单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24281	2024-08-09	Development and Multi-Data Set Verification of an RNA Binding Protein Signature for Prognosis Prediction in Glioma 2021, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2021.637803 PMID:33634155	研究论文	本研究旨在开发一种RNA结合蛋白（RBP）特征，用于预测胶质瘤的预后	本研究构建了一个包含10个RBP的特征，通过多数据集验证其对胶质瘤预后预测的稳健性	NA	开发和验证一种新的RNA结合蛋白特征，用于胶质瘤的预后预测	胶质瘤患者	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	Cox回归分析	基因表达数据	训练集693例，验证集325例
24282	2024-08-09	FOntCell: Fusion of Ontologies of Cells 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.562908 PMID:33644039	研究论文	本文开发了一种算法，通过结合类标签名称匹配和基于图卷积的结构映射，实现细胞分类本体的自动合并	设计了两种图卷积方法（向量结构匹配和基于约束的结构匹配），并实现了一个Python软件模块FOntCell，用于高效自动并行计算本体合并	NA	开发一种算法，用于自动合并和融合细胞分类本体，以整合来自不同来源的细胞信息	细胞分类本体，包括CELDA、LifeMap和LungMAP人类解剖细胞本体	自然语言处理	NA	图卷积	NA	文本	NA
24283	2024-08-09	Single-Cell Sequencing Applications in the Inner Ear 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.637779 PMID:33644075	综述	本文综述了单细胞测序技术在耳蜗研究中的最新进展	利用单细胞测序技术揭示了耳蜗组织的异质性，识别了未知的细胞亚型，发现了新的细胞标记物，并揭示了发育过程中的动态信号通路	NA	总结单细胞测序技术在耳蜗研究中的应用及其带来的新发现	耳蜗细胞及其基因表达	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
24284	2024-08-09	Single-cell qPCR Assay with Massively Parallel Microfluidic System 2020-Mar-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3563 PMID:33659534	research paper	本文介绍了一种使用大规模并行微流控系统的单细胞qPCR检测方法	本文提供了一种新的标准化协议，用于单细胞qPCR技术，该技术能够更详细地理解异质细胞群和少数细胞	单细胞qPCR技术在基因数量方面存在一定限制	旨在建立单细胞qPCR技术的标准化协议，以更详细地理解细胞异质性	单细胞转录组及其在不同条件下的变化	NA	NA	单细胞qPCR	NA	基因表达数据	单个细胞
24285	2024-08-09	Integrated RNA Sequencing Reveals Epigenetic Impacts of Diesel Particulate Matter Exposure in Human Cerebral Organoids 2020, Developmental neuroscience IF:2.3Q3 DOI:10.1159/000513536 PMID:33657557	研究论文	本研究通过综合RNA测序揭示了柴油颗粒物暴露对人脑类器官的表观遗传影响	首次结合单细胞和直接转录组学方法，研究柴油颗粒物暴露对人类诱导多能干细胞衍生的脑类器官的毒基因组效应	NA	探讨柴油颗粒物暴露对胎儿大脑发育的影响及其在自闭症谱系障碍中的潜在作用	人脑类器官	数字病理学	自闭症谱系障碍	RNA测序	NA	RNA	NA
24286	2024-08-09	Yeast Single-cell RNA-seq, Cell by Cell and Step by Step 2019-Sep-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3359 PMID:33654857	研究论文	本文详细描述了一种针对酵母的单细胞RNA测序（yscRNA-seq）协议的实验和计算步骤	yscRNA-seq协议具有成本低、高通量和易于实施的特点，结合了单细胞表型分选和独特的分子标识符，能够以链和异构体特异性的方式数字化计数分子数量	NA	开发和描述一种适用于酵母的单细胞RNA测序协议，以便于在其他实验室中实施并指导新技术的开发	酵母细胞的单细胞RNA测序	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
24287	2024-08-09	TiC2D: Trajectory Inference From Single-Cell RNA-Seq Data Using Consensus Clustering 2022 Jul-Aug, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2021.3061720 PMID:33630737	研究论文	本文介绍了一种名为TiC2D的新算法，用于从单细胞RNA测序数据中进行细胞轨迹推断，采用共识聚类策略精确聚类细胞	TiC2D算法采用共识聚类策略，能够准确推断单细胞转录组的发展轨迹，并识别细胞命运决定中的关键基因	NA	开发一种新的算法用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞轨迹，以揭示正常发育和疾病的机制	单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识聚类	转录组数据	四个独立的单细胞RNA测序数据集
24288	2024-08-09	Robust decomposition of cell type mixtures in spatial transcriptomics 2022-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00830-w PMID:33603203	研究论文	本文开发了一种名为RCTD的计算方法，用于分解空间转录组学中的细胞类型混合物，并校正不同测序技术间的差异	RCTD方法利用单细胞RNA-seq学到的细胞类型特征来分解细胞类型混合物，并能准确再现已知的细胞类型和亚型定位模式	NA	开发一种新的计算方法来分解空间转录组学中的细胞类型混合物	空间转录组学中的细胞类型混合物	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	RCTD	转录组数据	模拟数据集、Slide-seq和Visium的小鼠脑数据集
24289	2024-08-09	Evaluation of machine learning approaches for cell-type identification from single-cell transcriptomics data 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab035 PMID:33611343	研究论文	本文评估了10种机器学习模型在单细胞转录组数据中自动分配细胞表型的性能	采用机器学习模型作为监督分类方法，显著辅助细胞类型识别的决策过程	大多数分类器在复杂数据集上的准确性下降	评估机器学习模型在单细胞转录组数据中自动识别细胞类型的效果	10种机器学习模型在20个公开的单细胞RNA测序数据集上的性能	机器学习	NA	单细胞RNA测序	线性支持向量机（linear-SVM）和逻辑回归分类器	转录组数据	20个不同大小、技术、物种和复杂程度的公开单细胞RNA测序数据集
24290	2024-08-09	Accurate feature selection improves single-cell RNA-seq cell clustering 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab034 PMID:33611426	研究论文	本文评估了特征选择对单细胞RNA测序数据细胞聚类准确性的影响，并开发了一种名为FEAST的特征选择算法，该算法能提供更具代表性的特征，从而提高聚类准确性	开发了一种新的特征选择算法FEAST，该算法能提供更具代表性的特征，显著提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性	未提及	评估特征选择对单细胞RNA测序数据细胞聚类准确性的影响，并开发新的特征选择算法	单细胞RNA测序数据的细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12个公共单细胞RNA测序数据集
24291	2024-08-09	Single-cell sequencing in translational cancer research and challenges to meet clinical diagnostic needs 2021-07, Genes, chromosomes & cancer DOI:10.1002/gcc.22944 PMID:33611828	综述	本文概述了单细胞测序技术在癌症研究中的应用，并探讨了其满足临床诊断需求的潜力及面临的挑战	单细胞测序技术使得能够在转录、遗传、表观遗传和蛋白质水平上研究单个细胞，提供了比整体样本测序更深入的癌症发展基础过程的分辨率	讨论了单细胞测序技术在临床诊断应用中面临的主要挑战	探讨单细胞测序技术在癌症研究中的应用及其满足临床诊断需求的潜力	单细胞测序技术在癌症研究中的应用	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
24292	2024-08-09	Large-scale phylogenomic analysis provides new insights into the phylogeny of the class Oligohymenophorea (Protista, Ciliophora) with establishment of a new subclass Urocentria nov. subcl 2021-06, Molecular phylogenetics and evolution IF:3.6Q2 DOI:10.1016/j.ympev.2021.107112 PMID:33609708	研究论文	本研究通过大规模的系统基因组学分析，对Oligohymenophorea类（原生生物，纤毛虫）的系统发育进行了深入研究，并建立了一个新的亚纲Urocentria nov. subcl。	本研究首次通过单细胞测序技术对六种非培养的寡毛纤毛虫的基因组和/或转录组进行了测序，并基于85个分类单元的扩展采样进行了系统基因组学分析，揭示了Urocentrids形成了一个独立的分支，支持了新亚纲Urocentria的建立。	NA	旨在深入理解Oligohymenophorea类纤毛虫的系统发育关系，特别是亚纲Peniculia中的长期存在问题的分类单元Urocentrum和Paranassula。	六种非培养的寡毛纤毛虫的基因组和/或转录组	NA	NA	单细胞测序技术	NA	基因组和转录组数据	85个分类单元，包括157个核基因编码36,953个氨基酸
24293	2024-08-09	A TNFR2-hnRNPK Axis Promotes Primary Liver Cancer Development via Activation of YAP Signaling in Hepatic Progenitor Cells 2021-06-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-3175 PMID:33619115	研究论文	本研究揭示了TNF受体II（TNFR2）-hnRNPK-YAP信号轴在肝前体细胞（HPC）中对原发性肝癌（PLC）发展的关键作用	首次阐明了TNFR2-hnRNPK-YAP信号轴在肝前体细胞中介导的原发性肝癌发展中的机制	NA	探讨炎症介导的原发性肝癌发展的潜在机制	肝前体细胞（HPC）中的TNF受体II（TNFR2）-hnRNPK-YAP信号轴	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
24294	2024-08-09	Novel risk factors for craniofacial microsomia and assessment of their utility in clinic diagnosis 2021-05-31, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddab055 PMID:33615373	研究论文	本文研究了颅面微小畸形（CFM）的新风险因素及其在临床诊断中的应用	本文首次在大规模CFM队列中识别了15个显著关联的基因组位点，并构建了一个基于多基因风险评分（PRS）的CFM风险预测模型，同时确定了父亲吸烟作为关键的环境风险因素	NA	研究CFM的遗传风险因素和环境威胁及其相互作用，以改善CFM的诊断和产前筛查	CFM的遗传和环境风险因素	遗传学	颅面微小畸形	多组学数据分析，单细胞RNA测序	多基因风险评分（PRS）模型	基因组数据，单细胞RNA测序数据	6074个CFM样本
24295	2024-08-09	Independent component analysis based gene co-expression network inference (ICAnet) to decipher functional modules for better single-cell clustering and batch integration 2021-05-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab089 PMID:33619563	研究论文	本文开发了一种基于独立成分分析的基因共表达网络推断方法（ICAnet），用于改进单细胞聚类和批次整合，并发现罕见细胞类型	ICAnet能够分解单细胞RNA测序数据为一系列独立的基因表达成分，推断共表达模块，从而提高细胞聚类和罕见细胞类型的发现	NA	开发一种新的生物信息学方法，用于分析单细胞RNA测序数据，提高细胞类型预测的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	独立成分分析	基因表达数据	多个细胞/组织/供体/文库类型的单细胞RNA测序数据集
24296	2024-08-09	Adaptive Natural Killer Cells Facilitate Effector Functions of Daratumumab in Multiple Myeloma 2021-05-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3418 PMID:33602683	研究论文	研究了不同自然杀伤（NK）细胞亚群在多发性骨髓瘤中的不同作用，并识别支持达雷妥尤单抗通过抗体依赖性细胞毒性（ADCC）发挥强大抗骨髓瘤活性的NK细胞亚群	发现适应性NK细胞在多发性骨髓瘤中是ADCC的重要介质，并支持通过选择性利用适应性NK细胞来更好地预测和改善达雷妥尤单抗的治疗效果	NA	研究不同NK细胞亚群在多发性骨髓瘤中的作用，并识别支持达雷妥尤单抗抗骨髓瘤活性的NK细胞亚群	多发性骨髓瘤患者的NK细胞及其在达雷妥尤单抗治疗中的作用	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，多色流式细胞术	NA	细胞	157名新诊断的多发性骨髓瘤（NDMM）患者
24297	2024-08-09	scRNA-seq of ovarian follicle granulosa cells from different fertility goats reveals distinct expression patterns 2021-May, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene DOI:10.1111/rda.13920 PMID:33624340	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了不同繁殖能力的济宁灰山羊卵巢卵泡颗粒细胞在不同发育阶段的基因表达模式	首次发现高繁殖力和低繁殖力山羊群体中卵巢卵泡颗粒细胞的基因表达模式	NA	揭示山羊卵巢卵泡颗粒细胞在不同发育阶段的基因表达差异及其与繁殖能力的关系	济宁灰山羊卵巢卵泡颗粒细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	两个群体的济宁灰山羊卵巢卵泡颗粒细胞，包括高繁殖力（HL）和低繁殖力（LL）
24298	2024-08-09	Bardet-Biedl syndrome proteins regulate intracellular signaling and neuronal function in patient-specific iPSC-derived neurons 2021-04-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI146287 PMID:33630762	研究论文	研究使用患者特异性诱导多能干细胞衍生的神经元模型，探讨Bardet-Biedl综合征蛋白在细胞内信号传导和神经功能中的作用	通过单细胞RNA测序和CRISPR基因编辑技术，揭示了BBS1和BBS10突变对胰岛素信号传导和瘦素信号的影响，并展示了通过基因校正恢复信号传导的可能性	研究主要集中在BBS1和BBS10突变的影响，其他BBS基因突变的影响未被探讨	探究Bardet-Biedl综合征在人类中的分子基础及其对肥胖的影响	Bardet-Biedl综合征患者的诱导多能干细胞衍生的下丘脑弓状核样神经元	细胞生物学	遗传性疾病	单细胞RNA测序, CRISPR基因编辑	NA	RNA	涉及BBS1M390R和BBS10C91fsX95突变的神经元样本
24299	2024-08-09	White matter aging drives microglial diversity 2021-04-07, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2021.01.027 PMID:33606969	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了衰老过程中白质和灰质的微胶质细胞反应	首次鉴定了与白质相关的微胶质细胞（WAMs），这些细胞具有疾病相关微胶质细胞（DAM）基因特征的一部分，并涉及吞噬活性和脂质代谢相关基因的激活	NA	探究衰老过程中白质和灰质的微胶质细胞特定反应	白质和灰质的微胶质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
24300	2024-08-09	Oxidized phosphatidylcholines found in multiple sclerosis lesions mediate neurodegeneration and are neutralized by microglia 2021-04, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-021-00801-z PMID:33603230	研究论文	本文报道了多发性硬化症（MS）病变中的氧化磷脂酰胆碱（OxPCs）作为神经退行性的强力驱动因素，并指出微胶质细胞通过TREM2受体介导的清除作用可以中和OxPCs，从而防止神经退行性。	首次发现OxPCs在MS病变中作为神经退行性的强力驱动因素，并提出通过增强微胶质细胞介导的OxPC清除作用来预防神经退行性。	NA	识别并中和多发性硬化症中促进神经退行性的机制。	多发性硬化症病变中的氧化磷脂酰胆碱（OxPCs）及其对神经退行性的影响。	神经科学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及培养的神经元和少突胶质细胞，以及小鼠脊髓病变组织。