单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27585 篇文献，本页显示第 24721 - 24740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24721 | 2024-08-09 |
Deconvolution of monocyte responses in inflammatory bowel disease reveals an IL-1 cytokine network that regulates IL-23 in genetic and acquired IL-10 resistance
2021-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2020-321731
PMID:33037057
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研究论文 | 研究炎症性肠病中IL-23表达的调控机制，并探讨其在个性化治疗中的应用 | 识别了IL-10和IL-1作为单核细胞IL-23产生的关键调节因子，并区分了稳态和超炎症相关的IL-23产生 | NA | 探讨IL-23在炎症性肠病中的调控机制，为个性化治疗提供依据 | 人类单核细胞和外周血单核细胞中的IL-23表达 | NA | 炎症性肠病 | 转录组分析，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 健康个体和炎症性肠病患者的单核细胞样本 |
| 24722 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-seq of Human Myeloid-Derived Suppressor Cells in Late Sepsis Reveals Multiple Subsets With Unique Transcriptional Responses: A Pilot Study
2021-05-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000001671
PMID:33021571
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了晚期脓毒症患者中的髓源抑制细胞（MDSCs）的转录组特征 | 首次揭示了晚期脓毒症中MDSCs的多个亚群及其独特的转录反应 | 研究样本量较小，仅为两名晚期脓毒症患者和两名对照受试者 | 探究晚期脓毒症中髓源抑制细胞的转录组特征及其在免疫抑制中的作用 | 晚期脓毒症患者的髓源抑制细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 两名晚期脓毒症患者和两名对照受试者的血液样本 |
| 24723 | 2024-08-09 |
Ensemble learning models that predict surface protein abundance from single-cell multimodal omics data
2021-05, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2020.10.001
PMID:33039573
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研究论文 | 本文比较了几种基于树的集成学习方法与神经网络模型，发现集成学习通常优于神经网络，特别是随机森林（RF）表现最佳 | 首次系统比较了集成学习方法与神经网络在预测单细胞多模态组学数据中表面蛋白丰度的效果，并发现集成学习方法更为有效 | 文章未明确提及具体的局限性 | 探索并改进从单细胞多模态组学数据中预测蛋白质丰度的机器学习模型性能 | 单细胞多模态组学数据中的RNA和蛋白质丰度 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 集成学习模型，随机森林（RF） | 单细胞多模态组学数据 | 未具体说明样本数量 |
| 24724 | 2024-08-09 |
STARCH: copy number and clone inference from spatial transcriptomics data
2021-03-09, Physical biology
IF:2.0Q3
DOI:10.1088/1478-3975/abbe99
PMID:33022659
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STARCH的新方法，用于从空间转录组数据中推断拷贝数变异和克隆信息 | STARCH方法利用肿瘤中相邻细胞可能共享相似拷贝数变异的观察结果，克服了从RNA测序数据中推断拷贝数变异的挑战 | NA | 开发一种新的方法来从空间转录组数据中推断肿瘤细胞的拷贝数变异 | 肿瘤细胞的拷贝数变异和克隆信息 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | 每个点包含少量细胞的网格 |
| 24725 | 2024-08-09 |
The mononuclear phagocyte system contributes to fibrosis in post-transplant obliterans bronchiolitis
2021-03, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00344-2020
PMID:33033147
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research paper | 本研究使用谱系追踪工具追踪或清除异位气管移植模型中潜在的肌成纤维细胞来源，以识别移植后气道纤维闭塞的间充质细胞前体 | 发现受体来源的髓系祖细胞是同种异体移植后气道浸润的间充质细胞的临床相关来源，并提出针对单核吞噬细胞系统的治疗可能改善肺移植后的长期结果 | NA | 识别移植后气道纤维闭塞的间充质细胞前体 | 肌成纤维细胞的来源及其在移植后纤维化过程中的作用 | NA | 肺移植后闭塞性细支气管炎综合征 | 谱系追踪、组织学分析、共聚焦显微镜、流式细胞术、单细胞转录组分析 | NA | 组织样本 | NA |
| 24726 | 2024-08-09 |
Transcriptional heterogeneity of clonal plasma cells and immune evasion in immunoglobulin light chain amyloidosis
2021-Feb, International journal of hematology
IF:1.7Q3
DOI:10.1007/s12185-020-03016-3
PMID:33040275
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据分析了免疫球蛋白轻链淀粉样变性（AL淀粉样变性）患者的浆细胞（PCs）的转录异质性和免疫逃避机制 | 发现了AL淀粉样变性患者克隆浆细胞中MHC I类分子的过度表达和自然杀伤（NK）细胞频率的显著降低 | 研究样本量较小，仅包括四名AL淀粉样变性患者、一名治疗后的AL患者和六名健康对照 | 探讨AL淀粉样变性患者浆细胞的转录异质性和免疫逃避机制 | AL淀粉样变性患者的浆细胞和免疫系统 | 数字病理学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 四名AL淀粉样变性患者、一名治疗后的AL患者和六名健康对照 |
| 24727 | 2024-08-09 |
Defining circulating mononuclear cells in heart failure through single-cell RNA sequencing: new insights for an old disease
2021-01-21, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaa156
PMID:33049776
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24728 | 2024-08-09 |
Integrated bulk and single-cell RNA-sequencing identified disease-relevant monocytes and a gene network module underlying systemic sclerosis
2021-01, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2020.102547
PMID:33039247
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研究论文 | 本研究通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，识别了与系统性硬化症（SSc）相关的单核细胞群和一个基因网络模块 | 首次通过综合批量和单细胞RNA测序分析，揭示了与SSc病理生理相关的炎症基因模块和单核细胞群 | 研究样本仅限于日本SSc患者，可能限制了结果的普遍性 | 评估系统性硬化症中免疫细胞亚群的转录组扰动，并鉴定与疾病相关的基因网络模块和免疫细胞簇 | 系统性硬化症患者和健康对照者的免疫细胞亚群 | 数字病理学 | 系统性硬化症 | RNA测序 | 随机森林分析 | RNA | 21名系统性硬化症患者和13名年龄性别匹配的健康对照者 |
| 24729 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics of Abedinium Reveals a New Early-Branching Dinoflagellate Lineage
2020-12-06, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaa196
PMID:33045041
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，研究了Abedinium属的两个细胞，揭示了其作为早期分支甲藻的一个新谱系 | 首次通过转录组分析将Abedinium定位为一个独立的谱系，并发现了其隐秘的质体和线粒体基因组的新特征 | 研究样本数量较少，且细胞采集自深海环境，可能影响分析结果的普遍性 | 解析甲藻的进化起源及其细胞特征的祖先状态和早期中间体 | Abedinium属的两个细胞及其转录组 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 两个细胞 |
| 24730 | 2024-08-09 |
SIMPLEs: a single-cell RNA sequencing imputation strategy preserving gene modules and cell clusters variation
2020-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa077
PMID:33029585
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研究论文 | 本文提出了一种名为SIMPLEs的单细胞RNA测序填补策略，该策略能够保留基因模块和细胞集群的变异 | SIMPLEs方法通过迭代识别相关基因模块和细胞集群，并为每个基因模块和细胞类型定制填补缺失值，同时量化填补和细胞聚类的置信度 | NA | 旨在减少单细胞RNA测序数据中的技术变异，同时保留细胞异质性 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 统计模型 | 基因表达数据 | 多个真实数据集 |
| 24731 | 2024-08-09 |
Downregulation of M Current Is Coupled to Membrane Excitability in Sympathetic Neurons Before the Onset of Hypertension
2020-12, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 研究了在高血压前期自发性高血压大鼠的星状神经节神经元中，M电流下调与膜兴奋性之间的关系，并探讨了其电生理表型和分子机制。 | 首次揭示了M电流抑制在星状神经节神经元异常兴奋性中的作用，并验证了关键离子通道转录本在人类星状神经节中的表达保守性。 | 文章未详细说明研究的局限性。 | 探讨星状神经节神经元在疾病早期阶段的异常活动及其生物物理特性。 | 自发性高血压大鼠的星状神经节神经元。 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、分子生物学、穿孔膜片钳技术 | NA | 电生理数据 | 未具体说明样本数量 |
| 24732 | 2024-08-09 |
Transcriptome dynamics of CD4+ T cells during malaria maps gradual transit from effector to memory
2020-12, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-020-0800-8
PMID:33046889
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和计算模型，研究了CD4+ T细胞在疟疾感染和治疗期间的记忆发展动态。 | 首次在全基因组尺度上探讨了CD4 T细胞记忆发展的动态过程，并揭示了抗疟药物对这一过程的调节作用。 | 研究主要集中在疟疾流行区域的CD4+ T细胞，可能不完全适用于其他疾病或非流行区域。 | 探讨CD4+ T细胞在疟疾感染和治疗期间的记忆发展动态及其与抗疟药物的关系。 | CD4+ T细胞在疟疾感染和治疗期间的记忆发展。 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | 计算模型 | 基因表达数据 | 多个CD4+ T细胞样本 |
| 24733 | 2024-08-09 |
Microglia-organized scar-free spinal cord repair in neonatal mice
2020-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2795-6
PMID:33029008
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研究论文 | 本文研究了新生小鼠脊髓损伤后的无瘢痕修复过程，并探讨了小胶质细胞在此过程中的关键作用 | 首次揭示了新生小鼠脊髓损伤后无瘢痕修复的细胞和分子机制，并提出了促进成年哺乳动物神经系统无瘢痕愈合的策略 | NA | 探讨新生小鼠脊髓损伤后的无瘢痕修复机制及小胶质细胞的作用 | 新生小鼠的脊髓损伤及小胶质细胞的功能 | NA | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 新生小鼠及成年小鼠的脊髓组织 |
| 24734 | 2024-08-09 |
Jointly defining cell types from multiple single-cell datasets using LIGER
2020-11, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-020-0391-8
PMID:33046898
|
研究论文 | 本文提供了一个使用LIGER方法联合定义多个单细胞数据集中的细胞类型的详细协议 | 开发了LIGER方法，通过整合非负矩阵分解技术，解决了从多种协议、生物背景和数据模式中整合单细胞数据集的关键挑战 | NA | 实现通过基因表达和表观基因组状态无偏见地定义细胞类型 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | 取决于数据集大小 |
| 24735 | 2024-08-09 |
Correction to: Prioritizing Candidates of Post-Myocardial Infarction Heart Failure Using Plasma Proteomics and Single-Cell Transcriptomics
2020-Oct-13, Circulation
IF:35.5Q1
DOI:10.1161/CIR.0000000000000926
PMID:33044854
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24736 | 2024-08-09 |
Assessment of long non-coding RNA expression reveals novel mediators of the lung tumour immune response
2020-10-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-73787-6
PMID:33037279
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研究论文 | 本文通过分析长非编码RNA（lncRNA）在肺腺癌（LUAD）肿瘤中的表达，揭示了lncRNA在肿瘤免疫微环境中的作用及其对免疫治疗的影响 | 发现lncRNA表达模式与免疫相关蛋白质编码基因之间的调控关系，并提供了lncRNA在抗肿瘤免疫活性中的功能性证据 | NA | 探索肺肿瘤免疫微环境中lncRNA的作用，以指导免疫治疗方案并发现新的干预点 | 肺腺癌肿瘤中的lncRNA表达及其与免疫细胞的关系 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 包括微切割和非微切割样本（BCCRC和TCGA）以及单细胞RNA测序数据 |
| 24737 | 2024-08-09 |
Single-cell and spatial transcriptomics enables probabilistic inference of cell type topography
2020-10-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-01247-y
PMID:33037292
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研究论文 | 本文介绍了一种基于模型的概率方法，利用单细胞数据解析空间转录组数据中的细胞混合物 | 提出了一种新的模型，能够利用单细胞转录组数据解析空间转录组数据中的细胞混合物 | NA | 将基因表达置于上下文中，并描绘组织内细胞类型的空间排列 | 小鼠大脑和发育心脏的细胞类型空间分布 | 空间转录组学 | NA | 单细胞和空间转录组学 | 概率模型 | 转录组数据 | 小鼠大脑和发育心脏的数据 |
| 24738 | 2024-08-09 |
A gene expression signature of TREM2hi macrophages and γδ T cells predicts immunotherapy response
2020-10-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18546-x
PMID:33033253
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研究论文 | 本研究通过重新分析公开的黑色素瘤患者单细胞RNA测序数据，识别出TREM2高表达的巨噬细胞和γδ T细胞亚群，这些亚群在非响应肿瘤中过度表达，并开发了一种免疫细胞特征（ImmuneCells.Sig）来预测免疫疗法的反应 | 首次识别出TREM2高表达的巨噬细胞和γδ T细胞亚群在非响应肿瘤中的过度表达，并开发了一种新的免疫细胞特征来预测免疫疗法的反应 | 研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，可能存在数据质量和样本多样性的限制 | 识别影响免疫检查点疗法抵抗的因素，并开发预测免疫疗法反应的生物标志物 | 黑色素瘤患者的免疫细胞亚群及其对免疫疗法的反应 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 公开的黑色素瘤患者样本 |
| 24739 | 2024-08-09 |
Impact of data preprocessing on cell-type clustering based on single-cell RNA-seq data
2020-Oct-07, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03797-8
PMID:33028196
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研究论文 | 本文探讨了数据预处理方法对基于单细胞RNA测序数据的细胞类型聚类的影响，并设计了一种图基算法SC3-e来选择最佳的数据预处理方法，以提高SC3聚类算法的性能。 | 本文创新性地设计了SC3-e算法，用于为SC3聚类算法选择最佳的数据预处理方法，从而显著提高了聚类性能。 | NA | 研究不同数据预处理方法对单细胞RNA测序数据聚类算法的影响，并开发一种新的算法来优化这一过程。 | 单细胞RNA测序数据及其在细胞类型聚类中的应用。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图基算法 | 基因表达数据 | 八个常用的单细胞RNA测序数据集 |
| 24740 | 2024-08-09 |
Mesenchymal stem cells alleviate LPS-induced acute lung injury by inhibiting the proinflammatory function of Ly6C+ CD8+ T cells
2020-10-06, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-020-03036-1
PMID:33024074
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研究论文 | 本研究探讨了间充质干细胞（MSCs）通过抑制Ly6C+ CD8+ T细胞的促炎功能，减轻脂多糖（LPS）诱导的小鼠急性肺损伤（ALI）的效果 | 首次揭示了MSCs通过抑制Ly6C+ CD8+ T细胞的浸润和促炎功能，减轻ALI的作用机制 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证 | 研究MSCs在治疗急性肺损伤中的作用及其机制 | 急性肺损伤小鼠模型及Ly6C+ CD8+ T细胞 | 免疫学 | 急性肺损伤 | 质谱细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞，蛋白质，细胞因子，趋化因子 | 小鼠模型 |