单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24801	2024-08-09	A gene expression signature of TREM2hi macrophages and γδ T cells predicts immunotherapy response 2020-10-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18546-x PMID:33033253	研究论文	本研究通过重新分析公开的黑色素瘤患者单细胞RNA测序数据，识别出TREM2高表达的巨噬细胞和γδ T细胞亚群，这些亚群在非响应肿瘤中过度表达，并开发了一种免疫细胞特征（ImmuneCells.Sig）来预测免疫疗法的反应	首次识别出TREM2高表达的巨噬细胞和γδ T细胞亚群在非响应肿瘤中的过度表达，并开发了一种新的免疫细胞特征来预测免疫疗法的反应	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，可能存在数据质量和样本多样性的限制	识别影响免疫检查点疗法抵抗的因素，并开发预测免疫疗法反应的生物标志物	黑色素瘤患者的免疫细胞亚群及其对免疫疗法的反应	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	公开的黑色素瘤患者样本
24802	2024-08-09	Impact of data preprocessing on cell-type clustering based on single-cell RNA-seq data 2020-Oct-07, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03797-8 PMID:33028196	研究论文	本文探讨了数据预处理方法对基于单细胞RNA测序数据的细胞类型聚类的影响，并设计了一种图基算法SC3-e来选择最佳的数据预处理方法，以提高SC3聚类算法的性能。	本文创新性地设计了SC3-e算法，用于为SC3聚类算法选择最佳的数据预处理方法，从而显著提高了聚类性能。	NA	研究不同数据预处理方法对单细胞RNA测序数据聚类算法的影响，并开发一种新的算法来优化这一过程。	单细胞RNA测序数据及其在细胞类型聚类中的应用。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图基算法	基因表达数据	八个常用的单细胞RNA测序数据集
24803	2024-08-09	Mesenchymal stem cells alleviate LPS-induced acute lung injury by inhibiting the proinflammatory function of Ly6C+ CD8+ T cells 2020-10-06, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-020-03036-1 PMID:33024074	研究论文	本研究探讨了间充质干细胞（MSCs）通过抑制Ly6C+ CD8+ T细胞的促炎功能，减轻脂多糖（LPS）诱导的小鼠急性肺损伤（ALI）的效果	首次揭示了MSCs通过抑制Ly6C+ CD8+ T细胞的浸润和促炎功能，减轻ALI的作用机制	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证	研究MSCs在治疗急性肺损伤中的作用及其机制	急性肺损伤小鼠模型及Ly6C+ CD8+ T细胞	免疫学	急性肺损伤	质谱细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞，蛋白质，细胞因子，趋化因子	小鼠模型
24804	2024-08-09	Predicting cell-to-cell communication networks using NATMI 2020-10-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18873-z PMID:33024107	研究论文	本文开发了NATMI工具，用于从单细胞或批量表达数据中预测和可视化细胞间通信网络	NATMI工具使用connectomeDB2020数据库，能够识别网络中最活跃或最特异的配体-受体对，以及潜在的高通信细胞群	NA	研究不同细胞类型如何协同工作	细胞间通信网络	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	表达数据	数千个细胞
24805	2024-08-09	Parallel Single-Cell RNA-Seq and Genetic Recording Reveals Lineage Decisions in Developing Embryoid Bodies 2020-10-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108222 PMID:33027665	研究论文	本文结合单细胞转录组学和遗传记录技术，研究胚胎干细胞向胚胎体分化的过程，并揭示了细胞命运轨迹和分支点	提出了一种创新的诱导性遗传记录技术，利用重组在狭窄的时间窗口内生成细胞特异性的时间戳条形码	NA	研究胚胎干细胞向胚胎体分化的过程，并揭示细胞命运轨迹和分支点	胚胎干细胞向胚胎体的分化过程	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
24806	2024-08-09	Network analysis of transcriptomic diversity amongst resident tissue macrophages and dendritic cells in the mouse mononuclear phagocyte system 2020-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000859 PMID:33031383	研究论文	本研究通过网络分析工具BioLayout对来自NCBI-GEO的466个高质量RNA测序数据集进行分析，探讨了小鼠单核吞噬细胞系统（MPS）中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞的转录组多样性及其与标记物的关系	本研究利用大规模数据集揭示了MPS细胞表型的多样性，并指出表面标记物在定义细胞系、功能或亚群方面的预测价值有限	研究中提到的所有细胞分离程序都可能共纯化其他无关细胞类型，这可能影响MPS细胞的体内相互作用	探讨单核吞噬细胞系统中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞的转录组多样性及其与标记物的关系	小鼠单核吞噬细胞系统中的组织驻留巨噬细胞和树突状细胞	数字病理学	NA	RNA测序	网络分析工具BioLayout	RNA测序数据	466个高质量RNA测序数据集
24807	2024-08-09	Gene regulation inference from single-cell RNA-seq data with linear differential equations and velocity inference 2020-09-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa576 PMID:33026066	研究论文	本文提出了一种名为GRISLI的新方法，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断基因调控网络（GRN）	GRISLI方法通过推断scRNA-seq数据空间中的速度矢量场，并使用线性常微分方程模拟细胞轨迹动态，结合稀疏回归过程重建潜在的GRN	NA	开发一种新的方法从scRNA-seq数据中推断基因调控网络	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	线性常微分方程	scRNA-seq数据	NA
24808	2024-08-09	Benchmarking evolutionary tinkering underlying human-viral molecular mimicry shows multiple host pulmonary-arterial peptides mimicked by SARS-CoV-2 2020, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-020-00321-y PMID:33024578	研究论文	本研究报告了33个与SARS-CoV-2和人类参考蛋白质组相同的8-mer/9-mer肽段，并通过与其他病毒-人类肽段同一性的比较，揭示了SARS-CoV-2在分子模拟方面的普遍相似性	发现了20个由SARS-CoV-2模拟的新型人类肽段，这些肽段在之前的冠状病毒株中未被观察到，并且通过单细胞RNA测序分析，显示这些目标基因在人类肺部和动脉中显著表达	NA	揭示分子模拟在SARS-CoV-2进化和免疫逃避中的作用	SARS-CoV-2与人类蛋白质组的8-mer/9-mer肽段	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	肽段序列	33个8-mer/9-mer肽段
24809	2024-08-09	Joint learning of multiple gene networks from single-cell gene expression data 2020, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2020.09.004 PMID:33033579	research paper	本文介绍了一种新的联合高斯Copula图模型（JGCGM），用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中联合估计多个细胞亚群的多基因网络	提出了联合高斯Copula图模型（JGCGM），能够处理非高斯数据和缺失值，并识别多个细胞亚群的共同和独特网络结构	NA	从单细胞RNA测序数据中推断基因网络，以理解细胞内的功能组织	单细胞RNA测序数据中的多个细胞亚群的基因网络	digital pathology	NA	scRNA-seq	Gaussian copula graphical model	gene expression data	多个细胞亚群的单细胞RNA测序数据
24810	2024-08-09	Evaluating Distribution and Prognostic Value of New Tumor-Infiltrating Lymphocytes in HCC Based on a scRNA-Seq Study With CIBERSORTx 2020, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2020.00451 PMID:33043022	研究论文	本研究通过CIBERSORTx方法，基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，评估了肝细胞癌（HCC）中新肿瘤浸润淋巴细胞的分布及其预后价值	首次在TCGA HCC队列中研究了通过scRNA-seq鉴定的新细胞亚群的肿瘤浸润和预后价值	研究仅限于TCGA和ICGC队列，未来研究需要扩大样本量和多样性	探讨HCC中新的肿瘤浸润淋巴细胞亚群的分布及其预后价值	肝细胞癌（HCC）中的肿瘤浸润淋巴细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CIBERSORTx	基因表达数据	TCGA和ICGC队列中的大量样本
24811	2024-08-09	A spectral clustering with self-weighted multiple kernel learning method for single-cell RNA-seq data 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa216 PMID:33003206	研究论文	提出了一种基于自加权多核学习的光谱聚类方法，用于单细胞RNA测序数据	引入自加权多核学习模型，自动选择最适合单细胞RNA测序数据的核函数，并通过多核组合直接发现数据中的分组	NA	改进单细胞RNA测序数据的距离度量方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	SVM	RNA测序数据	NA
24812	2024-08-09	A new bioinformatics tool to recover missing gene expression in single-cell RNA sequencing data 2021-04-10, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjaa053 PMID:32997747	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
24813	2024-08-09	Imputing single-cell RNA-seq data by considering cell heterogeneity and prior expression of dropouts 2021-04-10, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjaa052 PMID:33002136	研究论文	本文提出了一种基于细胞亚群的有界低秩（PBLR）方法，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失值（dropout）	PBLR方法考虑了细胞异质性和dropout率与预期表达水平之间的关系，能够有效恢复dropout事件，并提高低维表示和基因间关系的恢复	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据分析中的计算挑战，特别是由于技术噪声导致的dropout问题	单细胞RNA测序数据中的dropout事件	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	有界低秩（PBLR）方法	单细胞RNA测序数据	涉及模拟和真实单细胞RNA测序数据集
24814	2024-08-09	The HDAC Inhibitor Domatinostat Promotes Cell-Cycle Arrest, Induces Apoptosis, and Increases Immunogenicity of Merkel Cell Carcinoma Cells 2021-04, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2020.08.023 PMID:33002502	研究论文	研究了HDAC抑制剂Domatinostat在Merkel细胞癌中的作用，包括细胞周期阻滞、诱导凋亡和增强免疫原性	Domatinostat不仅能直接抑制肿瘤生长，还能恢复MCC细胞表面的HLA I类分子表达，增强其被细胞毒性T细胞识别和清除的能力	NA	探讨Domatinostat在Merkel细胞癌中的疗效和作用机制	Merkel细胞癌	NA	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
24815	2024-08-09	Senescence of Alveolar Type 2 Cells Drives Progressive Pulmonary Fibrosis 2021-03-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202004-1274OC PMID:32991815	研究论文	研究探讨了肺泡类型2细胞衰老在特发性肺纤维化（IPF）的启动和进展中的作用，并评估了针对衰老相关通路和衰老细胞的治疗潜力。	开发了一种新型的小鼠模型，用于研究条件性肺泡类型2细胞衰老在肺纤维化中的作用，并展示了通过遗传或药物干预靶向p53激活或衰老可以阻止纤维化生成。	NA	研究肺泡类型2细胞衰老在特发性肺纤维化中的作用及其治疗潜力。	肺泡类型2细胞，特发性肺纤维化患者和对照组的肺组织。	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA	9份对照组近端和远端肺组织，11份IPF纤维化肺组织
24816	2024-08-09	Fixed single-cell RNA sequencing for understanding virus infection and host response 2021-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2020.09.17.302232 PMID:32995793	研究论文	本文介绍了一种名为FD-seq的高通量方法，用于对甲醛固定的、染色和分选的单细胞进行基于液滴的RNA测序，以理解病毒感染和宿主反应	FD-seq方法在固定和随后的细胞回收过程中保持了mRNA的完整性和相对丰度，并且检测到的基因和转录本数量比甲醇固定更多	NA	研究病毒感染和宿主反应	单细胞RNA测序技术	数字病理学	NA	RNA测序	NA	文本	NA
24817	2024-08-09	SC2disease: a manually curated database of single-cell transcriptome for human diseases 2021-01-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa838 PMID:33010177	research paper	SC2disease是一个人工 curated 的数据库，旨在为不同疾病提供各种细胞类型的基因表达谱的综合和准确资源	SC2disease数据库汇总了使用scRNA-seq技术研究人类疾病的文献数据，提供了系统性、层次化和大规模的细胞水平基因表达谱	NA	开发一个全面且准确的数据库，用于汇总和比较不同疾病、组织和细胞类型的基因表达谱	人类疾病的细胞类型特异性基因表达谱	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	基因表达矩阵	946,481个条目，对应341种细胞类型、29种组织和25种疾病
24818	2024-08-09	SLC7A11 as a biomarker and therapeutic target in HPV-positive head and neck Squamous Cell Carcinoma 2020-12-17, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2020.09.134 PMID:33019976	研究论文	研究探讨了SLC7A11作为HPV阳性头颈部鳞状细胞癌的生物标志物和治疗靶点的潜力	首次报道了HPV阳性肿瘤中SLC7A11表达水平较低，并且E6-E7细胞对铁死亡的敏感性增加	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步的临床试验验证	探索SLC7A11在HPV阳性头颈部鳞状细胞癌中的作用及其作为治疗靶点的可能性	HPV阳性头颈部鳞状细胞癌中的SLC7A11表达及铁死亡敏感性	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及两个HNSCC细胞系
24819	2024-08-09	Transient Activation of the Hedgehog-Gli Pathway Rescues Radiotherapy-Induced Dry Mouth via Recovering Salivary Gland Resident Macrophages 2020-12-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0503 PMID:32998998	research paper	本文研究了短暂激活 Hedgehog-Gli 通路通过恢复唾液腺驻留巨噬细胞来挽救放射治疗诱导的口干症	首次揭示了驻留巨噬细胞及其修复相关的旁分泌因子在短暂激活 Hedgehog 通路挽救放射治疗诱导的唾液功能障碍中的关键作用	NA	探讨短暂激活 Hedgehog-Gli 通路恢复放射治疗诱导的唾液腺功能障碍的机制	小鼠唾液腺中的巨噬细胞、上皮细胞和内皮细胞	NA	head and neck cancer	single-cell RNA sequencing, qRT-PCR	NA	RNA	小鼠唾液腺细胞
24820	2024-08-09	Characteristics of anti-CD19 CAR T cell infusion products associated with efficacy and toxicity in patients with large B cell lymphomas 2020-12, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-020-1061-7 PMID:33020644	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和基于捕获的细胞识别技术，分析了自体抗CD19 CAR T细胞输注产品在24名大B细胞淋巴瘤患者中的转录组特征，以识别与疗效和毒性相关的特征。	本研究首次揭示了CAR T细胞输注产品的细胞和分子特征异质性对axi-cel疗法疗效和毒性的影响，并提出第7天的分子反应可能作为CAR T细胞疗效的早期预测指标。	研究样本量较小，仅涉及24名患者，可能影响结果的普遍性。	旨在识别与大B细胞淋巴瘤患者接受抗CD19 CAR T细胞疗法的疗效和毒性相关的转录组特征。	自体抗CD19 CAR T细胞输注产品在大B细胞淋巴瘤患者中的转录组特征。	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	24名大B细胞淋巴瘤患者