单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24601	2024-08-09	Blinatumomab-induced T cell activation at single cell transcriptome resolution 2021-Mar-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-021-07435-2 PMID:33648458	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析，揭示了Blinatumomab诱导的T细胞激活及其在单细胞层面的转录变化。	首次在单细胞层面详细分析了Blinatumomab诱导的T细胞激活及其转录变化，并发现了TNFSF4可能作为Blinatumomab治疗抵抗的机制及潜在的联合治疗靶点。	研究主要集中在细胞系模型和患者来源模型，未来需要更多的临床数据来验证这些发现。	揭示Blinatumomab诱导的T细胞激活机制及其在治疗B细胞淋巴母细胞白血病中的应用。	Blinatumomab诱导的T细胞激活及其转录变化。	癌症免疫治疗	B细胞淋巴母细胞白血病	单细胞测序	NA	转录组数据	共分析了来自细胞系模型的17,920个单细胞T细胞和来自患者样本的2,271个单细胞T细胞。
24602	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing in cancer research 2021-Mar-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-021-01874-1 PMID:33648534	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在肿瘤研究中的应用	scRNA-seq技术能够揭示肿瘤细胞的异质性，监测肿瘤发展进程，并分析免疫细胞的免疫逃逸和药物抵抗机制	NA	探讨scRNA-seq技术在肿瘤异质性、发病机制及治疗中的应用	肿瘤细胞和肿瘤组织中的免疫细胞	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
24603	2024-08-09	Single-cell map of diverse immune phenotypes in the acute myeloid leukemia microenvironment 2021-Mar-01, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-021-00265-0 PMID:33648605	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了急性髓系白血病（AML）患者骨髓样本中的免疫细胞表型、功能和发展轨迹	首次详细描述了AML患者骨髓中多种免疫细胞类型的多样性，包括树突状细胞和巨噬细胞的差异，以及识别出几种独特的免疫细胞类型	研究仅限于AML患者的骨髓样本，未包括AML原始细胞	旨在理解AML微环境中免疫细胞表型、功能和发展轨迹，以揭示逃避免疫监视和免疫治疗反应的机制	急性髓系白血病患者的骨髓免疫细胞	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	16名AML患者和4名健康捐赠者的骨髓样本
24604	2024-08-09	Single-cell mapper (scMappR): using scRNA-seq to infer the cell-type specificities of differentially expressed genes 2021-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab011 PMID:33655208	研究论文	本文介绍了一种名为single cell Mapper（scMappR）的方法，该方法利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和现有的反卷积方法，为从bulk RNA-seq获得的差异表达基因（DEGs）分配细胞类型特异性评分	scMappR方法解决了bulk RNA-seq无法确定差异表达发生的细胞类型的问题，通过利用scRNA-seq数据和反卷积方法，为DEGs分配细胞类型特异性评分	scMappR依赖于用户提供的scRNA-seq数据或预先整理的scRNA-seq表达矩阵，可能限制其在某些情况下的应用	开发一种方法，通过利用scRNA-seq数据和反卷积方法，为bulk RNA-seq获得的DEGs分配细胞类型特异性评分	评估scMappR方法在模拟RNA-seq数据和已排序血液细胞RNA-seq数据上的表现，并探究其在肾脏再生过程中细胞类型特异性变化的揭示能力	基因表达分析	NA	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	约100种人类和鼠类组织
24605	2024-08-09	Detecting cell-type-specific allelic expression imbalance by integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data 2021-03, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009080 PMID:33661921	研究论文	本文开发了BSCET方法，通过整合批量和单细胞RNA测序数据，实现对细胞类型特异性等位表达不平衡（AEI）的检测	BSCET方法能够利用现有的批量组织RNA-seq数据，通过整合少量scRNA-seq样本的细胞类型组成信息，实现细胞类型特异性AEI的特征化	单细胞RNA测序需要大量个体的全长转录本序列，成本较高	研究细胞类型特异性的等位表达不平衡，并探索其在人类疾病中的作用	细胞类型特异性的等位表达不平衡（AEI）	基因组学	糖尿病	RNA测序	BSCET	RNA-seq数据	涉及两个胰腺胰岛批量RNA-seq数据集
24606	2024-08-09	Tumor-specific cytolytic CD4 T cells mediate immunity against human cancer 2021-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abe3348 PMID:33637530	研究论文	本研究通过挖掘单细胞RNA测序数据集，识别出在不同人类癌症中表现出细胞毒性表型的CD4 T细胞簇，并使用肽-MHCII-多聚体技术在体外验证了肿瘤特异性细胞毒性CD4 T细胞的存在	本研究首次在单细胞水平上综合表型和功能特征，利用高吞吐量纳米生物芯片和机器学习技术，展示了CD4 T细胞对肿瘤的直接、接触依赖性和粒酶依赖性细胞毒性活性	NA	研究CD4 T细胞在癌症免疫中的直接细胞毒性潜力	CD4 T细胞在不同人类癌症中的细胞毒性表型	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	机器学习	单细胞RNA测序数据	不同人类癌症患者的数据
24607	2024-08-09	Development and Multi-Data Set Verification of an RNA Binding Protein Signature for Prognosis Prediction in Glioma 2021, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2021.637803 PMID:33634155	研究论文	本研究旨在开发一种RNA结合蛋白（RBP）特征，用于预测胶质瘤的预后	本研究构建了一个包含10个RBP的特征，通过多数据集验证其对胶质瘤预后预测的稳健性	NA	开发和验证一种新的RNA结合蛋白特征，用于胶质瘤的预后预测	胶质瘤患者	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	Cox回归分析	基因表达数据	训练集693例，验证集325例
24608	2024-08-09	FOntCell: Fusion of Ontologies of Cells 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.562908 PMID:33644039	研究论文	本文开发了一种算法，通过结合类标签名称匹配和基于图卷积的结构映射，实现细胞分类本体的自动合并	设计了两种图卷积方法（向量结构匹配和基于约束的结构匹配），并实现了一个Python软件模块FOntCell，用于高效自动并行计算本体合并	NA	开发一种算法，用于自动合并和融合细胞分类本体，以整合来自不同来源的细胞信息	细胞分类本体，包括CELDA、LifeMap和LungMAP人类解剖细胞本体	自然语言处理	NA	图卷积	NA	文本	NA
24609	2024-08-09	Single-Cell Sequencing Applications in the Inner Ear 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.637779 PMID:33644075	综述	本文综述了单细胞测序技术在耳蜗研究中的最新进展	利用单细胞测序技术揭示了耳蜗组织的异质性，识别了未知的细胞亚型，发现了新的细胞标记物，并揭示了发育过程中的动态信号通路	NA	总结单细胞测序技术在耳蜗研究中的应用及其带来的新发现	耳蜗细胞及其基因表达	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
24610	2024-08-09	Single-cell qPCR Assay with Massively Parallel Microfluidic System 2020-Mar-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3563 PMID:33659534	research paper	本文介绍了一种使用大规模并行微流控系统的单细胞qPCR检测方法	本文提供了一种新的标准化协议，用于单细胞qPCR技术，该技术能够更详细地理解异质细胞群和少数细胞	单细胞qPCR技术在基因数量方面存在一定限制	旨在建立单细胞qPCR技术的标准化协议，以更详细地理解细胞异质性	单细胞转录组及其在不同条件下的变化	NA	NA	单细胞qPCR	NA	基因表达数据	单个细胞
24611	2024-08-09	Integrated RNA Sequencing Reveals Epigenetic Impacts of Diesel Particulate Matter Exposure in Human Cerebral Organoids 2020, Developmental neuroscience IF:2.3Q3 DOI:10.1159/000513536 PMID:33657557	研究论文	本研究通过综合RNA测序揭示了柴油颗粒物暴露对人脑类器官的表观遗传影响	首次结合单细胞和直接转录组学方法，研究柴油颗粒物暴露对人类诱导多能干细胞衍生的脑类器官的毒基因组效应	NA	探讨柴油颗粒物暴露对胎儿大脑发育的影响及其在自闭症谱系障碍中的潜在作用	人脑类器官	数字病理学	自闭症谱系障碍	RNA测序	NA	RNA	NA
24612	2024-08-09	Yeast Single-cell RNA-seq, Cell by Cell and Step by Step 2019-Sep-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3359 PMID:33654857	研究论文	本文详细描述了一种针对酵母的单细胞RNA测序（yscRNA-seq）协议的实验和计算步骤	yscRNA-seq协议具有成本低、高通量和易于实施的特点，结合了单细胞表型分选和独特的分子标识符，能够以链和异构体特异性的方式数字化计数分子数量	NA	开发和描述一种适用于酵母的单细胞RNA测序协议，以便于在其他实验室中实施并指导新技术的开发	酵母细胞的单细胞RNA测序	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
24613	2024-08-09	TiC2D: Trajectory Inference From Single-Cell RNA-Seq Data Using Consensus Clustering 2022 Jul-Aug, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2021.3061720 PMID:33630737	研究论文	本文介绍了一种名为TiC2D的新算法，用于从单细胞RNA测序数据中进行细胞轨迹推断，采用共识聚类策略精确聚类细胞	TiC2D算法采用共识聚类策略，能够准确推断单细胞转录组的发展轨迹，并识别细胞命运决定中的关键基因	NA	开发一种新的算法用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞轨迹，以揭示正常发育和疾病的机制	单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识聚类	转录组数据	四个独立的单细胞RNA测序数据集
24614	2024-08-09	Robust decomposition of cell type mixtures in spatial transcriptomics 2022-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00830-w PMID:33603203	研究论文	本文开发了一种名为RCTD的计算方法，用于分解空间转录组学中的细胞类型混合物，并校正不同测序技术间的差异	RCTD方法利用单细胞RNA-seq学到的细胞类型特征来分解细胞类型混合物，并能准确再现已知的细胞类型和亚型定位模式	NA	开发一种新的计算方法来分解空间转录组学中的细胞类型混合物	空间转录组学中的细胞类型混合物	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	RCTD	转录组数据	模拟数据集、Slide-seq和Visium的小鼠脑数据集
24615	2024-08-09	Evaluation of machine learning approaches for cell-type identification from single-cell transcriptomics data 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab035 PMID:33611343	研究论文	本文评估了10种机器学习模型在单细胞转录组数据中自动分配细胞表型的性能	采用机器学习模型作为监督分类方法，显著辅助细胞类型识别的决策过程	大多数分类器在复杂数据集上的准确性下降	评估机器学习模型在单细胞转录组数据中自动识别细胞类型的效果	10种机器学习模型在20个公开的单细胞RNA测序数据集上的性能	机器学习	NA	单细胞RNA测序	线性支持向量机（linear-SVM）和逻辑回归分类器	转录组数据	20个不同大小、技术、物种和复杂程度的公开单细胞RNA测序数据集
24616	2024-08-09	Accurate feature selection improves single-cell RNA-seq cell clustering 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab034 PMID:33611426	研究论文	本文评估了特征选择对单细胞RNA测序数据细胞聚类准确性的影响，并开发了一种名为FEAST的特征选择算法，该算法能提供更具代表性的特征，从而提高聚类准确性	开发了一种新的特征选择算法FEAST，该算法能提供更具代表性的特征，显著提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性	未提及	评估特征选择对单细胞RNA测序数据细胞聚类准确性的影响，并开发新的特征选择算法	单细胞RNA测序数据的细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12个公共单细胞RNA测序数据集
24617	2024-08-09	Single-cell sequencing in translational cancer research and challenges to meet clinical diagnostic needs 2021-07, Genes, chromosomes & cancer DOI:10.1002/gcc.22944 PMID:33611828	综述	本文概述了单细胞测序技术在癌症研究中的应用，并探讨了其满足临床诊断需求的潜力及面临的挑战	单细胞测序技术使得能够在转录、遗传、表观遗传和蛋白质水平上研究单个细胞，提供了比整体样本测序更深入的癌症发展基础过程的分辨率	讨论了单细胞测序技术在临床诊断应用中面临的主要挑战	探讨单细胞测序技术在癌症研究中的应用及其满足临床诊断需求的潜力	单细胞测序技术在癌症研究中的应用	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
24618	2024-08-09	Large-scale phylogenomic analysis provides new insights into the phylogeny of the class Oligohymenophorea (Protista, Ciliophora) with establishment of a new subclass Urocentria nov. subcl 2021-06, Molecular phylogenetics and evolution IF:3.6Q2 DOI:10.1016/j.ympev.2021.107112 PMID:33609708	研究论文	本研究通过大规模的系统基因组学分析，对Oligohymenophorea类（原生生物，纤毛虫）的系统发育进行了深入研究，并建立了一个新的亚纲Urocentria nov. subcl。	本研究首次通过单细胞测序技术对六种非培养的寡毛纤毛虫的基因组和/或转录组进行了测序，并基于85个分类单元的扩展采样进行了系统基因组学分析，揭示了Urocentrids形成了一个独立的分支，支持了新亚纲Urocentria的建立。	NA	旨在深入理解Oligohymenophorea类纤毛虫的系统发育关系，特别是亚纲Peniculia中的长期存在问题的分类单元Urocentrum和Paranassula。	六种非培养的寡毛纤毛虫的基因组和/或转录组	NA	NA	单细胞测序技术	NA	基因组和转录组数据	85个分类单元，包括157个核基因编码36,953个氨基酸
24619	2024-08-09	A TNFR2-hnRNPK Axis Promotes Primary Liver Cancer Development via Activation of YAP Signaling in Hepatic Progenitor Cells 2021-06-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-3175 PMID:33619115	研究论文	本研究揭示了TNF受体II（TNFR2）-hnRNPK-YAP信号轴在肝前体细胞（HPC）中对原发性肝癌（PLC）发展的关键作用	首次阐明了TNFR2-hnRNPK-YAP信号轴在肝前体细胞中介导的原发性肝癌发展中的机制	NA	探讨炎症介导的原发性肝癌发展的潜在机制	肝前体细胞（HPC）中的TNF受体II（TNFR2）-hnRNPK-YAP信号轴	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
24620	2024-08-09	Novel risk factors for craniofacial microsomia and assessment of their utility in clinic diagnosis 2021-05-31, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddab055 PMID:33615373	研究论文	本文研究了颅面微小畸形（CFM）的新风险因素及其在临床诊断中的应用	本文首次在大规模CFM队列中识别了15个显著关联的基因组位点，并构建了一个基于多基因风险评分（PRS）的CFM风险预测模型，同时确定了父亲吸烟作为关键的环境风险因素	NA	研究CFM的遗传风险因素和环境威胁及其相互作用，以改善CFM的诊断和产前筛查	CFM的遗传和环境风险因素	遗传学	颅面微小畸形	多组学数据分析，单细胞RNA测序	多基因风险评分（PRS）模型	基因组数据，单细胞RNA测序数据	6074个CFM样本