单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2461	2025-03-14	Identification of potential drug targets for pelvic organ prolapse using a proteome-wide Mendelian randomization approach 2025-Mar-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92800-4 PMID:40064973	研究论文	本研究通过蛋白质组范围的孟德尔随机化方法识别了盆腔器官脱垂（POP）的潜在药物靶点	首次使用蛋白质组范围的孟德尔随机化（PW-MR）和贝叶斯共定位分析识别了EFEMP1和MFAP4作为POP的潜在关键药物靶点，并通过单细胞RNA测序数据进一步验证了这些靶点在组织重塑和纤维化相关细胞类型中的表达模式	研究主要基于FinnGen队列的数据，可能需要更多样化的数据来验证结果的普适性	探索盆腔器官脱垂（POP）的新治疗靶点	盆腔器官脱垂（POP）患者	生物信息学	盆腔器官脱垂	蛋白质组范围的孟德尔随机化（PW-MR）、贝叶斯共定位分析、单细胞RNA测序、分子对接分析	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	FinnGen队列数据
2462	2025-03-14	Transcriptome combined with single-cell sequencing explored prognostic markers associated with T cell exhaustion characteristics in head and neck squamous carcinoma 2025-Mar-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91299-z PMID:40065044	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序技术，探索了头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中与T细胞耗竭特征相关的预后标志物	构建了HNSC的单细胞图谱，深入分析了T细胞的异质性，并揭示了C2 T细胞亚群在HNSC中的耗竭倾向，开发了临床预后模型并识别了相关药物	尽管绘制了T细胞异质性和分化轨迹，但这些亚群之间的相互关系仍不清楚，需要进一步研究以阐明具体的生物过程和分子进化机制	增强HNSC免疫治疗方法的疗效，改善患者预后	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的T细胞	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞测序，转录组分析	临床预后模型	单细胞数据，转录组数据	NA
2463	2025-03-14	Imbalance of bladder neurohomeostasis by Myosin 5a aggravates diabetic cystopathy 2025-Mar-10, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01140-6 PMID:40065210	研究论文	本研究探讨了Myosin 5a在糖尿病性膀胱病（DCP）中的潜在调节作用	首次揭示了Myosin 5a在糖尿病性膀胱病中的关键作用及其与膀胱过度活动的关联	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	研究Myosin 5a在糖尿病性膀胱病中的潜在调节作用	糖尿病大鼠和Myosin 5a缺陷的DBA小鼠	生物医学	糖尿病性膀胱病	单细胞RNA测序、尿动力学评估、细胞和组织分析	NA	RNA测序数据、尿动力学数据、细胞和组织分析数据	糖尿病大鼠和Myosin 5a缺陷的DBA小鼠
2464	2025-03-14	Tumor Prognostic Risk Model Related to Monocytes/Macrophages in Hepatocellular Carcinoma Based on Machine Learning and Multi-Omics 2025-Mar-10, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-025-00270-9 PMID:40065214	研究论文	本研究基于机器学习和多组学数据，探索了肝细胞癌中单核细胞/巨噬细胞相关基因表达谱，构建了一个预后模型，并研究了其与药物耐药性和免疫治疗反应的关系	首次基于单核细胞/巨噬细胞相关基因构建了肝细胞癌的预后模型，并验证了其与药物敏感性和免疫治疗反应的关系	样本量较小，仅使用了10个HCC组织活检样本的scRNA-seq数据	构建肝细胞癌的预后模型，并研究其与药物耐药性和免疫治疗反应的关系	肝细胞癌患者	机器学习	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Western blot, 空间转录组学分析	单基因模型	RNA测序数据, 蛋白质印迹数据, 空间转录组数据	10个HCC组织活检样本，共24,597个细胞
2465	2025-03-14	Prognostic implications and characterization of tumor-associated tertiary lymphoid structures genes in pancreatic cancer 2025-Mar-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06152-8 PMID:40065365	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）中肿瘤相关三级淋巴结构（TA-TLS）基因的表达特征及其预后意义，并构建了基于TLS基因的评分系统和风险模型	首次整合了310名PDAC患者的转录组和临床数据，通过共识聚类识别出三种分子亚型，并构建了基于TLS基因的风险评估模型，进一步通过单细胞RNA测序和免疫组化验证了关键基因的表达	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	探讨TA-TLS基因在PDAC中的表达特征及其对免疫治疗的影响，以增强PDAC免疫治疗的效果	310名PDAC患者的转录组和临床数据	数字病理学	胰腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化（IHC）	LASSO回归模型	转录组数据、临床数据	310名PDAC患者
2466	2025-03-14	Single-cell transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity in the aortas of Takayasu arteritis 2025-Mar-10, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03523-w PMID:40065428	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了大动脉炎（TAK）患者主动脉中的细胞异质性，并探讨了其潜在的免疫病理机制	首次在大动脉炎患者的主动脉组织中识别出11种主要细胞类型，并揭示了T细胞、B细胞、单核-巨噬细胞等免疫细胞在TAK发病机制中的活跃参与	样本量较小（仅3名TAK患者的主动脉样本），且对照组数据来自公开数据库，可能影响结果的普适性	揭示大动脉炎的细胞异质性及其免疫病理机制，寻找潜在治疗靶点	大动脉炎患者的主动脉组织和外周血T细胞	数字病理	心血管疾病	单细胞转录组分析、bulk RNA测序	NA	RNA测序数据	3名TAK患者的主动脉样本，8名TAK患者和8名健康志愿者的外周血T细胞
2467	2025-03-14	Systemic coordination of whole-body tissue remodeling during local regeneration in sea anemones 2025-Mar-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.11.001 PMID:39615481	研究论文	本文研究了海葵在局部再生过程中全身组织的系统性协调重塑	揭示了局部再生触发全身稳态反应，并通过空间转录组学、内源蛋白标记和活体成像技术在生物体尺度上全面解析了这一系统性反应	未明确提及研究的局限性	探讨局部再生过程中全身分子过程的功能相关性和协调性	海葵（Nematostella vectensis）	生物再生	NA	空间转录组学、内源蛋白标记、活体成像	NA	分子数据、图像数据	未明确提及样本数量
2468	2025-03-12	FK506-binding proteins: Emerging target and therapeutic opportunity in multiple tumors 2025-Mar-08, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141914 PMID:40064252	综述	本文总结了FK506结合蛋白（FKBP）家族在不同类型肿瘤中的双重功能，并探讨其作为潜在诊断和预后生物标志物的可能性	总结了FKBP家族成员在不同肿瘤中的双重功能，并提出了结合单细胞测序技术解析FKBP异构体空间分布的未来研究方向	需要进一步结合单细胞测序技术进行临床验证，以促进从分子机制到精准治疗的转化	探讨FKBP家族在肿瘤中的作用及其作为诊断和预后生物标志物的潜力	FK506结合蛋白（FKBP）家族	肿瘤学	多种肿瘤	单细胞测序	NA	NA	NA
2469	2025-03-14	Nuclear receptor 4A1 facilitates complete Freund's adjuvant-induced inflammatory pain in rats by promoting ferroptosis in spinal glial cells 2025-Mar, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.12.152 PMID:39722371	研究论文	本研究探讨了核受体4A1（NR4A1）在完全弗氏佐剂（CFA）诱导的炎症性疼痛中的作用，发现NR4A1通过促进脊髓胶质细胞的铁死亡来加剧疼痛	首次揭示了NR4A1在CFA诱导的炎症性疼痛中通过促进铁死亡的机制，并发现MAPK3是NR4A1的靶蛋白	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨炎症性疼痛中铁死亡发生的分子机制	大鼠脊髓胶质细胞（星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞）	神经科学	炎症性疼痛	RNA测序（bulk和单细胞RNA测序）、Western blotting、免疫染色、蛋白质组学分析、染色质免疫共沉淀、双荧光素酶报告基因检测	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	CFA处理的大鼠
2470	2025-03-14	Novel Meningoencephalomyelitis Associated With Vimentin IgG Autoantibodies 2025-Mar-01, JAMA neurology IF:20.4Q1 DOI:10.1001/jamaneurol.2024.4763 PMID:39836414	研究论文	本文描述了一种与vimentin IgG自身抗体相关的未知脑膜脑脊髓炎综合征	首次识别出针对星形胶质细胞中间丝蛋白vimentin的自身抗体，并描述了其相关的脑膜脑脊髓炎综合征	样本量较小（14名患者），且为回顾性研究，可能存在选择偏倚	表征一种与星形胶质细胞自身抗体相关的未知脑膜脑脊髓炎综合征	患有未表征的中枢神经系统自身免疫性疾病的患者	神经免疫学	脑膜脑脊髓炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基于细胞和组织的检测	NA	脑脊液（CSF）细胞，磁共振成像（MRI）数据	14名患者（10名女性，中位年龄33岁）
2471	2025-03-14	Primed Mesenchymal Stem Cells by IFN-γ and IL-1β Ameliorate Acute Respiratory Distress Syndrome through Enhancing Homing Effect and Immunomodulation 2025-Mar-01, Biomolecules & therapeutics IF:3.0Q2 DOI:10.4062/biomolther.2025.004 PMID:39973472	研究论文	本研究探讨了通过IFN-γ和IL-1β预处理的间充质干细胞（MSCs）在急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中的治疗潜力及其机制	研究发现，IFN-γ和IL-1β预处理的MSCs相比未处理的MSCs，在抑制T细胞活性和调节巨噬细胞炎症反应方面表现出更强的效果，并揭示了其通过调节NFκB和TNF-α信号通路增强疗效的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索预处理的MSCs在ARDS中的治疗潜力及其作用机制	间充质干细胞（MSCs）和LPS诱导的ARDS小鼠模型	细胞治疗	急性呼吸窘迫综合征	RNA测序、混合淋巴细胞反应（MLR）实验、空间转录组学分析	NA	基因表达数据、细胞实验数据	LPS诱导的ARDS小鼠模型
2472	2025-03-14	Deciphering Precursor Cell Dynamics in Esophageal Preneoplasia via Genetic Barcoding and Single-Cell Transcriptomics 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.637920 PMID:40060545	研究论文	本文通过整合遗传条形码和单细胞RNA测序技术，揭示了食管癌前病变中前体细胞的动态变化	开发了一种结合遗传条形码和单细胞RNA测序的谱系追踪工具，并引入了eXamined Ridge (XR)评分来准确识别高可塑性细胞	未提及具体样本量，可能限制了结果的普适性	研究食管癌前病变中前体细胞的起源和谱系轨迹	食管癌前病变中的前体细胞	数字病理学	食管癌	遗传条形码，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
2473	2025-03-14	The forkhead transcription factor FKH-7/FOXP acts in chemosensory neurons to regulate developmental decision-making 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638733 PMID:40027766	研究论文	本文研究了叉头转录因子FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的作用，揭示了其在幼虫进入发育停滞的dauer阶段决策中的功能	首次描述了FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能，并展示了人类FOXP1可以替代FKH-7的功能，同时通过单细胞转录组学发现了与自闭症相关的钙激活钾通道的下调表达	研究主要集中在特定神经元类型和发育阶段，可能无法全面反映FOXP1在其他神经元类型或发育阶段的功能	研究FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能及其在发育决策中的作用	化学感应神经元和幼虫发育决策	神经科学	自闭症	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
2474	2025-03-14	General and individualized changes in T cell immunity during aging 2025-Feb-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkae033 PMID:40073079	研究论文	本文探讨了T细胞免疫在衰老过程中的普遍和个体化变化	利用单细胞测序技术，识别了新的T细胞亚群，并描述了T细胞转录组和TCR克隆型随年龄的变化	未提及具体的研究限制	研究T细胞免疫在衰老过程中的变化	T细胞亚群、转录组和TCR库	免疫学	老年疾病	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
2475	2025-03-14	Opportunities and challenges in the application of single-cell transcriptomics in plant tissue research 2025-Feb, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s12298-025-01558-6 PMID:40070535	综述	本文综述了单细胞转录组学在植物组织研究中的应用、挑战及整合多源数据的方法	探讨了整合多源单细胞RNA测序和多模态数据的方法，以构建全面的细胞图谱并揭示基因调控机制	单细胞RNA测序实验无法全面捕获所有细胞和基因，单模态数据不足以解释细胞状态和系统性变化	总结单细胞转录组学整合方法的基本原理、应用价值及其在揭示生物变化中的作用	植物组织中的单细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据、多模态数据	NA
2476	2025-03-14	Portable-CELLxGENE: standalone executables of CELLxGENE for easy installation 2025, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.151 PMID:40070474	研究论文	本文介绍了Portable-CELLxGENE，一个易于安装和运行的CELLxGENE独立版本，旨在为非生物信息学家提供便利	Portable-CELLxGENE通过图形界面简化了安装和运行过程，使非生物信息学家能够独立进行单细胞转录组数据分析	未提及具体的技术限制或性能问题	为非生物信息学家提供易于使用的单细胞转录组数据分析工具	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据	NA
2477	2025-03-14	Cellular and molecular determinants mediating the dysregulated germinal center immune dynamics in systemic lupus erythematosus 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530327 PMID:40070830	研究论文	本文通过空间转录组学和多路成像技术，研究了系统性红斑狼疮（SLE）患者淋巴结中的滤泡免疫景观和原位转录组特征	揭示了SLE滤泡中I型干扰素和浆细胞特征的显著增强，以及滤泡T细胞亚群受I型干扰素指纹影响的机制	研究主要依赖于空间转录组学和成像技术，可能忽略了其他潜在的分子机制	探讨SLE患者淋巴结中滤泡免疫动态的细胞和分子决定因素	系统性红斑狼疮（SLE）患者的淋巴结	免疫学	系统性红斑狼疮	空间转录组学，多路成像	NA	转录组数据，图像数据	SLE患者的淋巴结样本
2478	2025-03-14	Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570640 PMID:38106186	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，在酵母中进行了表达数量性状位点（eQTL）的定位研究，揭示了生长与繁殖之间的权衡关系	开发了一种单细胞RNA测序的一体化方法，用于在单细胞水平上定位eQTL，并揭示了基因表达噪声的等位基因特异性效应	研究仅限于酵母，未涉及其他生物体或更复杂的多细胞系统	研究基因变异对基因表达及下游性状的影响	酵母单细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	超过100,000个单细胞，来自三个杂交系
2479	2025-03-14	Bone-marrow macrophage-derived GPNMB protein binds to orphan receptor GPR39 and plays a critical role in cardiac repair 2024-Nov, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00555-4 PMID:39455836	研究论文	本文研究了糖蛋白非转移性黑色素瘤蛋白B（GPNMB）在心肌梗死后的心脏修复中的作用	首次揭示了骨髓来源的巨噬细胞是损伤心脏中GPNMB的主要来源，并发现GPNMB通过GPR39信号通路在心脏修复中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨GPNMB在心肌梗死后的心脏损伤和功能中的作用	人类和小鼠的心脏组织	心血管疾病	心肌梗死	单细胞转录组学	遗传功能缺失模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
2480	2025-03-14	A single-cell transcriptomic map of the developing Atoh1 lineage identifies neural fate decisions and neuronal diversity in the hindbrain 2024-Aug-19, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.007 PMID:39106860	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和ATOH1 DNA结合分析，研究了小鼠后脑中Atoh1谱系神经元的发育过程，揭示了其命运决定和多样性的转录程序	首次提供了小鼠后脑Atoh1谱系神经元的高分辨率单细胞转录组图谱，并识别了特定脑干核的标志物	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种的验证	揭示Atoh1谱系神经元的命运决定机制及其多样性	小鼠后脑中的Atoh1谱系神经元	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序，ATOH1 DNA结合分析	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠后脑Atoh1谱系神经元