癌患者中ACE2和TMPRSS2的表达模式及COVID-19的临床特征 | 结直肠癌患者中的ACE2和TMPRSS2表达及COVID-19的临床表现 | NA | 结直肠癌 | bulk和单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 |
| 24850 | 2024-08-09 |
The BMP signaling gradient is interpreted through concentration thresholds in dorsal-ventral axial patterning
2021-01, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3001059
PMID:33481775
|
研究论文 | 本文研究了斑马鱼胚胎中BMP信号梯度如何通过浓度阈值转化为背腹轴模式化的不同基因激活 | 本文发现细胞通过响应BMP信号的三种不同活动水平来激活和定位目标基因表达，而不是通过BMP信号梯度斜率或BMP暴露持续时间 | NA | 确定BMP形态发生素在斑马鱼胚胎中的解释机制 | BMP信号如何沿背腹轴解释并转化为不同的基因激活 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 57个直接由BMP信号激活的基因 |
| 24851 | 2024-08-09 |
Neuregulin-4 Is Required for Maintaining Soma Size of Pyramidal Neurons in the Motor Cortex
2021 Jan-Feb, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0288-20.2021
PMID:33495243
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研究论文 | 本研究探讨了缺乏neuregulin-4（NRG4）对运动皮层锥体神经元胞体大小的影响 | 首次揭示了NRG4在维持运动皮层锥体神经元胞体大小中的作用，并通过NRG处理恢复了这一表型 | 研究仅限于特定年龄段的小鼠和特定的神经元类型，可能无法全面反映NRG4在所有神经元中的作用 | 研究NRG4在维持运动皮层锥体神经元形态中的作用 | 运动皮层L2/3和L5层的锥体神经元及部分多极中间神经元 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 包括P10、P30和P60的小鼠 |
| 24852 | 2024-08-09 |
MUC1-C integrates activation of the IFN-γ pathway with suppression of the tumor immune microenvironment in triple-negative breast cancer
2021-01, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2020-002115
PMID:33495298
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研究论文 | 本文研究了MUC1-C在三阴性乳腺癌（TNBC）中通过激活免疫抑制性IFN-γ通路及抑制肿瘤免疫微环境的作用。 | 首次揭示了MUC1-C在TNBC中作为主调控因子，通过STAT1和IRF1诱导基因表达，激活免疫抑制性的IFN-γ通路。 | 研究主要基于小鼠模型和人类TNBC细胞系，尚未在临床试验中验证MUC1-C作为治疗靶点的有效性。 | 探讨MUC1-C在TNBC中的免疫逃逸机制及其作为治疗靶点的潜力。 | 三阴性乳腺癌细胞及肿瘤免疫微环境。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA干扰技术（shRNAs）、基因集富集分析（GSEA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及人类TNBC细胞系和肿瘤样本 |
| 24853 | 2024-08-09 |
Mesenchymal stem cell-mediated immunomodulation of recruited mononuclear phagocytes during acute lung injury: a high-dimensional analysis study
2021, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.52514
PMID:33500722
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研究论文 | 本研究调查了急性肺损伤（ALI）中招募的单核吞噬细胞的类型以及同种异体间充质干细胞（MSCs）的免疫治疗效果 | 本研究通过高维分析技术精确识别了八种招募到LPS诱导的肺损伤中的单核吞噬细胞亚群，并揭示了MSCs在ALI中的治疗效果 | NA | 研究急性肺损伤中招募的单核吞噬细胞的功能和间充质干细胞的免疫调节作用 | 小鼠模型中的单核吞噬细胞和间充质干细胞 | NA | 急性肺损伤 | 流式细胞术，质谱细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | C57BL/6小鼠 |
| 24854 | 2024-08-09 |
Dissecting the Invasion-Associated Long Non-coding RNAs Using Single-Cell RNA-Seq Data of Glioblastoma
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.633455
PMID:33505440
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研究论文 | 本研究通过分析来自四名胶质母细胞瘤患者的3345个单细胞RNA测序数据，识别了与胶质母细胞瘤发展和进展相关的失调基因，包括长非编码RNAs（lncRNAs），并通过共表达网络分析和整合EMT签名、实验验证的侵袭标记及伪时间轨迹分析，确认了与胶质母细胞瘤侵袭相关的lncRNAs。 | 本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了与胶质母细胞瘤侵袭相关的lncRNAs，并展示了这些lncRNAs在肿瘤细胞侵袭轨迹中的逐渐增加的表达水平。 | 研究仅基于两个数据集的分析，可能需要更多样本和数据集来进一步验证这些发现。 | 理解胶质母细胞瘤细胞侵袭的分子机制，为治疗提供新的见解和潜在靶点。 | 胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序数据和相关的lncRNAs。 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | 共表达网络分析 | RNA测序数据 | 3345个细胞来自四名患者，以及7930个单细胞来自28名胶质母细胞瘤患者 |
| 24855 | 2024-08-09 |
The study of single cells in diabetic kidney disease
2021-Dec, Journal of nephrology
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s40620-020-00964-1
PMID:33476038
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研究论文 | 本文介绍了单细胞研究在糖尿病肾病（DKD）中的应用，重点讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其在DKD分子发病机制中的新见解 | 本文提供了单细胞研究领域的入门知识，特别是scRNA-seq技术在DKD中的应用，并强调了这些技术带来的新见解 | 文章指出了scRNA-seq方法的常见陷阱和局限性 | 提高单细胞研究领域的可及性，特别是针对糖尿病肾病 | 糖尿病肾病（DKD）中的单细胞研究 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞数据 | 未具体说明样本数量 |
| 24856 | 2024-08-09 |
Compression of quantification uncertainty for scRNA-seq counts
2021-Jul-19, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab001
PMID:33471073
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研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中基因表达量化估计的不确定性压缩方法 | 提出了一种新的方法，通过存储推断重复集的均值和方差来捕获基因水平的量化不确定性，同时显著减少了磁盘存储和内存使用 | NA | 旨在改进scRNA-seq数据处理中的量化不确定性表示，减少计算资源需求 | scRNA-seq数据中的基因表达量化不确定性 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 24857 | 2024-08-09 |
Single-cell analysis of nonhuman primate preimplantation development in comparison to humans and mice
2021-07, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists
IF:2.0Q3
DOI:10.1002/dvdy.295
PMID:33449399
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了食蟹猴早期胚胎发育的基因网络，并与人类和小鼠的早期胚胎发育进行了比较 | 发现食蟹猴的基因网络与人类胚胎的保守性更高，且在早期内细胞团/滋养层细胞分化基因和WNT信号通路相关基因方面与人类更为相似 | NA | 探讨非人灵长类动物在人类胚胎发生中的模型作用 | 食蟹猴早期胚胎的单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 食蟹猴、人类和小鼠的早期胚胎单细胞 |
| 24858 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals intratumoral heterogeneity in primary uveal melanomas and identifies HES6 as a driver of the metastatic disease
2021-06, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-020-00730-7
PMID:33462406
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了六个不同原发性葡萄膜黑色素瘤样本，揭示了肿瘤内异质性，并识别出HES6作为转移性疾病的驱动因子 | 首次在葡萄膜黑色素瘤中揭示了肿瘤内异质性，并识别出HES6作为转移性疾病的驱动因子，为治疗提供了新的靶点 | NA | 研究葡萄膜黑色素瘤的肿瘤内异质性，并识别出与转移相关的关键基因 | 原发性葡萄膜黑色素瘤及其转移机制 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组和转录组数据 | 六个不同原发性葡萄膜黑色素瘤样本 |
| 24859 | 2024-08-09 |
Assessing single-cell transcriptomic variability through density-preserving data visualization
2021-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-00801-7
PMID:33462509
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研究论文 | 本文介绍了den-SNE和densMAP两种密度保持的数据可视化工具，基于t-SNE和UMAP，用于准确地将转录组变异性信息纳入单细胞RNA测序数据的可视化解释中 | 提出了den-SNE和densMAP两种新的密度保持可视化工具，能够更准确地反映单细胞转录组数据的局部密度 | NA | 开发和验证密度保持的数据可视化工具，以更好地理解和解释单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据在不同生物过程中的转录组变异性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | t-SNE, UMAP | 转录组数据 | 应用到近期发表的数据集，涉及多种生物过程 |
| 24860 | 2024-08-09 |
Delineating copy number and clonal substructure in human tumors from single-cell transcriptomes
2021-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-00795-2
PMID:33462507
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研究论文 | 本文开发了一种名为CopyKAT的集成贝叶斯分割方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计基因组拷贝数剖面，并应用于多种人类肿瘤中区分癌细胞与正常细胞类型 | CopyKAT方法能够准确区分肿瘤微环境中的正常细胞类型和恶性细胞，并解析肿瘤内的克隆亚结构 | NA | 解决单细胞转录组分析中区分肿瘤微环境中的正常细胞类型和恶性细胞以及解析肿瘤内克隆亚结构的挑战 | 21种肿瘤中的46,501个单细胞，包括三阴性乳腺癌、胰腺导管腺癌、间变性甲状腺癌、浸润性导管癌和胶质母细胞瘤 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 贝叶斯分割模型 | 转录组数据 | 46,501个单细胞 |