单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24361	2024-08-09	Single-nucleus RNA and ATAC sequencing reveals the impact of chromatin accessibility on gene expression in Arabidopsis roots at the single-cell level 2021-03-01, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2021.01.001 PMID:33422696	研究论文	本文利用单核RNA测序（sNucRNA-seq）和单核转座酶可及染色质测序（sNucATAC-seq）技术，研究了拟南芥根部细胞在单细胞水平上染色质可及性对基因表达的影响。	首次在拟南芥根部应用单核RNA和ATAC测序技术，揭示了细胞类型特异性标记基因的染色质可及性模式，并验证了使用细胞核作为生物实体建立植物细胞类型特异性转录组的方法。	NA	深入理解控制植物基因表达的调控机制	拟南芥根部细胞的染色质可及性和基因表达	基因组学	NA	单核RNA测序（sNucRNA-seq），单核转座酶可及染色质测序（sNucATAC-seq）	NA	转录组数据，染色质可及性数据	NA
24362	2024-08-09	Differential Network Analysis Reveals Regulatory Patterns in Neural Stem Cell Fate Decision 2021-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-020-00415-2 PMID:33439459	研究论文	本研究提出了一种新方法，整合先验信息构建基因调控网络，并应用于分析四个不同单细胞转录组数据集中的五条神经干细胞分化路径	本研究首次系统性地整合多个时间阶段的神经干细胞分化数据，通过构建基因调控网络揭示了共同的和特定的调控机制	NA	解析神经干细胞分化过程中的调控模式	神经干细胞的分化机制	生物信息学	NA	单细胞转录组	基因调控网络	转录组数据	四个不同的单细胞转录组数据集
24363	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing to Disentangle the Blood System 2021-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314654 PMID:33441024	简要综述	本文通过单细胞RNA测序技术探讨血液系统的复杂性，揭示了细胞类型中间体的丰富性和确保分化细胞平衡补充的分子机制	利用单细胞RNA测序技术提供了对血液细胞分化的新见解，并强调了推动单细胞分辨率下理解造血作用的技术创新	NA	探索血液系统的复杂性及其分子机制	血液系统的细胞类型和分子机制	单细胞技术	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
24364	2024-08-09	Circadian clock genes promote glioma progression by affecting tumour immune infiltration and tumour cell proliferation 2021-Mar, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.12988 PMID:33442944	研究论文	研究昼夜节律基因失调与胶质瘤进展之间的关系	首次探讨了昼夜节律基因失调如何通过影响肿瘤免疫浸润和细胞周期促进胶质瘤进展	NA	探索昼夜节律基因失调与胶质瘤进展之间的关系	昼夜节律基因在胶质瘤中的作用	NA	胶质瘤	单细胞RNA测序分析, ssGSEA, CIBERSORT算法, CCK8检测, 集落形成检测, 流式细胞术	NA	基因表达数据	训练数据集672个样本, 验证数据集1570个样本
24365	2024-08-09	Novel application of single-cell next-generation sequencing for determination of intratumoral heterogeneity of canine osteosarcoma cell lines 2021-Mar, Journal of veterinary diagnostic investigation : official publication of the American Association of Veterinary Laboratory Diagnosticians, Inc IF:1.2Q3 DOI:10.1177/1040638720985242 PMID:33446089	研究论文	本文应用单细胞转录组测序技术（scRNA-seq）分析了4种犬骨肉瘤细胞系的肿瘤内异质性	首次在犬类物种中使用scRNA-seq技术，并将CanFam3.1参考基因组上传到10X Genomics Cell Ranger分析管道	NA	深入了解骨肉瘤的异质性和基因混乱的本质	犬骨肉瘤细胞系	数字病理学	骨肉瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	4种犬骨肉瘤细胞系（COS31, DOUG, POS, HMPOS）
24366	2024-08-09	Transcriptional Diversity and Niche-Specific Distribution of Leukocyte Populations during Staphylococcus aureus Craniotomy-Associated Biofilm Infection 2021-02-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2001042 PMID:33419769	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在颅骨切开术感染的小鼠模型中，揭示了脑内常驻小胶质细胞和浸润单核细胞以及皮下帽状腱膜和骨瓣中粒细胞亚群的复杂转录异质性	首次揭示了颅骨切开术感染中白细胞群体的转录多样性和特定分布，以及粒细胞和骨髓源性抑制细胞在感染控制中的关键作用	NA	探讨颅骨切开术感染中白细胞群体的转录多样性和特定分布，以及这些细胞在感染控制中的作用	小胶质细胞、单核细胞、粒细胞亚群及其在颅骨切开术感染中的转录特征和功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
24367	2024-08-09	Mapping the Intratumoral Heterogeneity in Glioblastomas with Hyperspectral Stimulated Raman Scattering Microscopy 2021-02-02, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.0c04262 PMID:33443405	研究论文	本文介绍了使用高光谱受激拉曼散射（SRS）显微镜快速、无标记地评估胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤内异质性	开发了一种独特的无标记拉曼成像诊断平台，包括大范围GBM组织标本的光谱聚焦高光谱SRS成像、SRS图像和使用多元曲线分辨率算法的谱图检索，以及基于二次支持向量机模型的亚型分类，用于快速分子亚型分类	NA	研究胶质母细胞瘤的肿瘤内异质性，并开发一种新的诊断平台	胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤内异质性	数字病理学	脑肿瘤	高光谱受激拉曼散射（SRS）显微镜	二次支持向量机	图像	大范围GBM组织标本
24368	2024-08-09	Effects of Nanoplastics and Butyl Methoxydibenzoylmethane on Early Zebrafish Embryos Identified by Single-Cell RNA Sequencing 2021-02-02, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.0c06479 PMID:33445878	研究论文	研究探讨了纳米塑料和丁基甲氧基二苯甲酰甲烷对斑马鱼胚胎早期发育的毒性和相互作用	利用单细胞RNA测序技术识别了两种污染物共同影响的神经中细胞，并确定了它们对斑马鱼胚胎发育的具体影响	NA	研究纳米塑料和防晒剂成分对斑马鱼胚胎发育的毒性及其相互作用	斑马鱼胚胎	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从2到12小时受精后（hpf）的斑马鱼胚胎
24369	2024-08-09	Finding needles in a haystack: dissecting tumor heterogeneity with single-cell transcriptomic and chromatin accessibility profiling 2021-02, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2020.11.008 PMID:33418426	综述	本文综述了单细胞转录组和染色质可及性分析技术在解析肿瘤异质性中的应用	介绍了单细胞基因组学技术如scRNA-seq和scATAC-seq在解析肿瘤细胞亚群中的创新应用	NA	深入理解肿瘤异质性	肿瘤细胞的异质性及其对治疗抵抗和转移进展的影响	数字病理学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	转录组, 染色质可及性	NA
24370	2024-08-09	Circuits between infected macrophages and T cells in SARS-CoV-2 pneumonia 2021-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-03148-w PMID:33429418	研究论文	研究SARS-CoV-2感染患者的肺泡免疫反应，特别是感染的巨噬细胞与T细胞之间的相互作用	首次详细描述了SARS-CoV-2感染肺泡中巨噬细胞与T细胞之间的正反馈循环，推动持续的肺泡炎症	研究样本仅限于88名SARS-CoV-2感染患者和211名其他病原体引起的肺炎患者，可能影响结果的普遍性	探究SARS-CoV-2感染肺泡的病理生物学机制	SARS-CoV-2感染患者的肺泡免疫反应	NA	SARS-CoV-2肺炎	流式细胞术，批量转录组分析，单细胞RNA测序	NA	肺泡灌洗液样本	88名SARS-CoV-2感染患者和211名其他病原体引起的肺炎患者
24371	2024-08-09	T Cell Development: Old Tales Retold By Single-Cell RNA Sequencing 2021-02, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2020.12.004 PMID:33446417	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究哺乳动物T细胞发育过程中的关键问题	单细胞RNA测序技术使得研究早期胸腺祖细胞和描绘常规及非常规T细胞的精细发育轨迹成为可能	由于细胞稀缺和缺乏适当技术，一些长期存在的问题如关键祖细胞/前体的特征和其命运决定的分子机制尚未完全解决	探讨哺乳动物T细胞发育过程中的关键问题	哺乳动物T细胞发育过程中的祖细胞和前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个细胞样本
24372	2024-08-09	Droplet-based mRNA sequencing of fixed and permeabilized cells by CLInt-seq allows for antigen-specific TCR cloning 2021-01-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2021190118 PMID:33431692	research paper	本文介绍了一种基于液滴的mRNA测序方法CLInt-Seq，用于固定和通透化细胞中抗原特异性TCR的克隆	CLInt-Seq方法能够高效恢复抗原特异性TCR，并实现高通量识别和分离低频TCR	NA	开发一种高效的技术用于分离和鉴定响应感兴趣抗原的稀有TCR序列	T细胞受体（TCRs）及其对抗原的反应性	digital pathology	NA	mRNA sequencing	NA	text	未具体说明样本数量
24373	2024-08-09	A transcriptomic taxonomy of Drosophila circadian neurons around the clock 2021-01-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.63056 PMID:33438579	研究论文	本研究通过优化单细胞RNA测序方法，对果蝇昼夜节律神经元的基因表达进行了全天候分析，以全面表征并确定75对昼夜节律神经元的细胞身份。	本研究识别出至少17种昼夜节律神经元类别，并发现显著的空间基因表达调控。转录因子调控显著，可能有助于许多转录本的强健昼夜振荡。	NA	全面表征和确定果蝇昼夜节律神经元的细胞身份。	果蝇的75对昼夜节律神经元。	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	75对昼夜节律神经元
24374	2024-08-09	Spatiotemporal single-cell profiling reveals that invasive and tissue-resident memory donor CD8+ T cells drive gastrointestinal acute graft-versus-host disease 2021-01-13, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abc0227 PMID:33441422	研究论文	本文通过结合连续血管内染色技术和单细胞RNA测序，解析了猕猴异基因造血干细胞移植模型中供体T细胞浸润组织并建立致病性组织居留程序的过程，揭示了胃肠急性移植物抗宿主病（aGVHD）中供体CD8+ T细胞的时空转录程序。	本文创新性地利用单细胞RNA测序技术，揭示了供体CD8 T细胞在胃肠aGVHD中的浸润和组织侵袭的转录特征。	NA	研究供体T细胞在急性移植物抗宿主病中的作用及其转录调控机制。	供体CD8+ T细胞在胃肠急性移植物抗宿主病中的浸润和组织侵袭。	数字病理学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	转录组	猕猴异基因造血干细胞移植模型
24375	2024-08-09	Comprehensive analysis of metastatic gastric cancer tumour cells using single-cell RNA-seq 2021-01-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-80881-2 PMID:33441952	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术对三名原发性胃癌及配对转移性淋巴结癌组织的患者进行了单细胞水平分析，以揭示胃癌淋巴结转移的机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了胃癌淋巴结转移的详细细胞异质性和转移过程中的过渡状态	研究样本仅限于三名患者，可能不足以代表所有胃癌患者的情况	揭示胃癌淋巴结转移的机制并发现相关的标志基因	胃癌患者的原发性肿瘤和转移性淋巴结组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	三名胃癌患者
24376	2024-08-09	Cellular and molecular landscape of mammalian sinoatrial node revealed by single-cell RNA sequencing 2021-01-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20448-x PMID:33436583	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了哺乳动物窦房结的细胞和分子景观	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了窦房结的四个不同的转录簇，并发现了Vsnl1作为潜在的窦房结标记物	NA	揭示窦房结的分子和细胞特征，以理解其在心脏中的关键功能	哺乳动物的窦房结	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠、兔子和食蟹猴的窦房结细胞
24377	2024-08-09	Taa Cells and Granzyme K: Old Players with New Tricks 2021-01-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.12.008 PMID:33440137	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、流式细胞术和质谱流式细胞术研究了与年龄相关的免疫系统变化，特别是与炎症老化相关的T细胞积累。	首次详细描述了年龄相关T细胞在炎症老化中的作用。	NA	探索与年龄相关的免疫系统变化及其在慢性疾病中的作用。	年龄相关T细胞及其在炎症老化中的作用。	免疫学	慢性疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、质谱流式细胞术	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
24378	2024-08-09	JOINT for large-scale single-cell RNA-sequencing analysis via soft-clustering and parallel computing 2021-Jan-11, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-07302-6 PMID:33430769	研究论文	本文提出了一种名为JOINT的广义零膨胀负二项混合模型，用于大规模单细胞RNA测序数据的分析，通过软聚类和并行计算提高数据处理的准确性、鲁棒性和速度	JOINT模型能够同时进行基于概率的细胞类型发现和差异表达基因分析，无需插补，并通过软聚类方法，每个细胞可以属于多个细胞类型，这与现有的硬聚类方法有显著不同	NA	提高单细胞RNA测序数据处理的准确性、鲁棒性和速度	大规模单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	零膨胀负二项混合模型	基因表达数据	大规模单细胞数据
24379	2024-08-09	Potentiality of multiple modalities for single-cell analyses to evaluate the tumor microenvironment in clinical specimens 2021-01-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-79385-w PMID:33431933	研究论文	本研究探讨了单细胞分析技术在评估胃癌患者肿瘤微环境中的应用	本研究发现scRNA-seq分析能够覆盖更广泛的肿瘤微环境中的免疫细胞，包括小亚群的B细胞和Treg细胞	CyTOF技术虽然能更深入地区分特定群体，但在覆盖范围上不及scRNA-seq	阐明肿瘤微环境的复杂性，为克服肿瘤微环境中癌症异质性带来的治疗困难提供新策略	胃癌患者的内镜或手术切除肿瘤及外周血单个核细胞	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, CyTOF	NA	细胞	胃癌患者的内镜或手术切除肿瘤及外周血单个核细胞
24380	2024-08-09	Mitochondrial gene expression in single cells shape pancreatic beta cells' sub-populations and explain variation in insulin pathway 2021-01-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-80334-w PMID:33432158	研究论文	研究分析了人类和小鼠胰腺α细胞和β细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了线粒体基因表达在β细胞亚群中的差异及其对胰岛素途径变异的影响	发现了两个先前未被注意到的、在人类和小鼠中都存在的独特的β细胞亚群，这些亚群在健康和糖尿病个体以及新生和成年小鼠中表现出不同的线粒体基因表达模式	NA	探讨线粒体基因表达在单个细胞类型中的差异及其对细胞代谢的影响	人类和小鼠的胰腺α细胞和β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类胰腺α细胞3471个，β细胞1989个；小鼠β细胞1094个