单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24601	2024-08-09	Treg cell-derived osteopontin promotes microglia-mediated white matter repair after ischemic stroke 2021-07-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.04.022 PMID:34015256	研究论文	本研究探讨了调节性T细胞（Treg细胞）在缺血性中风后对长期组织修复的有益作用及其机制	发现Treg细胞通过分泌骨桥蛋白促进小胶质细胞介导的白质修复	NA	揭示Treg细胞作为中风恢复的神经修复目标	Treg细胞在中风后的作用及其对白质修复的影响	NA	中风	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	RNA	小鼠实验中风模型
24602	2024-08-09	Functionally distinct POMC-expressing neuron subpopulations in hypothalamus revealed by intersectional targeting 2021-07, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-021-00854-0 PMID:34002087	研究论文	本文通过交叉定位技术揭示了下丘脑中表达POMC的神经元亚群具有不同的功能特性	开发了新的鼠模型，通过交叉Cre/Dre依赖的重组技术成功标记、翻译组学分析和功能表征了表达瘦素受体和胰高血糖素样肽1受体的不同POMC神经元	尚未解决POMC神经元异质性的确切分子基础和功能后果	揭示下丘脑中POMC表达神经元的功能异质性和分子基础	下丘脑弓状核中表达POMC的神经元	NA	NA	交叉Cre/Dre依赖的重组技术	NA	单细胞测序数据	NA
24603	2024-08-09	Nasal ciliated cells are primary targets for SARS-CoV-2 replication in the early stage of COVID-19 2021-07-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI148517 PMID:34003804	研究论文	本文研究了SARS-CoV-2在COVID-19早期阶段在上呼吸道中的细胞嗜性，特别是鼻纤毛细胞	本文首次展示了SARS-CoV-2在多纤毛上皮细胞中的蛋白质水平相对较高，并且其定位局限于细胞的顶侧	NA	探讨SARS-CoV-2在COVID-19早期阶段的细胞嗜性，并提出预防病毒传播的策略	SARS-CoV-2在COVID-19早期阶段的细胞嗜性及病毒复制情况	数字病理学	COVID-19	RNA-Seq	NA	蛋白质水平数据	患者样本
24604	2024-08-09	Genome stabilization by RAD51-stimulatory compound 1 enhances efficiency of somatic cell nuclear transfer-mediated reprogramming and full-term development of cloned mouse embryos 2021-Jul, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13059 PMID:34021643	研究论文	本文研究了RAD51刺激化合物1通过增强体细胞核转移介导的重编程效率和克隆小鼠胚胎的完整发育，从而稳定基因组的作用。	通过补充RS-1激活剂，增加RAD51表达和DSB焦点，从而提高SCNT重编程效率，并观察到大量基因的重新激活，可能与克服发育障碍有关。	NA	研究基因组不稳定性和DNA损伤在体细胞重编程过程中的作用，以及如何通过修复这些损伤来提高重编程效率。	体细胞核转移（SCNT）介导的重编程过程中的基因组稳定性和DNA损伤修复。	NA	NA	体细胞核转移（SCNT），单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
24605	2024-08-09	Transcriptome landscape of double negative T cells by single-cell RNA sequencing 2021-07, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2021.102653 PMID:34022742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了来自C57BL/6小鼠脾脏的28,835个单个免疫细胞，揭示了五种转录上不同的幼稚DNT细胞簇，这些细胞簇表达独特的基因集并主要执行辅助T细胞、细胞毒性和先天免疫功能	本研究首次详细描述了幼稚和激活状态下的DNT细胞的异质性，解决了关于DNT细胞的争议，并提供了潜在的转录特征	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现	揭示DNT细胞的分子和功能特征，以及它们在免疫系统中的作用	DNT细胞的转录组特征及其在免疫系统中的功能	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	28,835个单个免疫细胞
24606	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing in cancer: Applications, advances, and emerging challenges 2021-Jun-25, Molecular therapy oncolytics IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.omto.2021.04.001 PMID:34027052	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肿瘤研究领域的应用、进展及新兴挑战	scRNA-seq作为一种有效的方法，能够在单细胞分辨率下解析人类肿瘤组织，为解释肿瘤生物学提供了新的视角	NA	进一步阐明癌症机制，开发更好的检测和治疗策略	肿瘤循环细胞、肿瘤干细胞、肿瘤耐药性、肿瘤微环境等	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
24607	2024-08-09	Deficiency of histone lysine methyltransferase SETDB2 in hematopoietic cells promotes vascular inflammation and accelerates atherosclerosis 2021-06-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147984 PMID:34003795	研究论文	本文研究了组蛋白赖氨酸甲基转移酶SETDB2在造血细胞中的缺乏如何促进血管炎症并加速动脉粥样硬化的进程	首次报道了SETDB2在人及小鼠的动脉粥样硬化病变中表达上调，并在造血细胞中遗传删除SETDB2会促进血管炎症和加速动脉粥样硬化的进展	NA	探究SETDB2在动脉粥样硬化中的作用及其对免疫反应的调节机制	SETDB2在造血细胞中的作用及其对血管炎症和动脉粥样硬化的影响	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从动脉粥样硬化斑块中分离的CD45+细胞
24608	2024-08-09	Integration of spatial and single-cell transcriptomics localizes epithelial cell-immune cross-talk in kidney injury 2021-06-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147703 PMID:34003797	研究论文	本文通过整合空间转录组学和单核测序数据，研究了肾脏损伤中上皮细胞与免疫细胞的相互作用及其空间分布	首次优化了空间转录组学和单核测序数据的协调，揭示了急性肾脏损伤中细胞类型的空间分布及其转录组特征	NA	研究急性肾脏损伤中上皮细胞与免疫细胞的相互作用及其空间分布	人类肾脏切除样本和两种小鼠急性肾脏损伤模型	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学，单核测序	NA	转录组数据	30种主要细胞类型
24609	2024-08-09	CloneSeq: A highly sensitive analysis platform for the characterization of 3D-cultured single-cell-derived clones 2021-06-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.026 PMID:34010629	研究论文	本文开发了CloneSeq平台，结合3D水凝胶球内的克隆扩增和基于液滴的RNA测序，用于揭示细胞异质性。	CloneSeq提高了检测细胞变异的敏感性，并能揭示特定亚群，如癌症干细胞样细胞和胚胎干细胞的早期分化决策。	NA	克服单细胞测序的敏感性限制，揭示生物系统中的细胞异质性。	肺癌细胞和胚胎干细胞。	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及。
24610	2024-08-09	Use of scREAD to explore and analyze single-cell and single-nucleus RNA-seq data for Alzheimer's disease 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100513 PMID:34013209	研究论文	本文介绍了使用scREAD数据库对阿尔茨海默病的单细胞和单核RNA测序数据进行探索和分析的方法	开发了scREAD数据库，提供了对现有AD scRNA-seq和snRNA-seq数据的全面分析	NA	探索和分析阿尔茨海默病的单细胞和单核RNA测序数据	阿尔茨海默病的单细胞和单核基因表达谱	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
24611	2024-08-09	Spatial multi-omics sequencing for fixed tissue via DBiT-seq 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100532 PMID:34027489	研究论文	本文介绍了一种通过DBiT-seq平台对固定冷冻组织样本进行空间多组学测序的方法	该技术采用基于微流体的方法，将组合DNA寡核苷酸条形码直接引入固定在玻璃载玻片上的组织切片中的细胞	该技术不能直接解析单个细胞，但可以实现空间转录组学和目标蛋白质组面板空间分析的近单细胞分辨率	构建固定冷冻组织样本的多组学图谱	固定冷冻组织样本	组学技术	NA	DBiT-seq	NA	组织样本	NA
24612	2024-08-09	Isolation of human bone marrow stromal cells from bone marrow biopsies for single-cell RNA sequencing 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100538 PMID:34027494	研究论文	本文描述了一种结合机械和酶法从人骨髓活检中分离骨髓间质细胞，并通过FACS分选分离间质亚群进行单细胞RNA测序的方法	提出了一种新的结合机械和酶法的分离方法，以及使用FACS分选技术进行单细胞RNA测序	NA	研究骨髓间质细胞在调节干细胞静止和稳态中的作用，以及它们在各种血液恶性肿瘤中的关键贡献	人骨髓间质细胞及其亚群	数字病理学	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
24613	2024-08-09	Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models 2021-06-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.04.028 PMID:34019796	研究论文	本文通过构建多个发育中的内胚层器官的单细胞转录组图谱，研究了人类发育过程中器官的细胞多样性和相互作用	首次结合细胞图谱和类器官技术，揭示了人类器官发育的分子机制	NA	探究人类发育过程中器官的细胞多样性和相互作用	内胚层器官的细胞状态、转录因子及器官特异性上皮干细胞和间充质相互作用	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个发育中的内胚层器官样本
24614	2024-08-09	VEGF receptor 2 (KDR) protects airways from mucus metaplasia through a Sox9-dependent pathway 2021-06-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.027 PMID:34010630	研究论文	本文探讨了VEGF受体2（KDR）通过Sox9依赖途径保护气道免受黏液化生的机制	揭示了VEGFa和其受体KDR在促进黏液化生中的新途径，并发现Sox9在Kdr抑制后的杯状细胞分化中的作用	NA	研究VEGFa/KDR信号通路在防御黏液化生中的作用	VEGFa、KDR、MEK/ERK激酶以及Sox9在杯状细胞分化中的作用	NA	哮喘，囊性纤维化	单细胞RNA测序分析，遗传小鼠模型	NA	RNA	小鼠和人类气道细胞
24615	2024-08-09	Detection of differentially abundant cell subpopulations in scRNA-seq data 2021-06-01, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2100293118 PMID:34001664	研究论文	本文介绍了一种名为DA-seq的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别不同丰度的细胞亚群	DA-seq是一种多尺度方法，能够量化每个细胞的局部差异丰度，并识别连续的显著差异丰度亚群，不受限于聚类结构	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据中差异丰度细胞亚群的检测方法	COVID-19患者、接受免疫检查点治疗的黑色素瘤患者、胚胎发育和年轻与老化脑组织中的细胞亚群	单细胞RNA测序	COVID-19, 黑色素瘤	scRNA-seq	NA	转录组数据	多个scRNA-seq数据集
24616	2024-08-09	Targeted single-cell RNA sequencing of transcription factors enhances the identification of cell types and trajectories 2021-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.273961.120 PMID:34011578	研究论文	本文通过靶向单细胞RNA测序技术（scCapture-seq）对转录因子进行测序，提高了细胞类型和发育轨迹的识别能力	提出了一种新的靶向单细胞RNA测序方法（scCapture-seq），能够更有效地检测和量化低表达基因，特别是转录因子的表达	传统的单细胞RNA测序技术在检测和量化低表达基因方面存在局限性	提高单细胞RNA测序技术在识别细胞类型和发育轨迹方面的分辨率	从诱导多能干细胞（iPSC）衍生的神经元培养物中靶向测序约1000个转录因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	从两个不同实验室使用相同分化协议生成的神经元群体
24617	2024-08-09	Clonally expanded EOMES+ Tr1-like cells in primary and metastatic tumors are associated with disease progression 2021-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-021-00930-4 PMID:34017124	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，发现浸润在原发性和转移性结直肠癌及非小细胞肺癌中的CD4 T细胞高度富集两种大小和抑制功能相当的亚群，包括叉头框蛋白P3 T细胞和表达颗粒酶K及几丁质酶-3-样蛋白2的EOMES同源型1调节T（Tr1）样细胞。	本研究首次发现EOMES Tr1样细胞在原发性和转移性肿瘤中的克隆扩增与疾病进展相关，并可能与程序性细胞死亡蛋白1靶向免疫治疗的反应相关。	NA	探讨T细胞在原发性和转移性肿瘤中的异质性，并识别新的癌症免疫治疗靶点。	CD4 T细胞在原发性和转移性结直肠癌及非小细胞肺癌中的分布和功能。	数字病理学	结直肠癌, 非小细胞肺癌	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
24618	2024-08-09	Genetic pathways regulating hematopoietic lineage speciation: Factorial latent variable model analysis of single cell transcriptome 2021-Jun, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2021.107080 PMID:34026977	研究论文	本文应用因子单细胞潜在变量模型（f-scLVM）分析单细胞转录组数据，以揭示稳态造血过程中调控细胞分化的遗传途径	首次使用f-scLVM模型分解单细胞转录组异质性，识别调控细胞命运的生物学因子	NA	阐明调控造血细胞分化关键阶段的遗传途径	来自12周龄雌性小鼠的1920个造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的单细胞转录组数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序	因子单细胞潜在变量模型（f-scLVM）	转录组数据	1920个造血干细胞和祖细胞
24619	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of human liver reveals hepatic stellate cell heterogeneity 2021-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2021.100278 PMID:34027339	research paper	本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了人类肝脏中肝细胞和肝星状细胞的异质性	首次描述了人类肝脏中肝星状细胞的两个亚群，并揭示了它们在细胞外基质生成和组织中的特定作用	NA	阐明人类肝脏中肝细胞和肝星状细胞的异质性	人类肝脏中的肝细胞和肝星状细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	约25,000个新鲜分离的人类肝脏细胞
24620	2024-08-09	Tutorial: guidelines for annotating single-cell transcriptomic maps using automated and manual methods 2021-06, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-021-00534-0 PMID:34031612	教程	本教程介绍了如何使用自动和手动方法注释单细胞转录组图谱	提出了一个三步工作流程，包括自动细胞注释、手动细胞注释和验证	需要基本的计算机软件熟悉度和编程知识	创建细胞的注释图谱	单细胞转录组数据中的细胞类型、状态和其他生物学相关模式	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	数千个细胞