单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27151 篇文献，本页显示第 24661 - 24680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24661 | 2024-08-09 |
Comparison of Scanpy-based algorithms to remove the batch effect from single-cell RNA-seq data
2020-Jul-06, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-020-00041-9
PMID:32632608
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研究论文 | 本文比较了四种基于Scanpy的批量校正方法在两个大型单细胞RNA测序数据集上的优势和局限性 | 本文量化评估了批量校正性能和效率，并在算法层面讨论了评估方法之间的性能差异 | NA | 研究如何选择最佳的整合方法来去除批量效应 | 四种常用的基于Scanpy的批量校正方法 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据 | 两个大型单细胞RNA测序数据集 |
| 24662 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomic Analyses of the Developing Meninges Reveal Meningeal Fibroblast Diversity and Function
2020-07-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.06.009
PMID:32634398
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术分析了发育中的脑膜，揭示了脑膜成纤维细胞的多样性和功能 | 首次报道了胚胎期硬脑膜、蛛网膜和软脑膜中成纤维细胞的不同转录特征，并定义了新的脑膜层标志物 | NA | 研究脑膜成纤维细胞的异质性和发育机制 | 脑膜成纤维细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 24663 | 2024-08-09 |
The Impact of Single-Cell Genomics on Adipose Tissue Research
2020-Jul-05, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21134773
PMID:32635651
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在脂肪细胞生物学以及肥胖和糖尿病研究中的应用 | 结合纳米技术、分子生物学和信息学的独特调查能力，扩展了对脂肪组织组成和功能特化方面的理解 | NA | 总结scRNA-seq和snRNA-seq在脂肪细胞生物学中的应用，并推广其在肥胖和糖尿病研究中的使用 | 脂肪组织及其在代谢疾病中的作用 | 基因组学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 24664 | 2024-08-09 |
How far is single-cell sequencing from clinical application?
2020-Jul, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.117
PMID:32623809
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24665 | 2024-08-09 |
Simple Method to Quantify Protein Abundances from 1000 Cells
2020-Jun-30, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.0c01191
PMID:32637829
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研究论文 | 本文介绍了一种从最少1000个哺乳动物干细胞中定量蛋白质表达水平的方法 | 该方法整合并优化了多项近期进展，使用化学肽标记，无需特定设备，能高重复性地定量超过2500种蛋白质 | NA | 开发一种从少量细胞中定量蛋白质表达水平的方法 | 哺乳动物干细胞和体外分化的运动神经元 | 蛋白质组学 | NA | 化学肽标记 | NA | 蛋白质数据 | 最少1000个细胞 |
| 24666 | 2024-08-09 |
Simulation, power evaluation and sample size recommendation for single-cell RNA-seq
2020-12-08, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa607
PMID:32614380
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研究论文 | 本文提出了一种基于模拟的方法POWSC，用于单细胞RNA测序差异表达分析的功率评估和样本量推荐 | POWSC方法在捕捉真实数据集的关键特征方面优于其他两种先进的模拟器，并提供了多种功率评估，包括分层和边际功率分析 | NA | 确定高吞吐量实验设计阶段中检测统计显著性所需样本量的关键步骤 | 单细胞RNA测序中的样本量计算 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 表达数据 | NA |
| 24667 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing reveals novel mechanisms of Aflatoxin B1-induced hepatotoxicity in S phase-arrested L02 cells
2020-12, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-020-09547-z
PMID:32607778
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和单细胞简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）技术，探讨了黄曲霉素B1（AFB1）在S期停滞的L02细胞中诱导肝毒性的机制 | 本研究揭示了AFB1通过调节促性腺激素释放激素受体途径、Wnt信号通路和TGF-beta信号通路中的DNA甲基化作用，诱导S期停滞的L02细胞肝毒性的新机制 | NA | 研究AFB1在S期停滞的L02细胞中诱导肝毒性的机制 | S期停滞的L02细胞 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序，单细胞简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS） | NA | RNA，DNA | NA |
| 24668 | 2024-08-09 |
GPress: a framework for querying general feature format (GFF) files and expression files in a compressed form
2020-09-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa604
PMID:32609343
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研究论文 | 本文提出了一种名为GPress的框架，用于以压缩形式查询GFF文件和表达文件 | GPress框架能够显著减少存储空间，同时支持对GFF文件和表达文件的快速查询 | NA | 开发一种新的框架以优化GFF文件和表达文件的存储和查询效率 | GFF文件和表达文件的压缩与查询 | 生物信息学 | NA | GFF, GTF, GFF3, BSC压缩算法 | NA | 序列数据 | 涉及多种生物的GFF文件和表达文件 |
| 24669 | 2024-08-09 |
CD81 Controls Beige Fat Progenitor Cell Growth and Energy Balance via FAK Signaling
2020-08-06, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.06.021
PMID:32615086
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序技术，发现并验证了CD81在调控米色脂肪祖细胞增殖和能量平衡中的关键作用 | 首次揭示了CD81作为米色脂肪祖细胞的标记物，并发现其在冷暴露后新生米色脂肪生物发生中的必要性 | 研究主要集中在CD81的功能验证上，对于其具体分子机制和调控网络的深入解析尚需进一步研究 | 探讨米色脂肪祖细胞的发育起源及其调控途径 | 米色脂肪祖细胞及其相关蛋白CD81 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 24670 | 2024-08-09 |
Global Dynamic Molecular Profiling of Stomatal Lineage Cell Development by Single-Cell RNA Sequencing
2020-08-03, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2020.06.010
PMID:32592820
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术对5天龄拟南芥幼苗子叶中的12,844个单个细胞进行分析，全面描述了气孔系细胞发育的分子动态过程 | 首次基于单细胞转录组分析全面描述了气孔系细胞发育的生物学过程，并揭示了调控从分生组织母细胞到保卫细胞母细胞发育的转录网络 | NA | 理解气孔系细胞发育过程中新鉴定标记基因的调控作用 | 气孔系细胞发育 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 12,844个单个细胞 |
| 24671 | 2024-08-09 |
Application of single-cell RNA sequencing on human skin: Technical evolution and challenges
2020-Aug, Journal of dermatological science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jdermsci.2020.06.002
PMID:32593488
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研究论文 | 本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类皮肤研究中的应用及其技术进步和挑战 | scRNA-seq技术能够以单细胞分辨率进行基因表达分析，并识别细胞异质性，从而深化了对皮肤生物学多个方面的理解 | 由于单个细胞中可检测到的mRNA数量较少以及样本准备过程中转录组的变化，scRNA-seq数据通常非常嘈杂，且样本准备和生物信息学分析方法的不标准化阻碍了可靠的跨研究比较 | 探讨scRNA-seq在皮肤学研究中的优势和技术挑战 | 人类皮肤细胞的基因表达和细胞异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 24672 | 2024-08-09 |
The ACE2 expression in Sertoli cells and germ cells may cause male reproductive disorder after SARS-CoV-2 infection
2020-08, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.15541
PMID:32594644
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研究论文 | 研究分析了单细胞RNA测序数据，探讨了SARS-CoV-2感染后ACE2在睾丸细胞中的表达及其对男性生殖障碍的可能影响 | 首次分析了ACE2在人类睾丸细胞中的表达，并探讨了其与男性生殖障碍的关系 | NA | 探讨SARS-CoV-2感染后ACE2在睾丸细胞中的表达及其对男性生殖功能的影响 | 人类睾丸细胞中的ACE2表达 | NA | 男性生殖障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成年人类睾丸细胞 |
| 24673 | 2024-08-09 |
The Contribution of lincRNAs at the Interface between Cell Cycle Regulation and Cell State Maintenance
2020-Jul-24, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101291
PMID:32619701
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研究论文 | 研究探讨长非编码RNA（lincRNAs）在胚胎干细胞周期适应中的作用 | 发现与细胞周期调控相关的lincRNAs（CC-lincRNAs）在胚胎干细胞周期适应中的新作用 | 仅测试了两个CC-lincRNA候选基因，可能存在其他未测试的lincRNAs的影响 | 探究lincRNAs在细胞周期调控和细胞状态维持中的贡献 | 胚胎干细胞的细胞周期适应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 小鼠胚胎干细胞（mESCs）在G1、S和G2/M阶段的样本 |
| 24674 | 2024-08-09 |
Single-cell ATAC-seq signal extraction and enhancement with SCATE
2020-07-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02075-3
PMID:32620137
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研究论文 | 本文介绍了一种新的统计框架SCATE，用于提高单细胞ATAC-seq数据中个体顺式调控元件（CREs）活性估计的准确性 | SCATE框架能够自适应地整合来自共同激活的CREs、相似细胞和公开可用的调控组数据的信息，从而显著提高个体CREs活性估计的准确性 | NA | 旨在提高单细胞ATAC-seq数据分析的准确性 | 单细胞ATAC-seq数据中的顺式调控元件（CREs）活性 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序（scATAC-seq） | 统计框架 | 单细胞数据 | NA |
| 24675 | 2024-08-09 |
Cell-by-Cell Deconstruction of Stem Cell Niches
2020-07-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.06.013
PMID:32619515
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综述 | 本文综述了利用单细胞测序技术对干细胞微环境的细胞和转录组构成进行高分辨率分析的研究，并讨论了这些分析如何从根本上推进我们对微环境因素如何塑造干细胞生物学和活性的理解。 | 利用单细胞测序技术对干细胞微环境进行高分辨率分析，深入探讨了干细胞与微环境之间的相互作用及其在病理状态下的失调机制。 | NA | 深入理解干细胞微环境的构成及其在病理状态下的失调机制，以促进更有效的治疗策略的开发。 | 干细胞及其微环境的细胞和转录组构成。 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 24676 | 2024-08-09 |
RainDrop: Rapid activation matrix computation for droplet-based single-cell RNA-seq reads
2020-Jul-01, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03593-4
PMID:32611394
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RainDrop的软件工具，用于快速处理基于液滴的单细胞RNA测序数据，生成基因-细胞计数矩阵 | RainDrop在处理大规模单细胞RNA测序数据时，相比现有的Cell Ranger和Alevin工具，具有显著的加速效果 | NA | 开发高效的软件工具以处理大规模单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 约8000个细胞，7.84亿条读取序列 |
| 24677 | 2024-08-09 |
Flexible experimental designs for valid single-cell RNA-sequencing experiments allowing batch effects correction
2020-07-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-16905-2
PMID:32612268
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研究论文 | 本文通过数学证明，在两种更灵活且现实的设计——参考面板设计和链式设计下，单细胞RNA测序实验中的真实生物变异可以从批次效应中分离出来。 | 开发了Batch effects correction with Unknown Subtypes for scRNA-seq data (BUSseq)，这是一个遵循scRNA-seq实验数据生成机制的可解释贝叶斯分层模型，能够同时校正批次效应、聚类细胞类型、填补由丢弃事件引起的缺失数据，并检测差异表达基因，无需预先的归一化步骤。 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序实验中的批次效应和丢弃事件问题。 | 单细胞RNA测序实验中的批次效应和丢弃事件。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 贝叶斯分层模型 | RNA测序数据 | NA |
| 24678 | 2024-08-09 |
Breathing fresh air into respiratory research with single-cell RNA sequencing
2020-Jun-30, European respiratory review : an official journal of the European Respiratory Society
IF:9.0Q1
DOI:10.1183/16000617.0060-2020
PMID:32620586
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在呼吸研究中的应用及其对呼吸生物学从发育到疾病的深入理解 | scRNA-seq技术能够保留细胞异质性信息，为呼吸研究提供了无偏见的转录组调查 | NA | 探讨scRNA-seq技术在呼吸研究中的应用及未来发展方向 | 呼吸系统的细胞异质性及其在疾病中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 24679 | 2024-08-09 |
Coverage-dependent bias creates the appearance of binary splicing in single cells
2020-06-29, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.54603
PMID:32597758
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序中选择性剪接呈现二态性模式的现象，并揭示这一现象主要由技术限制引起 | 通过模拟和分析人类及小鼠的单细胞RNA-seq数据，揭示了低基因表达和低捕获效率如何扭曲观察到的isoform分布，从而产生二元剪接结果的假象 | 主要关注技术限制对单细胞RNA测序结果的影响，未涉及其他可能的生物学因素 | 解释单细胞RNA测序中选择性剪接呈现二态性模式的原因 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 概率模拟器 | RNA-seq数据 | 涉及人类和小鼠的单细胞样本 |
| 24680 | 2024-08-09 |
An efficient single-cell transcriptomics workflow for microbial eukaryotes benchmarked on Giardia intestinalis cells
2020-Jun-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-06858-7
PMID:32600266
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研究论文 | 本研究测试了Smart-seq2单细胞RNA测序协议的不同修改版本，以建立一个更稳健和成本效益更高的流程，用于原生生物。 | 通过添加冷冻-解冻循环和减少反应体积，提高了转录本的回收率，并测试了其他成本降低的修改。 | 减少反应体积导致检测到的基因数量显著减少，其他修改并未显著改变基因检测。 | 开发一个更高效和成本效益更高的单细胞RNA测序流程，用于研究原生生物的多样性和细胞生物学。 | 使用Giardia intestinalis作为实验对象，测试Smart-seq2协议的不同修改版本。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | Smart-seq2 | 转录组数据 | 使用Giardia intestinalis细胞进行实验 |