单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2461	2025-05-08	Phosphodiesterase 5 inactivation in vascular smooth muscle cells aggravates aortic aneurysm and dissection 2025-Jun, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6411 PMID:40145405	研究论文	本研究探讨了血管平滑肌细胞中磷酸二酯酶5A（PDE5A）的失活如何加剧主动脉瘤和夹层（AAD）的发病机制	揭示了PDE5A在血管平滑肌细胞中的特异性作用及其通过cGMP/PKG信号通路调节主动脉平滑肌松弛的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	阐明PDE5A在主动脉瘤和夹层发病中的具体作用机制	人类和小鼠的主动脉组织及血管平滑肌细胞	血管病理学	主动脉瘤和夹层	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting、免疫荧光、免疫组织化学染色	PDE5A基因敲除和过表达小鼠模型	基因表达数据、组织病理学图像	人类和小鼠的主动脉组织样本
2462	2025-05-08	Nuclear IL-1α Triggers Pyroptosis in Porcine Intramuscular Preadipocytes 2025-May-07, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c00112 PMID:40275457	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了核IL-1α在猪肌肉内脂肪前体细胞中触发细胞焦亡的新机制	首次发现核IL-1α通过IRF2-NOCT-ROS途径调控猪肌肉内脂肪前体细胞的焦亡过程	研究仅针对猪模型，人类或其他物种的适用性尚不明确	探究核IL-1α在脂肪生成分化中的功能及其对猪肉品质的影响	猪肌肉内脂肪前体细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
2463	2025-05-08	ABCC3 Is a Differential Marker of CYP11B2-Negative Zona Glomerulosa Cells in Human Adrenal Cortex 2025-May-07, Endocrine pathology IF:11.3Q1 DOI:10.1007/s12022-025-09862-3 PMID:40332623	research paper	该研究探讨了ABCC3在人肾上腺皮质中的表达和功能，特别是在原发性醛固酮增多症背景下，与CYP11B2的关系	发现ABCC3作为CYP11B2阴性ZG细胞的新标记物，为区分正常肾上腺分区和醛固酮生成病变提供了新的组织病理学工具	研究主要关注ABCC3在特定肾上腺病变中的表达模式，未涉及其在其他疾病或组织中的潜在作用	研究ABCC3在人肾上腺皮质中的表达和功能，特别是在原发性醛固酮增多症中的作用	人肾上腺皮质细胞、醛固酮生成腺瘤(APAs)、皮质醇生成腺瘤和非功能性腺瘤	分子生物学	原发性醛固酮增多症	空间转录组学、免疫荧光共定位	NA	mRNA/蛋白质表达数据	多种肾上腺腺瘤样本（APAs、皮质醇生成腺瘤、非功能性腺瘤）及相邻肾上腺皮质组织
2464	2025-05-08	Single-cell analysis reveals the implication of vascular endothelial cell-intrinsic ANGPT2 in human intracranial aneurysm 2025-May-06, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae186 PMID:39187926	research paper	通过单细胞RNA测序揭示血管内皮细胞内在的ANGPT2在人颅内动脉瘤中的意义	首次通过单细胞RNA测序全面分析颅内动脉瘤的细胞组成和血管内皮细胞的转录组变化，并发现ANGPT2在动脉瘤形成中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证	探索颅内动脉瘤的发病机制和潜在治疗靶点	人颅内动脉瘤和对照动脉组织	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq	zebrafish model	RNA sequencing data	43,462个细胞的转录组数据
2465	2025-05-08	Calbindin 2 as a Novel Biomarker and Therapeutic Target for Abdominal Aortic Aneurysm: Integrative Analysis of Human Proteomes and Genetics 2025-May-06, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.039195 PMID:40314374	研究论文	本研究通过整合人类蛋白质组和遗传学数据，发现CALB2作为腹主动脉瘤（AAA）的新型生物标志物和治疗靶点	首次将CALB2确定为AAA的因果效应蛋白，并通过多组学分析和实验验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，需要在人类临床试验中进一步验证	寻找AAA的新型生物标志物和治疗靶点以改善疾病管理	腹主动脉瘤（AAA）患者和小鼠模型	生物医学研究	腹主动脉瘤	蛋白质组范围孟德尔随机化、遗传相关性分析、共定位分析、RNA测序（bulk和单细胞/单核）、空间转录组学	载脂蛋白E缺陷小鼠模型	蛋白质组数据、遗传数据、转录组数据	未明确说明人类样本量，使用载脂蛋白E缺陷小鼠进行实验验证
2466	2025-05-08	The immunosuppressive role of VSIG4 in colorectal cancer and its interaction with the tumor microenvironment 2025-May-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02411-8 PMID:40317372	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了VSIG4在结直肠癌免疫微环境中的关键作用及其与肿瘤微环境的相互作用	首次证明VSIG4、CYBBC3AR1和FCGR1A在结直肠癌免疫微环境中起关键作用，特别是VSIG4在巨噬细胞活性和CD8+T细胞免疫耗竭中的免疫调节功能	未提及具体样本量限制或实验设计的潜在缺陷	探究结直肠癌免疫微环境中的关键基因及其作用机制	结直肠癌患者数据及巨噬细胞亚群	癌症免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、PCR、非负矩阵分解(NMF)、LASSO和随机森林模型	LASSO、随机森林	基因表达数据、单细胞转录组数据	TCGA-COAD数据集和GEO数据库中的结直肠癌患者数据（具体数量未说明）
2467	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing reveals a fibroblast gene signature that promotes T-cell infiltration in muscle-invasive bladder cancer 2025-May-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08094-9 PMID:40319103	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了促进T细胞浸润的成纤维细胞基因特征在肌层浸润性膀胱癌中的作用	发现了两种干扰素响应的成纤维细胞群在MIBC肿瘤微环境中的主导作用，并揭示了Tex细胞与CAFs之间的双向作用机制	样本量较小（19个组织样本来自12名患者）	探究肌层浸润性膀胱癌中肿瘤微环境的复杂相互作用机制	肌层浸润性膀胱癌患者的组织样本	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	19个组织样本（来自12名患者：7例MIBC，3例NMIBC，9例正常组织）
2468	2025-05-08	FMO2+ cancer-associated fibroblasts sensitize anti-PD-1 therapy in patients with hepatocellular carcinoma 2025-May-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011648 PMID:40316306	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和转录组分析，发现了一种特定的FMO2+癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群，能够提高肝细胞癌（HCC）患者对PD-1抑制剂的治疗反应	首次鉴定出FMO2+ CAF亚群，并揭示了其通过CCL19-CCR7轴促进三级淋巴结构形成和免疫细胞浸润的机制，为HCC免疫治疗提供了新的生物标志物和治疗策略	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床验证	探索肝细胞癌免疫治疗反应异质性的分子机制	肝细胞癌患者和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、时间飞行质谱流式细胞术	小鼠原位HCC模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	不同PD-1治疗反应的HCC患者样本和小鼠模型
2469	2025-05-08	Combination of HDAC inhibition and cytokine enhances therapeutic HPV vaccine therapy 2025-May-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011074 PMID:40316302	research paper	研究评估了HPV疫苗PDS0101与免疫细胞因子NHS-IL12及Entinostat或αPD-1联合治疗HPV16+癌症的疗效	首次将HPV疫苗PDS0101与NHS-IL12及Entinostat联合用于治疗HPV16+癌症，并展示了优于αPD-1组合的疗效	研究仅在αPD-1耐药的HPV16+癌症小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	开发针对HPV16相关恶性肿瘤的新型联合疗法	HPV16+癌症小鼠模型（TC-1和mEER肿瘤）	肿瘤免疫治疗	HPV相关恶性肿瘤	流式细胞术、多重免疫荧光、细胞因子评估、单细胞RNA测序（TCR富集）	NA	细胞表型数据、转录组数据	HPV16+癌症小鼠模型
2470	2025-05-08	Ibudilast Protects Retinal Bipolar Cells From Excitotoxic Retinal Damage and Activates the mTOR Pathway 2025-May, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24657 PMID:39916387	研究论文	研究伊布地司特在兴奋性毒性视网膜损伤模型中对视网膜神经元的保护作用及其激活mTOR通路的机制	首次发现伊布地司特通过抑制PDE和激活mTOR通路保护视网膜双极细胞，并揭示了双极细胞与Müller胶质细胞之间的旁分泌信号通路在神经保护中的作用	研究仅使用鸡的视网膜损伤模型，未在哺乳动物或人类中进行验证，且mTOR抑制剂雷帕霉素未能减少细胞死亡	探究伊布地司特对视网膜神经元的保护机制及其潜在临床应用价值	鸡视网膜神经元（特别是双极细胞）和Müller胶质细胞	神经保护	视网膜损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、光谱域光学相干断层扫描（SD-OCT）、视网膜电图	兴奋性毒性视网膜损伤模型	基因表达数据、影像数据、电生理数据	未明确说明样本数量，使用鸡视网膜模型
2471	2025-05-08	Integrating microbial GWAS and single-cell transcriptomics reveals associations between host cell populations and the gut microbiome 2025-May, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-01978-w PMID:40195537	研究论文	该研究通过整合微生物GWAS和单细胞转录组学，揭示了宿主细胞群与肠道微生物组之间的关联	开发了计算框架scBPS，首次系统地整合微生物GWAS和单细胞RNA测序数据，识别与肠道微生物相关的宿主组织和细胞类型	研究依赖于现有的GWAS和单细胞RNA测序数据，可能受限于数据的覆盖范围和深度	探索宿主遗传、肠道微生物组与特定细胞环境之间的联系	人类24个器官的微生物组和254种宿主细胞类型	计算生物学	NA	单细胞RNA测序、微生物GWAS	scBPS	单细胞RNA测序数据、GWAS数据	207种微生物分类群和254种宿主细胞类型
2472	2025-05-08	Tumor-infiltrating mast cells as potential chemoimmunotherapy enhancer in triple-negative breast cancer 2025-Apr-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011899 PMID:40306958	research paper	该研究探讨了肿瘤浸润性肥大细胞（TIMCs）在三阴性乳腺癌（TNBC）中的潜在免疫调节作用及其与化疗免疫疗法结合的潜力	揭示了TIMCs在TNBC肿瘤免疫微环境中的关键调节作用，并提出了TIMCs靶向治疗与化疗免疫疗法结合的新策略	研究主要基于小鼠和人类单细胞测序数据，临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	探索TNBC中TIMCs的免疫调节机制及其在化疗免疫疗法中的潜在增强作用	三阴性乳腺癌（TNBC）中的肿瘤浸润性肥大细胞（TIMCs）	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	整合了小鼠和人类的单细胞测序数据（具体样本数量未提及）
2473	2025-05-08	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Apr-28, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	本研究揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次发现并证实脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞对心肌梗死后伤口愈合的必要性和充分性	研究主要基于小鼠模型，人类数据有限	探究心肌梗死后伤口愈合的细胞机制	脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞和心肌梗死后心脏修复	心血管疾病研究	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞追踪、脾切除术、联体共生、细胞过继转移	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、RNA测序数据	小鼠模型和人类ST段抬高型心肌梗死患者
2474	2025-05-08	Investigative needle core biopsies support multimodal deep-data generation in glioblastoma 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58452-8 PMID:40295505	研究论文	本文探讨了在胶质母细胞瘤（GBM）中，通过常规立体定向针芯活检进行多组学分析的可行性和应用	展示了从常规立体定向针芯活检中生成深度数据的可能性，并进行了高分辨率的多组学分析，包括单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学等	研究样本量有限，且立体定向活检用于监测治疗反应的效用尚未明确	评估立体定向针芯活检在胶质母细胞瘤治疗反应监测中的可行性和数据生成能力	胶质母细胞瘤（GBM）患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、T细胞克隆型分析、MHC I类免疫肽组学	NA	多组学数据	未明确提及具体样本数量，但使用了标准活检组织
2475	2025-05-08	Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt5915 PMID:40279436	research paper	研究肥胖与骨关节炎（OA）严重程度和疼痛之间的关系，特别是脂肪分泌的瘦素和补体因子D的作用	揭示了脂肪分泌的瘦素通过调节补体因子D（adipsin）影响OA的结构和疼痛表型，证实了脂肪与关节之间的系统性交互作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究肥胖相关脂肪因子（特别是瘦素）在OA发病机制中的具体作用	脂肪分泌的瘦素和补体因子D，以及它们对OA严重程度和疼痛的影响	生物医学	骨关节炎	空间转录组学、全局无监督多组学分析	小鼠模型（脂肪营养不良小鼠）	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠实验模型
2476	2025-05-08	A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion 2025-Apr-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6314842/v1 PMID:40313763	研究论文	该研究通过多模态分析方法识别了允许肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）扩增的胶质瘤的空间和分子特征	整合了多种高通量技术（如单细胞RNA测序、空间蛋白质组学等）进行多模态分析，揭示了TIL扩增的基因组和空间决定因素	研究主要针对高级别胶质瘤，结果在其他免疫排斥性癌症中的普适性需要进一步验证	识别TIL扩增的基因组和空间决定因素，为基于T细胞的免疫治疗提供选择平台	高级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq、Xenium转录组学、CODEX空间蛋白质组学	NA	多组学数据（基因组、转录组、蛋白质组）	未明确提及具体样本数量，但涉及高级别胶质瘤的TIL生成与非生成肿瘤对比
2477	2025-05-08	Metabolic reprogramming through histone lactylation in microglia and macrophages recruits CD8+ T lymphocytes and aggravates spinal cord injury 2025-Apr-24, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.04.003 PMID:40328251	研究论文	本文研究了脊髓损伤（SCI）后小胶质细胞和巨噬细胞（IAMs）通过组蛋白乳酸化介导的代谢重编程招募CD8+ T淋巴细胞并加剧神经功能损伤的机制	揭示了糖酵解重编程通过组蛋白乳酸化增强Cxcl16转录的新机制，并提出了针对CXCL16-CXCR6轴的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和患者脑脊液样本，人类脊髓组织的直接证据有限	探究脊髓损伤后先天免疫与适应性免疫的相互作用机制	小胶质细胞、巨噬细胞、CD8+ T淋巴细胞	神经免疫学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	脊髓损伤患者脑脊液样本和损伤小鼠脊髓组织
2478	2025-05-08	Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics 2025-Apr-23, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103790 PMID:40272979	研究论文	本文提出了一种用于空间转录组学的新鲜冷冻大豆组织制备方案	针对植物组织在空间转录组学应用中的挑战，提出了一套完整的大豆组织制备流程	仅适用于大豆组织，未验证在其他植物组织上的适用性	解决植物组织在空间转录组学研究中的制备难题	新鲜冷冻的大豆组织	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
2479	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing of pig lung transplantation reveals macrophage ferroptosis in lung ischemia-reperfusion injury 2025-Apr-20, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.04.011 PMID:40262727	research paper	该研究通过猪肺移植模型的单细胞RNA测序，揭示了巨噬细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的作用	首次在大型动物模型中研究肺缺血再灌注损伤，并发现巨噬细胞铁死亡的关键作用	研究仅关注了早期再灌注损伤，未涉及长期预后	探索肺缺血再灌注损伤的病理机制	猪肺移植模型中的肺组织	digital pathology	lung cancer	single-cell RNA sequencing, transmission electron microscopy	orthotopic pig lung transplant model	RNA-seq data, microscopy images	猪肺移植模型的组织样本
2480	2025-05-08	Integrative analysis of bulk RNA and single-cell sequencing data reveals a liquid-liquid phase separation signature for clear cell renal cell carcinoma 2025-Apr-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149313 PMID:39921047	研究论文	本研究通过整合批量RNA和单细胞测序数据，揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的液-液相分离（LLPS）特征，并构建了一个预后和免疫治疗反应预测的签名	首次基于LLPS相关基因构建了ccRCC的预后和免疫治疗反应预测签名，并通过单细胞测序和体外实验验证了签名基因的表达及其对ccRCC细胞恶性生物学行为的影响	研究主要基于TCGA数据，可能需要更多独立数据集进行验证	建立透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的预后和免疫治疗反应预测签名	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者和细胞	数字病理学	肾癌	RNA测序，单细胞测序	Cox回归，LASSO算法	RNA测序数据，单细胞测序数据	TCGA数据集中的ccRCC样本