单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2441	2025-03-15	Preservation of scRNA-Seq Libraries Using Existing Inactivation Protocols 2024-Feb-13, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13020167 PMID:38392905	研究论文	本文探讨了在高生物安全级别实验室中使用现有核酸提取灭活方案保存单细胞RNA测序文库的可行性	验证了现有灭活方案（如Trizol、RLT缓冲液或AVL缓冲液）在单细胞RNA测序文库中的应用，不影响样本质量	研究仅针对特定灭活方案，未涵盖所有可能的灭活方法	评估在高生物安全级别实验室中保存单细胞RNA测序文库的可行性	单细胞RNA测序文库	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
2442	2025-03-15	Single-cell Transcriptomics Reveals Activation of Macrophages in All-trans Retinoic Acid (atRA)-induced Cleft Palate 2024 Jan-Feb 01, The Journal of craniofacial surgery IF:1.0Q3 DOI:10.1097/SCS.0000000000009782 PMID:38049149	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地捕捉了全反式维甲酸（atRA）暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭的细胞组成，揭示了atRA诱导的腭裂中巨噬细胞的激活	首次使用单细胞RNA测序技术揭示atRA诱导的腭裂中巨噬细胞的激活及其相关基因和信号通路	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	研究atRA暴露对腭组织发育的影响，为腭裂的诊断提供见解	atRA暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭	数字病理学	腭裂	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	atRA暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭样本
2443	2025-03-15	Activation of TLR9 signaling suppresses the immunomodulating functions of CD55lo fibroblastic reticular cells during bacterial peritonitis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1337384 PMID:38827745	研究论文	本文研究了TLR9信号在细菌性腹膜炎期间对CD55lo纤维网状细胞（FRCs）免疫调节功能的影响	首次发现TLR9信号在CD55lo FRCs中的主导表达及其对细胞增殖、细胞因子产生和视黄醇代谢的抑制作用	研究主要集中于小鼠模型，人类样本的研究较少	探讨TLR9信号在不同FRC亚群中的调控作用及其在腹膜炎治疗中的潜在应用	小鼠和人类脂肪组织来源的纤维网状细胞（FRCs）	免疫学	腹膜炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类脂肪组织样本
2444	2025-03-15	Image-based spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis 2023-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.15.571954 PMID:38168317	研究论文	本文利用基于图像的空间转录组学技术，分析了19个独特肺部的超过100万个细胞的基因表达，揭示了肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子生态失调	通过亚细胞分辨率的图像空间转录组学，首次在PF和对照肺中识别出多种分子定义的空间生态位，并利用机器学习和轨迹分析方法，从正常到最严重重塑的梯度上分段和排序空气空间，揭示了渐进性远端肺病理的组成和分子变化序列	研究样本量相对较小，仅包括19个肺部样本，可能限制了结果的普遍性	研究肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子生态失调及其与疾病进展的关系	19个独特肺部的超过100万个细胞	数字病理学	肺纤维化	基于图像的空间转录组学	机器学习	图像	19个肺部样本，超过100万个细胞
2445	2025-03-14	Pathogenesis, attenuation, and treatment strategies for keloid management 2025-Jun, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2025.102800 PMID:39999656	综述	本文综述了瘢痕疙瘩的发病机制、减缓和治疗策略，包括各种治疗方法的优缺点	介绍了单细胞RNA测序和转录组学研究在理解瘢痕疙瘩发病机制中的应用，并讨论了纳米治疗技术如微针、纳米颗粒、脂质体和外泌体的进展	瘢痕疙瘩治疗后容易复发，随访非常重要，使得治疗过程复杂	探讨瘢痕疙瘩的发病机制、减缓和治疗策略	瘢痕疙瘩	NA	皮肤疾病	单细胞RNA测序, 转录组学	NA	NA	NA
2446	2025-03-14	Integrated multi-omics characterization of neuroblastoma with bone or bone marrow metastasis 2025-May, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101511 PMID:40070366	研究论文	本文通过整合多组学方法，研究了伴有骨或骨髓转移的神经母细胞瘤（NB-BBM）的发病机制及其复杂的免疫微环境	使用Swin-Transformer进行病理组织学特征识别，预测NB-BBM的发生，并通过单细胞转录组学识别与BBM密切相关的肿瘤细胞亚群和肿瘤相关巨噬细胞亚群，突出了转酮醇酶（TKT）作为NB转移进展的关键分子标志物	研究样本量较小，仅涉及142例石蜡包埋的苏木精-伊红染色肿瘤切片图像	阐明NB-BBM的发病机制及其免疫微环境，以促进更有效的风险预测和治疗策略的开发	伴有骨或骨髓转移的神经母细胞瘤（NB-BBM）	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组学	Swin-Transformer	图像	142例石蜡包埋的苏木精-伊红染色肿瘤切片图像
2447	2025-03-14	Loss of N-6 adenine-specific DNA methyltransferase 1 leads to meiotic prophase abnormalities and male sub-fertility in mice 2025-Mar-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf052 PMID:40079145	研究论文	本文研究了N-6腺嘌呤特异性DNA甲基转移酶1（N6AMT1）在小鼠精子发生过程中对减数分裂进展的关键作用	首次揭示了N6AMT1在减数分裂前期中的关键作用，特别是在性染色体失活（MSCI）和DNA双链断裂（DSB）修复中的功能	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨N6AMT1在小鼠精子发生过程中的作用及其对雄性生育能力的影响	小鼠生殖细胞，特别是精母细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq，批量RNA-seq	NA	RNA-seq数据	N6amt1基因敲除小鼠及其对照小鼠
2448	2025-03-14	MAP4K4 aggravates microvascular anomalies in diabetic retinopathy in a YTHDF2-dependent manner 2025-Mar-12, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06398-3 PMID:40072537	研究论文	本文探讨了MAP4K4在糖尿病视网膜病变中的微血管异常中的作用及其通过YTHDF2依赖的机制	揭示了MAP4K4通过YTHDF2调控NF-κB信号通路在糖尿病视网膜病变中的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，需要进一步的人体临床试验验证	研究MAP4K4在糖尿病视网膜病变中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	糖尿病视网膜病变患者和小鼠模型	生物医学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	8名糖尿病视网膜病变患者和11名非糖尿病个体的视网膜样本
2449	2025-03-14	Intrapancreatic adipocytes and beta cell dedifferentiation in human type 2 diabetes 2025-Mar-12, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06392-9 PMID:40072535	研究论文	本研究探讨了胰腺脂肪沉积与2型糖尿病患者β细胞功能障碍之间的关系	通过组织学和单细胞RNA-seq分析，揭示了胰腺脂肪含量与β细胞去分化之间的空间关系及其对基因表达的影响	样本量较小（50名器官捐献者），且仅基于组织学和生物信息学分析，缺乏功能性实验验证	研究胰腺脂肪与胰岛β细胞功能障碍在2型糖尿病中的相关性	人类胰腺样本（50名器官捐献者，其中15名患有2型糖尿病）	糖尿病研究	2型糖尿病	组织学分析、单细胞RNA-seq、生物信息学分析	NA	组织样本、单细胞RNA-seq数据	50名器官捐献者（15名2型糖尿病患者，35名非糖尿病患者）
2450	2025-03-14	Single-cell RNA sequencing generates an atlas of normal tibia cartilage under mechanical loading conditions 2025-Mar-12, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05234-x PMID:40072674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）深入探讨了机械负荷对软骨细胞的影响，并生成了正常胫骨软骨在机械负荷条件下的图谱	首次使用单细胞RNA测序技术系统地分析了机械负荷对软骨细胞的影响，并鉴定了不同负荷条件下的关键基因	样本量相对较小，仅涉及6名捐赠者的11个软骨组织样本	研究机械负荷对软骨细胞的影响及其生物学过程	胫骨软骨组织中的软骨细胞	单细胞测序	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	6名捐赠者的11个软骨组织样本，共132,685个细胞
2451	2025-03-14	Heterogeneous cellular responses to hyperthermia support combined intraperitoneal hyperthermic immunotherapy for ovarian cancer mouse models 2025-Mar-12, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adp2124 PMID:40073154	研究论文	本研究探讨了高温腹腔化疗（HIPEC）在卵巢癌中的效果，并通过单细胞RNA测序分析揭示了肿瘤和微环境对高温的异质性反应	通过单细胞RNA测序和CUT&Tag技术，揭示了高温下肿瘤细胞和癌症相关成纤维细胞的转录调控机制，并提出了高温与免疫检查点阻断联合治疗的新策略	研究仍处于初步阶段，需要进一步的临床试验验证其效果	探索高温腹腔化疗在卵巢癌治疗中的效果及其与免疫治疗的联合应用	卵巢癌小鼠模型	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA测序, CUT&Tag	小鼠模型	RNA测序数据	NA
2452	2025-03-14	EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses 2025-Mar-12, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf004 PMID:40073167	研究论文	本文研究了组蛋白H3赖氨酸27甲基转移酶EZH2在流感感染后记忆B细胞形成中的作用	揭示了EZH2在记忆B细胞分化和功能潜力中的关键表观遗传调控作用	EZH2敲除并未完全有效，表明存在维持EZH2甲基转移酶活性的强烈选择压力	探讨EZH2在记忆B细胞编程和回忆反应中的调控机制	小鼠（Mus musculus）	表观遗传学	流感	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
2453	2025-03-14	CAD manipulates tumor intrinsic DHO/UBE4B/NF-κB pathway and fuels macrophage cross-talk, promoting hepatocellular carcinoma metastasis 2025-Mar-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001304 PMID:40073276	研究论文	本文探讨了CAD通过操纵肿瘤内在的DHO/UBE4B/NF-κB通路，促进肝细胞癌（HCC）转移的机制	首次揭示了CAD在HCC转移中的关键作用及其通过DHO/UBE4B/NF-κB通路的具体机制	研究主要基于体外和体内实验，临床应用的直接证据尚需进一步验证	阐明PVTT形成和肿瘤转移的机制，并识别临床干预的潜在靶点	159名HCC患者（包括37例PVTT病例）	肿瘤学	肝细胞癌	代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序	NA	多组学数据	159名HCC患者
2454	2025-03-14	Large-scale dependency and drug screens characterize the therapeutic vulnerabilities of Multiple Myeloma with 1q 2025-Mar-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025102 PMID:40073369	研究论文	本研究通过大规模依赖性和药物筛选，系统性地描述了1q+多发性骨髓瘤的治疗脆弱性，并展示了其对MCL1和PI3K抑制剂的敏感性增加	首次系统性地描述了1q+多发性骨髓瘤的治疗脆弱性，并揭示了MCL1和PI3K抑制剂在1q+多发性骨髓瘤中的协同作用及其作用机制	研究主要基于体外实验，需要进一步的临床试验验证	开发针对1q+多发性骨髓瘤的靶向治疗	1q+多发性骨髓瘤患者	癌症研究	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2455	2025-03-14	Single-cell profiling reveals the intratumor heterogeneity and immunosuppressive microenvironment in cervical adenocarcinoma 2025-Mar-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97335 PMID:40066698	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了宫颈腺癌（ADC）与鳞状细胞癌（SCC）在肿瘤免疫微环境和肿瘤异质性方面的差异	首次在单细胞水平上揭示了ADC特有的上皮细胞亚群及其与免疫抑制微环境的相互作用，特别是Epi_10_CYSTM1簇在淋巴结转移预测中的潜在价值	样本量相对较小，仅包括11个ADC样本和4个SCC样本	探讨宫颈腺癌（ADC）与鳞状细胞癌（SCC）在肿瘤免疫微环境和肿瘤异质性方面的差异	宫颈腺癌（ADC）和鳞状细胞癌（SCC）的肿瘤组织	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序、免疫化学、多重免疫荧光	NA	RNA测序数据、免疫化学数据、免疫荧光数据	11个ADC样本和4个SCC样本
2456	2025-03-14	Distinct cellular mechanisms underlie chemotherapies and PD-L1 blockade combinations in triple-negative breast cancer 2025-Mar-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.007 PMID:39919737	研究论文	本文通过整合已发表和新生成的单细胞RNA测序数据，研究了三阴性乳腺癌（TNBC）患者在接受紫杉醇（PTX）、白蛋白结合型紫杉醇（Nab-PTX）及其与抗PD-L1抗体阿特珠单抗（ATZ）联合治疗时的肿瘤免疫微环境（TIME）	研究发现，与ATZ加PTX相比，ATZ加Nab-PTX能够重新编程TCF7干细胞样效应记忆CD8 T细胞（Tsem）和CD4 T滤泡辅助细胞（Tfh），并且Nab-PTX还能重塑髓系细胞区室，扩大肥大细胞和促炎性巨噬细胞	研究机制尚未完全明确，需要进一步实验验证	探讨免疫检查点阻断（ICB）与化疗联合治疗三阴性乳腺癌（TNBC）的机制	三阴性乳腺癌（TNBC）患者和小鼠模型	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	人类TNBC样本和小鼠模型
2457	2025-03-14	Microglial reprogramming enhances antitumor immunity and immunotherapy response in melanoma brain metastases 2025-Mar-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.008 PMID:39919736	研究论文	本文通过临床前模型和单细胞转录组学，揭示了增强黑色素瘤脑转移抗肿瘤免疫的机制	发现激活小胶质细胞中的Rela/NF-κB通路促进黑色素瘤脑转移，并证明靶向该通路可重编程小胶质细胞为促炎表型，增强抗肿瘤免疫	研究主要基于临床前模型，尚未在广泛的患者群体中验证	探索黑色素瘤脑转移的生物学机制及脑免疫微环境在治疗反应中的作用	黑色素瘤脑转移	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞转录组学	临床前模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量
2458	2025-03-14	ZNF385A was identified as a novel colorectal cancer-related functional gene by analysis of the interaction and immune characteristics of oxidative stress and the inflammatory response 2025-Mar-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02024-1 PMID:40064736	研究论文	本研究通过分析氧化应激和炎症反应的相互作用及免疫特性，识别出ZNF385A作为结直肠癌相关的新功能基因	首次发现ZNF385A作为结直肠癌的新型致癌基因，并构建了包含七个特征的预后风险模型	需要进一步研究以验证模型在其他数据集中的普适性及ZNF385A的具体作用机制	探讨氧化应激和炎症反应与结直肠癌的关系，并识别相关功能基因	结直肠癌的单细胞RNA测序数据及肿瘤细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量聚合酶链反应（qPCR）、免疫组化	LASSO-Cox模型	RNA测序数据、临床病理参数	结直肠癌的单细胞RNA测序数据及肿瘤细胞样本
2459	2025-03-14	Integrative single cell transcriptomic analysis reveals 3p deletion associated tumor microenvironment and chemoresistance in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Mar-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92078-6 PMID:40064955	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了3p缺失与头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）肿瘤微环境及化疗耐药性的关联	首次整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，系统分析了3p缺失对HNSCC肿瘤微环境、免疫细胞浸润及治疗反应的影响，并识别出与生存相关的关键基因	研究主要依赖于公开数据库的数据，缺乏实验验证的广泛性	阐明3p缺失对HNSCC肿瘤微环境、免疫细胞浸润及治疗反应的影响，以识别新的治疗靶点	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR、Western blotting、CCK8 assay	LASSO算法、Cox回归分析	RNA测序数据、蛋白质表达数据	来自GEO和TCGA数据库的HNSCC患者数据
2460	2025-03-14	Investigating ferroptosis-related genes NFE2L2 in neutrophils for ankylosing spondylitis: therapeutic potential of cassia twigs 2025-Mar-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88775-x PMID:40064975	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关基因NFE2L2在中性粒细胞中对强直性脊柱炎的作用，以及中药肉桂在治疗强直性脊柱炎中的潜力	首次结合铁死亡相关基因、单细胞测序数据和中药成分分析，揭示了NFE2L2在强直性脊柱炎中的关键作用及肉桂的治疗潜力	研究主要基于生物信息学分析和分子对接，缺乏体内实验验证	探讨铁死亡与免疫细胞在强直性脊柱炎中的关系，以及中药肉桂的治疗潜力	强直性脊柱炎患者的中性粒细胞和铁死亡相关基因NFE2L2	生物信息学	强直性脊柱炎	单细胞测序、转录组分析、分子对接	机器学习	临床数据、转录组数据、单细胞测序数据	NA