单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24541	2024-08-09	Single-cell rna seq analysis identifies the biomarkers and differentiation of chondrocyte in human osteoarthritis 2020, American journal of translational research IF:1.7Q4 PMID:33312370	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术识别骨关节炎中软骨细胞的生物标志物及其分化	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了骨关节炎中不同类型软骨细胞的表达谱，并预测了与软骨细胞增殖和分化紧密相关的关键基因	NA	识别骨关节炎中软骨细胞的潜在标志物并探索不同类型软骨细胞在骨关节炎中的功能	骨关节炎中的软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	480个软骨细胞样本
24542	2024-08-09	Single-Cell Sequencing of Glioblastoma Reveals Central Nervous System Susceptibility to SARS-CoV-2 2020, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2020.566599 PMID:33312949	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨了胶质母细胞瘤对SARS-CoV-2感染的敏感性	揭示了SARS-CoV-2神经侵袭的机制，并指出了神经系统细胞对SARS-CoV-2的易感性	NA	探讨中枢神经系统对SARS-CoV-2感染的敏感性	胶质母细胞瘤	数字病理学	神经系统疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	涉及胶质母细胞瘤和正常脑组织样本
24543	2024-08-09	Female reproductive tract has low concentration of SARS-CoV2 receptors 2020, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0243959 PMID:33315943	研究论文	研究调查了女性生殖器官中SARS-CoV2受体的表达情况	首次通过单细胞测序数据分析了女性生殖组织中SARS-CoV2受体的表达，发现这些组织中受体表达较低	研究仅限于分析已有的单细胞测序数据，未进行新的实验验证	探讨SARS-CoV2在女性生殖系统中的感染风险	女性生殖器官如子宫、子宫肌层、卵巢、输卵管和乳腺	NA	NA	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	涉及多个女性生殖器官的单细胞测序数据
24544	2024-08-09	Role of Vascular Smooth Muscle Cell Plasticity and Interactions in Vessel Wall Inflammation 2020, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2020.599415 PMID:33324416	研究论文	本文探讨了血管平滑肌细胞的可塑性及其在血管壁炎症中的相互作用	引入了新技术如杂交接近连接分析、CreER-loxP系统的细胞命运追踪以及具有空间分辨率的单细胞测序技术，以深化对这些细胞复杂生物学的理解	NA	旨在进一步阐明动脉粥样硬化疾病的发病机制，以发现新的治疗方法	血管平滑肌细胞及其在血管壁炎症中的作用	心血管疾病	动脉粥样硬化	杂交接近连接分析、CreER-loxP系统的细胞命运追踪、单细胞测序技术	NA	细胞	NA
24545	2024-08-09	Coupled co-clustering-based unsupervised transfer learning for the integrative analysis of single-cell genomic data 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa347 PMID:33279962	研究论文	本文提出了一种基于耦合协同聚类的无监督迁移学习算法（coupleCoC），用于多模态单细胞基因组数据的整合分析	coupleCoC算法基于信息理论的协同聚类框架，能够同时对细胞和基因组特征进行聚类，减少单细胞数据的噪声，并促进单细胞数据集之间的知识转移	NA	开发一种新的无监督迁移学习算法，用于整合分析多模态单细胞基因组数据	多模态单细胞基因组数据，包括单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）和单细胞甲基化数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、单细胞甲基化数据	协同聚类	基因组数据	涉及多种单细胞基因组数据集，包括scATAC-seq和scRNA-seq数据、单细胞甲基化和scRNA-seq数据以及来自小鼠和人类的scRNA-seq数据
24546	2024-08-09	FEATS: feature selection-based clustering of single-cell RNA-seq data 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa306 PMID:33285568	研究论文	本文介绍了一种基于特征选择的单细胞RNA测序数据聚类工具FEATS	FEATS采用单变量特征选择方法进行聚类，通过选择最具有信息量的特征来提高聚类性能	NA	提高单细胞RNA测序数据分析的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	多种单细胞RNA测序数据集
24547	2024-08-09	Monocyte and bone marrow macrophage transcriptional phenotypes in systemic juvenile idiopathic arthritis reveal TRIM8 as a mediator of IFN-γ hyper-responsiveness and risk for macrophage activation syndrome 2021-05, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/annrheumdis-2020-217470 PMID:33277241	研究论文	本研究探讨了系统性幼年特发性关节炎（SJIA）中循环单核细胞和骨髓巨噬细胞的转录表型，并揭示了TRIM8作为IFN-γ过度反应的中介和巨噬细胞激活综合征（MAS）的风险因素。	本研究首次识别了SJIA中单核细胞和骨髓巨噬细胞的转录表型，并发现TRIM8在IFN-γ信号传导中的重要作用，为理解SJIA中的MAS提供了新的分子机制和潜在治疗靶点。	研究仅使用了26名SJIA患者的单核细胞和1名患者的骨髓巨噬细胞进行分析，样本量较小，可能影响结果的普遍性。	识别SJIA中循环单核细胞和骨髓巨噬细胞的极化表型，并探索IFN-γ反应的分子特征。	系统性幼年特发性关节炎（SJIA）患者的单核细胞和骨髓巨噬细胞。	数字病理学	幼年特发性关节炎	RNA测序	NA	RNA	26名SJIA患者的单核细胞和1名患者的骨髓巨噬细胞
24548	2024-08-09	Stem cell-intrinsic mechanisms regulating adult hair follicle homeostasis 2021-04, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.14251 PMID:33278851	研究论文	本文聚焦于成体毛囊干细胞（HFSCs）内在机制在毛囊稳态中的调节作用	讨论了单细胞RNA测序和活体成像等技术进步，揭示了HFSC及其前体细胞的异质性，并增进了对HFSC与微环境间交流的理解	NA	探讨HFSC内在机制在成体皮肤稳态中的作用	成体毛囊干细胞及其在毛发生长和皮肤伤口愈合中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序，活体成像	NA	RNA	NA
24549	2024-08-09	Melatonin improves the effect of cryopreservation on human oocytes by suppressing oxidative stress and maintaining the permeability of the oolemma 2021-Mar, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.12707 PMID:33274466	research paper	本研究探讨了褪黑素（MLT）通过抑制氧化应激和维持卵母细胞膜通透性来改善人类卵子冷冻保存效果的作用	首次报道了褪黑素在人类卵子冷冻保存中的应用，通过抑制氧化应激和维持卵母细胞膜通透性来提高卵子的发育能力	研究仅限于体外成熟的卵子，未涉及体内环境的影响	研究褪黑素对人类卵子冷冻保存效果的影响	体外成熟的卵子	NA	NA	荧光染色、单细胞RNA测序、免疫荧光	NA	卵子	随机分为新鲜组、MLT处理冷冻保存组（MC组）和无MLT处理冷冻保存组（NC组），每组包含10 μM、100 μM、1 mM和10 mM的MLT处理子组
24550	2024-08-09	Similarities between bovine and human germline development revealed by single-cell RNA sequencing 2021-03, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-20-0313 PMID:33275120	研究论文	通过单细胞RNA测序、定量实时PCR和免疫荧光分析，研究了牛和人类原始生殖细胞在生殖腺发育初期的分子特征	揭示了牛和人类原始生殖细胞在基因表达和分化模式上的相似性	NA	评估牛原始生殖细胞在生殖腺发育初期的分子特征	牛和人类的原始生殖细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	40至90天胎龄的牛胎儿生殖腺
24551	2024-08-09	Highly sensitive spatial transcriptomics at near-cellular resolution with Slide-seqV2 2021-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0739-1 PMID:33288904	研究论文	本文介绍了Slide-seqV2技术，该技术通过改进文库生成、珠子合成和阵列索引，实现了接近单细胞分辨率的高灵敏度空间转录组学分析	Slide-seqV2的RNA捕获效率提高了约50%，接近基于液滴的单细胞RNA-seq技术的检测效率	NA	旨在提高空间转录组学技术的灵敏度和分辨率，以更好地理解组织形成和功能	研究对象包括小鼠海马体中的神经元和新生小鼠大脑皮层的时空发育	空间转录组学	NA	Slide-seqV2	NA	转录组数据	涉及小鼠海马体和新生小鼠大脑皮层的样本
24552	2024-08-09	Cyclophosphamide and Vinorelbine Activate Stem-Like CD8+ T Cells and Improve Anti-PD-1 Efficacy in Triple-Negative Breast Cancer 2021-02-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-1818 PMID:33268528	研究论文	研究通过使用三阴性乳腺癌模型，探讨了环磷酰胺、检查点抑制剂和长春瑞滨联合治疗对肿瘤内免疫环境的影响	该研究首次展示了环磷酰胺、检查点抑制剂和长春瑞滨联合治疗能够激活抗原呈递细胞，增加肿瘤内Tcf1干细胞样CD8 T细胞，并促进前体耗竭CD8 T细胞的增加	研究主要在动物模型中进行，需要进一步的临床试验验证其疗效	探讨环磷酰胺、检查点抑制剂和长春瑞滨联合治疗在三阴性乳腺癌中的免疫调节作用	三阴性乳腺癌模型中的免疫细胞和肿瘤生长	肿瘤学	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	超过50,000个肿瘤内免疫细胞
24553	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq revealed profound immune alteration in the peripheral blood of patients with bacterial infection 2021-Feb, International journal of infectious diseases : IJID : official publication of the International Society for Infectious Diseases IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.ijid.2020.11.205 PMID:33278616	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了细菌感染患者外周血中免疫细胞的变化	开发了名为PBMCode的条形码分析框架，揭示了细菌感染下外周血中免疫细胞群和细胞状态的详细变化	需要在未来研究中进一步关注宿主对细菌感染反应的复杂性	更好地理解人类宿主对细菌感染的反应，以改善人类健康	细菌感染患者外周血中的免疫细胞	NA	细菌感染	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	外周血单个核细胞（PBMCs）
24554	2024-08-09	Gene Regulatory Network Analysis and Engineering Directs Development and Vascularization of Multilineage Human Liver Organoids 2021-01-20, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.11.002 PMID:33290741	研究论文	本文展示了通过整合分析和工程化基因调控网络（GRNs）在多谱系人肝类器官中指导成熟和血管形态发生的方法	通过过表达PROX1和ATF5，结合靶向CRISPR介导的转录激活内源性CYP3A4，重新编程组织GRN，改善了原生肝功能	NA	研究如何通过基因调控网络的分析和工程化促进人肝类器官的发育和血管化	多谱系人肝类器官	NA	NA	CRISPR	NA	RNA-seq	NA
24555	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of human breast tumour-infiltrating immune cells reveals a γδ T-cell subtype associated with good clinical outcome 2021-01, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202000680 PMID:33268347	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人类乳腺癌肿瘤浸润性免疫细胞中的γδ T细胞亚型，发现一种与良好临床结果相关的γδ T细胞亚型	本研究首次在乳腺癌肿瘤中鉴定出一种与改善总体癌症生存率相关的γδ T细胞亚型	NA	探索γδ T细胞在癌症免疫治疗中的潜在应用	人类乳腺癌肿瘤浸润性γδ T细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康成人供体的外周血γδ T细胞和乳腺癌患者的肿瘤活检样本
24556	2024-08-09	Analysis of canine myeloid-derived suppressor cells (MDSCs) utilizing fluorescence-activated cell sorting, RNA protection mediums to yield quality RNA for single-cell RNA sequencing 2021-Jan, Veterinary immunology and immunopathology IF:1.4Q2 DOI:10.1016/j.vetimm.2020.110144 PMID:33278779	研究论文	本研究通过荧光激活细胞分选（FACS）和RNA保护介质优化犬类髓源抑制细胞（MDSC）的单细胞RNA测序	本研究优化了MDSC的FACS分选策略，并使用了RiboLock™和RNAlater™来保护RNA质量，提高了RNA完整性，从而改善了单细胞RNA测序的数据质量	由于正常样本中细胞数量较少，未进行进一步的通路分析	优化犬类MDSC的FACS分选和RNA保护方法，以提高单细胞RNA测序的数据质量	犬类髓源抑制细胞（MDSC）	数字病理学	口腔黑色素瘤	荧光激活细胞分选（FACS），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	两个样本，一个来自正常犬，另一个来自未治疗的口腔黑色素瘤犬
24557	2024-08-09	Single-cell analysis reveals the purification and maturation effects of glucose starvation in hiPSC-CMs 2021-01-01, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2020.11.076 PMID:33279112	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了葡萄糖饥饿对人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）纯化和成熟的影响。	首次全面评估了葡萄糖饥饿对hiPSC-CMs转录异质性的影响，并揭示了其对心肌细胞纯化和成熟的作用。	NA	探讨葡萄糖饥饿处理对hiPSC-CMs纯化和成熟的影响。	人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
24558	2024-08-09	Diversification of molecularly defined myenteric neuron classes revealed by single-cell RNA sequencing 2021-01, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-020-00736-x PMID:33288908	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，在小鼠小肠的肠神经系统（ENS）中定义了12种肠神经元类别的分子分类	揭示了神经元多样化的一个新原理，即通过二元神经发生分支和随后的有丝分裂后分化产生不同神经元类别	NA	探索肠神经系统中神经元类型的多样性及其在发育过程中的形成机制	小鼠小肠的肠神经系统中的神经元	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
24559	2024-08-09	Tutorial: guidelines for the computational analysis of single-cell RNA sequencing data 2021-01, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-020-00409-w PMID:33288955	教程	本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的计算分析流程	提供了最佳实践指南和实用指南	NA	为实验人员提供数据分析指南，为生物信息学家提供新计算方法的概述	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	大量单个细胞
24560	2024-08-09	Single-Cell Sequencing of Developing Human Gut Reveals Transcriptional Links to Childhood Crohn's Disease 2020-12-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.11.010 PMID:33290721	研究论文	本研究通过单细胞测序技术深入分析了6-10周龄人类胚胎肠道的发育过程，并探讨了其与儿童克罗恩病之间的转录联系	首次生成了6-10周龄人类胚胎肠道的深度单细胞图谱，并揭示了与儿童克罗恩病相关的转录因子重激活现象	NA	探讨人类胚胎肠道发育的转录特征及其与儿童克罗恩病的关系	6-10周龄人类胚胎肠道细胞及儿童克罗恩病组织	数字病理学	克罗恩病	单细胞测序	NA	转录组数据	NA