单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24741	2024-08-09	Single-cell RNA-seq data semi-supervised clustering and annotation via structural regularized domain adaptation 2021-05-05, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa908 PMID:33098418	研究论文	本文提出了一种基于结构正则化域适应的单细胞RNA测序数据半监督聚类和注释框架scSemiCluster	首次在单细胞领域同时使用深度判别聚类和深度生成聚类技术，无需显式域对齐和批次效应校正	NA	旨在解决大规模单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的劳动和资源成本问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度判别聚类和深度生成聚类	单细胞RNA测序数据	NA
24742	2024-08-09	Single-cell patterning and axis characterization in the murine and human definitive endoderm 2021-03, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-020-00426-0 PMID:33106598	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠和人类早期体节形成阶段的内胚层细胞，定义了四个主要内胚层区域及其发育路径。	本研究首次详细描述了人类内胚层前体的区域化模式，并揭示了背侧和腹侧胰腺前体从中间肠群落起源并沿不同路径发育为相同细胞类型的过程。	NA	理解呼吸和消化器官生成和再生的机制	小鼠和人类早期体节形成阶段的内胚层细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
24743	2024-08-09	Holistic characterization of single-hepatocyte transcriptome responses to high-fat diet 2021-02-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00391.2020 PMID:33103450	研究论文	本研究使用基于液滴的单细胞RNA测序技术，分析了在高脂饮食下，单个肝细胞的转录组变化，特别是在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的响应	首次详细描述了肝细胞在高脂饮食和NAFLD中的转录组变化，包括区域依赖性和非依赖性的效应	研究仅限于肝细胞，未涉及其他非实质细胞类型	探讨肝细胞在高脂饮食和NAFLD中的转录组响应	肝细胞在高脂饮食和NAFLD中的转录组变化	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	基于液滴的单细胞RNA测序（Drop-seq）	NA	转录组数据	多个肝细胞样本
24744	2024-08-09	CKS2 modulates cell-cycle progression of tongue squamous cell carcinoma cells partly via modulating the cellular distribution of DUTPase 2021-Feb, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1111/jop.13116 PMID:33107644	研究论文	本文探讨了CKS2基因在舌鳞状细胞癌中的表达及其对细胞周期进程的调控作用，特别是通过调节DUTPase的细胞分布。	首次研究了CKS2在舌鳞状细胞癌中的表达模式及其对疾病特异性生存和无进展生存的影响。	研究主要基于体外细胞模型和生物信息学分析，缺乏临床干预实验。	探究CKS2在舌鳞状细胞癌中的表达及其对细胞周期和患者生存的影响。	舌鳞状细胞癌组织和细胞。	数字病理学	口腔癌	bulk-seq, single-cell RNA-seq	NA	基因表达数据	舌鳞状细胞癌组织样本128例，正常组织样本13例。
24745	2024-08-09	Isolation of high-yield and -quality RNA from human precision-cut lung slices for RNA-sequencing and computational integration with larger patient cohorts 2021-02-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00401.2020 PMID:33112185	研究论文	本研究介绍了一种从人类精确切割肺切片中提取高质量RNA的新方法，适用于RNA测序和计算分析。	提出了一种从少量组织中提取高质量RNA的新方法，适用于疾病组织如特发性肺纤维化，并展示了其适用于RNA-seq分析和计算管道。	NA	开发一种从人类精确切割肺切片中提取高质量RNA的方法，以支持下一代测序技术在非偏倚和高通量分析中的应用。	人类精确切割肺切片中的高质量RNA提取。	数字病理学	肺疾病	RNA测序	NA	RNA	少量组织，包括疾病组织如特发性肺纤维化
24746	2024-08-09	Tumor Fibroblast-Derived FGF2 Regulates Expression of SPRY1 in Esophageal Tumor-Infiltrating T Cells and Plays a Role in T-cell Exhaustion 2020-12-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-1542 PMID:33093168	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现食管癌中的T细胞比以往认识的更为异质性，并揭示了肿瘤相关成纤维细胞衍生的FGF2通过调节SPRY1表达在CD8 T细胞功能障碍中的作用	首次报道了FGF2在食管癌中通过调节SPRY1表达影响CD8 T细胞功能障碍的分子机制	NA	探讨食管癌中T细胞功能障碍的分子机制	食管癌中的T细胞及肿瘤相关成纤维细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
24747	2024-08-09	Cell-Type Transcriptome Atlas of Human Aortic Valves Reveal Cell Heterogeneity and Endothelial to Mesenchymal Transition Involved in Calcific Aortic Valve Disease 2020-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314789 PMID:33086873	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了人类主动脉瓣的细胞类型转录组图谱，揭示了钙化性主动脉瓣疾病中的细胞异质性和内皮细胞向间充质细胞的转变	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了健康和钙化性主动脉瓣疾病中的细胞亚型，并发现了在疾病中特异表达的新型瓣膜衍生基质细胞	研究仅限于6个不同的人类主动脉瓣样本，样本量较小可能影响结果的普遍性	旨在构建健康和钙化性主动脉瓣疾病的人类主动脉瓣细胞图谱，以深入了解钙化性主动脉瓣疾病的细胞起源和复杂的细胞病理分化过程	人类主动脉瓣细胞在健康和钙化性主动脉瓣疾病中的异质性和分化过程	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	34,632个细胞来自6个不同的人类主动脉瓣叶
24748	2024-08-09	Single-cell analysis identified lung progenitor cells in COVID-19 patients 2020-Dec, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.12931 PMID:33094537	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液，揭示了肺祖细胞在严重SARS-CoV-2感染后肺修复中的作用	首次发现TM4SF1+和KRT5+肺祖细胞在严重COVID-19患者中的显著扩张，并证实这些祖细胞在肺泡细胞再生和上皮屏障重建中的关键作用	NA	旨在揭示严重SARS-CoV-2感染后肺修复的可能机制	COVID-19患者的肺祖细胞及其在肺修复中的作用	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本
24749	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals that CD9 Is a Negative Marker of Glucose-Responsive Pancreatic β-like Cells Derived from Human Pluripotent Stem Cells 2020-11-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2020.09.009 PMID:33096048	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，发现CD9是人类多能干细胞衍生的葡萄糖反应性胰腺β样细胞的负标记物	首次确定CD9作为人类多能干细胞衍生的葡萄糖反应性胰腺β样细胞的负标记物	NA	寻找并验证人类多能干细胞衍生的葡萄糖反应性胰腺β样细胞的特定细胞表面标记物	人类多能干细胞衍生的葡萄糖反应性胰腺β样细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
24750	2024-08-09	RNA editing in cancer impacts mRNA abundance in immune response pathways 2020-10-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02171-4 PMID:33106178	研究论文	本文通过综合分析上皮和间质肿瘤的RNA编辑特征，揭示了RNA编辑在癌症中的广泛差异及其对mRNA丰度的调控机制	发现了上皮和间质肿瘤间不同的编辑模式，并揭示了RNA编辑通过调控mRNA丰度影响免疫反应途径的新机制	主要集中在非编码区域的肿瘤相关位点的功能相关性仍未知	研究RNA编辑在癌症中的作用及其对免疫反应途径的影响	上皮和间质肿瘤的RNA编辑特征	数字病理学	NA	TCGA数据分析, 单细胞RNA测序, ADAR扰动实验	NA	RNA序列	涉及七种癌症类型的数据
24751	2024-08-09	Spatial Transcriptomics Reveals Genes Associated with Dysregulated Mitochondrial Functions and Stress Signaling in Alzheimer Disease 2020-Oct-23, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101556 PMID:33083725	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，揭示了与阿尔茨海默病中失调的线粒体功能和应激信号相关的基因	首次在阿尔茨海默病的小鼠模型中，通过空间转录组学技术识别出在海马体和嗅球中空间下调的基因Bok，该基因与线粒体生理和细胞死亡相关	NA	旨在同时发现海马体和嗅球结构层中可能与阿尔茨海默病早期海马体突触缺陷和嗅觉功能障碍相关的新的和已知的分子靶点	阿尔茨海默病小鼠模型的海马体和嗅球	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠和人类阿尔茨海默病脑组织
24752	2024-08-09	Neural crest lineage analysis: from past to future trajectory 2020-10-23, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.193193 PMID:33097550	综述	本文从历史角度回顾了神经嵴细胞谱系追踪的主要发现，并讨论了先进技术如何改进谱系追踪研究以及如何应用于多能性问题	结合新兴的分子和成像工具，如单细胞转录组学、单分子荧光杂交和高分辨率成像，扩展了神经嵴细胞谱系研究的范畴，超越了发育阶段，涵盖了再生和癌症起始	NA	回顾神经嵴细胞谱系追踪的历史发展，并探讨新技术如何推动该领域的研究	神经嵴细胞的谱系追踪及其在发育、再生和癌症起始中的应用	NA	NA	单细胞转录组学、单分子荧光杂交、高分辨率成像	NA	NA	NA
24753	2024-08-09	A distinct GM-CSF+ T helper cell subset requires T-bet to adopt a TH1 phenotype and promote neuroinflammation 2020-Oct-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aba9953 PMID:33097590	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和高维单细胞质谱流式技术，鉴定了健康个体血液中包括GM-CSF产生细胞在内的八种抗原经验性CD45RACD4 T细胞群体，并研究了这些细胞在实验性自身免疫性脑脊髓炎模型中的作用。	首次详细研究了GM-CSF产生T细胞的身份，并发现这些细胞在自身免疫性脑脊髓炎模型中通过T-bet表达增强其致脑炎性。	NA	探讨GM-CSF产生T细胞在自身免疫性疾病中的作用及其分子机制。	GM-CSF产生T细胞及其在实验性自身免疫性脑脊髓炎中的作用。	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序，高维单细胞质谱流式技术	NA	细胞数据	健康个体血液样本及实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠模型
24754	2024-08-09	Gene expression and functional deficits underlie TREM2-knockout microglia responses in human models of Alzheimer's disease 2020-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-19227-5 PMID:33097708	研究论文	研究通过CRISPR-modified TREM2-knockout iPSC分化的人类小胶质细胞，探讨TREM2在阿尔茨海默病中的作用	首次结合转录组学和功能分析，以及在阿尔茨海默病小鼠模型中研究TREM2缺失对人类小胶质细胞的影响	NA	探究TREM2在人类小胶质细胞中的正常和疾病相关功能	TREM2敲除的人类小胶质细胞及其在阿尔茨海默病中的作用	数字病理学	阿尔茨海默病	CRISPR, 单细胞测序	NA	转录组数据	使用CRISPR-modified TREM2-knockout iPSC分化的小胶质细胞
24755	2024-08-09	Characterization of rare spindle and root cell transcriptional profiles in the stria vascularis of the adult mouse cochlea 2020-10-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-75238-8 PMID:33093630	研究论文	本研究通过单核RNA测序技术，分析了成年小鼠耳蜗血管纹中稀有细胞类型（如纺锤细胞和根细胞）的转录组特征	首次详细描述了成年小鼠耳蜗血管纹中稀有细胞类型的转录组特征，并鉴定了这些细胞的新型特异性标记物	研究主要集中在成年小鼠耳蜗血管纹的稀有细胞类型，未涉及其他细胞类型或不同发育阶段的细胞	探讨耳蜗血管纹稀有细胞类型的转录组特征及其在听力维持中的功能作用	成年小鼠耳蜗血管纹中的稀有细胞类型，包括纺锤细胞和根细胞	数字病理学	听力损失	单核RNA测序	NA	转录组数据	成年小鼠耳蜗血管纹样本
24756	2024-08-09	Identification of a dysfunctional microglial population in human Alzheimer's disease cortex using novel single-cell histology image analysis 2020-10-20, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-020-01047-9 PMID:33081847	research paper	本研究通过新型单细胞组织学图像分析，鉴定了阿尔茨海默病（AD）患者大脑皮层中功能障碍的微胶质细胞群体	首次在人类脑组织中通过解剖学上下文验证了与AD病理相关的微胶质细胞群体，并使用高吞吐量的免疫组织化学数据支持了微胶质功能障碍假说	NA	鉴定和验证阿尔茨海默病中与病理相关的微胶质细胞群体	阿尔茨海默病患者的大脑皮层微胶质细胞	digital pathology	阿尔茨海默病	荧光免疫组织化学	NA	image	正常组和AD组各8个中间颞回样本
24757	2024-08-09	Deep immunophenotyping at the single-cell level identifies a combination of anti-IL-17 and checkpoint blockade as an effective treatment in a preclinical model of data-guided personalized immunotherapy 2020-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2020-001358 PMID:33093158	研究论文	本文通过深度免疫表型分析，识别出在一种临床前模型中，抗IL-17和免疫检查点阻断联合治疗的有效性	开发了一种垂直流阵列芯片（VFAC）用于靶向单细胞RNA测序，以识别T细胞的独特亚型，并发现IL-17产生细胞在肿瘤微环境中的作用	研究仅限于临床前模型，需要进一步的临床试验验证	验证个性化免疫治疗策略的可行性，通过深度免疫表型分析指导治疗	胃癌细胞系YTN2和YTN16在C57BL/6小鼠中的免疫反应	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），流式细胞术	NA	RNA	使用YTN2和YTN16胃癌细胞系在C57BL/6小鼠中进行实验
24758	2024-08-09	Iterative point set registration for aligning scRNA-seq data 2020-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007939 PMID:33108369	研究论文	本文开发了一种名为Single Cell Iterative Point set Registration (SCIPR)的方法，用于对齐和整合来自不同技术和平台的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据	SCIPR方法能够使用原始表达空间进行对齐，并能推广到新的数据，这是现有方法所未能实现的	NA	开发一种新的方法来对齐和整合不同来源的scRNA-Seq数据	scRNA-Seq数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	多个scRNA-Seq数据集
24759	2024-08-09	Single-Cell Isolation from Regenerating Murine Muscles for RNA-Sequencing Analysis 2020-09-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2020.100051 PMID:33111097	研究论文	本文介绍了一种使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）无偏评估再生小鼠骨骼肌的完整协议	该协议专注于从肌肉中分离单核细胞进行后续的scRNA-seq分析，并可修改以评估其他感兴趣组织的细胞群	NA	开发一种用于无偏评估再生小鼠骨骼肌的scRNA-seq分析方法	再生小鼠骨骼肌中的单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	数千个细胞
24760	2024-08-09	Protocol for Identification and Removal of Doublets with DoubletDecon 2020-09-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2020.100085 PMID:33111118	研究论文	本文介绍了使用DoubletDecon工具识别和移除单细胞RNA测序数据中的多重捕获（doublets）的方法	开发了DoubletDecon工具，通过解卷积和独特基因表达分析来识别和移除doublets	NA	解决单细胞RNA测序数据中多重捕获对细胞群体和标记基因识别的干扰问题	单细胞RNA测序数据中的多重捕获	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA