单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24381	2024-08-09	Evaluating the Reproducibility of Single-Cell Gene Regulatory Network Inference Algorithms 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.617282 PMID:33828580	研究论文	本文评估了六种单细胞基因调控网络推断算法的可重复性	首次基于真实数据评估单细胞网络推断算法的可重复性，并考虑了网络中多达100,000个链接	研究仅限于三种生物条件下的数据，且依赖于特定的算法和数据集	评估单细胞基因调控网络推断算法的可重复性	六种单细胞网络推断算法在三种生物条件下的表现	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组数据	涉及人类视网膜、结直肠癌中的T细胞和人类造血系统三种生物条件的数据
24382	2024-08-09	Prognostic Implication of the Expression Level of PECAM-1 in Non-small Cell Lung Cancer 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.587744 PMID:33828969	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析非小细胞肺癌中PECAM-1的表达水平及其对预后的影响	首次通过单细胞RNA测序和免疫组织化学实验验证PECAM-1在非小细胞肺癌中的表达与患者生存率的关系	样本量较小，仅包括30例术后肺癌患者	探讨非小细胞肺癌中PECAM-1表达水平对患者预后的影响	非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	30例术后肺癌患者
24383	2024-08-09	A Comparison for Dimensionality Reduction Methods of Single-Cell RNA-seq Data 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.646936 PMID:33833778	研究论文	本文比较了10种降维方法在单细胞RNA测序数据中的稳定性、准确性和计算成本	开发了一种策略来评估降维方法的性能，并提供了用户建议	需要根据具体情况设置非线性模型和神经网络降维方法的超参数	评估不同降维方法在单细胞RNA测序数据分析中的效果	单细胞RNA测序数据的降维方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	t-SNE, UMAP	测序数据	30个模拟数据集和5个真实数据集
24384	2024-08-09	Using RNentropy to Detect Significant Variation in Gene Expression Across Multiple RNA-Seq or Single-Cell RNA-Seq Samples 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_6 PMID:33835439	研究论文	本文介绍了一种基于信息论的方法RNentropy，用于检测RNA-Seq数据中跨多个样本和条件的基因表达显著变化	RNentropy方法能够克服现有方法仅限于成对比较的限制，适用于任意数量样本和条件的基因表达显著变化检测	NA	开发一种新的方法来检测跨多个样本和条件的基因表达显著变化	RNA-Seq数据中的基因表达变化	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	基因表达数据	多个样本和条件
24385	2024-08-09	Computational Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_16 PMID:33835449	研究论文	本文介绍了单细胞RNA测序数据集的聚类和标记物检测步骤	NA	NA	研究单细胞RNA测序数据的分析方法	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
24386	2024-08-09	Normalization of Single-Cell RNA-Seq Data 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_17 PMID:33835450	研究论文	本文介绍了如何使用R/Bioconductor计算单细胞RNA-seq数据的归一化因子，并比较了几种归一化方法	提出了使用数据驱动的方法来评估和选择最佳的归一化方法	未提及	探讨单细胞RNA-seq数据归一化的方法及其对结果的影响	单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	未提及
24387	2024-08-09	Dimensionality Reduction of Single-Cell RNA-Seq Data 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_18 PMID:33835451	研究论文	本文描述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析中典型的降维工作流程，特别强调了主成分分析、t分布随机邻域嵌入和均匀流形近似与投影的作用	本文强调了在处理包含数百万细胞的大型数据集时的计算效率	NA	探讨单细胞RNA测序数据分析中的降维方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	主成分分析、t分布随机邻域嵌入、均匀流形近似与投影	基因表达数据	数百万细胞
24388	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Analysis: A Step-by-Step Overview 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_19 PMID:33835452	综述	本文提供了一个逐步指南，概述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析的整个标准工作流程，包括读取映射、质量控制、基因表达定量、归一化、特征选择、降维和细胞聚类等步骤	本文提出了四个易于新用户使用的scRNA-seq分析流程，并提供了当前可用的单细胞技术概述	尽管有大量的分析方法，但缺乏一个通用的标准化流程	旨在帮助新手克服进入单细胞RNA测序分析领域的障碍，并扩展单细胞方法在基础科学中的研究潜力	单细胞RNA测序数据分析流程和技术	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	数千个细胞
24389	2024-08-09	Iterative transfer learning with neural network for clustering and cell type classification in single-cell RNA-seq analysis 2020-Oct, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-020-00233-7 PMID:33817554	研究论文	本文介绍了一种名为ItClust的迭代迁移学习算法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中的聚类和细胞类型分类	ItClust算法结合了监督细胞类型分类算法的思想，并利用目标数据中的信息，确保对仅存在于目标数据中的细胞进行分类的敏感性	现有的监督方法性能高度依赖于源数据质量，且对源数据中缺失的细胞类型分类准确性有限	开发一种新的迁移学习算法，以提高scRNA-seq数据中聚类和细胞类型分类的准确性	scRNA-seq数据中的细胞聚类和细胞类型分类	机器学习	NA	scRNA-seq	神经网络	RNA-seq数据	涉及不同物种和组织的数据，使用多种scRNA-seq协议生成
24390	2024-08-09	Correction to: Single-Cell RNA Sequencing of the Adult Mammalian Heart - State of the Art and Future Perspectives 2021-Dec, Current heart failure reports IF:3.8Q1 DOI:10.1007/s11897-021-00507-0 PMID:33797708	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
24391	2024-08-09	Fast identification of differential distributions in single-cell RNA-sequencing data with waddR 2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab226 PMID:33792651	research paper	本文提出了一种基于2-Wasserstein距离的快速差异分布检测方法，用于单细胞RNA测序数据中的基因表达分布差异识别	该方法能够检测任意类型的分布差异，并通过分解2-Wasserstein距离来解释差异的来源，包括均值、方差和形状的变化	NA	开发一种新的方法来识别单细胞RNA测序数据中的复杂分布差异	单细胞RNA测序数据中的基因表达分布差异	bioinformatics	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
24392	2024-08-09	Transcriptome Regulation by Oncogenic ALK Pathway in Mammalian Cortical Development Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2021-07-05, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991) DOI:10.1093/cercor/bhab058 PMID:33791755	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了致癌ALK通路在哺乳动物大脑皮质发育中的转录组调控作用	首次揭示了ALK在哺乳动物大脑发育中的作用，并识别了由ALK调控的不同发育阶段的不同表达基因（DEGs）	NA	探讨致癌ALK通路在神经发育中的关键作用及其对细胞类型特异性转录组的调控	ALK在哺乳动物大脑发育中的作用及其对神经细胞的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用人脑类器官进行scRNA-seq分析
24393	2024-08-09	Human Primary Airway Basal Cells Display a Continuum of Molecular Phases from Health to Disease in Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2021-07, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2020-0464OC PMID:33789072	研究论文	本研究优化了基于流式细胞术的细胞分选协议，用于分离人类气道基底细胞，并通过单细胞RNA测序揭示了从健康到慢性阻塞性肺病（COPD）不同阶段的基底细胞分子特征。	首次通过单细胞RNA测序揭示了健康与COPD患者气道基底细胞的分子连续性，并识别了可能指示COPD的上调基因。	研究主要集中在COPD晚期阶段，可能需要进一步研究其他疾病阶段以获得更全面的理解。	揭示气道基底细胞在COPD和其他肺部疾病中的作用，并发现新的治疗靶点。	人类气道基底细胞及其在健康和COPD中的分子特征。	数字病理学	慢性阻塞性肺病	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	RNA	来自健康捐赠者和COPD IV期患者的气道基底细胞
24394	2024-08-09	Modelling hereditary diffuse gastric cancer initiation using transgenic mouse-derived gastric organoids and single-cell sequencing 2021-07, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.5675 PMID:33797756	研究论文	本研究利用转基因小鼠衍生的胃类器官和单细胞测序技术，模拟遗传性弥漫性胃癌（HDGC）的初始阶段。	首次通过单细胞RNA测序探索了HDGC小鼠类器官模型中的转录组景观，揭示了CDH1缺失在早期肿瘤发生中的影响。	NA	研究CDH1基因缺失如何启动遗传性弥漫性胃癌的机制。	遗传性弥漫性胃癌（HDGC）的初始阶段。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
24395	2024-08-09	Single-cell data clustering based on sparse optimization and low-rank matrix factorization 2021-06-17, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkab098 PMID:33787873	研究论文	本文提出了一种基于稀疏优化和低秩矩阵分解的单细胞RNA测序数据聚类新算法scSO	scSO算法能够准确预测细胞聚类数量，并正确分类大多数细胞	NA	开发一种有效的单细胞RNA测序数据聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稀疏优化和低秩矩阵分解	基因表达数据	多个基准数据集
24396	2024-08-09	Female Immunity Protects from Cutaneous Squamous Cell Carcinoma 2021-06-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-4261 PMID:33795258	研究论文	研究探讨了性别差异对皮肤鳞状细胞癌（cSCC）的影响，发现女性免疫系统在cSCC中提供了更强的保护作用	首次展示了女性免疫系统在cSCC中的保护作用，以及性别对癌症免疫相关表达途径和T细胞浸润的影响	研究主要集中在免疫功能正常和免疫抑制的患者以及小鼠模型上，可能需要更多样化的样本和模型来验证结果	探讨性别差异在皮肤鳞状细胞癌中的影响及其分子机制	免疫功能正常和免疫抑制的皮肤鳞状细胞癌患者，以及FVB/N小鼠和人类角质形成细胞	数字病理学	皮肤鳞状细胞癌	全外显子测序、批量RNA测序和单细胞RNA测序	NA	RNA	738名免疫功能正常的cSCC患者，160名免疫抑制的cSCC患者，63名晚期cSCC患者，20名晚期cSCC患者，以及FVB/N小鼠和人类角质形成细胞
24397	2024-08-09	Somatic mutations in lymphocytes in patients with immune-mediated aplastic anemia 2021-05, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-021-01231-3 PMID:33785863	研究论文	研究了免疫介导性再生障碍性贫血（AA）患者淋巴细胞中的体细胞突变情况	首次详细描述了非白血病T细胞中的体细胞突变及其在AA发病机制中的作用	样本量相对较小，需要进一步的大规模研究来验证结果	探讨体细胞突变在免疫介导性再生障碍性贫血发病机制中的作用	AA患者的CD4+和CD8+ T细胞	NA	再生障碍性贫血	定制的2533基因面板测序、T细胞受体beta测序、单细胞测序	NA	基因序列	24名AA患者和20名健康对照
24398	2024-08-09	Single-cell transcriptomics trajectory and molecular convergence of clinically relevant mutations in Brugada syndrome 2021-05-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology DOI:10.1152/ajpheart.00061.2021 PMID:33797273	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了Brugada综合征中临床相关突变的分子汇聚及其与心脏发育细胞类型的关联	首次通过单细胞转录组学分析，揭示了Brugada综合征中临床相关突变在离子运输域的富集，并识别了与该综合征病因相关的心脏发育细胞类型	NA	评估Brugada综合征中临床相关突变的分子汇聚，并识别与该综合征病因相关的心脏发育细胞类型	Brugada综合征中的临床相关突变及其在心脏发育中的影响	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	733个突变，涉及16个与Brugada综合征相关的钠、钙、钾通道及调控和结构基因
24399	2024-08-09	Independence of chromatin conformation and gene regulation during Drosophila dorsoventral patterning 2021-04, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00799-x PMID:33795866	研究论文	本文研究了果蝇胚胎背腹模式形成过程中染色质结构与基因调控的独立性	提供了染色质组织与背腹基因表达独立性的证据，并发现组织特异性染色质状态和基因表达下，染色质组织在组织间基本保持不变	未明确说明基因表达和染色质状态是否驱动染色质组织，或染色质组织变化是否促进细胞类型特异性基因表达激活	探究染色质组织与基因调控之间的关系	果蝇胚胎的背腹模式形成	基因调控	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	未明确说明具体样本数量
24400	2024-08-09	New dog, old tricks: Developmental programs resurface in inflammation 2021-04-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.03.007 PMID:33798418	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术研究人类皮肤中的细胞状态和基因程序，揭示了皮肤病中可能促进炎症病理的胎儿程序	首次在人类皮肤中发现并定义了与皮肤病相关的胎儿基因程序	NA	研究人类皮肤中的细胞状态和基因程序，特别是在皮肤病中的表现	人类皮肤细胞及其在皮肤病中的基因表达	数字病理学	皮肤病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及