本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2421 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification
2025-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09010-1
PMID:40369074
|
研究论文 | 通过空间转录组技术揭示人类胎儿大脑皮层分层和区域特化的分子机制 | 首次结合MERFISH技术和深度学习核分割,在空间单细胞分辨率下系统绘制人类胎儿皮层发育图谱,发现皮层区域特化的两种不同模式 | 研究仅聚焦胎儿发育阶段,未涵盖出生后皮层发育过程 | 解析人类大脑皮层分层和区域特化的空间分子机制 | 人类胎儿大脑皮层组织 | 空间转录组学 | NA | MERFISH, 单核RNA测序, 深度学习核分割 | 深度学习 | 空间转录组数据, 图像数据 | 超过1800万个单细胞,涵盖7个发育时间点和8个皮层区域 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交(MERFISH) |
2422 | 2025-10-06 |
Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis
2025-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09018-7
PMID:40369079
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术发现肿瘤微环境中的牛磺酸通过驱动糖酵解促进白血病发生 | 首次系统描绘白血病进展过程中基质信号的动态变化,鉴定牛磺酸-TAUT轴作为侵袭性髓系白血病的关键依赖性通路 | 研究主要聚焦于髓系白血病,对其他类型白血病的适用性需进一步验证 | 探索肿瘤微环境对白血病干细胞的支持机制 | 白血病干细胞、骨髓基质细胞、小鼠模型和患者来源的急性髓系白血病细胞 | 单细胞生物学 | 白血病 | 单细胞RNA测序、CRISPR筛选、多组学分析 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2423 | 2025-10-06 |
Exploiting the endothelial-immune axis to improve radiotherapy efficacy
2025-Aug-01, The British journal of radiology
DOI:10.1093/bjr/tqaf114
PMID:40419861
|
综述 | 探讨放射治疗中内皮细胞与免疫系统的相互作用机制及其对治疗效果的影响 | 提出通过靶向内皮-免疫轴来增强放射治疗疗效的新策略 | NA | 改善放射治疗的疗效并减少副作用 | 血管内皮细胞与免疫细胞在放射治疗中的相互作用 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
2424 | 2025-10-06 |
Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115909
PMID:40570367
|
研究论文 | 研究细胞因子混合物对人THP-1巨噬细胞向阿尔茨海默病相关表型重编程的作用 | 首次使用特定细胞因子组合(IL-4、CSF1、IL-34和TGF-β)在体外将人巨噬细胞重编程为AD相关表型 | 研究仅限于体外THP-1巨噬细胞模型,未在体内验证 | 开发阿尔茨海默病相关的体外巨噬细胞模型 | 人THP-1巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,转录组分析,功能测定 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | THP-1巨噬细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2425 | 2025-10-06 |
Generation and long-term culture of human cerebellar organoids from pluripotent stem cells
2025-06, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01093-w
PMID:39623220
|
研究论文 | 开发了一种从人多能干细胞生成和长期培养人类小脑类器官的方案 | 首次建立了能够复制胎儿小脑细胞多样性和独特细胞结构特征的人类小脑类器官模型 | NA | 研究人类小脑发育和疾病 | 人类小脑类器官 | 发育神经生物学 | 小脑疾病 | 单细胞转录组学、免疫组织化学、钙动力学、电生理学 | NA | 转录组数据、图像数据、电生理数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2426 | 2025-10-06 |
Targeting of arachidonic acid-modulated autophagy to enhance the sensitivity of ROS1 + or ALK + non-small cell lung cancer to crizotinib therapy
2025-Mar-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-2025-105
PMID:40248722
|
研究论文 | 本研究揭示了花生四烯酸通过调节自噬流促进ROS1+或ALK+非小细胞肺癌对克唑替尼耐药的机制 | 首次发现STAT3磷酸化失活和PTGS2下调导致花生四烯酸积累,进而通过促进自噬流驱动克唑替尼耐药的新机制 | 研究主要基于细胞系模型,尚未进行体内动物实验验证 | 阐明克唑替尼耐药机制并寻找克服耐药的新治疗策略 | ROS1+或ALK+非小细胞肺癌细胞系(HCC78和H3122) | 癌症生物学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序,代谢组学分析 | 细胞耐药模型 | 基因表达数据,代谢物数据 | 2种细胞系,3个类器官样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2427 | 2025-10-06 |
Osteocyte connexin hemichannels and prostaglandin E2 release dictate bone marrow mesenchymal stromal cell commitment
2025-Feb-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2412144122
PMID:39937859
|
研究论文 | 本研究揭示了骨细胞连接蛋白43半通道通过释放前列腺素E2调控骨髓间充质干细胞谱系分化的关键机制 | 首次发现骨细胞Cx43半通道通过PGE2释放调控BM-MSPC命运决定,揭示了骨细胞与间充质干细胞间的新型通讯机制 | 研究主要基于转基因小鼠模型,人类组织验证尚不充分 | 探究骨细胞如何通过Cx43半通道调控骨髓间充质干细胞的谱系定向分化 | 转基因小鼠模型的骨髓间充质干细胞和祖细胞 | 细胞生物学 | 骨骼疾病 | 流式细胞术,单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据,细胞表型数据 | 两种Cx43突变转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2428 | 2025-10-06 |
Divergent Clinical and Immunologic Outcomes Based on STK11 Co-mutation Status in Resectable KRAS-Mutant Lung Cancers Following Neoadjuvant Immune Checkpoint Blockade
2025-Jan-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2983
PMID:39545922
|
研究论文 | 本研究探讨了可切除KRAS突变肺癌中STK11共突变状态对新辅助免疫检查点阻断治疗后临床和免疫学结果的影响 | 首次在可切除NSCLC新辅助免疫治疗背景下揭示KRAS/STK11共突变的临床意义,并通过单细胞转录组学发现T细胞转录命运的差异 | 样本量有限(7个KRASmut/STK11wt肿瘤和6个KRASmut/STK11mut肿瘤),需要更大规模研究验证 | 评估KRAS和STK11共突变对可切除非小细胞肺癌新辅助免疫治疗疗效的影响 | 可切除的KRAS突变非小细胞肺癌患者 | 癌症免疫学 | 肺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 13个肿瘤样本(7个KRASmut/STK11wt,6个KRASmut/STK11mut) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2429 | 2025-10-06 |
Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages
2024-11, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00773-6
PMID:39478117
|
研究论文 | 通过多组学技术分析乳腺癌亚型及其谱系的染色质可及性和转录动态特征 | 首次在单细胞水平整合配对转录组和染色质可及性分析,揭示乳腺癌亚型特异性谱系的调控网络 | 样本量相对有限(37例患者),需要更大规模验证 | 研究乳腺癌亚型特异性肿瘤-正常谱系的转录调控网络 | 乳腺癌患者组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞多组学, 空间转录组学, 多重成像 | 调控网络分析 | 基因组, 转录组, 表观基因组, 图像 | 37例患者的61个样本 | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学, 多重成像, bulk RNA-seq | NA | NA |
2430 | 2025-10-06 |
Exploring Cellular Heterogeneity: Single-Cell and Spatial Transcriptomics of Alzheimer Disease Brains and iPSC-Derived Microglia
2024-Oct-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5045715/v1
PMID:39483903
|
研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学数据,构建了阿尔茨海默病大脑和小胶质细胞的详细图谱 | 首次整合多个队列和脑区的单细胞与空间转录组数据,揭示了小胶质细胞状态的区域和病理特异性 | NA | 阐明阿尔茨海默病中小胶质细胞的异质性和空间分布特征 | 实验模型和人类大脑中的小胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫组织化学 | NA | 转录组数据,空间定位数据 | 多个队列和脑区域样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
2431 | 2025-10-06 |
Engineered extracellular vesicles enable high-efficient delivery of intracellular therapeutic proteins
2024-Oct-01, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwae015
PMID:38518087
|
研究论文 | 开发了一种基于细胞外囊泡的高效细胞内治疗蛋白递送系统 | 提出无需支架蛋白即可高效包装和递送天然蛋白的IDEA方法 | NA | 开发高效的细胞内蛋白递送系统以扩展蛋白治疗应用 | 细胞外囊泡和环状GMP-AMP合酶(cGAS) | 生物医学工程 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个同系肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2432 | 2025-10-06 |
Stress-free single-cell transcriptomic profiling and functional genomics of murine eosinophils
2024-06, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-00967-3
PMID:38504138
|
研究论文 | 开发了一种无应激小鼠嗜酸性粒细胞单细胞转录组分析方案,并展示了其在结肠炎研究中的应用 | 建立了首个无应激的嗜酸性粒细胞单细胞转录组捕获方法,结合基因组CRISPR筛选技术研究其分化机制 | 方法主要针对小鼠模型,人类样本的适用性需要进一步验证 | 开发嗜酸性粒细胞单细胞转录组分析和功能基因组学研究方法 | 小鼠组织驻留嗜酸性粒细胞 | 单细胞组学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序, CRISPR筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | 多组织来源的小鼠嗜酸性粒细胞 | BD Biosciences | 单细胞RNA-seq | BD Rhapsody | 微孔板单细胞RNA捕获系统 |
2433 | 2025-10-06 |
Integrative single-cell meta-analysis reveals disease-relevant vascular cell states and markers in human atherosclerosis
2023-11-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113380
PMID:37950869
|
研究论文 | 通过整合22个单细胞RNA测序库的元分析,构建了包含118,578个细胞的人类动脉粥样硬化综合图谱 | 首次通过大规模单细胞元分析揭示血管细胞状态与动脉粥样硬化的关联,并发现LTBP1和CRTAC1作为疾病进展标志物 | 基于已有数据集的元分析,可能受原始研究技术差异的限制 | 解析人类动脉粥样硬化中血管细胞状态与疾病关联机制 | 人类动脉粥样硬化组织中的血管和免疫细胞 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, 全基因组关联研究, 空间成像分析 | 整合元分析 | 单细胞转录组数据, 基因组数据, 空间成像数据 | 118,578个细胞来自22个scRNA-seq文库 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2434 | 2025-10-06 |
Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression
2023-Nov-13, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.11.13.23298409
PMID:38014221
|
研究论文 | 本研究通过空间蛋白质组学和空间转录组学整合分析,揭示了卵巢交界性肿瘤向低级别浆液性癌侵袭进展的分子机制 | 首次整合空间蛋白质组学和空间转录组学技术,在分子水平上解析了卵巢交界性肿瘤向侵袭性癌转化的全过程 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 阐明卵巢交界性肿瘤向低级别浆液性癌侵袭进展的分子机制 | 卵巢交界性肿瘤(SBT)和低级别浆液性癌(LGSC)患者组织样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间蛋白质组学, 空间转录组学, 基因敲低, 药物抑制 | NA | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | NA |
2435 | 2025-10-06 |
Cell-intrinsic and -extrinsic effects of SARS-CoV-2 RNA on pathogenesis: single-cell meta-analysis
2023-10-24, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00375-23
PMID:37737611
|
研究论文 | 通过单细胞RNA-seq数据的荟萃分析,研究SARS-CoV-2 RNA在细胞内外对COVID-19发病机制的影响 | 首次通过跨物种单细胞荟萃分析评估临床前模型模拟人类COVID-19的能力,并发现病毒RNA在多种非上皮细胞中的广泛传播 | 仅分析六个公开可用的单细胞RNA-seq数据集,样本量有限 | 评估SARS-CoV-2 RNA在细胞内外对COVID-19发病机制的影响 | 人类和五种动物模型(K18-hACE2小鼠、仓鼠、雪貂、猕猴等)的肺细胞 | 单细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞RNA-seq, 双映射分析, 差异基因表达分析, 主成分分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 六个公开可用的单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2436 | 2025-10-06 |
Multi-omic analysis of the cardiac cellulome defines a vascular contribution to cardiac diastolic dysfunction in obese female mice
2023-03-29, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-023-00983-6
PMID:36988733
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示平滑肌细胞盐皮质激素受体在肥胖雌性小鼠心脏舒张功能障碍中的关键作用 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统分析非心肌细胞群体,揭示血管平滑肌细胞MR信号在肥胖相关心脏功能障碍中的核心机制 | 研究仅限于雌性小鼠模型,未涉及雄性动物及人类临床样本验证 | 探究平滑肌细胞特异性MR缺失对肥胖相关冠状动脉和心脏舒张功能的影响 | 雌性小鼠(西方饮食诱导的肥胖模型) | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,基因表达谱分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 雌性小鼠(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2437 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis of Retinal Development Identifies NFI Factors as Regulating Mitotic Exit and Late-Born Cell Specification
2019-06-19, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2019.04.010
PMID:31128945
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析视网膜发育过程,发现NFI转录因子调控有丝分裂退出和晚生细胞特化 | 首次在视网膜发育过程中系统鉴定NFI转录因子对双极中间神经元和Müller胶质细胞命运特化的调控作用 | 研究主要基于转录组数据,缺乏直接的功能验证实验 | 揭示神经元前体细胞中基因表达的精确时序调控机制 | 视网膜发育过程中的神经元前体细胞和各类视网膜细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10个发育阶段的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2438 | 2025-10-06 |
Decomposing Cell Identity for Transfer Learning across Cellular Measurements, Platforms, Tissues, and Species
2019-05-22, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2019.04.004
PMID:31121116
|
研究论文 | 开发了scCoGAPS和projectR工具,通过潜在空间表示和迁移学习实现跨细胞测量、平台、组织和物种的细胞身份分析 | 提出基于潜在空间分解的细胞身份分析方法,能够避免批次效应和技术特征干扰,实现跨数据集和物种的生物学特征比较 | 方法依赖于源数据集的质量和代表性,潜在空间的解释仍需进一步验证 | 开发单细胞RNA测序数据的探索性分析工具,实现跨数据集和物种的细胞身份比较 | 小鼠视网膜发育数据、成年小鼠视网膜、人类视网膜发育时间序列、发育中大脑scRNA-seq数据、染色质可及性数据和小鼠细胞类型图谱 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 潜在空间模型, 迁移学习 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 多个单细胞RNA测序数据集,包括小鼠和人类样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2439 | 2025-10-06 |
Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration
2025-Oct, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70057
PMID:40631762
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示嗅鞘细胞和雪旺细胞的共同起源及发育差异,并探讨Yap/Taz缺失对这两种细胞发育的影响 | 首次发现Yap/Taz缺失对嗅鞘细胞和雪旺细胞发育产生不同影响,同时证明GnRH-1神经元迁移在此过程中不受影响 | 研究仅使用小鼠胚胎模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究Hippo通路在嗅鞘细胞发育中的作用及其对嗅觉系统发育的影响 | 小鼠胚胎鼻组织中的嗅鞘细胞、雪旺细胞、黑色素细胞和GnRH-1神经元 | 发育生物学 | 神经系统发育疾病 | 单细胞RNA测序, 条件性基因敲除 | Sox10-Cre转基因小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 组织学图像 | 小鼠胚胎鼻组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2440 | 2025-10-06 |
Diverse Subpopulations of Reactive Astrocytes Following Chronic Toxoplasma Infection
2025-Oct, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70053
PMID:40635167
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了慢性弓形虫感染后反应性星形胶质细胞的多样性亚群及其功能特征 | 首次发现表达转甲状腺素蛋白的Lcn2CreERT2+星形胶质细胞亚群在慢性神经炎症中的免疫调节作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类慢性神经炎症中的星形胶质细胞亚群演化仍需进一步验证 | 探究慢性神经炎症过程中反应性星形胶质细胞亚群的演化规律和功能特征 | 慢性弓形虫感染小鼠模型中的反应性星形胶质细胞 | 单细胞生物学 | 神经感染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Lcn2CreERT2报告基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |