单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28099 篇文献，本页显示第 24781 - 24800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24781 | 2024-08-09 |
Compression of quantification uncertainty for scRNA-seq counts
2021-Jul-19, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab001
PMID:33471073
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研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中基因表达量化估计的不确定性压缩方法 | 提出了一种新的方法，通过存储推断重复集的均值和方差来捕获基因水平的量化不确定性，同时显著减少了磁盘存储和内存使用 | NA | 旨在改进scRNA-seq数据处理中的量化不确定性表示，减少计算资源需求 | scRNA-seq数据中的基因表达量化不确定性 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 24782 | 2024-08-09 |
Single-cell analysis of nonhuman primate preimplantation development in comparison to humans and mice
2021-07, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists
IF:2.0Q3
DOI:10.1002/dvdy.295
PMID:33449399
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了食蟹猴早期胚胎发育的基因网络，并与人类和小鼠的早期胚胎发育进行了比较 | 发现食蟹猴的基因网络与人类胚胎的保守性更高，且在早期内细胞团/滋养层细胞分化基因和WNT信号通路相关基因方面与人类更为相似 | NA | 探讨非人灵长类动物在人类胚胎发生中的模型作用 | 食蟹猴早期胚胎的单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 食蟹猴、人类和小鼠的早期胚胎单细胞 |
| 24783 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals intratumoral heterogeneity in primary uveal melanomas and identifies HES6 as a driver of the metastatic disease
2021-06, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-020-00730-7
PMID:33462406
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了六个不同原发性葡萄膜黑色素瘤样本，揭示了肿瘤内异质性，并识别出HES6作为转移性疾病的驱动因子 | 首次在葡萄膜黑色素瘤中揭示了肿瘤内异质性，并识别出HES6作为转移性疾病的驱动因子，为治疗提供了新的靶点 | NA | 研究葡萄膜黑色素瘤的肿瘤内异质性，并识别出与转移相关的关键基因 | 原发性葡萄膜黑色素瘤及其转移机制 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组和转录组数据 | 六个不同原发性葡萄膜黑色素瘤样本 |
| 24784 | 2024-08-09 |
Assessing single-cell transcriptomic variability through density-preserving data visualization
2021-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-00801-7
PMID:33462509
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研究论文 | 本文介绍了den-SNE和densMAP两种密度保持的数据可视化工具，基于t-SNE和UMAP，用于准确地将转录组变异性信息纳入单细胞RNA测序数据的可视化解释中 | 提出了den-SNE和densMAP两种新的密度保持可视化工具，能够更准确地反映单细胞转录组数据的局部密度 | NA | 开发和验证密度保持的数据可视化工具，以更好地理解和解释单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据在不同生物过程中的转录组变异性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | t-SNE, UMAP | 转录组数据 | 应用到近期发表的数据集，涉及多种生物过程 |
| 24785 | 2024-08-09 |
Delineating copy number and clonal substructure in human tumors from single-cell transcriptomes
2021-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-00795-2
PMID:33462507
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研究论文 | 本文开发了一种名为CopyKAT的集成贝叶斯分割方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计基因组拷贝数剖面，并应用于多种人类肿瘤中区分癌细胞与正常细胞类型 | CopyKAT方法能够准确区分肿瘤微环境中的正常细胞类型和恶性细胞，并解析肿瘤内的克隆亚结构 | NA | 解决单细胞转录组分析中区分肿瘤微环境中的正常细胞类型和恶性细胞以及解析肿瘤内克隆亚结构的挑战 | 21种肿瘤中的46,501个单细胞，包括三阴性乳腺癌、胰腺导管腺癌、间变性甲状腺癌、浸润性导管癌和胶质母细胞瘤 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 贝叶斯分割模型 | 转录组数据 | 46,501个单细胞 |
| 24786 | 2024-08-09 |
Supervised Adversarial Alignment of Single-Cell RNA-seq Data
2021-05, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2020.0439
PMID:33470876
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研究论文 | 本文开发了一种领域对抗神经网络模型，用于学习单细胞RNA测序数据的降维表示，以克服批次效应 | 提出了一种监督对抗神经网络模型，该模型同时优化细胞类型分配的准确性和无法区分批次（领域），从而有效克服批次效应 | NA | 克服单细胞RNA测序数据分析中的批次效应 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 领域对抗神经网络 | 基因表达数据 | 多个不同数据集 |
| 24787 | 2024-08-09 |
Corrigendum to: Inferring microenvironmental regulation of gene expression from single-cell RNA sequencing data using scMLnet with an application to COVID-19
2021-03-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab015
PMID:33448287
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24788 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Heterogeneity of Vascular Cells in Early Stage Murine Abdominal Aortic Aneurysm-Brief Report
2021-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.120.315607
PMID:33472403
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠腹主动脉瘤早期血管细胞的异质性 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了小鼠腹主动脉瘤中不同细胞类型的转录组特征 | NA | 阐明腹主动脉瘤中细胞和分子层面的异质性 | 小鼠腹主动脉瘤组织中的血管细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | C57BL/6J小鼠的腹主动脉瘤组织 |
| 24789 | 2024-08-09 |
SUSCC: Secondary Construction of Feature Space based on UMAP for Rapid and Accurate Clustering Large-scale Single Cell RNA-seq Data
2021-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-020-00411-6
PMID:33475958
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研究论文 | 本文提出了一种基于UMAP的特征空间二次构建方法，用于快速准确地对大规模单细胞RNA测序数据进行聚类 | 采用UMAP进行特征空间的二次构建，提高了聚类速度和准确性 | NA | 设计一种更快速和更准确的聚类方法，以应对大规模单细胞RNA测序数据的挑战 | 大规模单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | UMAP | k-means算法, k-nearest neighbor算法 | 基因表达矩阵 | 大规模单细胞RNA测序数据集 |
| 24790 | 2024-08-09 |
Traumatic Brain Injury Causes Chronic Cortical Inflammation and Neuronal Dysfunction Mediated by Microglia
2021-02-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2469-20.2020
PMID:33452227
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研究论文 | 研究探讨了创伤性脑损伤（TBI）后微胶质细胞在慢性皮质炎症和神经元功能障碍中的作用 | 通过使用CSF1R拮抗剂PLX5622耗竭微胶质细胞，研究了其在TBI后不同时间点的神经病理学和炎症反应中的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类 | 确定微胶质细胞在创伤性脑损伤后神经病理学中的贡献 | 研究对象包括小鼠的微胶质细胞、神经元和其他胶质细胞 | 神经科学 | 脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA | 研究使用了雄性小鼠 |
| 24791 | 2024-08-09 |
High-Dimensional Immune Monitoring for Chimeric Antigen Receptor T Cell Therapies
2021-02, Current hematologic malignancy reports
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s11899-020-00602-4
PMID:33449291
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研究论文 | 本文综述了基于R语言的高维流式细胞术数据分析管道，主要应用于嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法 | 近年来，已有的用于分析复杂高维数据的工具，如单细胞RNA测序（scRNAseq），已成功移植到细胞术研究中，提供了动态且用户友好的探索空间 | 现有的环境如Cytobank、FlowJo和FCS Express提供的工具要么价格昂贵，要么对无经验用户来说相当复杂 | 综述高维流式细胞术实验方法，并介绍用于CAR T细胞疗法的差异分析的R语言管道 | 高维流式细胞术数据和CAR T细胞疗法 | 生物信息学 | NA | 流式细胞术 | NA | 高维数据 | NA |
| 24792 | 2024-08-09 |
Does tissue imprinting restrict macrophage plasticity?
2021-02, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-020-00849-2
PMID:33462453
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research paper | 本文讨论了近期研究，这些研究通过结合命运图谱、单细胞转录组学和表观遗传学，详细分析了单个巨噬细胞亚群对肺部损伤的反应，并呼吁调整巨噬细胞可塑性概念 | 提出长时间组织定居会关闭巨噬细胞的大部分可塑性，并推测这种受限的可塑性是进化过程中为了保护组织稳态而选择的 | NA | 探讨巨噬细胞的可塑性及其在组织稳态中的作用 | 巨噬细胞及其在肺部损伤中的反应 | NA | NA | 命运图谱、单细胞转录组学、表观遗传学 | NA | NA | NA |
| 24793 | 2024-08-09 |
Publisher Correction: A single-cell transcriptome atlas of marsupial embryogenesis and X inactivation
2021-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-03110-w
PMID:33469225
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24794 | 2024-08-09 |
Vitamin D sufficiency enhances differentiation of patient-derived prostate epithelial organoids
2021-Jan-22, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101974
PMID:33458620
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研究论文 | 研究探讨了维生素D充足对患者来源的前列腺上皮类器官分化的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学验证了维生素D充足通过抑制Wnt信号通路和下调DKK3促进前列腺上皮类器官的生长和分化 | NA | 研究维生素D对前列腺上皮分化的调控作用 | 患者来源的前列腺上皮类器官 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 类器官, 组织切片 | 未具体说明样本数量 |
| 24795 | 2024-08-09 |
Comparison of induced neurons reveals slower structural and functional maturation in humans than in apes
2021-01-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.59323
PMID:33470930
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研究论文 | 通过表达转录因子神经调节蛋白2（NGN2）从黑猩猩、倭黑猩猩和人类干细胞中生成诱导兴奋性神经元（iNeurons），并比较了这些神经元在结构和功能成熟上的差异 | 首次通过单细胞RNA测序和电生理分析，揭示了人类神经元在结构和功能成熟上比黑猩猩和倭黑猩猩神经元发展得更慢 | 研究仅限于实验室条件下生成的诱导神经元，可能与自然条件下成熟的神经元存在差异 | 探究人类与黑猩猩、倭黑猩猩神经元在结构和功能成熟上的差异 | 黑猩猩、倭黑猩猩和人类的诱导兴奋性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 黑猩猩、倭黑猩猩和人类的干细胞 |
| 24796 | 2024-08-09 |
Early T follicular helper cell activity accelerates hepatitis C virus-specific B cell expansion
2021-01-19, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI140590
PMID:33463551
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研究论文 | 研究分析了早期T滤泡辅助细胞活性如何加速丙型肝炎病毒特异性B细胞的扩张，并探讨了这一过程与病毒自发清除的关系 | 首次详细描述了早期T滤泡辅助细胞活性对丙型肝炎病毒特异性B细胞扩张的影响，并揭示了这一过程与病毒自发清除的可能关联 | 研究主要集中在急性感染后的早期阶段，对于长期慢性感染的影响分析较少 | 探讨早期T滤泡辅助细胞活性对丙型肝炎病毒特异性B细胞扩张的影响及其与病毒清除的关系 | 丙型肝炎病毒特异性记忆B细胞及T滤泡辅助细胞 | NA | 丙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多个自发清除急性丙型肝炎病毒感染或进展为慢性感染的受试者 |
| 24797 | 2024-08-09 |
Single-cell analysis reveals the intra-tumor heterogeneity and identifies MLXIPL as a biomarker in the cellular trajectory of hepatocellular carcinoma
2021-Jan-18, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-021-00403-5
PMID:33462196
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌（HCC）肿瘤及癌旁组织的基因表达，揭示了HCC的细胞异质性，并发现MLXIPL可能作为HCC的治疗靶点 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了HCC的基因表达特征，并识别出HCC组织中的异质性亚克隆，发现MLXIPL在HCC中的上调与不良生存率相关 | NA | 探索肝细胞癌的基因表达特征及细胞异质性，寻找潜在的治疗靶点 | 肝细胞癌（HCC）肿瘤及癌旁组织的单细胞基因表达 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自人类HCC肿瘤和癌旁组织的单细胞 |
| 24798 | 2024-08-09 |
Bi-fated tendon-to-bone attachment cells are regulated by shared enhancers and KLF transcription factors
2021-01-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.55361
PMID:33448926
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研究论文 | 本文研究了小鼠肌腱与骨附着细胞的双重命运，揭示了这些细胞在共享增强子和Krüppel样因子（KLFs）调控下激活软骨细胞和肌腱细胞转录组的现象。 | 通过高通量批量和单细胞RNA测序，结合ATAC测序和表观基因组分析，验证了附着细胞中数百个软骨生成和肌生成基因的表达，并确认了这些细胞共享可访问的基因间染色质区域。 | NA | 探讨肌腱与骨附着细胞的双重命运及其调控机制。 | 小鼠肌腱与骨附着细胞。 | 生物学 | NA | RNA测序, ATAC测序, 单分子ISH, 表观基因组分析 | NA | RNA, 染色质可访问性 | NA |
| 24799 | 2024-08-09 |
Myocyte-specific enhancer factor 2c triggers transdifferentiation of adipose tissue-derived stromal cells into spontaneously beating cardiomyocyte-like cells
2021-01-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-80848-3
PMID:33452355
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研究论文 | 研究通过简单的培养协议，使成年小鼠腹股沟脂肪组织来源的间质血管部分（Ad-SVF）可重复地向自发跳动的心肌细胞样细胞（跳动CMs）转化，并鉴定了关键的转录因子Mef2c在转化中的作用 | 首次鉴定出Mef2c是Ad-SVF向跳动CMs转化的关键基因，并展示了通过基因修饰的Ad-SVF细胞在心脏再生疗法中的应用潜力 | NA | 探讨脂肪组织来源的间质细胞向心肌细胞样细胞的转化机制及其在心脏再生疗法中的应用 | 成年小鼠腹股沟脂肪组织来源的间质血管部分（Ad-SVF）及其转化后的心肌细胞样细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 491个差异表达的转录因子 |
| 24800 | 2024-08-09 |
Multiregion single-cell sequencing reveals the transcriptional landscape of the immune microenvironment of colorectal cancer
2021-01, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.253
PMID:33463049
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研究论文 | 本研究利用两种单细胞RNA测序技术（Smart-seq2和DNBelab C4），对18名结直肠癌（CRC）患者原发肿瘤和肝转移瘤中的15,115个免疫和非免疫细胞进行了图谱分析 | 发现了早期和晚期CRC肿瘤中B细胞的不同特征，以及IgA IGLC2浆细胞与CRC不良预后的关联，揭示了B细胞和髓系细胞信号之间的显著相互作用 | NA | 深入了解结直肠癌中的免疫浸润情况，并为未来的CRC免疫治疗研究提供新视角 | 结直肠癌患者的原发肿瘤和肝转移瘤中的免疫和非免疫细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 18名结直肠癌患者 |