单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24641	2024-08-09	Single-cell transcriptomics allows novel insights into aging and circadian processes 2020-12-04, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elaa014 PMID:32633783	综述	本文综述了单细胞转录组测序（scRNA-Seq）在衰老和昼夜节律领域的应用，并强调了从单细胞分析中涌现的新发现	scRNA-Seq方法提供了比传统基因表达分析方法更多的优势，有助于揭示衰老和昼夜节律之间的联系	NA	探讨衰老和昼夜节律之间的相互作用，并利用scRNA-Seq方法深入了解这些过程	衰老和昼夜节律的生物过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	涉及人类和啮齿动物的单细胞样本
24642	2024-08-09	Integrative molecular profiling of autoreactive CD4 T cells in autoimmune hepatitis 2020-12, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2020.05.053 PMID:32649971	研究论文	本研究深入分析了自身免疫性肝炎（AIH）患者中针对可溶性肝抗原（SLA）的自身反应性CD4 T细胞的分子特征	首次详细描述了AIH患者中SLA特异性CD4 T细胞的表型和功能特征，并识别了与疾病活动相关的特定T细胞表型	NA	深入表征AIH患者中罕见的循环自身反应性CD4 T细胞，并识别其在AIH中的外周储库	AIH患者中的SLA特异性CD4 T细胞	免疫学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	42名AIH患者和17名非酒精性脂肪性肝炎（NASH）对照组
24643	2024-08-09	Cellular heterogeneity landscape in laryngeal squamous cell carcinoma 2020-11-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.33192 PMID:32638385	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化染色技术，分析了喉鳞状细胞癌（LSCC）组织的细胞组成和分子特征，并探讨了细胞异质性与患者预后的关系	首次描绘了LSCC肿瘤内异质性的全景图	NA	旨在通过理解LSCC的细胞异质性来改善治疗效果	喉鳞状细胞癌（LSCC）组织	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	LSCC组织细胞被细分为多个集群，包括肿瘤细胞、免疫细胞、上皮细胞、成纤维细胞和内皮细胞
24644	2024-08-09	Association of Clonal Hematopoiesis of Indeterminate Potential With Inflammatory Gene Expression in Patients With Severe Degenerative Aortic Valve Stenosis or Chronic Postischemic Heart Failure 2020-10-01, JAMA cardiology IF:14.8Q1 DOI:10.1001/jamacardio.2020.2468 PMID:32639511	研究论文	本研究探讨了克隆性造血不确定潜能（CHIP）与严重退行性主动脉瓣狭窄或慢性缺血后心力衰竭患者炎症基因表达之间的关系。	首次研究了CHIP与心血管疾病患者单核细胞中炎症基因表达增加的关联。	样本量较小，需要进一步的大规模研究来验证结果。	确定CHIP是否与促进单核细胞加剧免疫反应的炎症基因表达有关。	严重退行性主动脉瓣狭窄或慢性缺血后心力衰竭患者及年龄匹配的健康对照者。	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	8名严重退行性主动脉瓣狭窄患者，6名慢性缺血后心力衰竭患者，3名健康对照者。
24645	2024-08-09	Pathway identification through transcriptome analysis 2020-10, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2020.109701 PMID:32649993	综述	本文综述了基于转录组学方法在多囊肾病（PKD）发病机制研究中的应用	介绍了最新的技术发展，如批量和单细胞RNA测序技术以及空间转录组学，为研究PKD提供了新的视角	目前对Pkd1失活后立即下游的转录级联反应了解较少	探讨转录组学方法在多囊肾病发病机制研究中的应用及未来机遇	多囊肾病（PKD）的发病机制	数字病理学	多囊肾病	RNA测序	NA	转录组数据	NA
24646	2024-08-09	Quantitative planar array screen of 1000 proteins uncovers novel urinary protein biomarkers of lupus nephritis 2020-10, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/annrheumdis-2019-216312 PMID:32651195	研究论文	本研究通过定量平面蛋白质微阵列技术筛查1000种蛋白质，发现新的狼疮性肾炎尿液生物标志物。	采用定量平面蛋白质微阵列技术筛查大量蛋白质，发现新的尿液生物标志物，并验证其在独立队列中的有效性。	NA	发现新的狼疮性肾炎尿液生物标志物。	系统性红斑狼疮患者的尿液样本。	NA	自身免疫性疾病	定量平面蛋白质微阵列	NA	蛋白质	1000种蛋白质，多个独立队列的系统性红斑狼疮患者尿液样本。
24647	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Profiling of the Kidney Glomerulus Identifies Key Cell Types and Reactions to Injury 2020-10, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2020020220 PMID:32651223	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，全面分析了健康小鼠和四种疾病模型小鼠的肾小球细胞类型及其对损伤的反应	首次全面识别了肾小球中的所有细胞类型，并发现了新的标记基因和基因特征，以及疾病模型中细胞类型特异性和损伤类型特异性的反应	NA	旨在通过单细胞转录组测序技术，深入了解肾小球细胞类型及其对损伤的反应	健康小鼠和四种疾病模型小鼠的肾小球细胞	数字病理学	慢性肾脏病	单细胞RNA测序	NA	转录组	健康小鼠和四种疾病模型小鼠的肾小球细胞
24648	2024-08-09	Variance-adjusted Mahalanobis (VAM): a fast and accurate method for cell-specific gene set scoring 2020-09-18, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa582 PMID:32633778	研究论文	本文介绍了一种名为Variance-adjusted Mahalanobis（VAM）的新基因集测试方法，该方法能够处理单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的技术噪声、稀疏性和大样本量问题	VAM方法能够计算细胞特异性的通路评分，将细胞-基因矩阵转换为细胞-通路矩阵，并支持群体和细胞水平的推断	NA	开发一种适用于单细胞RNA测序数据的基因集测试方法，以提高分类准确性和降低计算成本	单细胞RNA测序数据中的技术噪声、稀疏性和大样本量问题	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	大样本量
24649	2024-08-09	The liver fibrosis niche: Novel insights into the interplay between fibrosis-composing mesenchymal cells, immune cells, endothelial cells, and extracellular matrix 2020-Sep, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association IF:3.9Q1 DOI:10.1016/j.fct.2020.111556 PMID:32640349	研究论文	本文探讨了肝纤维化微环境中纤维化组成间充质细胞、免疫细胞、内皮细胞和细胞外基质之间的相互作用	利用单细胞RNA测序和蛋白质组学等新颖实验方法，揭示了细胞外基质产生细胞和调节细胞的异质性，加速了纤维化特异性亚群的识别	尽管有深入的研究，但针对肝纤维化的抗纤维化疗法发展仍不尽如人意	旨在更好地理解肝纤维化的潜在机制并开发有效疗法	肝纤维化微环境中的间充质细胞、免疫细胞、内皮细胞和细胞外基质	NA	肝病	单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	RNA、蛋白质	NA
24650	2024-08-09	Revealing the molecular mechanism of central nervous system leukemia with single-cell technology 2020-Sep, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2020.103046 PMID:32650214	综述	本文综述了中枢神经系统白血病（CNSL）的分子机制，并探讨了单细胞技术在预防和治疗CNSL中的应用	利用单细胞测序技术探索CNSL的发展，以检测潜在的治疗靶点	目前CNSL的分子机制尚不明确，且传统基于批量裂解物平均基因表达的推断可能掩盖了关键基因的表达	探讨CNSL的分子机制及单细胞技术在预防和治疗中的应用	中枢神经系统白血病及其分子机制	NA	白血病	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
24651	2024-08-09	Single-Cell Multimodal Analytical Approach by Integrating Raman Optical Tweezers and RNA Sequencing 2020-08-04, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.0c00912 PMID:32643364	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和拉曼光学镊子（ROT），实现了一种单细胞多模态分析方法，并应用于研究药物敏感性	本文创新地将单细胞RNA测序与拉曼光学镊子技术结合，实现了对单个癌细胞的形态监测、拉曼识别和转录组分析的多模态分析	NA	研究单细胞多模态分析方法在药物敏感性研究中的应用	人BGC823胃癌细胞对不同药物（紫杉醇和二氯乙酸钠）的药物敏感性	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），拉曼光学镊子（ROT）	NA	转录组数据	单个BGC823癌细胞
24652	2024-08-09	Single-Cell Sequencing Reveals Heterogeneity Effects of Bisphenol A on Zebrafish Embryonic Development 2020-08-04, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.0c02428 PMID:32644799	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了双酚A（BPA）暴露对斑马鱼胚胎发育过程中细胞转录组异质性的影响	首次在单细胞水平上全面揭示了BPA对斑马鱼胚胎发育的异质性效应	NA	探讨BPA暴露对斑马鱼胚胎发育过程中细胞转录组异质性的影响	斑马鱼胚胎细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	64,683个细胞
24653	2024-08-09	A Single-Cell Transcriptomics CRISPR-Activation Screen Identifies Epigenetic Regulators of the Zygotic Genome Activation Program 2020-07-22, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.06.004 PMID:32634384	研究论文	本文结合CRISPR激活（CRISPRa）与单细胞转录组学，在鼠胚胎干细胞中识别调控类似合子基因组激活（ZGA）的表观遗传调控因子	首次使用CRISPRa结合单细胞转录组学技术，在鼠胚胎干细胞中进行大规模功能筛选，以识别ZGA调控因子	研究主要在体外鼠胚胎干细胞中进行，可能与体内早期胚胎的实际情况存在差异	识别调控合子基因组激活（ZGA）的表观遗传调控因子	鼠胚胎干细胞中的ZGA调控因子	表观遗传学	NA	CRISPR激活（CRISPRa）、单细胞转录组学	多组学因子分析（MOFA+）	单细胞转录组	约200,000个单细胞转录组，包含230个CRISPRa扰动
24654	2024-08-09	Immunophenotyping of COVID-19 and influenza highlights the role of type I interferons in development of severe COVID-19 2020-07-10, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abd1554 PMID:32651212	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康捐赠者、轻度或重度COVID-19患者以及重度流感患者的外周血单个核细胞（PBMCs），以识别导致COVID-19严重进展的因素	首次揭示了重度COVID-19患者中I型干扰素反应与TNF/IL-1β驱动的炎症共存的现象，并提出I型干扰素在加重COVID-19炎症中的关键作用	NA	识别导致COVID-19严重进展的因素	健康捐赠者、轻度或重度COVID-19患者以及重度流感患者的外周血单个核细胞（PBMCs）	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康捐赠者、轻度或重度COVID-19患者以及重度流感患者的PBMCs样本
24655	2024-08-09	Selective LXR agonist DMHCA corrects retinal and bone marrow dysfunction in type 2 diabetes 2020-07-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.137230 PMID:32641586	研究论文	本研究探讨了选择性LXR激动剂DMHCA在2型糖尿病小鼠和人类循环血管生成细胞中的作用及其分子机制	DMHCA能够纠正糖尿病引起的视网膜和骨髓功能障碍，恢复视网膜结构和胆固醇稳态，并减少系统性炎症	NA	研究DMHCA在2型糖尿病中的治疗效果及其分子机制	2型糖尿病小鼠和人类循环血管生成细胞	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	2型糖尿病小鼠和人类循环血管生成细胞
24656	2024-08-09	Comparative analysis of single-cell transcriptomics in human and Zebrafish oocytes 2020-Jul-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-06860-z PMID:32640983	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术比较了人类和斑马鱼卵母细胞的基因表达	首次详细比较了斑马鱼和人类卵母细胞的转录组，并发现高度表达的同源基因在两种生物中具有相似的功能类别	NA	探讨斑马鱼和人类卵母细胞在基因表达水平上的相似性	人类和斑马鱼的卵母细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及斑马鱼和人类卵母细胞的单细胞RNA测序数据
24657	2024-08-09	Sierra: discovery of differential transcript usage from polyA-captured single-cell RNA-seq data 2020-07-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02071-7 PMID:32641141	研究论文	本文介绍了一种名为Sierra的计算流程，用于从常用的polyA捕获的单细胞RNA-seq数据中发现差异转录本使用情况	Sierra能够检测单细胞RNA-seq数据中的差异转录本使用情况，这是当前大多数单细胞RNA-seq生物信息学工具所忽略的	NA	开发一种新的计算方法来分析单细胞RNA-seq数据中的差异转录本使用情况	单细胞RNA-seq数据中的差异转录本使用情况	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	包括人类外周血单个核细胞和Tabula Muris数据集
24658	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals that glioblastoma recapitulates a normal neurodevelopmental hierarchy 2020-07-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-17186-5 PMID:32641768	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了成人胶质母细胞瘤细胞和正常人类胎儿脑细胞的转录组，揭示了胶质母细胞瘤重现正常神经发育层次的现象	发现了胶质母细胞瘤中保守的神经三线性癌症层次结构，并展示了这种层次结构在识别特定于癌症干细胞的治疗靶点中的应用	NA	探讨癌症干细胞在胶质母细胞瘤起始、发展和治疗抵抗中的作用，并揭示其与胶质母细胞瘤异质性的关系	成人胶质母细胞瘤细胞和正常人类胎儿脑细胞	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	53586个成人胶质母细胞瘤细胞和22637个正常人类胎儿脑细胞
24659	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals that lung mesenchymal progenitor cells in IPF exhibit pathological features early in their differentiation trajectory 2020-07-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-66630-5 PMID:32636398	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了335个从3名对照组和3名特发性肺纤维化（IPF）患者肺部分离的间充质前体细胞（MPCs）的转录组，探讨了IPF MPCs在其分化轨迹中获得纤维化特性的位置	首次使用转录熵作为分化状态的指标，并验证了CD44作为最熵IPF MPCs的特征，以及通过FACS和形态学验证分析	NA	确定特发性肺纤维化中MPCs在其分化轨迹中何时获得纤维化特性	间充质前体细胞（MPCs）	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	335个MPCs，来自3名对照组和3名IPF患者
24660	2024-08-09	Baseline Frequency of Inflammatory Cxcl9-Expressing Tumor-Associated Macrophages Predicts Response to Avelumab Treatment 2020-07-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107873 PMID:32640238	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肿瘤微环境中的免疫异质性，探讨avelumab治疗反应的潜在机制	发现了一种与avelumab治疗反应相关的促炎性肿瘤相关巨噬细胞群体，这些巨噬细胞是干扰素诱导的趋化因子Cxcl9的主要来源	NA	研究avelumab治疗反应的潜在机制	肿瘤微环境中的免疫异质性及肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA