单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24561	2024-08-09	Single-Cell Transcriptional Survey of Ileal-Anal Pouch Immune Cells From Ulcerative Colitis Patients 2021-04, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2020.12.030 PMID:33359089	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了溃疡性结肠炎患者回肠储袋-肛管吻合术后的免疫细胞，以探讨储袋炎的免疫组织特征	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了储袋炎和溃疡性结肠炎中肠道炎症的相似性，并识别了特定的免疫细胞亚群及其转录标志物	原始序列数据未公开，受患者隐私保护限制	探讨回肠储袋-肛管吻合术后储袋炎的免疫组织特征，并寻找个性化治疗溃疡性结肠炎的生物标志物	溃疡性结肠炎患者回肠储袋-肛管吻合术后的免疫细胞	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	15名有回肠储袋-肛管吻合术的溃疡性结肠炎患者和11名无此手术的患者
24562	2024-08-09	scLM: Automatic Detection of Consensus Gene Clusters Across Multiple Single-cell Datasets 2021-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2020.09.002 PMID:33359676	研究论文	本文介绍了一种名为scLM的单细胞隐变量模型算法，用于在多个单细胞数据集中自动检测共识基因簇	scLM算法能够同时对多个单细胞数据集进行共识聚类，提高了检测基因簇的准确性，并能有效避免批次效应的影响	NA	开发一种新的算法来提高单细胞RNA测序数据中基因共表达聚类的准确性	单细胞RNA测序数据中的基因共表达簇	生物信息学	NA	scRNA-seq	隐变量模型	单细胞数据	多个单细胞数据集
24563	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveals a Heterogeneous Cellular Response to BK Virus Infection 2021-02-24, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/JVI.02237-20 PMID:33361432	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了BK病毒感染后细胞的异质性反应	首次通过单细胞转录组学揭示了BK病毒感染后细胞的异质性反应，并发现了先前未被识别的被BK病毒下调的通路	研究主要集中在体外培养的肾近端小管上皮细胞，可能与体内实际情况存在差异	探究BK病毒感染后细胞的异质性反应及其对细胞基因表达模式的影响	BK病毒感染的肾近端小管上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组	数千个细胞
24564	2024-08-09	Cross-Comparison of Human iPSC Motor Neuron Models of Familial and Sporadic ALS Reveals Early and Convergent Transcriptomic Disease Signatures 2021-02-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.10.010 PMID:33382996	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，研究了来自健康、家族性和散发性肌萎缩侧索硬化症（ALS）患者的诱导多能干细胞（iPSC）衍生的运动神经元（MNs），以识别统一的、可重复的ALS特征	本文采用单细胞RNA测序技术，通过多次分化和跨平台分析，考虑了遗传和实验变异性，以识别早期、汇聚和运动神经元解析的ALS特征	文章指出，遗传和实验变异性限制了iPSC衍生神经培养物的实用性，影响可重复性和追踪发病机制的细胞起源	研究目的是通过iPSC衍生的神经培养物模型，识别肌萎缩侧索硬化症（ALS）的早期和汇聚的转录组疾病特征	研究对象包括健康、家族性和散发性ALS患者的iPSC衍生的运动神经元	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多个患者的iPSC衍生的运动神经元
24565	2024-08-09	Cetuximab enhances the anti-tumor function of macrophages in an IL-6 dependent manner 2021-Feb-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2020.118953 PMID:33359746	研究论文	本研究探讨了西妥昔单抗通过抑制EGFR/IL-6通路抑制肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的促肿瘤功能	发现西妥昔单抗通过抑制IL-6表达，将TAMs从M2样表型转变为M1样表型，从而减轻肿瘤负担	NA	研究西妥昔单抗对肿瘤微环境的影响及其分子机制	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和结直肠癌（CRC）患者	NA	结直肠癌	流式细胞术，Western blotting，RT-qPCR，ELISA	NA	scRNA-seq数据，转录组数据	使用AOM/DSS和肿瘤异种移植小鼠模型进行实验，分析公共CRC患者数据集
24566	2024-08-09	Distinct developmental pathways from blood monocytes generate human lung macrophage diversity 2021-02-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.12.003 PMID:33382972	研究论文	本研究利用表达人细胞因子的转基因小鼠模型，在体内解析了人造血干细胞和祖细胞（HSPCs）向肺泡巨噬细胞的分化途径	本研究首次揭示了从循环单核细胞到肺泡巨噬细胞的不同发育途径，并阐明了细胞起源如何影响人巨噬细胞的身份、多样性和体内定位	NA	研究人巨噬细胞及其发育途径	人肺泡巨噬细胞的分化途径	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	三种巨噬细胞群体
24567	2024-08-09	Maternal immune activation in mice disrupts proteostasis in the fetal brain 2021-02, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-020-00762-9 PMID:33361822	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了母体免疫激活对小鼠胎儿大脑蛋白质稳态的影响	首次揭示了母体免疫激活通过激活整合应激反应在雄性后代中引发神经发育障碍的分子机制	研究仅限于小鼠模型，且未探讨雌性后代中未观察到相同效应的原因	探讨母体感染和炎症导致后代神经发育障碍的分子机制	小鼠胎儿大脑在母体免疫激活后的转录变化	NA	神经发育障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
24568	2024-08-09	STING agonist promotes CAR T cell trafficking and persistence in breast cancer 2021-02-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20200844 PMID:33382402	研究论文	本研究通过使用STING激动剂DMXAA或cGAMP增强CAR T细胞在乳腺癌中的活性和持久性	开发了新的方法来增强CAR T细胞在实体瘤中的治疗效果，特别是在乳腺癌中	持续的肿瘤消退仅在使用STING激动剂的同时添加anti-PD-1和anti-GR-1 mAb时实现	增强CAR T细胞在实体瘤中的渗透和持久性	CAR T细胞在乳腺癌中的活性和持久性	免疫疗法	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
24569	2024-08-09	Allele-specific expression: applications in cancer and technical considerations 2021-02, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2020.10.007 PMID:33383480	综述	本文综述了等位基因特异性表达在癌症易感性和进展中的普遍存在现象，并强调了实验设计和计算分析在准确量化等位基因表达和避免假阳性中的重要性	NA	NA	探讨等位基因特异性表达在癌症研究中的应用及技术考虑	等位基因特异性基因表达及其在癌症中的作用	NA	癌症	NA	NA	NA	NA
24570	2024-08-09	Neurological Manifestations of COVID-19 Feature T Cell Exhaustion and Dedifferentiated Monocytes in Cerebrospinal Fluid 2021-01-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.12.011 PMID:33382973	研究论文	研究COVID-19患者的神经后遗症，特别是通过单细胞测序分析脑脊液中的免疫细胞特征	首次详细描述了COVID-19患者脑脊液中分化程度降低的单核细胞和耗竭的CD4 T细胞的扩增	研究仅限于特定的患者群体，可能无法完全代表所有COVID-19患者的神经后遗症情况	探究COVID-19患者神经后遗症的病因	COVID-19患者的脑脊液免疫细胞	NA	COVID-19	单细胞测序	NA	免疫细胞数据	涉及COVID-19患者与其他神经系统疾病患者的脑脊液样本
24571	2024-08-09	Cell-Type-Specific Immune Dysregulation in Severely Ill COVID-19 Patients 2021-01-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108590 PMID:33357411	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了健康个体和不同程度COVID-19患者的外周血单个核细胞的转录组，揭示了ARDS患者中免疫调节失调的细胞类型特异性特征	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了COVID-19患者中ARDS相关的免疫失调机制	样本量较小，可能影响结果的普遍性	探究COVID-19患者中ARDS相关的免疫失调机制	健康个体和不同程度COVID-19患者的外周血单个核细胞	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	健康个体3例，中度COVID-19患者5例，ARDS患者6例，恢复期ARDS患者6例
24572	2024-08-09	QRICH1 dictates the outcome of ER stress through transcriptional control of proteostasis 2021-01-01, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abb6896 PMID:33384352	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和基因组规模的CRISPR筛选，研究了QRICH1在ER应激反应中的作用及其对细胞命运的影响	首次揭示了QRICH1作为PERK-eIF2α轴的关键效应因子，调控ER应激下的转录程序	NA	探讨QRICH1在ER应激反应中的功能及其对细胞命运的影响	QRICH1在ER应激反应中的作用	NA	炎症病理	单细胞RNA测序, CRISPR筛选	NA	RNA	小鼠肠道上皮细胞
24573	2024-08-09	SCHNEL: scalable clustering of high dimensional single-cell data 2020-12-30, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa816 PMID:33381821	研究论文	本文介绍了SCHNEL，一种用于高维单细胞数据的可扩展、可靠且自动化的聚类工具	SCHNEL通过将数据的层次表示与图聚类相结合，使图聚类可扩展到数百万个细胞	NA	开发一种可扩展的聚类工具，用于处理大规模的高维单细胞数据	单细胞数据，包括细胞计数数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	图聚类	NA	高维数据	涉及3.5百万和17.2百万个细胞的数据集
24574	2024-08-09	Conditional out-of-distribution generation for unpaired data using transfer VAE 2020-12-30, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa800 PMID:33381839	研究论文	本文提出了一种新的条件变分自编码器（trVAE），通过在解码器层使用最大均值差异来匹配不同条件下的分布，从而提高了模型在未配对数据上的泛化能力和准确性	引入最大均值差异在解码器层进行分布匹配，增强了模型在同一条件内重建样本和跨条件转换样本的能力	NA	克服条件变分自编码器在未配对数据上生成分布的局限性	高维图像和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	条件变分自编码器（CVAE）	变分自编码器（VAE）	高维数据	NA
24575	2024-08-09	Comprehensive network modeling from single cell RNA sequencing of human and mouse reveals well conserved transcription regulation of hematopoiesis 2020-Dec-29, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-07241-2 PMID:33372598	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类和小鼠骨髓中的转录调控网络，揭示了血液生成过程中转录调控的保守性	设计了一种网络重建算法，用于比较人类和小鼠骨髓细胞中血液生成相关基因的共表达和转录调控	NA	研究血液生成过程中的转录调控网络的保守性	人类和小鼠的骨髓细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类和小鼠的骨髓细胞
24576	2024-08-09	Airway-Associated Macrophages in Homeostasis and Repair 2020-12-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108553 PMID:33378665	研究论文	本文利用单细胞RNA测序、流式细胞术和免疫荧光技术，研究了小鼠气管在稳态和上皮损伤/修复过程中的髓系细胞特征	本文首次详细描述了与气道相关的亚粘膜巨噬细胞和上皮内巨噬细胞，并探讨了它们在损伤后的动态变化及其对修复过程的影响	NA	研究气道相关巨噬细胞在稳态和修复过程中的作用	小鼠气管的髓系细胞	NA	NA	单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光	NA	细胞	小鼠气管样本
24577	2024-08-09	Aging-Associated Alterations in Mammary Epithelia and Stroma Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2020-12-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108566 PMID:33378681	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，详细分析了年轻和老年小鼠乳腺组织的转录组图谱，揭示了与年龄相关的乳腺上皮和基质细胞的改变	首次系统地研究了年龄诱导的乳腺上皮和基质细胞的改变，并揭示了潜在的促肿瘤发生机制	NA	探究年龄对乳腺生理的影响及其与乳腺癌风险的关系	年轻和老年小鼠的乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和老年小鼠的乳腺组织样本
24578	2024-08-09	Feature Selection for Topological Proximity Prediction of Single-Cell Transcriptomic Profiles in Drosophila Embryo Using Genetic Algorithm 2020-12-28, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12010028 PMID:33379262	研究论文	本文使用遗传算法（GA）和DistMap算法来预测果蝇胚胎中单细胞转录组特征的拓扑邻近性，并选择最重要的基因	本文详细讨论了遗传算法的实现及其在挑战后的参数化，旨在改进基于GA的基因集选择方法，以更有效地预测拓扑关联	由于复杂的聚合排名，该方法的详细信息未能在主要挑战出版物中发表	旨在改进基于遗传算法的基因集选择方法，以更有效地预测单细胞相似性	果蝇胚胎中的单细胞转录组特征	基因组学	NA	遗传算法（GA）	DistMap算法	转录组数据	从84个已知的原位基因模式中选择了60、40和20个基因的单细胞数据集
24579	2024-08-09	Constitutive activation of cellular immunity underlies the evolution of resistance to infection in Drosophila 2020-12-24, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.59095 PMID:33357377	研究论文	本文研究了果蝇在高度寄生虫寄生下通过增强细胞免疫反应来发展抗性的机制	通过单细胞RNA测序发现，抗性果蝇的免疫诱导基因被持续上调，这是由于抗性幼虫分化出之前仅在感染后产生的特殊免疫细胞的前体细胞	NA	探讨果蝇在高度寄生环境下如何通过增强细胞免疫反应来发展抗性	果蝇及其对寄生虫的免疫反应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
24580	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveal Immune Mechanisms of the Onset and Progression of IgA Nephropathy 2020-12-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108525 PMID:33357427	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了IgA肾病和正常样本中的肾脏和CD14外周血单个核细胞，揭示了IgA肾病的免疫机制及其发病和进展过程	首次通过单细胞RNA测序技术详细揭示了IgA肾病中免疫细胞和肾细胞的分子事件，特别是JCHAIN在系膜细胞中的上调机制	NA	揭示IgA肾病的发病和进展的免疫机制	IgA肾病和正常样本中的肾脏和CD14外周血单个核细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	IgA肾病和正常样本