单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27667 篇文献，本页显示第 24621 - 24640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24621 | 2024-08-09 |
I-Impute: a self-consistent method to impute single cell RNA sequencing data
2020-Nov-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-07007-w
PMID:33208097
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研究论文 | 本文提出了一种名为I-Impute的自一致性方法，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失值 | I-Impute方法通过优化连续相似性和缺失概率，在迭代改进中达到自一致性，从而提高了填补效果 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据分析中缺失值填补的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括三个湿实验数据集：小鼠膀胱细胞、胚胎干细胞和主动脉白细胞 |
| 24622 | 2024-08-09 |
Long-term skin-resident memory T cells proliferate in situ and are involved in human graft-versus-host disease
2020-11-18, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abb7028
PMID:33208504
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研究论文 | 研究揭示了人类皮肤中长期存在的组织驻留记忆T细胞在同种异体造血干细胞移植患者中的稳定性和功能，并探讨了其在移植物抗宿主病中的作用 | 首次展示了人类皮肤中长期存在的组织驻留记忆T细胞的稳定性和功能，并发现了RUNX3和galectin-3作为新的标记物 | 研究主要基于同种异体造血干细胞移植患者，可能不适用于其他疾病或健康人群 | 探讨人类皮肤中组织驻留记忆T细胞的生物学特性及其在移植物抗宿主病中的作用 | 人类皮肤中的组织驻留记忆T细胞及其在移植物抗宿主病中的作用 | NA | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 患者皮肤样本 |
| 24623 | 2024-08-09 |
Alteration of tumor-associated macrophage subtypes mediated by KRT6A in pancreatic ductal adenocarcinoma
2020-11-18, Aging
DOI:10.18632/aging.104091
PMID:33221741
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研究论文 | 本研究通过分析基因表达综合数据库(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)数据集，探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)亚型的变化及其潜在调控因子KRT6A。 | 发现了KRT6A作为差异表达基因，可能通过调控COL5A2、COL1A2、MIR3606、SPARC和COL6A3等基因影响TAMs亚型的组成，为PDAC的免疫治疗提供了新的靶点。 | NA | 阐明胰腺导管腺癌中肿瘤免疫微环境的组成和调控因子，寻找新的免疫治疗靶点。 | 胰腺导管腺癌(PDAC)及其邻近正常组织(ANT)中的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)亚型。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了GEO和TCGA数据库中的数据，具体样本数量未在摘要中明确。 |
| 24624 | 2024-08-09 |
Tau Pathology Drives Dementia Risk-Associated Gene Networks toward Chronic Inflammatory States and Immunosuppression
2020-11-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108398
PMID:33207193
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研究论文 | 本研究通过系统功能基因组分析，探讨了神经-免疫相关基因和通路在神经退行性疾病病理生理学中的作用 | 揭示了与tau病理相关的微胶质-免疫通路复杂的时间轨迹，并发现了与痴呆遗传风险相关的疾病特异性通路富集模式 | NA | 理解神经-免疫相关基因和通路如何参与神经退行性疾病的病理生理学 | 从人鼠AD、FTD和PSP的纯化微胶质和bulk组织中进行系统功能基因组分析 | NA | 神经退行性疾病 | 系统功能基因组分析、化学遗传学、实验扰动数据分析、单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 24625 | 2024-08-09 |
A molecular cell atlas of the human lung from single-cell RNA sequencing
2020-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2922-4
PMID:33208946
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，构建了人类肺部的分子细胞图谱 | 首次系统性地识别并定位了人类肺部所有分子细胞类型，包括14种先前未知的细胞类型 | NA | 创建一个全面的人类肺部细胞图谱，揭示肺细胞的生物化学功能及其在疾病和进化中的变化 | 人类肺部的细胞类型及其基因表达模式 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约75,000个人类肺部细胞和循环血液细胞 |
| 24626 | 2024-08-09 |
SCRINSHOT enables spatial mapping of cell states in tissue sections with single-cell resolution
2020-11, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3000675
PMID:33216742
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研究论文 | SCRINSHOT技术通过单细胞分辨率在组织切片中实现细胞状态的空间映射 | 开发了SCRINSHOT技术，一种敏感的多重RNA映射方法，通过直接杂交padlock探针到mRNA上，随后通过SplintR连接酶进行环化并进行滚环扩增，实现对组织切片中单细胞的数千个细胞的序列检测 | NA | 研究细胞身份和位置的变化如何影响组织发育和疾病进展 | 小鼠和人类器官中的细胞类型及其空间分布 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq, 滚环扩增(RCA) | NA | mRNA | 小鼠和人类器官中的数千个细胞 |
| 24627 | 2024-08-09 |
Single-Cell Profiling Reveals Divergent, Globally Patterned Immune Responses in Murine Skin Inflammation
2020-Oct-23, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101582
PMID:33205009
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了在小鼠皮肤炎症模型中免疫细胞的异质性反应 | 首次揭示了不同炎症诱导剂在小鼠皮肤炎症中引起的全局分子模式差异 | NA | 探讨不同炎症诱导剂如何影响小鼠皮肤免疫细胞的转录反应 | 小鼠皮肤免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 13种CD45亚群的免疫细胞 |
| 24628 | 2024-08-09 |
A Random Matrix Theory Approach to Denoise Single-Cell Data
2020-Jun-12, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2020.100035
PMID:33205104
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机矩阵理论的新方法，用于分析和去噪单细胞测序数据 | 利用随机矩阵理论的普遍分布来区分噪声和信号，并解释了稀疏性如何导致虚假的特征向量定位 | 仅在标记的细胞群体的多种示例中验证了方法的有效性 | 开发一种新方法来去噪单细胞数据，以更好地识别生物信号 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 随机矩阵理论 | NA | 测序数据 | 涉及的单细胞数据中，约95%的信息与随机矩阵理论的预测相符，3%为稀疏性引起的虚假信号，2%为真实生物信号 |
| 24629 | 2024-08-09 |
Autophagy Regulatory Genes MET and RIPK2 Play a Prognostic Role in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma: A Bioinformatic Analysis Based on GEO and TCGA
2020, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/2020/8537381
PMID:33204717
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研究论文 | 本研究通过分析GEO和TCGA数据库中的基因表达数据，探讨了自噬调控基因MET和RIPK2在胰腺导管腺癌中的预后作用 | 本研究首次构建了基于MET和RIPK2的预后风险特征，并通过基因集富集分析预测了这两个基因在胰腺导管腺癌中促进自噬的作用 | 研究主要基于公共数据库数据，未进行体内外实验验证 | 预测胰腺导管腺癌中的预后自噬调控基因及其在自噬调控中的作用 | 胰腺导管腺癌中的自噬调控基因MET和RIPK2 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用了来自不同平台的多个数据集，包括GSE62165、GSE85916、TCGA和GSE111672 |
| 24630 | 2024-08-09 |
Benchmarking algorithms for pathway activity transformation of single-cell RNA-seq data
2020, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2020.10.007
PMID:33209207
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研究论文 | 本文收集了七种广泛使用的通路活性转换算法和32个基于16种scRNA-seq技术的数据集，提出一个综合框架评估这些算法的准确性、稳定性和可扩展性 | 提出了一个综合框架来评估通路活性转换算法的性能，并发现Pagoda2在准确性、可扩展性和稳定性方面表现最佳 | NA | 评估不同通路活性转换算法在单细胞RNA测序数据分析中的性能 | 七种通路活性转换算法和32个scRNA-seq数据集 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 32个数据集 |
| 24631 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Microenvironmental Infiltration of Plasma Cells and Hepatocytic Prognostic Markers in HCC With Cirrhosis
2020, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2020.596318
PMID:33224891
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了肝硬化相关肝细胞癌（HCC）中浆细胞的微环境浸润及肝细胞的预后标志物 | 本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了肝硬化相关HCC中体液免疫浸润的关键作用及肝细胞自身的关键肿瘤预后基因 | NA | 揭示肝硬化相关肝细胞癌中的免疫细胞浸润情况及肝细胞的预后标志物 | 健康供体、肝硬化患者及肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 健康供体、肝硬化患者及肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据 |
| 24632 | 2024-08-09 |
A systematic performance evaluation of clustering methods for single-cell RNA-seq data
2018, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.15666.3
PMID:30271584
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研究论文 | 本文对14种基于不同算法的聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能进行了系统且可扩展的评估 | 首次系统评估了多种聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能，并探讨了共识聚类的效果 | 评估主要基于公开的单细胞RNA-seq数据集和模拟数据，可能未涵盖所有可能的数据情况 | 评估不同聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能，以识别最优方法 | 14种聚类算法在单细胞RNA-seq数据上的性能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类算法 | 单细胞RNA-seq数据 | 使用了九个公开的单细胞RNA-seq数据集以及三个模拟数据集 |
| 24633 | 2024-08-09 |
Neuraminidase inhibitors rewire neutrophil function in vivo in murine sepsis and ex vivo in COVID-19
2022-Oct-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.11.12.379115
PMID:33200130
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研究论文 | 研究报告了抗病毒神经氨酸酶抑制剂在体内外调节中性粒细胞功能的作用，特别是在小鼠脓毒症和COVID-19患者中的应用 | 首次揭示了神经氨酸酶抑制剂通过限制宿主神经氨酸酶活性、表面唾液酸释放、ROS产生和中性粒细胞释放的NETs，来控制感染和提高宿主生存率 | NA | 探讨神经氨酸酶抑制剂在严重感染中调节中性粒细胞功能的作用 | 小鼠脓毒症模型和COVID-19患者的血液细胞 | NA | 脓毒症, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 公开数据集中的呼吸道样本 |
| 24634 | 2024-08-09 |
FunRes: resolving tissue-specific functional cell states based on a cell-cell communication network model
2021-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa283
PMID:33179736
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FunRes的计算方法，用于识别组织特异性的功能细胞状态，该方法基于单细胞RNA测序数据重建细胞间通信网络，进而划分细胞类型为功能细胞状态 | FunRes能够识别现有计算工具无法再现的各种细胞类型的已知功能细胞状态 | NA | 开发一种新的计算方法来识别组织特异性的功能细胞状态 | 177种细胞类型在10种不同组织中的功能细胞状态 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 细胞间通信网络模型 | 单细胞RNA测序数据 | 177种细胞类型在10种不同组织中 |
| 24635 | 2024-08-09 |
Are dropout imputation methods for scRNA-seq effective for scHi-C data?
2021-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa289
PMID:33201180
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研究论文 | 本文探讨了将单细胞RNA测序（scRNA-seq）的缺失值插补方法应用于单细胞Hi-C（scHiC）数据的有效性 | 本文首次将scRNA-seq的插补方法应用于scHiC数据，并评估了其在识别结构零和插补缺失值方面的效果 | 文章未提及具体的局限性 | 研究目的是评估scRNA-seq插补方法在scHiC数据中的应用效果 | 研究对象是scHiC数据中的缺失值和结构零 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scHiC | NA | 基因组数据 | 文章未提及具体的样本数量 |
| 24636 | 2024-08-09 |
An extracellular vesicle-related gene expression signature identifies high-risk patients in medulloblastoma
2021-04-12, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaa254
PMID:33175161
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞转录组学、细胞培养模型和生物物理方法等技术，探索髓母细胞瘤（MB）中的细胞间通讯，并识别与高风险患者相关的基因表达特征。 | 本研究发现了与髓母细胞瘤高风险患者相关的新型基因表达特征EVS，具有较高的预后意义。 | NA | 研究髓母细胞瘤的转录组景观，并识别高风险患者的基因表达特征。 | 髓母细胞瘤及其亚组的肿瘤细胞和患者样本。 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞转录组学、纳米粒子跟踪分析、电子显微镜 | NA | 基因表达数据 | 大规模患者样本 |
| 24637 | 2024-08-09 |
A Hierarchy of Proliferative and Migratory Keratinocytes Maintains the Tympanic Membrane
2021-02-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.10.006
PMID:33181078
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、谱系追踪、全器官移植和活细胞成像技术，揭示了鼓膜表皮与其他表皮部位不同的稳态机制，并展示了鼓膜表皮中多个角质形成细胞群体的三维层次结构。 | 首次揭示了鼓膜表皮的稳态机制，包括其独特的三维层次结构和角质形成细胞的定向侧向迁移。 | NA | 研究鼓膜表皮的稳态机制及其在鼓膜疾病中的作用。 | 鼓膜表皮中的角质形成细胞及其稳态机制。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 24638 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analyses reveal heterogeneity in suspension cultures and clonal markers of CHO-K1 cells
2021-02, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.27624
PMID:33179258
|
研究论文 | 本研究探讨了高细胞密度悬浮培养中CHO-K1细胞转录组的异质性及其与细胞周期的关系 | 首次揭示了高细胞密度悬浮培养中CHO-K1细胞转录组的异质性，并开发了一种线粒体全基因组单细胞测序方法用于验证细胞克隆性 | 研究未发现细胞周期依赖性亚群和细胞簇，且观察到的细胞异质性增加未见减弱 | 探究高细胞密度悬浮培养中细胞转录组的异质性及其与细胞周期的关系 | CHO-K1细胞在高细胞密度悬浮培养中的转录组异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序，线粒体全基因组单细胞测序 | NA | 转录组数据，线粒体基因组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 24639 | 2024-08-09 |
Characterization of sheep spermatogenesis through single-cell RNA sequencing
2021-02, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202001035RRR
PMID:33197070
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术全面无偏地分析了绵羊精子发生过程中的细胞转录水平变化 | 首次对绵羊精子发生进行了全面的单细胞转录组研究，并意外发现了一种含有白细胞的体细胞 | NA | 探索绵羊精子发生过程中不同细胞类型的转录水平变化 | 绵羊的精子发生过程及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从成年绵羊睾丸中收集了11,772个细胞 |
| 24640 | 2024-08-09 |
Molecular detection of maturation stages in the developing kidney
2021-02, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2020.11.002
PMID:33197428
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠发育中肾脏的不同阶段，以确定肾脏发育阶段的分子标志 | 首次使用单细胞RNA测序技术来确定肾脏发育阶段的分子标志，并应用于体外培养的肾脏类器官 | 当前的类器官仍然不成熟，且其精确的成熟阶段难以确定 | 建立与肾脏发育阶段相关的分子坐标 | 小鼠发育中肾脏的不同阶段 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 不同发育阶段的小鼠肾脏样本 |