单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27773 篇文献，本页显示第 24361 - 24380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24361 | 2024-08-09 |
Inflammatory Mechanisms Underlying Nonalcoholic Steatohepatitis and the Transition to Hepatocellular Carcinoma
2021-Feb-10, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13040730
PMID:33578800
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综述 | 本文综述了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中炎症机制及其向肝细胞癌（HCC）转化的过程 | 介绍了单细胞测序、遗传命运图谱和活体显微镜等新技术在揭示免疫介导的肝脏损伤复杂机制中的应用 | NA | 深入理解非酒精性脂肪肝炎（NASH）进展及其向肝细胞癌转化的炎症机制 | NAFLD的炎症机制及其向HCC的转化 | NA | 肝病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 24362 | 2024-08-09 |
Sexual Dimorphism through the Lens of Genome Manipulation, Forward Genetics, and Spatiotemporal Sequencing
2021-02-03, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaa243
PMID:33587127
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研究论文 | 本文探讨了通过基因组操作、正向遗传学和时空测序技术来研究性二态性的分子机制 | 引入了“4D基因组技术”，结合精确基因编辑、诱导性转基因系统和单细胞RNA测序等技术，以及经典实验设计，以高分辨率揭示性二态性的分子遗传基础 | NA | 揭示性二态性的分子遗传基础 | 性二态性的遗传机制 | 遗传学 | NA | 基因组操作、正向遗传学、时空测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 24363 | 2024-08-09 |
DIscBIO: A User-Friendly Pipeline for Biomarker Discovery in Single-Cell Transcriptomics
2021-Jan-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22031399
PMID:33573289
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研究论文 | 本文介绍了DIscBIO，一个用于单细胞转录组学中生物标志物发现的开放源代码、多算法管道 | DIscBIO整合了多个scRNA-seq包，允许通过决策树和基因富集分析在网络环境中进行生物标志物发现 | 为了进行有意义的scRNA-seq分析，用户需要理解所实施的方法及其可能的选项和限制 | 开发一个用户友好的管道，用于在单细胞转录组学中进行生物标志物发现 | 单细胞转录组数据中的细胞亚群和生物标志物 | 生物信息学 | 乳腺癌，黏液脂肪肉瘤 | scRNA-seq | 决策树 | 单细胞测序读取计数 | 两个scRNA-seq数据集，第一个数据集来自乳腺癌患者的循环肿瘤细胞，第二个数据集来自黏液脂肪肉瘤的细胞周期调控 |
| 24364 | 2024-08-09 |
Decoding the multicellular ecosystem of lung adenocarcinoma manifested as pulmonary subsolid nodules by single-cell RNA sequencing
2021-01, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abd9738
PMID:33571124
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了16个肺部亚实性结节（SSN）样本、6个邻近正常肺组织（nLung）和9个伴有淋巴结转移的肺腺癌（mLUAD）样本，揭示了SSN的转录组特征和肿瘤微环境（TME）。 | 首次提供了SSN及其肿瘤微环境的单细胞转录组图谱，发现细胞毒性自然杀伤/T细胞在SSN的TME中占主导地位，恶性细胞经历了强烈的代谢重编程和免疫压力。 | 研究样本数量相对有限，可能影响结果的普遍性。 | 深入了解表现为肺部亚实性结节的肺腺癌的生物学行为和肿瘤微环境，为肺癌免疫治疗提供新的见解。 | 肺部亚实性结节（SSN）、邻近正常肺组织（nLung）和伴有淋巴结转移的肺腺癌（mLUAD）。 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 16个SSN样本，6个nLung样本，9个mLUAD样本，共118,293个细胞，约0.6亿个独特转录本。 |
| 24365 | 2024-08-09 |
Novel Biomarkers for Lupus Nephritis in the "OMICS" Era
2021, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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综述 | 本文综述了在精准医学时代，利用基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学技术开发的狼疮性肾炎（LN）新型生物标志物的最新数据 | 综述了多种组学技术在LN诊断和监测中的应用，提供了更深入的疾病发病机制理解，并可能改变未来LN病例的管理方式 | NA | 总结和评估在精准医学时代开发的新型生物标志物，以改善LN的诊断和监测 | 狼疮性肾炎（LN）及其相关生物标志物 | NA | 自身免疫性疾病 | 基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 基因数据、转录数据、蛋白质数据、代谢数据 | NA |
| 24366 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomic Reveals Dual and Multi-Transmitter Use in Neurons Across Metazoans
2021, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2021.623148
PMID:33597849
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学研究，探讨了跨门动物神经元中双或多神经递质的使用情况 | 挑战了传统的Dale原则，即一个神经元只表达一种神经递质，提供了证据支持一个神经元可以表达多种神经递质 | NA | 研究神经元中神经递质的表达模式，特别是在单细胞水平上 | 跨门动物的神经元 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多个动物物种的神经元 |
| 24367 | 2024-08-09 |
Systems biology analysis identifies TNFRSF9 as a functional marker of tumor-infiltrating regulatory T-cell enabling clinical outcome prediction in lung cancer
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.01.025
PMID:33598101
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研究论文 | 本文通过系统生物学方法识别肿瘤浸润调节性T细胞（TI-Tregs）的功能性细胞表面标记物TNFRSF9，并探讨其在非小细胞肺癌（NSCLC）患者临床结果预测中的应用 | 本文首次通过综合转录组和网络分析，识别出TNFRSF9作为TI-Tregs的高功能重要性标记物，并发现其在Tregs中的低表达与NSCLC患者更好的总体生存率和抗PD-1免疫治疗反应相关 | NA | 识别肿瘤特异性免疫细胞的功能标记物，以开发新的治疗靶点和增强癌症免疫治疗的生物标志物 | 肿瘤浸润调节性T细胞（TI-Tregs）的细胞表面标记物 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用来自小鼠肺癌模型和非小细胞肺癌患者的bulk RNA-seq和单细胞转录组数据 |
| 24368 | 2024-08-09 |
Development of a program for in silico optimized selection of oligonucleotide-based molecular barcodes
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0246354
PMID:33600481
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于选择最佳分子条形码子集的工具，该工具考虑了GC含量、同聚物、简单重复序列、汉明距离和条形码间的互补性等五个因素 | 该工具通过随机生成初始集和迭代替换的方法选择最佳条形码，具有快速性能和灵活性 | NA | 开发一种用于选择最佳分子条形码子集的工具，以提高实验的准确性和效率 | 分子条形码的选择和优化 | 生物信息学 | NA | 分子条形码技术 | NA | DNA序列 | 在多次测试中生成100000个长度为12个核苷酸的条形码 |
| 24369 | 2024-08-09 |
Integration of single-cell datasets reveals novel transcriptomic signatures of β-cells in human type 2 diabetes
2020-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa097
PMID:33575641
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据集，揭示了人类2型糖尿病中β细胞的新转录组特征 | 首次通过整合多个独立研究的单细胞RNA测序数据集，克服了变异源的干扰，更准确地识别了2型糖尿病β细胞的共同转录组特征 | 研究依赖于已有的单细胞RNA测序数据集，可能受到原始数据质量的影响 | 旨在通过单细胞RNA测序技术，识别与人类2型糖尿病相关的β细胞转录组变化 | 人类2型糖尿病中的胰腺β细胞 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 3046个单细胞，表达27931个基因 |
| 24370 | 2024-08-09 |
Normalizing single-cell RNA sequencing data with internal spike-in-like genes
2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa059
PMID:33575610
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研究论文 | 本文开发了一种基于少量恒定表达基因作为内部标准品的算法，用于单细胞RNA测序数据的归一化处理 | 提出了一种新的归一化方法ISnorm，使用内部类似标准品的恒定表达基因来归一化单细胞RNA测序数据，以应对转录组的大幅变化 | NA | 改进单细胞RNA测序数据归一化方法，提高下游分析的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个案例研究数据集 |
| 24371 | 2024-08-09 |
Dimensionality reduction for single cell RNA sequencing data using constrained robust non-negative matrix factorization
2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa064
PMID:33575614
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研究论文 | 本文开发了一种用于单细胞RNA测序数据降维的方法，该方法在非负矩阵分解框架下同时进行降维和缺失值插补 | 提出了一种结合降维和缺失值插补的新方法，并通过加权ℓ惩罚确保稀疏模式得以维持 | NA | 开发一种新的降维方法，以解决单细胞RNA测序数据中的缺失值和非负性约束问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | RNA测序数据 | 使用了合成数据和真实数据进行实验 |
| 24372 | 2024-08-09 |
Comparative performance of the BGI and Illumina sequencing technology for single-cell RNA-sequencing
2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa034
PMID:33575589
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研究论文 | 本文比较了Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000平台在单细胞RNA测序中的性能 | 首次对比了不同高通量测序平台在单细胞RNA测序中的性能 | NA | 评估不同测序平台在单细胞RNA测序中的性能 | Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000测序平台 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | 超过70,000个细胞 |
| 24373 | 2024-08-09 |
Deep soft K-means clustering with self-training for single-cell RNA sequence data
2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa039
PMID:33575592
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研究论文 | 本文提出了一种结合深度学习和去噪自编码器的软自训练K-means算法，用于单细胞RNA测序数据的聚类 | 本文创新性地结合了深度学习技术和去噪自编码器，提出了一种软自训练K-means算法，有效解决了现有算法在处理高维、稀疏和大规模转录表达数据时的局限性 | NA | 研究目的是改进单细胞RNA测序数据的聚类方法 | 研究对象是单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 深度学习, 去噪自编码器 | 自编码器 | RNA测序数据 | 大规模数据集 |
| 24374 | 2024-08-09 |
Bayesian correlation is a robust gene similarity measure for single-cell RNA-seq data
2020-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa002
PMID:33575552
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研究论文 | 本文探讨了在单细胞RNA测序数据中使用贝叶斯相关性作为基因相似性度量的鲁棒性 | 提出了一种贝叶斯相关性方案，该方案通过考虑低置信度表达估计的基因来扩展其在单细胞RNA测序数据中的应用 | NA | 旨在扩展贝叶斯相关性在单细胞RNA测序数据中的应用，通过三种方式计算相似性 | 单细胞RNA测序数据中的基因相似性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 贝叶斯相关性算法 | 基因表达数据 | 涉及多个细胞和基因对 |
| 24375 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis Reveals Characterization of Infiltrating T Cells in Moderately Differentiated Colorectal Cancer
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.620196
PMID:33584715
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞RNA测序数据分析中度分化结直肠癌中的肿瘤浸润T细胞 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了中度分化结直肠癌中肿瘤浸润T细胞的特征及其在结肠癌和直肠癌中的差异 | NA | 研究中度分化结直肠癌中肿瘤浸润T细胞的特征 | 中度分化结直肠癌中的肿瘤浸润T细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 肿瘤组织中1632个T细胞和外周血中1252个T细胞 |
| 24376 | 2024-08-09 |
Intestinal Stem Cells and Immune Cell Relationships: Potential Therapeutic Targets for Inflammatory Bowel Diseases
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.623691
PMID:33584726
|
研究论文 | 本文探讨了肠道干细胞与免疫细胞之间的关系，并提出这些关系可能是治疗炎症性肠病的新疗法 | 提出了将生物制剂与肠道干细胞移植结合的新疗法，以改善炎症性肠病患者的临床症状和疾病复发情况 | NA | 研究肠道干细胞与免疫细胞的相互作用，探索治疗炎症性肠病的新策略 | 肠道干细胞、分化上皮细胞和肠道驻留免疫细胞 | NA | 炎症性肠病 | 肠道类器官培养和单细胞RNA测序技术 | NA | NA | NA |
| 24377 | 2024-08-09 |
Construction of Bone Metastasis-Specific Regulation Network Based on Prognostic Stemness-Related Signatures in Breast Invasive Carcinoma
2020, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2020.613333
PMID:33585235
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研究论文 | 本研究基于预测性干细胞相关特征（PSRSs）构建了乳腺癌骨转移特异性调控网络 | 首次基于PSRSs构建了乳腺癌骨转移特异性调控网络，并发现CD248是关键的PSRS，受MAF正向调控并通过顶端连接途径影响骨转移 | NA | 构建乳腺癌骨转移特异性调控网络，并探索其潜在的治疗策略 | 乳腺癌骨转移的调控网络及其治疗策略 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据 | 1080个原发性乳腺癌样本（1048个无骨转移，32个有骨转移） |
| 24378 | 2024-08-09 |
Heterogeneity of HSCs in a Mouse Model of NASH
2021-08, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.31743
PMID:33550587
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研究论文 | 本研究使用foz/foz小鼠模型，通过单细胞RNA测序详细描述了非酒精性脂肪性肝炎（NASH）模型中造血干细胞（HSC）的表型变化 | 揭示了在正常和损伤状态下HSC表型的意外异质性 | NA | 研究NASH模型中HSC的表型变化 | HSC的单细胞表达谱 | NA | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | foz/foz小鼠的正常肝脏和NASH肝脏样本 |
| 24379 | 2024-08-09 |
Sinoatrial node pacemaker cells share dominant biological properties with glutamatergic neurons
2021-07, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-020-00820-9
PMID:33548033
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研究论文 | 本研究揭示了窦房结起搏细胞（SANPCs）具有谷氨酸能神经元的特性 | 首次发现SANPCs与谷氨酸能神经元在生物学特性上具有显著相似性，并揭示了谷氨酸能神经递质系统在心脏节律调控中的潜在作用 | NA | 探讨SANPCs的细胞本质及其与谷氨酸能神经元的关系 | SANPCs与谷氨酸能神经元的生物学特性 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 24380 | 2024-08-09 |
Multigene phylogenetics of euglenids based on single-cell transcriptomics of diverse phagotrophs
2021-06, Molecular phylogenetics and evolution
IF:3.6Q2
DOI:10.1016/j.ympev.2021.107088
PMID:33545276
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学方法，对多种食细胞性鞭毛虫进行了多基因系统发育分析 | 首次包括食细胞性和共生性鞭毛虫的多基因系统发育分析，揭示了鞭毛虫的单系性及其内部分支的独立性 | 某些关系的支持较弱，导致某些姐妹群的关系仍未解决 | 探究鞭毛虫的系统发育关系及其进化历史 | 多种食细胞性鞭毛虫及其共生性鞭毛虫 | NA | NA | 单细胞转录组学 | 多基因系统发育分析 | 转录组数据 | 28个分类群 |