单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 24321 - 24340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24321 | 2024-08-09 |
Time-course single-cell RNA sequencing reveals transcriptional dynamics and heterogeneity of limbal stem cells derived from human pluripotent stem cells
2021-Jan-23, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-021-00541-4
PMID:33485387
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研究论文 | 本文通过时间进程单细胞RNA测序研究了从人类胚胎干细胞衍生的角膜缘干细胞的转录异质性和表达变化 | 揭示了人类胚胎干细胞衍生的角膜缘干细胞在体外分化过程中的时间进程表达变化和显著的转录异质性，并发现了新的候选标记物 | NA | 探索人类胚胎干细胞衍生的角膜缘干细胞的发育轨迹和身份 | 从人类胚胎干细胞衍生的角膜缘干细胞及其后代细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 24322 | 2024-08-09 |
Phenotypically supervised single-cell sequencing parses within-cell-type heterogeneity
2021-Jan-22, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101991
PMID:33490901
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研究论文 | 本文探讨了在细胞类型内部功能异质性的分子机制，通过使用表型监督的单细胞RNA测序（pheno-scRNAseq）分析，比较了其与无监督scRNAseq在乳腺癌模型中的应用效果 | 提出了一种表型监督的单细胞RNA测序分析方法（pheno-scRNAseq），能够更深入地解析细胞行为异质性 | NA | 揭示细胞类型内部功能异质性的分子机制 | 乳腺癌细胞的侵袭性和非侵袭性细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 24323 | 2024-08-09 |
High expression of ACE2 and TMPRSS2 and clinical characteristics of COVID-19 in colorectal cancer patients
2021-Jan-21, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-020-00139-y
PMID:33479506
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研究论文 | 研究了COVID-19患者中结直肠癌患者的ACE2和TMPRSS2表达模式及其临床特征 | 首次探讨了结直肠癌患者中ACE2和TMPRSS2的高表达及其对COVID-19临床特征的影响 | 需要进一步的机制研究来支持发现 | 探讨结直肠癌患者中ACE2和TMPRSS2的表达模式及COVID-19的临床特征 | 结直肠癌患者中的ACE2和TMPRSS2表达及COVID-19的临床表现 | NA | 结直肠癌 | bulk和单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 |
| 24324 | 2024-08-09 |
The BMP signaling gradient is interpreted through concentration thresholds in dorsal-ventral axial patterning
2021-01, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3001059
PMID:33481775
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研究论文 | 本文研究了斑马鱼胚胎中BMP信号梯度如何通过浓度阈值转化为背腹轴模式化的不同基因激活 | 本文发现细胞通过响应BMP信号的三种不同活动水平来激活和定位目标基因表达，而不是通过BMP信号梯度斜率或BMP暴露持续时间 | NA | 确定BMP形态发生素在斑马鱼胚胎中的解释机制 | BMP信号如何沿背腹轴解释并转化为不同的基因激活 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 57个直接由BMP信号激活的基因 |
| 24325 | 2024-08-09 |
Neuregulin-4 Is Required for Maintaining Soma Size of Pyramidal Neurons in the Motor Cortex
2021 Jan-Feb, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0288-20.2021
PMID:33495243
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研究论文 | 本研究探讨了缺乏neuregulin-4（NRG4）对运动皮层锥体神经元胞体大小的影响 | 首次揭示了NRG4在维持运动皮层锥体神经元胞体大小中的作用，并通过NRG处理恢复了这一表型 | 研究仅限于特定年龄段的小鼠和特定的神经元类型，可能无法全面反映NRG4在所有神经元中的作用 | 研究NRG4在维持运动皮层锥体神经元形态中的作用 | 运动皮层L2/3和L5层的锥体神经元及部分多极中间神经元 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 包括P10、P30和P60的小鼠 |
| 24326 | 2024-08-09 |
MUC1-C integrates activation of the IFN-γ pathway with suppression of the tumor immune microenvironment in triple-negative breast cancer
2021-01, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2020-002115
PMID:33495298
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研究论文 | 本文研究了MUC1-C在三阴性乳腺癌（TNBC）中通过激活免疫抑制性IFN-γ通路及抑制肿瘤免疫微环境的作用。 | 首次揭示了MUC1-C在TNBC中作为主调控因子，通过STAT1和IRF1诱导基因表达，激活免疫抑制性的IFN-γ通路。 | 研究主要基于小鼠模型和人类TNBC细胞系，尚未在临床试验中验证MUC1-C作为治疗靶点的有效性。 | 探讨MUC1-C在TNBC中的免疫逃逸机制及其作为治疗靶点的潜力。 | 三阴性乳腺癌细胞及肿瘤免疫微环境。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA干扰技术（shRNAs）、基因集富集分析（GSEA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及人类TNBC细胞系和肿瘤样本 |
| 24327 | 2024-08-09 |
Mesenchymal stem cell-mediated immunomodulation of recruited mononuclear phagocytes during acute lung injury: a high-dimensional analysis study
2021, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.52514
PMID:33500722
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研究论文 | 本研究调查了急性肺损伤（ALI）中招募的单核吞噬细胞的类型以及同种异体间充质干细胞（MSCs）的免疫治疗效果 | 本研究通过高维分析技术精确识别了八种招募到LPS诱导的肺损伤中的单核吞噬细胞亚群，并揭示了MSCs在ALI中的治疗效果 | NA | 研究急性肺损伤中招募的单核吞噬细胞的功能和间充质干细胞的免疫调节作用 | 小鼠模型中的单核吞噬细胞和间充质干细胞 | NA | 急性肺损伤 | 流式细胞术，质谱细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | C57BL/6小鼠 |
| 24328 | 2024-08-09 |
Dissecting the Invasion-Associated Long Non-coding RNAs Using Single-Cell RNA-Seq Data of Glioblastoma
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.633455
PMID:33505440
|
研究论文 | 本研究通过分析来自四名胶质母细胞瘤患者的3345个单细胞RNA测序数据，识别了与胶质母细胞瘤发展和进展相关的失调基因，包括长非编码RNAs（lncRNAs），并通过共表达网络分析和整合EMT签名、实验验证的侵袭标记及伪时间轨迹分析，确认了与胶质母细胞瘤侵袭相关的lncRNAs。 | 本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了与胶质母细胞瘤侵袭相关的lncRNAs，并展示了这些lncRNAs在肿瘤细胞侵袭轨迹中的逐渐增加的表达水平。 | 研究仅基于两个数据集的分析，可能需要更多样本和数据集来进一步验证这些发现。 | 理解胶质母细胞瘤细胞侵袭的分子机制，为治疗提供新的见解和潜在靶点。 | 胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序数据和相关的lncRNAs。 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | 共表达网络分析 | RNA测序数据 | 3345个细胞来自四名患者，以及7930个单细胞来自28名胶质母细胞瘤患者 |
| 24329 | 2024-08-09 |
The study of single cells in diabetic kidney disease
2021-Dec, Journal of nephrology
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s40620-020-00964-1
PMID:33476038
|
研究论文 | 本文介绍了单细胞研究在糖尿病肾病（DKD）中的应用，重点讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其在DKD分子发病机制中的新见解 | 本文提供了单细胞研究领域的入门知识，特别是scRNA-seq技术在DKD中的应用，并强调了这些技术带来的新见解 | 文章指出了scRNA-seq方法的常见陷阱和局限性 | 提高单细胞研究领域的可及性，特别是针对糖尿病肾病 | 糖尿病肾病（DKD）中的单细胞研究 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞数据 | 未具体说明样本数量 |
| 24330 | 2024-08-09 |
Compression of quantification uncertainty for scRNA-seq counts
2021-Jul-19, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab001
PMID:33471073
|
研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中基因表达量化估计的不确定性压缩方法 | 提出了一种新的方法，通过存储推断重复集的均值和方差来捕获基因水平的量化不确定性，同时显著减少了磁盘存储和内存使用 | NA | 旨在改进scRNA-seq数据处理中的量化不确定性表示，减少计算资源需求 | scRNA-seq数据中的基因表达量化不确定性 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 24331 | 2024-08-09 |
Single-cell analysis of nonhuman primate preimplantation development in comparison to humans and mice
2021-07, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists
IF:2.0Q3
DOI:10.1002/dvdy.295
PMID:33449399
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了食蟹猴早期胚胎发育的基因网络，并与人类和小鼠的早期胚胎发育进行了比较 | 发现食蟹猴的基因网络与人类胚胎的保守性更高，且在早期内细胞团/滋养层细胞分化基因和WNT信号通路相关基因方面与人类更为相似 | NA | 探讨非人灵长类动物在人类胚胎发生中的模型作用 | 食蟹猴早期胚胎的单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 食蟹猴、人类和小鼠的早期胚胎单细胞 |
| 24332 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals intratumoral heterogeneity in primary uveal melanomas and identifies HES6 as a driver of the metastatic disease
2021-06, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-020-00730-7
PMID:33462406
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了六个不同原发性葡萄膜黑色素瘤样本，揭示了肿瘤内异质性，并识别出HES6作为转移性疾病的驱动因子 | 首次在葡萄膜黑色素瘤中揭示了肿瘤内异质性，并识别出HES6作为转移性疾病的驱动因子，为治疗提供了新的靶点 | NA | 研究葡萄膜黑色素瘤的肿瘤内异质性，并识别出与转移相关的关键基因 | 原发性葡萄膜黑色素瘤及其转移机制 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组和转录组数据 | 六个不同原发性葡萄膜黑色素瘤样本 |
| 24333 | 2024-08-09 |
Assessing single-cell transcriptomic variability through density-preserving data visualization
2021-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-00801-7
PMID:33462509
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研究论文 | 本文介绍了den-SNE和densMAP两种密度保持的数据可视化工具，基于t-SNE和UMAP，用于准确地将转录组变异性信息纳入单细胞RNA测序数据的可视化解释中 | 提出了den-SNE和densMAP两种新的密度保持可视化工具，能够更准确地反映单细胞转录组数据的局部密度 | NA | 开发和验证密度保持的数据可视化工具，以更好地理解和解释单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据在不同生物过程中的转录组变异性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | t-SNE, UMAP | 转录组数据 | 应用到近期发表的数据集，涉及多种生物过程 |
| 24334 | 2024-08-09 |
Delineating copy number and clonal substructure in human tumors from single-cell transcriptomes
2021-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-00795-2
PMID:33462507
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研究论文 | 本文开发了一种名为CopyKAT的集成贝叶斯分割方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计基因组拷贝数剖面，并应用于多种人类肿瘤中区分癌细胞与正常细胞类型 | CopyKAT方法能够准确区分肿瘤微环境中的正常细胞类型和恶性细胞，并解析肿瘤内的克隆亚结构 | NA | 解决单细胞转录组分析中区分肿瘤微环境中的正常细胞类型和恶性细胞以及解析肿瘤内克隆亚结构的挑战 | 21种肿瘤中的46,501个单细胞，包括三阴性乳腺癌、胰腺导管腺癌、间变性甲状腺癌、浸润性导管癌和胶质母细胞瘤 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 贝叶斯分割模型 | 转录组数据 | 46,501个单细胞 |
| 24335 | 2024-08-09 |
Supervised Adversarial Alignment of Single-Cell RNA-seq Data
2021-05, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2020.0439
PMID:33470876
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研究论文 | 本文开发了一种领域对抗神经网络模型，用于学习单细胞RNA测序数据的降维表示，以克服批次效应 | 提出了一种监督对抗神经网络模型，该模型同时优化细胞类型分配的准确性和无法区分批次（领域），从而有效克服批次效应 | NA | 克服单细胞RNA测序数据分析中的批次效应 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 领域对抗神经网络 | 基因表达数据 | 多个不同数据集 |
| 24336 | 2024-08-09 |
Corrigendum to: Inferring microenvironmental regulation of gene expression from single-cell RNA sequencing data using scMLnet with an application to COVID-19
2021-03-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab015
PMID:33448287
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24337 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Heterogeneity of Vascular Cells in Early Stage Murine Abdominal Aortic Aneurysm-Brief Report
2021-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.120.315607
PMID:33472403
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠腹主动脉瘤早期血管细胞的异质性 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了小鼠腹主动脉瘤中不同细胞类型的转录组特征 | NA | 阐明腹主动脉瘤中细胞和分子层面的异质性 | 小鼠腹主动脉瘤组织中的血管细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | C57BL/6J小鼠的腹主动脉瘤组织 |
| 24338 | 2024-08-09 |
SUSCC: Secondary Construction of Feature Space based on UMAP for Rapid and Accurate Clustering Large-scale Single Cell RNA-seq Data
2021-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-020-00411-6
PMID:33475958
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研究论文 | 本文提出了一种基于UMAP的特征空间二次构建方法，用于快速准确地对大规模单细胞RNA测序数据进行聚类 | 采用UMAP进行特征空间的二次构建，提高了聚类速度和准确性 | NA | 设计一种更快速和更准确的聚类方法，以应对大规模单细胞RNA测序数据的挑战 | 大规模单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | UMAP | k-means算法, k-nearest neighbor算法 | 基因表达矩阵 | 大规模单细胞RNA测序数据集 |
| 24339 | 2024-08-09 |
Traumatic Brain Injury Causes Chronic Cortical Inflammation and Neuronal Dysfunction Mediated by Microglia
2021-02-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2469-20.2020
PMID:33452227
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研究论文 | 研究探讨了创伤性脑损伤（TBI）后微胶质细胞在慢性皮质炎症和神经元功能障碍中的作用 | 通过使用CSF1R拮抗剂PLX5622耗竭微胶质细胞，研究了其在TBI后不同时间点的神经病理学和炎症反应中的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类 | 确定微胶质细胞在创伤性脑损伤后神经病理学中的贡献 | 研究对象包括小鼠的微胶质细胞、神经元和其他胶质细胞 | 神经科学 | 脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA | 研究使用了雄性小鼠 |
| 24340 | 2024-08-09 |
High-Dimensional Immune Monitoring for Chimeric Antigen Receptor T Cell Therapies
2021-02, Current hematologic malignancy reports
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s11899-020-00602-4
PMID:33449291
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研究论文 | 本文综述了基于R语言的高维流式细胞术数据分析管道，主要应用于嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法 | 近年来，已有的用于分析复杂高维数据的工具，如单细胞RNA测序（scRNAseq），已成功移植到细胞术研究中，提供了动态且用户友好的探索空间 | 现有的环境如Cytobank、FlowJo和FCS Express提供的工具要么价格昂贵，要么对无经验用户来说相当复杂 | 综述高维流式细胞术实验方法，并介绍用于CAR T细胞疗法的差异分析的R语言管道 | 高维流式细胞术数据和CAR T细胞疗法 | 生物信息学 | NA | 流式细胞术 | NA | 高维数据 | NA |