单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2441	2025-03-15	Single-cell RNA-sequencing reveals cellular heterogeneity and immune microenvironment characteristics between ocular adnexal mucosa-associated lymphoid lymphoma and IgG4-related ophthalmic disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1508559 PMID:40078987	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了眼附属器黏膜相关淋巴组织淋巴瘤（MALT淋巴瘤）和IgG4相关眼病（IgG4-ROD）的细胞组成、转录异质性和免疫微环境特征	首次对眼附属器MALT淋巴瘤和IgG4-ROD进行单细胞转录组测序比较分析，揭示了两种疾病的细胞组成、关键通路和免疫微环境差异	样本量较小，仅包括3例MALT淋巴瘤和3例IgG4-ROD患者	探讨MALT淋巴瘤和IgG4-ROD在细胞组成、转录异质性和免疫微环境方面的差异	眼附属器MALT淋巴瘤和IgG4-ROD患者的眼眶泪腺区域组织样本	数字病理学	淋巴瘤, IgG4相关眼病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	3例MALT淋巴瘤患者和3例IgG4-ROD患者的组织样本
2442	2025-03-15	Development of a tertiary lymphoid structure-based prognostic model for breast cancer: integrating single-cell sequencing and machine learning to enhance patient outcomes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534928 PMID:40078998	研究论文	本文开发了一种基于三级淋巴结构（TLS）的乳腺癌预后模型，结合单细胞测序和机器学习技术，以提高患者预后	通过整合单细胞RNA测序和机器学习算法，识别了关键的TLS相关基因，并开发了一个新的TLS预测模型，该模型在预测乳腺癌患者总体生存率方面优于传统模型	研究依赖于多个独立的乳腺癌队列数据，可能存在数据异质性问题，且样本量虽大，但未涵盖所有乳腺癌亚型	开发并验证一种基于TLS的乳腺癌预后模型，以改善患者预后	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	机器学习	RNA测序数据	来自13个独立乳腺癌队列的9,551名患者
2443	2025-03-15	The sentinels of coronary artery disease: heterogeneous monocytes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1428978 PMID:40079002	综述	本文探讨了冠状动脉疾病（CAD）中单核细胞的异质性，重点关注单核细胞亚群数量、比例及功能受体表达的变化及其与临床特征的相关性	提出了增强单核细胞异质性临床实用价值的策略，并概述了CAD领域未来的研究方向	NA	探讨单核细胞在冠状动脉疾病中的异质性及其临床意义	冠状动脉疾病患者中的单核细胞	NA	心血管疾病	高参数流式细胞术和单细胞测序技术	NA	NA	NA
2444	2025-03-15	Analysis of single-cell and spatial transcriptomics in TNBC cell-cell interactions 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521388 PMID:40079015	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在三阴性乳腺癌（TNBC）细胞间相互作用研究中的应用	强调了scRNA-seq和ST在探索TNBC异质性、细胞空间分布模式和细胞间相互作用中的应用	未提及具体的研究限制	增强对TNBC在细胞水平上的理解，以开发有效的治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	NA
2445	2025-03-15	Intrinsic GATA4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model 2024-Dec, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00562-5 PMID:39567770	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究了Tgfbr1 LDS小鼠主动脉中血管平滑肌细胞的异质性，以确定主动脉根部易感性增加的分子决定因素	首次发现Gata4表达的血管平滑肌细胞在主动脉根部表现出较少分化和促炎性特征，并通过实验证明Gata4缺失可以减少LDS小鼠的主动脉根部扩张	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探讨Loeys-Dietz综合征（LDS）中主动脉根部易感性增加的分子机制	Tgfbr1 LDS小鼠的主动脉血管平滑肌细胞	生物医学	Loeys-Dietz综合征	单细胞转录组学	小鼠模型	RNA测序数据	Tgfbr1 LDS小鼠的主动脉血管平滑肌细胞
2446	2025-03-15	Single-Cell Analysis Reveals Novel Immune Perturbations in Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis 2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202401-0078OC PMID:38924775	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了纤维化过敏性肺炎（FHP）中的新型免疫扰动	首次在单细胞分辨率下揭示了FHP中的免疫异常，包括未描述过的GZM细胞毒性CD4和CD8 T细胞的增加，以及S100A和CCL3/CCL4经典单核细胞的增加	样本来源仅限于美国和墨西哥的患者，可能限制了结果的普遍性	阐明FHP中的免疫异常机制	纤维化过敏性肺炎（FHP）患者、特发性肺纤维化（IPF）患者、非纤维化过敏性肺炎患者及健康对照	数字病理学	肺病	单细胞5' RNA测序	Seurat, DoRothEA-VIPER, Monocle3, Velocyto-scVelo-CellRank	RNA测序数据	45名FHP患者、63名IPF患者、4名非纤维化过敏性肺炎患者及36名健康对照，共501,534个外周血单核细胞和88,336个BAL细胞
2447	2025-03-15	Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice 2024-Sep, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.041 PMID:38554847	研究论文	本研究探讨了肠道菌群失调在囊性纤维化相关肝病（CFLD）发病机制中的重要作用	揭示了肠道菌群失调与CFLD发病的直接关联，并提出了通过恢复肠道CFTR功能或调节菌群来预防或减轻肝病的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行临床验证	研究囊性纤维化相关肝病（CFLD）的发病机制，特别是肠道-肝脏轴的作用	野生型（WT）、全身性Cftr敲除（CFTR-KO）和肠道校正（CFTR-KO-GC）小鼠	NA	囊性纤维化相关肝病	单细胞RNA测序、16S核糖体RNA测序、FITC-葡聚糖测定	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据、微生物组数据	野生型、CFTR-KO和CFTR-KO-GC小鼠
2448	2025-03-15	Single-Cell Profiling Reveals Immune Aberrations in Progressive Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Aug-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202306-0979OC PMID:38717443	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细描绘了特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了IPF患者外周血细胞群的变化，揭示了与疾病进展相关的免疫异常	样本量相对较小，且未探讨这些免疫变化的具体机制	研究特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化，以揭示与疾病进展相关的免疫异常	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照者的外周血单核细胞（PBMCs）	数字病理学	肺纤维化	10× chromium 5' 单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	25名IPF患者和13名对照者的38个PBMC样本，共149,564个细胞
2449	2025-03-15	Zika virus exists in enterocytes and enteroendocrine cells of the Aedes aegypti midgut 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110353 PMID:39055935	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化	首次在细胞水平上识别了寨卡病毒感染后埃及伊蚊中肠的12个不同细胞群，并发现病毒主要存在于特定的肠上皮细胞和肠内分泌细胞中	研究仅关注了寨卡病毒感染后的中肠细胞变化，未涉及其他组织或器官	研究寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化及其对代谢、信号传导和免疫反应的影响	埃及伊蚊中肠细胞	生物信息学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	寨卡病毒感染后的埃及伊蚊中肠细胞
2450	2025-03-15	nf-core/airrflow: An adaptive immune receptor repertoire analysis workflow employing the Immcantation framework 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012265 PMID:39058741	研究论文	本文介绍了nf-core/airrflow，一个用于自适应免疫受体库分析的工作流，集成了Immcantation框架，用于处理B细胞和T细胞受体序列数据	开发了nf-core/airrflow工作流，解决了现有工具在样本并行化、可扩展性和高性能计算基础设施上的局限性	NA	开发一个高效的自适应免疫受体库分析工作流，以支持大规模AIRR-seq数据的处理	B细胞和T细胞受体序列数据	生物信息学	传染病、自身免疫疾病、癌症	AIRR-seq	NA	测序数据	97名COVID-19感染者和99名健康对照者，包括批量测序和单细胞测序数据集
2451	2025-03-15	Noninvasive assessment of the lung inflammation-fibrosis axis by targeted imaging of CMKLR1 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9817 PMID:38896611	研究论文	本文验证了CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的准确性，并探讨了其在特发性肺纤维化（IPF）患者中的应用	通过单细胞RNA测序数据集分析，发现CMKLR1在特发性肺纤维化患者中单核细胞来源的巨噬细胞（MDMφ）中表达，并验证了其在肺纤维化小鼠模型中的靶向成像潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行大规模验证	探索CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的潜力，用于特发性肺纤维化的风险分层和治疗监测	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、正电子发射断层扫描（PET）	小鼠模型	RNA测序数据、成像数据	特发性肺纤维化患者和小鼠模型
2452	2025-03-15	Inferring B Cell Phylogenies from Paired H and L Chain BCR Sequences with Dowser 2024-May-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300851 PMID:38557795	研究论文	本研究探讨了如何利用配对的H和L链BCR序列构建B细胞系统发育树，并发现结合L链显著提高了树的准确性和可重复性	首次系统地研究了在构建B细胞系统发育树时结合H和L链的策略，并提出了使用最大似然法分别处理H和L链的建议	当部分L链缺失时，许多系统发育方法会显著偏差分支长度估计	研究如何利用配对的H和L链BCR序列构建更准确的B细胞系统发育树	B细胞的H和L链BCR序列	生物信息学	NA	单细胞测序	最大似然法	序列数据	NA
2453	2025-03-15	Dupilumab-associated head and neck dermatitis shows a pronounced type 22 immune signature mediated by oligoclonally expanded T cells 2024-Apr-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46540-0 PMID:38565563	研究论文	本文研究了dupilumab治疗特应性皮炎（AD）时出现的头颈部皮炎（DAHND）的免疫特征，通过单细胞RNA测序分析揭示了其与未治疗的AD和健康皮肤的区别	首次通过单细胞RNA测序揭示了dupilumab相关头颈部皮炎的免疫特征，特别是寡克隆扩增的T细胞中IL22相关标志物的显著增加	研究样本量有限，且未探讨dupilumab对其他类型皮炎的影响	探讨dupilumab治疗特应性皮炎时出现的头颈部皮炎的免疫机制	dupilumab相关头颈部皮炎（DAHND）患者、未治疗的AD患者和健康对照者的皮肤样本	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2454	2025-03-15	Preservation of scRNA-Seq Libraries Using Existing Inactivation Protocols 2024-Feb-13, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13020167 PMID:38392905	研究论文	本文探讨了在高生物安全级别实验室中使用现有核酸提取灭活方案保存单细胞RNA测序文库的可行性	验证了现有灭活方案（如Trizol、RLT缓冲液或AVL缓冲液）在单细胞RNA测序文库中的应用，不影响样本质量	研究仅针对特定灭活方案，未涵盖所有可能的灭活方法	评估在高生物安全级别实验室中保存单细胞RNA测序文库的可行性	单细胞RNA测序文库	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
2455	2025-03-15	Single-cell Transcriptomics Reveals Activation of Macrophages in All-trans Retinoic Acid (atRA)-induced Cleft Palate 2024 Jan-Feb 01, The Journal of craniofacial surgery IF:1.0Q3 DOI:10.1097/SCS.0000000000009782 PMID:38049149	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地捕捉了全反式维甲酸（atRA）暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭的细胞组成，揭示了atRA诱导的腭裂中巨噬细胞的激活	首次使用单细胞RNA测序技术揭示atRA诱导的腭裂中巨噬细胞的激活及其相关基因和信号通路	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	研究atRA暴露对腭组织发育的影响，为腭裂的诊断提供见解	atRA暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭	数字病理学	腭裂	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	atRA暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭样本
2456	2025-03-15	Activation of TLR9 signaling suppresses the immunomodulating functions of CD55lo fibroblastic reticular cells during bacterial peritonitis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1337384 PMID:38827745	研究论文	本文研究了TLR9信号在细菌性腹膜炎期间对CD55lo纤维网状细胞（FRCs）免疫调节功能的影响	首次发现TLR9信号在CD55lo FRCs中的主导表达及其对细胞增殖、细胞因子产生和视黄醇代谢的抑制作用	研究主要集中于小鼠模型，人类样本的研究较少	探讨TLR9信号在不同FRC亚群中的调控作用及其在腹膜炎治疗中的潜在应用	小鼠和人类脂肪组织来源的纤维网状细胞（FRCs）	免疫学	腹膜炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类脂肪组织样本
2457	2025-03-15	Image-based spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis 2023-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.15.571954 PMID:38168317	研究论文	本文利用基于图像的空间转录组学技术，分析了19个独特肺部的超过100万个细胞的基因表达，揭示了肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子生态失调	通过亚细胞分辨率的图像空间转录组学，首次在PF和对照肺中识别出多种分子定义的空间生态位，并利用机器学习和轨迹分析方法，从正常到最严重重塑的梯度上分段和排序空气空间，揭示了渐进性远端肺病理的组成和分子变化序列	研究样本量相对较小，仅包括19个肺部样本，可能限制了结果的普遍性	研究肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子生态失调及其与疾病进展的关系	19个独特肺部的超过100万个细胞	数字病理学	肺纤维化	基于图像的空间转录组学	机器学习	图像	19个肺部样本，超过100万个细胞
2458	2025-03-14	Pathogenesis, attenuation, and treatment strategies for keloid management 2025-Jun, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2025.102800 PMID:39999656	综述	本文综述了瘢痕疙瘩的发病机制、减缓和治疗策略，包括各种治疗方法的优缺点	介绍了单细胞RNA测序和转录组学研究在理解瘢痕疙瘩发病机制中的应用，并讨论了纳米治疗技术如微针、纳米颗粒、脂质体和外泌体的进展	瘢痕疙瘩治疗后容易复发，随访非常重要，使得治疗过程复杂	探讨瘢痕疙瘩的发病机制、减缓和治疗策略	瘢痕疙瘩	NA	皮肤疾病	单细胞RNA测序, 转录组学	NA	NA	NA
2459	2025-03-14	Integrated multi-omics characterization of neuroblastoma with bone or bone marrow metastasis 2025-May, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101511 PMID:40070366	研究论文	本文通过整合多组学方法，研究了伴有骨或骨髓转移的神经母细胞瘤（NB-BBM）的发病机制及其复杂的免疫微环境	使用Swin-Transformer进行病理组织学特征识别，预测NB-BBM的发生，并通过单细胞转录组学识别与BBM密切相关的肿瘤细胞亚群和肿瘤相关巨噬细胞亚群，突出了转酮醇酶（TKT）作为NB转移进展的关键分子标志物	研究样本量较小，仅涉及142例石蜡包埋的苏木精-伊红染色肿瘤切片图像	阐明NB-BBM的发病机制及其免疫微环境，以促进更有效的风险预测和治疗策略的开发	伴有骨或骨髓转移的神经母细胞瘤（NB-BBM）	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组学	Swin-Transformer	图像	142例石蜡包埋的苏木精-伊红染色肿瘤切片图像
2460	2025-03-14	Loss of N-6 adenine-specific DNA methyltransferase 1 leads to meiotic prophase abnormalities and male sub-fertility in mice 2025-Mar-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf052 PMID:40079145	研究论文	本文研究了N-6腺嘌呤特异性DNA甲基转移酶1（N6AMT1）在小鼠精子发生过程中对减数分裂进展的关键作用	首次揭示了N6AMT1在减数分裂前期中的关键作用，特别是在性染色体失活（MSCI）和DNA双链断裂（DSB）修复中的功能	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨N6AMT1在小鼠精子发生过程中的作用及其对雄性生育能力的影响	小鼠生殖细胞，特别是精母细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq，批量RNA-seq	NA	RNA-seq数据	N6amt1基因敲除小鼠及其对照小鼠