单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27967 篇文献，本页显示第 24561 - 24580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24561 | 2024-08-09 |
Systems biology analysis identifies TNFRSF9 as a functional marker of tumor-infiltrating regulatory T-cell enabling clinical outcome prediction in lung cancer
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.01.025
PMID:33598101
|
研究论文 | 本文通过系统生物学方法识别肿瘤浸润调节性T细胞（TI-Tregs）的功能性细胞表面标记物TNFRSF9，并探讨其在非小细胞肺癌（NSCLC）患者临床结果预测中的应用 | 本文首次通过综合转录组和网络分析，识别出TNFRSF9作为TI-Tregs的高功能重要性标记物，并发现其在Tregs中的低表达与NSCLC患者更好的总体生存率和抗PD-1免疫治疗反应相关 | NA | 识别肿瘤特异性免疫细胞的功能标记物，以开发新的治疗靶点和增强癌症免疫治疗的生物标志物 | 肿瘤浸润调节性T细胞（TI-Tregs）的细胞表面标记物 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用来自小鼠肺癌模型和非小细胞肺癌患者的bulk RNA-seq和单细胞转录组数据 |
| 24562 | 2024-08-09 |
Development of a program for in silico optimized selection of oligonucleotide-based molecular barcodes
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0246354
PMID:33600481
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于选择最佳分子条形码子集的工具，该工具考虑了GC含量、同聚物、简单重复序列、汉明距离和条形码间的互补性等五个因素 | 该工具通过随机生成初始集和迭代替换的方法选择最佳条形码，具有快速性能和灵活性 | NA | 开发一种用于选择最佳分子条形码子集的工具，以提高实验的准确性和效率 | 分子条形码的选择和优化 | 生物信息学 | NA | 分子条形码技术 | NA | DNA序列 | 在多次测试中生成100000个长度为12个核苷酸的条形码 |
| 24563 | 2024-08-09 |
Integration of single-cell datasets reveals novel transcriptomic signatures of β-cells in human type 2 diabetes
2020-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa097
PMID:33575641
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据集，揭示了人类2型糖尿病中β细胞的新转录组特征 | 首次通过整合多个独立研究的单细胞RNA测序数据集，克服了变异源的干扰，更准确地识别了2型糖尿病β细胞的共同转录组特征 | 研究依赖于已有的单细胞RNA测序数据集，可能受到原始数据质量的影响 | 旨在通过单细胞RNA测序技术，识别与人类2型糖尿病相关的β细胞转录组变化 | 人类2型糖尿病中的胰腺β细胞 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 3046个单细胞，表达27931个基因 |
| 24564 | 2024-08-09 |
Normalizing single-cell RNA sequencing data with internal spike-in-like genes
2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa059
PMID:33575610
|
研究论文 | 本文开发了一种基于少量恒定表达基因作为内部标准品的算法，用于单细胞RNA测序数据的归一化处理 | 提出了一种新的归一化方法ISnorm，使用内部类似标准品的恒定表达基因来归一化单细胞RNA测序数据，以应对转录组的大幅变化 | NA | 改进单细胞RNA测序数据归一化方法，提高下游分析的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个案例研究数据集 |
| 24565 | 2024-08-09 |
Dimensionality reduction for single cell RNA sequencing data using constrained robust non-negative matrix factorization
2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa064
PMID:33575614
|
研究论文 | 本文开发了一种用于单细胞RNA测序数据降维的方法，该方法在非负矩阵分解框架下同时进行降维和缺失值插补 | 提出了一种结合降维和缺失值插补的新方法，并通过加权ℓ惩罚确保稀疏模式得以维持 | NA | 开发一种新的降维方法，以解决单细胞RNA测序数据中的缺失值和非负性约束问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | RNA测序数据 | 使用了合成数据和真实数据进行实验 |
| 24566 | 2024-08-09 |
Comparative performance of the BGI and Illumina sequencing technology for single-cell RNA-sequencing
2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa034
PMID:33575589
|
研究论文 | 本文比较了Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000平台在单细胞RNA测序中的性能 | 首次对比了不同高通量测序平台在单细胞RNA测序中的性能 | NA | 评估不同测序平台在单细胞RNA测序中的性能 | Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000测序平台 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | 超过70,000个细胞 |
| 24567 | 2024-08-09 |
Deep soft K-means clustering with self-training for single-cell RNA sequence data
2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa039
PMID:33575592
|
研究论文 | 本文提出了一种结合深度学习和去噪自编码器的软自训练K-means算法，用于单细胞RNA测序数据的聚类 | 本文创新性地结合了深度学习技术和去噪自编码器，提出了一种软自训练K-means算法，有效解决了现有算法在处理高维、稀疏和大规模转录表达数据时的局限性 | NA | 研究目的是改进单细胞RNA测序数据的聚类方法 | 研究对象是单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 深度学习, 去噪自编码器 | 自编码器 | RNA测序数据 | 大规模数据集 |
| 24568 | 2024-08-09 |
Bayesian correlation is a robust gene similarity measure for single-cell RNA-seq data
2020-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa002
PMID:33575552
|
研究论文 | 本文探讨了在单细胞RNA测序数据中使用贝叶斯相关性作为基因相似性度量的鲁棒性 | 提出了一种贝叶斯相关性方案，该方案通过考虑低置信度表达估计的基因来扩展其在单细胞RNA测序数据中的应用 | NA | 旨在扩展贝叶斯相关性在单细胞RNA测序数据中的应用，通过三种方式计算相似性 | 单细胞RNA测序数据中的基因相似性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 贝叶斯相关性算法 | 基因表达数据 | 涉及多个细胞和基因对 |
| 24569 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis Reveals Characterization of Infiltrating T Cells in Moderately Differentiated Colorectal Cancer
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.620196
PMID:33584715
|
研究论文 | 本研究旨在通过单细胞RNA测序数据分析中度分化结直肠癌中的肿瘤浸润T细胞 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了中度分化结直肠癌中肿瘤浸润T细胞的特征及其在结肠癌和直肠癌中的差异 | NA | 研究中度分化结直肠癌中肿瘤浸润T细胞的特征 | 中度分化结直肠癌中的肿瘤浸润T细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 肿瘤组织中1632个T细胞和外周血中1252个T细胞 |
| 24570 | 2024-08-09 |
Intestinal Stem Cells and Immune Cell Relationships: Potential Therapeutic Targets for Inflammatory Bowel Diseases
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.623691
PMID:33584726
|
研究论文 | 本文探讨了肠道干细胞与免疫细胞之间的关系，并提出这些关系可能是治疗炎症性肠病的新疗法 | 提出了将生物制剂与肠道干细胞移植结合的新疗法，以改善炎症性肠病患者的临床症状和疾病复发情况 | NA | 研究肠道干细胞与免疫细胞的相互作用，探索治疗炎症性肠病的新策略 | 肠道干细胞、分化上皮细胞和肠道驻留免疫细胞 | NA | 炎症性肠病 | 肠道类器官培养和单细胞RNA测序技术 | NA | NA | NA |
| 24571 | 2024-08-09 |
Construction of Bone Metastasis-Specific Regulation Network Based on Prognostic Stemness-Related Signatures in Breast Invasive Carcinoma
2020, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2020.613333
PMID:33585235
|
研究论文 | 本研究基于预测性干细胞相关特征（PSRSs）构建了乳腺癌骨转移特异性调控网络 | 首次基于PSRSs构建了乳腺癌骨转移特异性调控网络，并发现CD248是关键的PSRS，受MAF正向调控并通过顶端连接途径影响骨转移 | NA | 构建乳腺癌骨转移特异性调控网络，并探索其潜在的治疗策略 | 乳腺癌骨转移的调控网络及其治疗策略 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据 | 1080个原发性乳腺癌样本（1048个无骨转移，32个有骨转移） |
| 24572 | 2024-08-09 |
Heterogeneity of HSCs in a Mouse Model of NASH
2021-08, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.31743
PMID:33550587
|
研究论文 | 本研究使用foz/foz小鼠模型，通过单细胞RNA测序详细描述了非酒精性脂肪性肝炎（NASH）模型中造血干细胞（HSC）的表型变化 | 揭示了在正常和损伤状态下HSC表型的意外异质性 | NA | 研究NASH模型中HSC的表型变化 | HSC的单细胞表达谱 | NA | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | foz/foz小鼠的正常肝脏和NASH肝脏样本 |
| 24573 | 2024-08-09 |
Sinoatrial node pacemaker cells share dominant biological properties with glutamatergic neurons
2021-07, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-020-00820-9
PMID:33548033
|
研究论文 | 本研究揭示了窦房结起搏细胞（SANPCs）具有谷氨酸能神经元的特性 | 首次发现SANPCs与谷氨酸能神经元在生物学特性上具有显著相似性，并揭示了谷氨酸能神经递质系统在心脏节律调控中的潜在作用 | NA | 探讨SANPCs的细胞本质及其与谷氨酸能神经元的关系 | SANPCs与谷氨酸能神经元的生物学特性 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 24574 | 2024-08-09 |
Multigene phylogenetics of euglenids based on single-cell transcriptomics of diverse phagotrophs
2021-06, Molecular phylogenetics and evolution
IF:3.6Q2
DOI:10.1016/j.ympev.2021.107088
PMID:33545276
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学方法，对多种食细胞性鞭毛虫进行了多基因系统发育分析 | 首次包括食细胞性和共生性鞭毛虫的多基因系统发育分析，揭示了鞭毛虫的单系性及其内部分支的独立性 | 某些关系的支持较弱，导致某些姐妹群的关系仍未解决 | 探究鞭毛虫的系统发育关系及其进化历史 | 多种食细胞性鞭毛虫及其共生性鞭毛虫 | NA | NA | 单细胞转录组学 | 多基因系统发育分析 | 转录组数据 | 28个分类群 |
| 24575 | 2024-08-09 |
Single-cell TCR repertoire analysis reveals highly polyclonal composition of human intraepithelial CD8+ αβ T lymphocytes in untreated celiac disease
2021-06, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202048974
PMID:33559929
|
研究论文 | 通过单细胞测序比较了乳糜泻患者和健康个体的CD8 αβ上皮内淋巴细胞的αβ T细胞受体库 | 发现未治疗的乳糜泻患者的T细胞受体库比治疗患者和健康个体的更具有多克隆性和多样性 | NA | 研究乳糜泻患者与健康个体间CD8 αβ上皮内淋巴细胞的T细胞受体库差异 | 乳糜泻患者和健康个体的CD8 αβ上皮内淋巴细胞 | 数字病理学 | 乳糜泻 | 单细胞测序 | NA | 序列数据 | NA |
| 24576 | 2024-08-09 |
SPOTlight: seeded NMF regression to deconvolute spatial transcriptomics spots with single-cell transcriptomes
2021-05-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab043
PMID:33544846
|
研究论文 | 开发了一种名为SPOTlight的计算工具，用于整合空间转录组学（ST）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以推断复杂组织中细胞类型和状态的位置 | SPOTlight采用种子非负矩阵分解（NMF）回归方法，利用细胞类型标记基因和非负最小二乘（NNLS）来解卷积ST捕获位置（spots），即使在浅序列或小规模的scRNA-seq参考数据集上也能保持高预测准确性 | NA | 旨在通过整合ST和scRNA-seq数据，推断组织中细胞类型和状态的空间分布 | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 非负矩阵分解（NMF）回归 | 非负矩阵分解（NMF） | 转录组数据 | 涉及小鼠大脑和人类胰腺癌的多个样本 |
| 24577 | 2024-08-09 |
RUNX-1 haploinsufficiency causes a marked deficiency of megakaryocyte-biased hematopoietic progenitor cells
2021-05-13, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020006389
PMID:33569577
|
研究论文 | 研究了RUNX-1单倍体不足对造血祖细胞和随后的巨核细胞生成的影响 | 通过单细胞RNA测序和免疫印迹分析，揭示了RUNX-1单倍体不足导致的巨核细胞偏向的造血祖细胞亚群的减少和基因表达变化 | NA | 探讨RUNX-1单倍体不足对造血祖细胞和巨核细胞生成的影响，并寻找可能的治疗干预措施 | 从患者和野生型细胞系中衍生的诱导多能干细胞（iPSC）衍生的造血祖细胞（iHPCs）和巨核细胞（iMks） | NA | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括患者衍生的和野生型细胞系衍生的iHPCs和iMks |
| 24578 | 2024-08-09 |
Integrative analyses of scRNA-seq and scATAC-seq reveal CXCL14 as a key regulator of lymph node metastasis in breast cancer
2021-04-27, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddab042
PMID:33564857
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，分析了乳腺癌原发肿瘤、阴性淋巴结和阳性淋巴结的转录组和染色质可及性，揭示了CXCL14在乳腺癌淋巴结转移中的关键作用 | 首次发现CXCL14在乳腺癌阳性淋巴结中异常高表达，并验证了其在淋巴结转移中的重要作用 | 样本量较小，需要进一步的大规模研究验证 | 揭示乳腺癌淋巴结转移的细胞和分子机制 | 乳腺癌原发肿瘤、阴性淋巴结和阳性淋巴结的单细胞转录组和染色质可及性 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | 转录组数据、染色质可及性数据 | 55名乳腺癌患者 |
| 24579 | 2024-08-09 |
MicroRNA-21-Dependent Macrophage-to-Fibroblast Signaling Determines the Cardiac Response to Pressure Overload
2021-04-13, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究探讨了微小RNA-21（miR-21）在心脏巨噬细胞中的作用及其对心脏重塑的影响 | 首次揭示了miR-21在心脏巨噬细胞中的高表达及其在心脏重塑中的关键作用 | NA | 确定心脏巨噬细胞中miR-21在心肌稳态和疾病相关重塑中的功能 | 心脏巨噬细胞和心脏纤维母细胞 | NA | 心血管疾病 | 小RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 使用Cx3cr1-Cre驱动的miR-21特异性敲除小鼠进行研究 |
| 24580 | 2024-08-09 |
Analysis of classical neutrophils and polymorphonuclear myeloid-derived suppressor cells in cancer patients and tumor-bearing mice
2021-04-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20201803
PMID:33566112
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、细胞质谱、流式细胞术和功能分析，研究了癌症中多形核中性粒细胞（PMNs）的异质性，并描述了肿瘤携带小鼠中的三种PMN群体：经典PMNs、多形核髓源性抑制细胞（PMN-MDSCs）和具有强大免疫抑制活性的活化PMN-MDSCs。 | 首次详细描述了肿瘤携带小鼠中PMN-MDSCs的动态变化及其在癌症患者中的基因特征，并提供了PMN-MDSCs作为独特PMN群体的证据。 | NA | 研究癌症中多形核中性粒细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用。 | 肿瘤携带小鼠和癌症患者中的多形核中性粒细胞。 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、细胞质谱、流式细胞术 | NA | 细胞 | 肿瘤携带小鼠和癌症患者的外周血样本 |