单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24521	2024-08-09	Molecular determinants and heterogeneity underlying host response to EV-A71 infection at single-cell resolution 2021-05, RNA biology IF:3.6Q2 DOI:10.1080/15476286.2021.1872976 PMID:33406999	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了EV-A71感染后的分化肠上皮细胞（C2BBe1）的转录组变化	首次在单细胞水平上揭示了EV-A71感染引起的细胞间变异和转录组差异，并发现了与病毒RNA表达密切相关的ANXA2蛋白以及lncRNA CYTOR在促进EV-A71复制中的功能	研究仅限于细胞培养模型，未涉及体内环境	探讨EV-A71感染后宿主反应的分子决定因素和异质性	EV-A71感染的分化肠上皮细胞（C2BBe1）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	感染EV-A71的分化肠上皮细胞（C2BBe1）
24522	2024-08-09	Single-cell transcriptomics identifies limbal stem cell population and cell types mapping its differentiation trajectory in limbal basal epithelium of human cornea 2021-04, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2020.12.004 PMID:33388438	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，在人类角膜缘基底层中识别出角膜缘干细胞群体及其分化轨迹	发现了新的角膜缘干细胞标记物TSPAN7和SOX17，并揭示了维持角膜缘干细胞特性的转录因子网络和信号通路	NA	旨在揭示人类角膜异质性基底层中的新型细胞类型，以单细胞分辨率识别角膜缘干细胞	人类角膜缘基底层的单个细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	UMAP	转录组数据	16,360个角膜缘基底细胞
24523	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis revealed the heterogeneity and microenvironment of gastrointestinal stromal tumors 2021-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.14795 PMID:33393143	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胃肠道间质瘤（GIST）的细胞异质性和微环境	揭示了GIST中肿瘤细胞的异质性及其与其他细胞的相互作用，为GIST的研究和治疗提供了新的理论基础	NA	旨在发现GIST中肿瘤细胞的异质性及其与其他细胞的相互作用	GIST患者的肿瘤内和肿瘤周围组织	数字病理学	胃肠道间质瘤	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	65个GIST样本
24524	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of developing maize ears facilitates functional analysis and trait candidate gene discovery 2021-02-22, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.12.015 PMID:33400914	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术分析了发育中的玉米穗的转录组，构建了一个发育图谱，并验证了结果，展示了这些数据如何促进遗传研究，整合转录网络，并识别与作物产量性状相关的候选基因。	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了玉米穗发育过程中的细胞类型多样性和发育域，克服了传统遗传学方法因遗传冗余和多效性带来的限制。	NA	深入理解玉米穗发育过程中的细胞类型多样性和发育域，以及相关的基因网络。	发育中的玉米穗的单细胞转录组。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	12,525个单细胞
24525	2024-08-09	Spatiotemporal analysis of human intestinal development at single-cell resolution 2021-02-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.12.016 PMID:33406409	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，对人类肠道发育进行了时空分析	首次详细描述了肠道发育过程中的细胞状态和形态发生里程碑，并提供了公开的在线资源以促进进一步研究	NA	深入理解人类肠道发育的机制	人类肠道发育过程中的细胞状态和形态发生	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	101种细胞状态
24526	2024-08-09	Memory-like HCV-specific CD8+ T cells retain a molecular scar after cure of chronic HCV infection 2021-02, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-020-00817-w PMID:33398179	研究论文	研究慢性丙型肝炎病毒（HCV）感染治愈后，HCV特异性CD8+ T细胞的分子特征和命运	揭示了直接作用抗病毒（DAA）治疗后，记忆样和终末期耗竭HCV特异性CD8 T细胞之间的前体-后代关系，并发现记忆样细胞在DAA治疗后得以维持，而终末期耗竭细胞消失	研究主要集中在单细胞转录组层面，未涉及其他层面的分析	探讨慢性HCV感染治愈后，HCV特异性CD8 T细胞的分子特征和命运	慢性HCV感染治愈后的HCV特异性CD8 T细胞	NA	肝炎	单细胞转录组学	NA	转录组	具体样本数量未在摘要中提及
24527	2024-08-09	Heterogeneous disease-propagating stem cells in juvenile myelomonocytic leukemia 2021-02-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20180853 PMID:33416891	研究论文	本文通过流式细胞术和单细胞RNA测序研究了青少年髓单核细胞白血病（JMML）中的异质性造血干细胞/祖细胞（HSPCs），并揭示了白血病干细胞（LSCs）的特性及其在疾病传播中的作用	首次揭示了JMML中HSPCs的异质性，并发现了与疾病复发相关的突变模式	NA	研究JMML中的细胞层次结构，特别是白血病干细胞（LSCs）的特性	青少年髓单核细胞白血病（JMML）中的造血干细胞/祖细胞（HSPCs）和白血病干细胞（LSCs）	数字病理学	白血病	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个JMML患者的造血干细胞/祖细胞（HSPCs）样本
24528	2024-08-09	A CRISPR-Cas9-engineered mouse model for GPI-anchor deficiency mirrors human phenotypes and exhibits hippocampal synaptic dysfunctions 2021-01-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2014481118 PMID:33402532	研究论文	本文利用CRISPR-Cas9技术构建了一个GPI锚定缺陷的小鼠模型，该模型再现了人类GPI生物合成缺陷的表型，并表现出海马突触功能障碍	首次成功构建了一个能够全面模拟人类GPI生物合成缺陷症状的小鼠模型，并通过单细胞RNA测序等技术深入分析了其病理机制	NA	探究GPI生物合成缺陷的病理生理机制及其在脑发育中的作用	GPI锚定缺陷的小鼠模型及其在认知、运动协调、社交行为和睡眠模式等方面的表现	分子生物学	遗传性疾病	CRISPR-Cas9, 免疫组化, 电生理记录, 单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质免疫反应数据, 电生理数据	NA
24529	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of uncultured human umbilical cord mesenchymal stem cells 2021-01-07, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-020-02055-1 PMID:33413643	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析未培养的人脐带间充质干细胞，发现两种不同的脐带间充质干细胞亚群	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了未培养的脐带间充质干细胞的异质性及其潜在的生物学功能	研究仅限于新鲜分离的未培养脐带间充质干细胞，未涉及其在临床应用中的长期效果	探究未培养的脐带间充质干细胞的异质性及其在疾病治疗中的潜在应用	人脐带间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
24530	2024-08-09	Human cutaneous neurofibroma matrisome revealed by single-cell RNA sequencing 2021-01-07, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-020-01103-4 PMID:33413690	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了人类皮肤神经纤维瘤的基质组	发现经典的促纤维化胶原蛋白I肌成纤维细胞在神经纤维瘤中很少见，而促肿瘤发生的胶原蛋白VI在神经纤维瘤中丰富，主要由神经纤维瘤成纤维细胞分泌	NA	揭示神经纤维瘤中基质基因及其相关基因（即基质组）的确切谱系及其功能	人类皮肤神经纤维瘤的基质组	数字病理学	神经纤维瘤病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
24531	2024-08-09	SCC: an accurate imputation method for scRNA-seq dropouts based on a mixture model 2021-Jan-06, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03878-8 PMID:33407064	研究论文	提出了一种名为SCC的新方法，用于填补单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的缺失值（dropouts）	SCC方法在减少细胞内距离和提高聚类准确性方面优于现有两种方法	NA	解决scRNA-seq数据中的dropout噪声问题	scRNA-seq数据中的dropouts	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	混合模型	基因表达数据	NA
24532	2024-08-09	Recent progress in pancreatic islet cell therapy 2021-Jan-05, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-020-00152-5 PMID:33402224	研究论文	本文综述了利用人多能干细胞（包括人胚胎干细胞和诱导多能干细胞）通过体外定向分化再生胰腺胰岛细胞的最新进展	通过单细胞RNA测序技术分析PSC衍生的内分泌β细胞，并与人类胰岛进行比较，发现了在胰腺分化和成熟过程中涉及的新信号通路和分子。此外，结合基因编辑技术，从糖尿病患者源性的PSC系可以分化为功能性胰腺胰岛细胞，为未来的自体细胞治疗提供了可能性	NA	探讨人多能干细胞衍生的胰腺胰岛细胞的定向分化过程、转录组和代谢组研究的新发现，以及在疾病模型中的最新进展	人多能干细胞衍生的胰腺胰岛细胞	干细胞研究	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组、代谢组	NA
24533	2024-08-09	Sparsely-connected autoencoder (SCA) for single cell RNAseq data mining 2021-01-05, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-020-00162-6 PMID:33402683	研究论文	本文介绍了一种基于稀疏连接自编码器（SCA）的工具，用于单细胞RNA测序（scRNAseq）数据的功能挖掘	提出了两种新的度量标准QCC和QCM，用于量化SCA重建有价值细胞簇的能力和评估神经网络质量	NA	开发一种工具，用于揭示与scRNAseq数据相关的隐藏特征	单细胞RNA测序数据及其细胞簇	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	稀疏连接自编码器（SCA）	文本	使用了多种实验验证的数据（TF靶点、miRNA靶点、激酶靶点和癌症相关免疫特征）
24534	2024-08-09	Overcoming Expressional Drop-outs in Lineage Reconstruction from Single-Cell RNA-Sequencing Data 2021-01-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108589 PMID:33406427	研究论文	本文介绍了一种名为SClineager的方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断准确的进化谱系，通过借鉴相关细胞的信息来克服表达下降问题	SClineager方法的创新之处在于能够有效地处理单细胞RNA测序数据中的表达下降问题，从而实现准确的谱系重建	NA	开发一种新方法，用于从单细胞RNA测序数据中进行基于遗传的谱系追踪	单细胞RNA测序数据中的表达下降问题及其对谱系重建的影响	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
24535	2024-08-09	Integrated decoding hematopoiesis and leukemogenesis using single-cell sequencing and its medical implication 2021-Jan-05, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-020-00223-4 PMID:33408321	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了23个临床样本中的约200,000个骨髓单个核细胞及其亚群的转录组，构建了一个全面的造血参考图谱，并开发了对应复合指数（CCI）来寻找每个白血病细胞亚群的健康对应细胞，以揭示白血病异质性的起源。	本研究开发了对应复合指数（CCI），通过整合多种统计方法将白血病细胞映射到参考造血细胞上，为理解白血病发生提供了新的生物学和医学意义。	NA	研究目的是通过整合分析造血和白血病发生，提供新的见解。	研究对象包括骨髓单个核细胞及其亚群的单细胞转录组。	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	23个临床样本中的约200,000个单细胞
24536	2024-08-09	Defining human mesenchymal and epithelial heterogeneity in response to oral inflammatory disease 2021-01-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.62810 PMID:33393902	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了人类口腔黏膜在慢性炎症疾病过程中的上皮和间质细胞异质性及其变化	首次揭示了人类口腔黏膜在疾病进展中的细胞类型变化，并识别了潜在的细胞间相互作用枢纽	NA	探讨人类口腔黏膜在慢性炎症疾病中的细胞异质性及其对疾病进展的影响	人类口腔黏膜的上皮细胞和间质细胞	数字病理学	口腔炎症疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
24537	2024-08-09	Targeting Lymphotoxin Beta and Paired Box 5: a potential therapeutic strategy for soft tissue sarcoma metastasis 2021-Jan-04, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-020-01632-x PMID:33397394	研究论文	本研究旨在揭示软组织肉瘤（STS）中潜在的转移机制及相关信号通路，通过分析差异表达基因和肿瘤浸润细胞	本研究通过RNA测序和Pearson相关性分析，构建了转移相关预测模型，并验证了LTB和PAX5的转录调控模式	NA	探索软组织肉瘤的转移机制及相关信号通路	软组织肉瘤中的差异表达基因和肿瘤浸润细胞	数字病理学	软组织肉瘤	RNA测序	NA	基因表达数据	261个软组织肉瘤样本
24538	2024-08-09	Molecular Mechanisms of Renal Progenitor Regulation: How Many Pieces in the Puzzle? 2021-01-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10010059 PMID:33401654	综述	本文综述了肾脏祖细胞在维持日常稳态和损伤后内源性再生过程中的分子机制	探讨了单细胞RNA测序技术在肾脏祖细胞特性研究中的应用前景	NA	总结指导肾脏祖细胞在稳态和肾损伤后反应的分子机制	肾脏祖细胞及其在生理和病理条件下的再生响应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
24539	2024-08-09	The prospects of tumor chemosensitivity testing at the single-cell level 2021-01, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2020.100741 PMID:33387814	综述	本文综述了单细胞水平肿瘤化疗敏感性测试（SCC-DST）的发展及其在克服传统药物筛选方法障碍中的应用	SCC-DST通过微流控芯片技术集成多种分析方法，提高了对个体患者药物敏感性测试的预测能力	NA	探讨SCC-DST如何克服传统药物筛选方法的障碍，并展望其与单细胞RNA测序和人工智能结合的可能性	单细胞水平肿瘤化疗敏感性测试技术及其应用	NA	癌症	微流控芯片技术	NA	单细胞数据	NA
24540	2024-08-09	Specific MiRNAs in naïve T cells associated with Hepatitis C Virus-induced Hepatocellular Carcinoma 2021, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.49594 PMID:33391397	研究论文	本研究通过结合HCV诱导的肝细胞癌（HCC）组织中的bulk mRNA和miRNA测序数据以及T细胞的单细胞RNA测序数据，探讨了T细胞与miRNAs在HCV-HCC中的关联	本研究利用去卷积的bulk RNA-seq数据和miRNA图谱，识别了与幼稚CD4+ T细胞相关的miRNAs，有助于阐明抗HCV免疫反应的潜在机制	NA	确定T细胞与miRNAs在HCV诱导的肝细胞癌（HCC）中的关联	HCV诱导的肝细胞癌（HCC）组织中的T细胞和miRNAs	NA	肝细胞癌	RNA测序	NA	mRNA和miRNA数据	NA