单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2441	2025-05-10	Systemic immune profiling analysis identifying M2-TAM related genes predicted colon cancer prognosis and chemotherapy responses 2024-Dec-27, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040979 PMID:39969348	research paper	该研究通过系统性免疫分析识别与M2-TAM相关的基因，预测结肠癌的预后和化疗反应	开发了新的M2样巨噬细胞标记物，构建了基于M2的预后模型，并验证了其独立预后因素的作用	研究依赖于公共数据库数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索与M2样巨噬细胞相关的基因特征，以预测结肠癌的预后和化疗反应	结肠癌患者	digital pathology	colon cancer	bulk transcriptome, single-cell RNA sequencing, weighted gene coexpression network analysis, least absolute shrinkage and selection operator, Cox regression	risk model	RNA sequencing data, clinical data	来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的结肠癌患者数据
2442	2025-05-10	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.01.605536 PMID:39149356	研究论文	本文介绍了一种名为sciRED的方法，用于改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	开发了sciRED方法，通过消除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量等方式，改进了单细胞RNA测序数据的因子分析	NA	提高单细胞RNA测序数据因子分析的解释性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	sciRED	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（包括肾脏图谱、PBMC数据集、大鼠肝脏图谱和健康人类肝脏图谱）
2443	2025-05-10	cfDiffusion: diffusion-based efficient generation of high quality scRNA-seq data with classifier-free guidance 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf071 PMID:39987461	research paper	提出了一种基于扩散模型的新方法cfDiffusion，用于高效生成高质量的单细胞RNA测序数据	结合了Classifier-Free Guidance和高层次特征缓存机制，显著降低了模型开发的训练成本，并提高了生成多属性单细胞数据的表达能力和效率	推理时间仍比scDiffusion长	解决单细胞RNA测序数据模拟中数据分布预定义和多属性细胞模拟的问题	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	diffusion models	gene expression data	多组测序平台的数据集
2444	2025-05-10	Lamination-based organoid spatially resolved transcriptomics technique for primary lung and liver organoid characterization 2024-Nov-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2408939121 PMID:39514315	research paper	介绍了一种基于层压的类器官空间转录组学技术（LOSRT），用于原代肺和肝脏类器官的表征	开发了一种新的空间转录组学技术LOSRT，适用于原代组织来源的类器官，解决了标准化组织切片方法不适用的问题	尚未证明该技术在其他类型类器官中的适用性	开发一种自动化、集成的空间转录组学方法，用于原代组织来源类器官的表征	原代小鼠肺和肝脏来源的类器官	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, droplet-engineering method	NA	spatial transcriptomic data	原代小鼠肺和肝脏来源的类器官
2445	2025-05-10	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Aug-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4819117/v1 PMID:39149508	research paper	本文介绍了一种名为sciRED的单细胞RNA测序数据分析方法，旨在提高数据因子分析的解读性	sciRED通过消除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子，并确定结果因子代表的基因和生物过程，改进了单细胞RNA测序数据的因子分析	NA	改进单细胞RNA测序数据的因子分析解读性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	sciRED	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（包括肾脏图谱、PBMC数据集、大鼠肝脏图谱和健康人类肝脏图谱）
2446	2025-05-10	Endogenous FGFs drive ERK-dependent cell fate patterning in 2D human gastruloids 2024-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.08.602611 PMID:39026750	research paper	研究FGF在人类2D胃泌素样干细胞模型中驱动ERK依赖性细胞命运模式的作用	发现了FGF依赖性ERK信号在2D胃泌素样细胞中以前未知的作用，并揭示了FGF4和FGF17通过基底定位的FGFR1诱导原始条纹样细胞的机制	研究基于体外2D胃泌素样模型，可能不完全反映体内胚胎发育的复杂性	探究FGF在人类胃泌素过程中的功能及其机制	2D胃泌素样干细胞模型	发育生物学	NA	scRNA-seq, in situ hybridization	2D gastruloid	基因表达数据	NA
2447	2025-05-10	Transcriptional control of the Cryptosporidium life cycle 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07466-1 PMID:38811723	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了隐孢子虫（Cryptosporidium parvum）整个生命周期的基因表达程序，并确定了雄性命运的最早决定因素Myb-M转录因子	使用单细胞RNA测序技术揭示了隐孢子虫生命周期的基因表达程序，并首次确定了雄性命运的决定因素Myb-M转录因子	研究主要基于体外培养和感染动物模型，可能无法完全反映人体内的实际情况	研究隐孢子虫生命周期及其分子机制，为疫苗和治疗方法的开发提供基础	隐孢子虫（Cryptosporidium parvum）	分子生物学	腹泻病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	体外培养和感染动物的隐孢子虫样本
2448	2025-05-10	Spatial co-transcriptomics reveals discrete stages of the arbuscular mycorrhizal symbiosis 2024-04, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01666-3 PMID:38589485	研究论文	本研究利用单核和空间RNA测序技术，探索了截形苜蓿和Rhizophagus irregularis在AM共生中的转录组，揭示了共生过程中的细胞和空间动态	结合单细胞和空间转录组学技术，首次在细胞和空间分辨率上解析了AM共生的动态过程	研究仅针对截形苜蓿和Rhizophagus irregularis，结果可能不适用于其他植物-真菌共生系统	解析植物与AM真菌共生的分子机制，为作物改良提供理论基础	截形苜蓿和Rhizophagus irregularis	植物分子生物学	NA	单核RNA测序, 空间RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但涉及截形苜蓿和Rhizophagus irregularis的多个细胞类型
2449	2025-05-10	The cancer-associated fibroblasts interact with malignant T cells in mycosis fungoides and promote the disease progression 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1474564 PMID:39963655	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了蕈样肉芽肿（MF）中恶性T细胞与癌症相关成纤维细胞（CAFs）的相互作用及其在疾病进展中的作用	揭示了恶性T细胞从TRM主导表型向TCM主导表型的转变过程，以及CAFs通过IL-6/JAK2/STAT3/SOX4或IL-6/HIF-1α/SOX4通路促进恶性T细胞侵袭和转移的机制	研究样本来自晚期MF患者，可能无法完全代表早期MF的特征	探究蕈样肉芽肿的发病机制及肿瘤微环境在其中的作用	晚期蕈样肉芽肿患者及健康对照的肿瘤组织、邻近正常组织和外周血单个核细胞	肿瘤微环境研究	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	晚期MF患者和健康对照的肿瘤组织、邻近正常组织和PBMC样本
2450	2025-05-10	SPACEL: deep learning-based characterization of spatial transcriptome architectures 2023-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43220-3 PMID:37990022	研究论文	介绍了一种基于深度学习的空间转录组架构表征工具SPACEL，用于分析空间转录组数据	SPACEL结合了多层感知机、图卷积网络和对抗学习算法，能够对多个ST切片进行联合分析并构建组织的3D架构	未提及具体的技术限制或应用范围限制	解决空间转录组数据中多个切片的联合分析和3D堆叠构建的挑战	空间转录组(ST)数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	多层感知机(MLP)、图卷积网络(GCN)、对抗学习算法	空间转录组数据	模拟和真实ST数据集，来自多种组织和ST技术
2451	2025-05-10	Brain-to-gut trafficking of alpha-synuclein by CD11c+ cells in a mouse model of Parkinson's disease 2023-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43224-z PMID:37981650	研究论文	该研究通过小鼠模型揭示了帕金森病中α-突触核蛋白从大脑到肠道的运输机制	首次证明了CD11c+细胞在α-突触核蛋白从大脑到肠道运输中的作用，并发现肠道CD11c+细胞具有类似小胶质细胞的特性	研究仅使用雄性小鼠模型，未涉及雌性个体	探索帕金森病中α-突触核蛋白聚集体的传播机制	帕金森病小鼠模型中的α-突触核蛋白和CD11c+细胞	神经科学	帕金森病	免疫组织化学、单细胞RNA测序、光转换蛋白标记	PD小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明小鼠数量
2452	2025-05-10	Simultaneous selection of nanobodies for accessible epitopes on immune cells in the tumor microenvironment 2023-11-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43038-z PMID:37978291	research paper	介绍了一种名为INSPIRE-seq的新方法，用于在复杂环境中筛选纳米抗体	提出INSPIRE-seq技术，能够并行富集穿透肿瘤微环境的免疫细胞结合纳米抗体	未明确提及具体样本量或实验规模的限制	开发用于发现治疗性生物制剂靶向分子的技术	肿瘤微环境中的免疫细胞	synthetic biology	肿瘤	next-generation sequencing, single-cell RNA sequencing, immunofluorescence, structural modeling and docking	NA	sequencing data, imaging data	NA
2453	2025-05-09	The pancreatic tumor microenvironment of treatment-naïve patients causes a functional shift in γδ T cells, impairing their anti-tumoral defense 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2466301 PMID:39945298	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）微环境如何通过阻断细胞毒性功能阻碍γδ T细胞的抗肿瘤能力	揭示了PDAC微环境对γδ T细胞功能的抑制作用，并利用患者来源的类器官条件培养基验证了这一现象	研究仅针对未接受治疗的PDAC患者，可能无法反映治疗后的微环境变化	探索PDAC微环境对γδ T细胞抗肿瘤功能的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和健康个体的γδ T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	流式细胞术、scRNA-seq分析	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	未接受治疗的PDAC患者和健康个体的γδ T细胞
2454	2025-05-09	Key RNA-binding proteins in renal fibrosis: a comprehensive bioinformatics and machine learning framework for diagnostic and therapeutic insights 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2463560 PMID:39957043	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法识别并验证了与肾纤维化相关的关键RNA结合蛋白，为诊断和治疗提供了新的生物标志物和治疗靶点	首次整合生物信息学和机器学习方法识别肾纤维化中的关键RNA结合蛋白，并通过单细胞RNA测序和动物模型验证其功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于小鼠模型，需要进一步临床验证	探索肾纤维化的诊断和治疗新靶点	肾纤维化患者和小鼠模型	生物信息学	慢性肾病	RNA测序、单细胞RNA测序	lasso回归、logistic回归	基因表达数据	175例肾纤维化样本和99例正常肾脏样本
2455	2025-05-09	USP7 - A novel target for controlling periodontal inflammation through modulation of macrophage polarization 2025-Jun, Immunology letters IF:3.3Q3 DOI:10.1016/j.imlet.2025.106981 PMID:39946796	研究论文	研究USP7及其抑制剂P5091在牙周炎中调控巨噬细胞极化的作用	首次揭示USP7在牙周炎巨噬细胞极化中的调控作用，并发现其抑制剂P5091可能有助于预防牙周炎	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究USP7在牙周炎中调控巨噬细胞极化的机制及其治疗潜力	牙周炎组织、RAW264.7细胞和小鼠模型	免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot	小鼠实验性牙周炎模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量
2456	2025-05-09	Cerulenin Partially Corrects the Disrupted Developmental Transcriptomic Signature in Huntington's Disease Striatal Medium Spiny Neurons 2025-May-08, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf029 PMID:40336225	研究论文	本研究探讨了亨廷顿病(HD)中突变HTT蛋白对纹状体中型多棘神经元(MSNs)发育的影响，并发现Cerulenin部分恢复了HD MSNs的DARPP-32水平和电活动	首次使用HD诱导多能干细胞(iPSC)模型模拟人类胎儿纹状体神经元发育轨迹，并发现Cerulenin对HD MSNs的潜在治疗作用	研究仅使用体外细胞模型，未进行动物或临床试验验证	探究突变HTT蛋白对MSN发育的影响并寻找潜在治疗分子	亨廷顿病(HD)患者的诱导多能干细胞(iPSC)分化的MSNs	神经退行性疾病研究	亨廷顿病	单细胞RNA测序	iPSC分化模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用HD iPSC和同基因对照
2457	2025-05-09	Hepatic stellate cell heterogeneity: Functional aspects and therapeutic implications 2025-May-08, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001386 PMID:40338161	review	本文综述了肝星状细胞（HSCs）在健康和疾病肝脏中的异质性及其在纤维化、肝分区、功能、再生和癌症中的作用	整合单细胞测序、空间转录组学、临床前和临床数据，更新了对HSC异质性在肝脏稳态和疾病中作用的理解	NA	探讨HSC异质性在肝脏稳态和疾病中的作用及其治疗潜力	肝星状细胞（HSCs）及其与肝细胞、内皮细胞、巨噬细胞/单核细胞、T细胞和肿瘤细胞的相互作用	NA	肝病	单细胞测序、空间转录组学	NA	临床前数据、临床数据	NA
2458	2025-05-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Immune Landscape of Granulomatous Mastitis 2025-May-08, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02310-8 PMID:40338490	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示肉芽肿性乳腺炎的免疫图谱	首次使用单细胞RNA测序技术对肉芽肿性乳腺炎病变组织与正常乳腺组织进行比较分析，揭示了免疫细胞的浸润情况、免疫紊乱现象以及多种信号通路的异常激活	研究样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	探究肉芽肿性乳腺炎的免疫学特征和潜在发病机制	肉芽肿性乳腺炎病变组织和正常乳腺组织	数字病理学	乳腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	NA
2459	2025-05-09	Splicing regulatory dynamics for precision analysis and treatment of heterogeneous leukemias 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr1471 PMID:40333990	research paper	该研究开发了一种名为OncoSplice的无监督计算工作流程，用于全面定义肿瘤分子景观，并在成人和儿童急性髓系白血病（AML）中识别了驱动遗传学的谱系	发现了超过十种先前未报告的AML分子亚型，并发现了一种主导的剪接亚型，该亚型部分模拟了突变剪接	研究主要集中在AML，未涉及其他类型的白血病或癌症	研究剪接调控在白血病中的动态变化，以进行精确分析和治疗	成人和儿童急性髓系白血病（AML）	computational biology	leukemia	long-read single-cell RNA sequencing	unsupervised computational workflow (OncoSplice)	RNA sequencing data	成人和儿童AML队列
2460	2025-05-09	Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Regulatory Functions of Copines Family Genes in Testicular Cancer Progression 2025-May-06, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303375462250430055914 PMID:40337972	研究论文	本研究基于单细胞数据探讨了Copines家族基因在睾丸癌不同细胞亚群中的表达模式及调控功能	首次在单细胞水平上研究Copines家族基因在睾丸癌中的调控作用	NA	探究Copines家族基因在睾丸癌中的调控机制	睾丸癌细胞亚群	数字病理学	睾丸癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA