单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24321	2024-08-09	Applications of Community Detection Algorithms to Large Biological Datasets 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1103-6_3 PMID:33606252	研究论文	本文介绍了一种基于网络的聚类方法（NBC），并开发了一个开放且灵活的Python工具包，用于在大规模生物数据集中进行细胞或基因的聚类分析	提出了一种新的基于网络的聚类方法（NBC），通过将样本或基因映射到网络并使用社区检测算法来识别节点集群	传统的聚类算法在许多情况下生成的集群不能反映生物现实	开发一种新的方法和工具包，以准确高效地分析大规模RNA测序实验数据	大规模单细胞和批量RNA测序数据集中的细胞或基因集群	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	社区检测算法	RNA测序数据	数万个细胞
24322	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Profiling 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1103-6_16 PMID:33606265	研究论文	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）技术的发展及其在细胞异质性和细胞特异性表达差异分析中的应用	介绍了新的计算方法如何解决scRNAseq数据分析中的挑战，提供了前所未有的生物学细节洞察	scRNAseq技术尚未像批量测序那样成熟或完全实现	探讨单细胞数据分析的挑战及其计算方法的应用	单细胞RNA测序数据及其在细胞动力学研究中的应用	数字病理学	NA	scRNAseq	NA	转录组数据	单细胞水平
24323	2024-08-09	Analysis of microRNA Regulation in Single Cells 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1103-6_18 PMID:33606267	研究论文	本文探讨了单细胞水平上微小RNA（miRNA）对基因表达的调控作用	利用单细胞RNA测序技术研究miRNA和mRNA在单细胞中的表达，并展示了其在量化细胞间变异方面的优势	讨论了实验设计和计算分析中可能的改进以减少或划分技术噪声	研究单细胞中miRNA对基因表达水平和表达变异性的调控	miRNA和mRNA在单细胞中的表达	基因表达	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	单细胞样本
24324	2024-08-09	Identifying Differentially Expressed Genes of Zero Inflated Single Cell RNA Sequencing Data Using Mixed Model Score Tests 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.616686 PMID:33613638	研究论文	本文提出了一种名为单细胞混合模型得分测试（scMMSTs）的方法，用于有效识别具有批次效应的单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	scMMSTs方法通过将批次效应视为随机效应，并采用加权策略处理零膨胀问题，从而提高了差异表达基因识别的准确性	NA	旨在开发一种新方法，以更准确地识别具有批次效应和零膨胀问题的单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性混合模型（GLMM）	RNA测序数据	涉及两个真实数据集和大量模拟数据
24325	2024-08-09	Automated methods for cell type annotation on scRNA-seq data 2021, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2021.01.015 PMID:33613863	综述	本文综述了用于scRNA-seq数据自动细胞类型注释的工具和方法	介绍了不同的策略，如使用精选标记基因数据库、相关参考表达数据或通过监督分类转移标签，以关联单细胞的基因表达谱与细胞类型	NA	探讨单细胞RNA测序数据中细胞类型自动注释的方法和工具	scRNA-seq数据的细胞类型注释	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
24326	2024-08-09	High levels of soluble CD25 in COVID-19 severity suggest a divergence between anti-viral and pro-inflammatory T-cell responses 2021, Clinical & translational immunology IF:4.6Q2 DOI:10.1002/cti2.1251 PMID:33614032	研究论文	研究COVID-19患者中可溶性CD25水平与疾病严重程度之间的关系，并探讨其与T细胞抗病毒和促炎反应的差异	通过分析280名住院COVID-19患者的细胞因子谱和临床特征，以及使用淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染的小鼠模型，揭示了可溶性CD25在疾病严重程度中的独立风险因素作用及其与病毒清除时间的关联	研究主要基于小鼠模型和已发表的单细胞RNA测序数据，可能需要进一步的人体临床试验验证	理解COVID-19患者中T细胞功能缺陷和超激活之间的矛盾现象	COVID-19患者的细胞因子水平和临床特征，以及小鼠模型的免疫学、病毒学和病理学特征	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	细胞因子谱，临床特征数据	280名住院COVID-19患者，小鼠模型
24327	2024-08-09	Single-Cell Sequencing and Organoids: A Powerful Combination for Modelling Organ Development and Diseases 2021, Reviews of physiology, biochemistry and pharmacology DOI:10.1007/112_2020_47 PMID:33619630	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和类器官技术在模拟器官发育和疾病中的最新进展及其应用	scRNA-seq技术能够在单细胞水平上确定基因表达变异性，而类器官模型则能更好地模拟器官发育、再生和疾病的复杂时空过程	传统的基于mRNA或蛋白质的方法往往无法阐明稀有细胞类型（如某些干细胞亚群、短暂的前体细胞和循环肿瘤细胞）的贡献	探讨scRNA-seq和类器官技术在模拟器官发育和疾病中的应用优势	单细胞RNA测序技术和类器官模型	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
24328	2024-08-09	Inference of Ligand-Receptor Pairs from Single-Cell Transcriptomics Data 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2020_343 PMID:33625677	研究论文	本文开发了一个框架，利用单细胞转录组数据分析不同细胞类型间的配体-受体相互作用，以系统地描述细胞间通信事件	本文整合了配体、受体及其相互作用的库，并采用计算方法识别特定细胞类型和生物学相关的相互作用	NA	系统地表征细胞间通信	单细胞转录组数据中的配体-受体对	生物信息学	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	NA
24329	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Expansion of Cytotoxic CD4+ T Lymphocytes and a Landscape of Immune Cells in Primary Sjögren's Syndrome 2020, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2020.594658 PMID:33603736	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了原发性干燥综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞，揭示了疾病特异性的免疫细胞亚群及其在疾病发展中的作用	首次发现原发性干燥综合征患者中细胞毒性CD4+ T淋巴细胞的显著扩张，并识别了两个新的细胞亚群CD4+ CTLs和CD4+ TRAV13-2+ T细胞	研究样本量较小，仅包括五名患者和五名健康对照者	探索原发性干燥综合征的细胞和分子发病机制	原发性干燥综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	57,288个外周血单个核细胞，来自五名原发性干燥综合征患者和五名健康对照者
24330	2024-08-09	Development of a Prognostic Signature Based on Single-Cell RNA Sequencing Data of Immune Cells in Intrahepatic Cholangiocarcinoma 2020, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2020.615680 PMID:33613623	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据分析了肝内胆管癌中的免疫细胞，以识别与肿瘤进展相关的生物标志物，并建立了一个与预后相关的基因签名	首次基于单细胞RNA测序数据建立了肝内胆管癌的预后相关基因签名，该签名反映了肿瘤微环境的免疫状态	NA	探讨肝内胆管癌中单细胞RNA测序数据中差异表达基因的预后价值	肝内胆管癌中的免疫细胞	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	33,991个细胞样本，包括17,090个肝内胆管癌细胞样本和16,901个肝内胆管癌邻近组织细胞样本
24331	2024-08-09	Progress and Clinical Application of Single-Cell Transcriptional Sequencing Technology in Cancer Research 2020, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2020.593085 PMID:33614479	研究论文	本文总结了单细胞转录组测序技术（scRNA-seq）在癌症研究中的最新进展及其对临床治疗的指导意义	scRNA-seq在肿瘤异质性、肿瘤进化、转移扩散、化疗耐药性发展以及肿瘤微环境与免疫系统关系方面取得了突破性发现	NA	探讨scRNA-seq技术在癌症研究中的应用及其对临床治疗的指导作用	癌症细胞及其微环境	数字病理学	癌症	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
24332	2024-08-09	Advanced single-cell pooled CRISPR screening identifies C19orf53 required for cell proliferation based on mTORC1 regulators 2022-02, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-021-09586-0 PMID:33586084	研究论文	本文介绍了一种名为DoNick-seq的高级单细胞CRISPR筛选方法，用于促进基因敲除并减少脱靶活性，并通过该方法研究了mTORC1调控因子和细胞增殖机制。	DoNick-seq方法能够同时评估多个基因相互作用和氨基酸耗竭效应，提高了CRISPR单细胞转录组学的准确性。	CRISPR基因敲除技术本身存在效率限制。	开发和应用DoNick-seq方法，以深入解析细胞生物学发现，特别是mTORC1调控因子和细胞增殖机制。	mTORC1调控因子、细胞增殖能力以及C19orf53基因在细胞代谢和氧化应激中的作用。	基因编辑	NA	CRISPR筛选	NA	转录组	超过20,000个细胞，来自两种细胞系
24333	2024-08-09	IRIS-FGM: an integrative single-cell RNA-Seq interpretation system for functional gene module analysis 2021-09-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab108 PMID:33595622	研究论文	本文介绍了一个名为IRIS-FGM的R包，用于单细胞RNA测序数据的功能基因模块分析和细胞聚类	IRIS-FGM基于QUBIC2算法，能够有效识别条件特异性的功能基因模块，预测细胞类型/簇，发现差异表达基因并进行通路富集分析	NA	开发一个集成单细胞RNA测序解释系统，用于功能基因模块分析	单细胞RNA测序数据中的功能基因模块和细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	QUBIC2	scRNA-Seq数据	NA
24334	2024-08-09	Application of single-cell sequencing technologies in pancreatic cancer 2021-Jun, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-021-04095-4 PMID:33599893	综述	本文综述了单细胞测序技术在胰腺癌研究中的应用	单细胞测序技术能够研究肿瘤中每个单独的细胞，检测单细胞的基因组、转录组和多组学特征，揭示细胞间的进化关系和肿瘤细胞的异质性	NA	探讨单细胞测序技术在胰腺癌研究中的应用及其对诊断和治疗的影响	胰腺癌及其相关细胞类型，如癌症相关成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	基因组、转录组和多组学数据	NA
24335	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals species-specific time spans of cell cycle transitions in early oogenesis 2021-05-12, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddab048 PMID:33575778	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，比较了小鼠、猴子和人类雌性生殖细胞在卵子发生过程中的细胞周期转换时间跨度的物种特异性差异	首次揭示了不同物种间卵子发生过程中细胞周期转换时间跨度的差异，并提出了这种差异可能与雌性生殖细胞发育异时性有关	NA	探索不同物种间卵子发生过程中细胞周期转换时间跨度的差异	小鼠、猴子和人类的雌性生殖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和猴子的雌性生殖细胞样本，以及人类雌性生殖细胞的单细胞RNA测序数据
24336	2024-08-09	Coordinated changes in cellular behavior ensure the lifelong maintenance of the hippocampal stem cell population 2021-05-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.01.003 PMID:33581058	研究论文	本文研究了海马体神经干细胞数量的维持机制，特别是在成年小鼠中干细胞行为的协调变化	本文揭示了成年小鼠海马体神经干细胞数量稳定的原因，即干细胞行为的协调变化，并通过单细胞转录组学、建模和标记保留分析等方法验证了这一发现	NA	探讨海马体神经干细胞数量终身维持的机制	海马体神经干细胞的行为变化及其对神经发生的影响	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
24337	2024-08-09	Tracing production instability in a clonally derived CHO cell line using single-cell transcriptomics 2021-05, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.27715 PMID:33586781	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了一个克隆衍生CHO细胞系的生产不稳定性，导致单克隆抗体（mAb）产量显著下降	通过scRNA-seq数据识别与mAb转基因变异相关的亚群，并重建细胞系演化轨迹，发现与重链和轻链基因表达减少相关	NA	研究CHO细胞系中单克隆抗体生产不稳定性的机制	克隆衍生CHO细胞系的生产不稳定性	生物技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
24338	2024-08-09	Potential applications of deep learning in single-cell RNA sequencing analysis for cell therapy and regenerative medicine 2021-05, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1002/stem.3336 PMID:33587792	综述	本文探讨了深度学习方法与单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据结合在细胞治疗和再生医学中的应用	通过结合深度学习与scRNA-seq技术，能够发现细胞的隐藏结构，更准确地预测其效果，并有效利用具有分化潜能的亚群进行干细胞治疗	scRNA-seq技术对生物和技术噪声敏感，后续数据分析在去噪、降维、填补缺失值等方面计算难度大	探讨深度学习方法如何与scRNA-seq数据结合，以深入解释数据，改进干细胞的后续分析，识别潜在亚群，并推动细胞治疗和再生医学措施的实施	干细胞及其在细胞治疗和再生医学中的应用	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	数据集	NA
24339	2024-08-09	Transcriptional characterization of human megakaryocyte polyploidization and lineage commitment 2021-05, Journal of thrombosis and haemostasis : JTH IF:5.5Q1 DOI:10.1111/jth.15271 PMID:33587817	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对人类骨髓中的巨核细胞（MKs）及其从造血干细胞（HSCs）的分化过程进行了转录组水平的特征分析	首次使用单细胞测序技术对人类骨髓中不同多倍体水平的巨核细胞转录组进行特征分析，并揭示了巨核细胞分化过程中的转录变化	NA	研究巨核细胞的转录特征及其从造血干细胞的分化过程	人类骨髓中的巨核细胞及其从造血干细胞的分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
24340	2024-08-09	Intratumoral Plasmid IL12 Expands CD8+ T Cells and Induces a CXCR3 Gene Signature in Triple-negative Breast Tumors that Sensitizes Patients to Anti-PD-1 Therapy 2021-05-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3944 PMID:33593880	研究论文	研究通过在三阴性乳腺癌肿瘤中使用IL12质粒进行免疫激活，评估其对CD8+ T细胞扩增和CXCR3基因特征的影响，以及对PD-1疗法的敏感性	首次展示了IL12质粒治疗后CXCR3基因特征的增强，以及这种特征与CD8+ T细胞浸润和PD-1/PD-L1表达的关联	研究主要基于小鼠模型和有限的临床试验数据，需要更多临床验证	探索增强三阴性乳腺癌免疫原性和T细胞浸润的方法，以提高PD-1疗法的疗效	三阴性乳腺癌患者和肿瘤模型	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括小鼠模型和少量三阴性乳腺癌患者