本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2421 | 2025-11-27 |
Identity, Functions, and the Spatiotemporal Maturation of Type 1 Conventional Dendritic Cells
2025-Nov, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.70079
PMID:41290543
|
综述 | 本文综述了1型常规树突状细胞的身份、功能及时空成熟过程 | 揭示了树突状细胞在免疫原性和耐受性成熟过程中均经历广泛且趋同的重编程过程 | NA | 阐明树突状细胞特别是cDC1亚群的异质性、功能特性和成熟机制 | 1型常规树突状细胞(cDC1s) | 免疫学 | 癌症、传染病、自身免疫性疾病 | 单细胞转录组学、本体遗传学研究 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2422 | 2025-11-27 |
Cross-expression meta-analysis of mouse brain slices reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells
2025-Oct-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03747-8
PMID:41163012
|
研究论文 | 本研究提出“交叉表达”概念,通过整合多个小鼠大脑数据集构建元分析网络,揭示相邻细胞间基因表达的协调模式 | 引入“交叉表达”新概念,无需细胞类型标签或预定义数据库即可分析相邻细胞间基因表达协调性 | 方法依赖于基因表达和细胞位置矩阵的准确性,未考虑细胞间直接通讯机制 | 研究空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 小鼠大脑切片中的细胞 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 空间转录组学,元分析 | 交叉表达网络 | 基因表达数据,空间位置数据 | 约2500万个细胞,695个切片,52个大脑 | 多种技术平台 | 空间转录组学 | 多种技术 | 8种不同技术平台的数据集 |
| 2423 | 2025-11-27 |
Spatial transcriptomics of glioblastoma defines biologically and clinically significant reprogramming patterns across unique spatial microenvironments
2025-Oct-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.683110
PMID:41279756
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析胶质母细胞瘤的空间微环境,揭示其生物学重编程模式和细胞间相互作用 | 开发了空间信息整合方法,将基因共表达网络模块与细胞通讯变化相结合,提供了首个包含14个样本的Visium空间转录组数据集 | 样本量相对有限(14个样本),研究聚焦于特定空间区域(Ivy GBM Atlas Project区域) | 解析胶质母细胞瘤的空间异质性及其对肿瘤行为和治疗反应的影响 | 胶质母细胞瘤组织样本及其空间微环境 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 基因共表达网络分析 | 空间转录组数据 | 14个胶质母细胞瘤样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组技术 |
| 2424 | 2025-11-27 |
Gsx2 Regulates Oligodendrocyte Precursor Formation in the Zebrafish Spinal Cord
2025-Oct-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.18.683250
PMID:41279990
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术发现Gsx2基因在斑马鱼脊髓中调控少突胶质前体细胞形成的机制 | 首次在斑马鱼脊髓中发现pre-OPCs亚群,并证实Gsx2基因通过调控基因网络影响OPC形成时机 | 研究仅限于斑马鱼模型,尚未在哺乳动物中验证 | 探究Gsx2基因在少突胶质前体细胞形成过程中的调控机制 | 斑马鱼脊髓神经前体细胞和少突胶质前体细胞 | 发育生物学 | 神经系统发育疾病 | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | 斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 2425 | 2025-11-27 |
Clinical Interventions and Inflammatory Signaling Shape the Transcriptional and Cellular Architecture of the Early Postnatal Lung
2025-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.683116
PMID:41278997
|
研究论文 | 通过单细胞测序构建早期出生后人类肺部细胞图谱,揭示肺泡2型细胞的两种新转录状态及其与炎症信号和临床干预的关联 | 首次发现肺泡2型细胞存在两种互斥的转录状态,并证明炎症信号和抗炎药物可调控这些状态的平衡 | 样本量相对有限(23例),仅涵盖0-2岁年龄段 | 解析早期出生后人类肺部的细胞结构和转录调控机制 | 人类早期出生后肺部组织(0-2岁) | 单细胞生物学 | 肺部疾病 | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 23例组织学正常样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 2426 | 2025-11-27 |
C. elegans astrocytes mature in two phases from lineally distinct progenitors through CEH-43/DLX-mediated convergent transcription
2025-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.682973
PMID:41279325
|
研究论文 | 本研究通过谱系限制性单细胞RNA测序揭示了线虫CEPsh星形胶质细胞的两阶段发育程序 | 发现星形胶质细胞从谱系和转录不同的祖细胞通过CEH-43介导的趋同转录分化为相同类型 | 研究仅限于线虫模型,哺乳动物中的直接验证尚不充分 | 揭示星形胶质细胞分化的基因调控程序 | 秀丽隐杆线虫CEPsh星形胶质细胞及其祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2427 | 2025-11-27 |
Gene editing and multi-omics approaches to study early embryogenesis in cattle
2025-Aug-29, Reproduction, fertility, and development
DOI:10.1071/RD25167
PMID:41292010
|
综述 | 本文综述了多组学分析和基因编辑技术在牛早期胚胎发育研究中的应用与进展 | 整合单细胞多组学技术与多种功能工具(CRISPR/Cas9、RNA编辑、碱基编辑等)研究牛早期胚胎发育机制 | NA | 通过多组学与功能工具研究牛早期胚胎发育机制,提高牛生育能力 | 牛早期胚胎(第一周发育阶段) | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 代谢组学, 蛋白质组学, CRISPR/Cas9, RNA编辑, 碱基编辑, Trim-Away | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 代谢组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 2428 | 2025-11-27 |
Heterochronic parabiosis uncovers AdipoR1 as a critical player in retinal rejuvenation
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv6642
PMID:40668916
|
研究论文 | 本研究通过异时共生模型结合单细胞RNA测序技术,揭示AdipoR1在视网膜年轻化过程中的关键作用 | 首次通过异时共生模型系统分析视网膜衰老的转录组变化,并鉴定AdipoR1-AMPK信号通路作为视网膜年轻化的核心机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类视网膜中验证 | 探索视网膜衰老的分子驱动因素并鉴定抗衰老靶点 | 年轻、年老及异时共生配对小鼠的视网膜组织 | 单细胞转录组学 | 视网膜衰老 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻、年老及异时共生配对小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2429 | 2025-11-27 |
The endothelial growth factor Angiopoietin-2 is an accurate prognostic biomarker in patients with acetaminophen-induced acute liver failure
2025-Feb-21, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.02.19.25322567
PMID:40034764
|
研究论文 | 本研究评估血管生成素-2作为对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭预后生物标志物的价值 | 首次发现血管生成素-2在急性肝衰竭患者中具有优越的预后预测价值,特别是在早期就诊患者中优于MELD评分 | 样本量相对有限(总样本量110例),需要在更大规模研究中进一步验证 | 评估血管生成素-2作为对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭预后生物标志物的有效性 | 对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭患者 | 生物标志物研究 | 急性肝衰竭 | 单细胞RNA测序, ELISA | NA | 基因表达数据, 临床数据 | 两个独立队列共123例患者(凤凰队列43例,ALFSG队列80例),合并分析110例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2430 | 2025-11-27 |
VARGG: a deep learning framework advancing precise spatial domain identification and cellular heterogeneity analysis in spatial transcriptomics
2025-Jan-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf018
PMID:41275376
|
研究论文 | 提出VARGG深度学习框架,通过结合视觉Transformer和图神经网络提升空间转录组学中空间域识别精度和细胞异质性分析能力 | 首次将预训练视觉Transformer与图神经网络自编码器结合,利用自注意力机制捕获全局上下文信息,并通过多层门控残差图神经网络和高斯噪声增强特征表示和模型泛化能力 | NA | 开发能够准确识别空间域并分析细胞异质性的深度学习框架 | 人类胶质母细胞瘤、小鼠胚胎、乳腺癌等组织样本 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤,乳腺癌 | 空间转录组学 | Vision Transformer,图神经网络自编码器 | 空间基因表达数据 | 多个不同规模数据集 | 10x Genomics,其他 | 空间转录组学 | 10x Visium, Slide-seqV2, Stereo-seq, MERFISH | 10x Visium空间转录组平台 |
| 2431 | 2025-11-27 |
Characterization of Ferroptosis-Related Genes in Aplastic Anaemia: An Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data
2025, Acta haematologica
IF:1.7Q3
DOI:10.1159/000543656
PMID:39938486
|
研究论文 | 通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,研究铁死亡相关基因在再生障碍性贫血中的作用 | 首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据系统分析AA中铁死亡相关基因,并在单细胞水平揭示关键基因DDIT4和NCF2的作用 | 研究基于公共数据库数据,缺乏实验验证;样本来源和数量未明确说明 | 探索再生障碍性贫血中铁死亡相关基因的作用机制 | 再生障碍性贫血患者样本和对照样本 | 生物信息学 | 再生障碍性贫血 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2432 | 2025-11-27 |
Dermal fibroblast cultures recapitulate differences between deermice and mice in their responses to a Toll-like receptor agonist
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1666789
PMID:41262241
|
研究论文 | 本研究通过体外培养真皮成纤维细胞,比较了白足鼠与小鼠对TLR2激动剂的免疫反应差异 | 首次在真皮成纤维细胞培养模型中揭示白足鼠与小鼠在TLR激动剂反应、内源性逆转录病毒激活和细胞自主免疫方面的种属差异 | 研究仅关注真皮成纤维细胞,未涉及其他免疫细胞类型;体外培养环境可能与体内实际情况存在差异 | 评估哺乳动物免疫反应的种属差异,建立适用于实验室和野外研究的体外模型 | 白足鼠(Peromyscus leucopus)和小鼠(Mus musculus)的原代真皮成纤维细胞 | 单细胞组学 | 传染病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两种啮齿类动物的原代真皮成纤维细胞培养物 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2433 | 2025-11-27 |
CDK1 may promote breast cancer progression through AKT activation and immune modulation
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1591706
PMID:41278293
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学和实验分析全面评估CDK1在乳腺癌中的表达、预后价值及生物学功能 | 首次系统揭示CDK1通过AKT激活和免疫调节促进乳腺癌进展的多重致癌机制 | 研究主要基于TCGA数据库和单一细胞系验证,需要更多临床样本和体内实验进一步证实 | 评估CDK1在乳腺癌中的临床意义和分子机制 | 乳腺癌组织和MDA-MB-231细胞系 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 转录组分析,单细胞RNA测序,shRNA敲低,Western blotting,CCK-8检测 | NA | 转录组数据,单细胞RNA测序数据,临床数据 | TCGA乳腺癌数据集和TISCH2单细胞数据库 | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 2434 | 2025-11-27 |
T cell-driven sustained inflammation and immune dysregulation mimicking immunosenescence for up to three years post-COVID-19
2025, Immunity & inflammation
DOI:10.1007/s44466-025-00012-2
PMID:41278460
|
研究论文 | 通过三年纵向研究揭示COVID-19康复者长期免疫失调特征,发现Th17细胞是慢性炎症的关键驱动因素 | 首次通过三年纵向追踪发现免疫衰老样特征持续存在,并鉴定出两种功能相反的Th17细胞亚群 | 样本量较小(47例患者),缺乏健康对照组比较 | 阐明COVID-19康复者长期免疫恢复轨迹及其与持续症状的关系 | 47名COVID-19康复患者 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,多重细胞因子分析 | NA | 单细胞转录组数据,细胞因子数据 | 47名COVID-19患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2435 | 2025-11-27 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Therapeutic Effects of Electroacupuncture at BL23 on Hyperuricemia-Induced Nephritis
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/2494933
PMID:41278550
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示电针刺激BL23穴对高尿酸血症诱导的肾炎的治疗效果 | 首次结合单细胞RNA测序技术系统阐明电针BL23穴通过抑制NLRP3炎症小体和IL-6/JAK/STAT3信号通路发挥肾脏保护作用的分子机制 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探究电针BL23穴对高尿酸血症及其诱导的肾脏炎症和功能障碍的治疗作用 | 高尿酸血症诱导的肾炎小鼠模型 | 单细胞测序 | 高尿酸血症肾病 | 单细胞RNA测序, Western blot | 动物模型 | 单细胞转录组数据, 蛋白质印迹数据 | 未明确样本数量的小鼠肾脏组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2436 | 2025-11-27 |
Microglial TREM2 and cognitive impairment: insights from Alzheimer's disease with implications for spinal cord injury and AI-assisted therapeutics
2025, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2025.1705069
PMID:41280332
|
综述 | 探讨小胶质细胞TREM2在阿尔茨海默病和脊髓损伤认知障碍中的作用及人工智能辅助治疗的潜力 | 首次系统提出TREM2可能连接脊髓损伤引起的神经炎症与认知缺陷,并引入人工智能方法加速相关研究 | TREM2在脊髓损伤中与高级认知功能的关系尚未经过系统实验验证 | 研究TREM2在神经退行性疾病和创伤性中枢神经系统疾病认知障碍中的作用机制 | 阿尔茨海默病和脊髓损伤患者的小胶质细胞及TREM2受体 | 自然语言处理 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学、神经影像学、人工智能分析 | NA | 临床数据、转录组数据、影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2437 | 2025-11-27 |
Transcriptome analysis of classical blood cells reveals downregulation of pro-inflammatory genes in the classical monocytes of long COVID patients
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1710783
PMID:41280901
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析长新冠患者经典单核细胞的转录组特征 | 首次在长新冠患者经典单核细胞中发现促炎基因下调及单核细胞分化受损现象 | 样本量有限(88例),需更大规模研究验证 | 探索长新冠的免疫学发病机制 | 长新冠患者和康复对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 长新冠 | 单细胞RNA测序,Luminex细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组数据,细胞因子数据 | 88例(44例长新冠患者,44例匹配康复者) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2438 | 2025-11-27 |
Neutrophil gene expression in COVID-19 patients with acute respiratory distress syndrome
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1620745
PMID:41280914
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序分析探讨了COVID-19相关ARDS患者中性粒细胞基因表达与临床病程的关系 | 首次结合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析COVID-19相关ARDS患者的中性粒细胞转录组特征 | 样本量较小(28例患者和16例对照),单细胞测序仅包含5例患者 | 探索COVID-19相关ARDS患者中性粒细胞基因表达与临床病程的关联 | COVID-19相关ARDS患者和健康对照者的外周血样本 | 生物信息学 | COVID-19 | RNA测序,单细胞RNA测序,聚类分析 | 聚类分析 | 基因表达数据 | 28例COVID-19相关ARDS患者,16例健康对照,5例患者进行单细胞测序 | NA | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2439 | 2025-11-27 |
Integrated Analysis of Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning Reveals a T Cell-Specific PANoptosis Signature Predicting Prognosis and Immunotherapy in Prostate Cancer
2025, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/8889021
PMID:41281377
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和机器学习方法,建立了一个T细胞特异性PAN凋亡特征来预测前列腺癌的预后和免疫治疗效果 | 首次结合单细胞RNA测序和10种机器学习算法构建T细胞特异性PAN凋亡特征,用于前列腺癌预后预测和免疫治疗反应评估 | 研究基于公开数据集GSE185344,需要进一步实验验证和更大样本量的临床验证 | 建立前列腺癌预后预测模型并评估免疫治疗反应 | 前列腺癌患者和癌细胞系 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,机器学习算法 | 集成学习模型(10种算法) | 基因表达数据 | GSE185344数据集,4个独立免疫治疗队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2440 | 2025-11-27 |
GDF10 attenuates MASH progression by restoring quiescent hepatic stellate cells via competitive inhibition of TGF-β/SMAD2 signaling
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.123784
PMID:41281741
|
研究论文 | 本研究揭示了GDF10通过竞争性抑制TGF-β/SMAD2信号通路恢复肝星状细胞静止状态,从而减缓MASH进展的机制 | 首次发现GDF10作为肝星状细胞静止的主调控因子,并开发了靶向递送GDF10 mRNA的肝靶向脂质纳米颗粒治疗策略 | NA | 探索肝纤维化的治疗新靶点和策略 | 肝星状细胞、小鼠MASH模型、CCl4诱导纤维化模型、人类肝硬化肝脏 | 分子生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |