单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24261	2024-08-09	Insights Gained from Single-Cell Analysis of Immune Cells in the Tumor Microenvironment 2021-04-26, Annual review of immunology IF:26.9Q1 DOI:10.1146/annurev-immunol-110519-071134 PMID:33637019	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）在多种人类肿瘤中对肿瘤免疫微环境的研究进展	利用scRNA-seq技术深入解析了肿瘤浸润免疫细胞的异质性、动态变化及其在疾病进展和免疫治疗反应中的潜在作用	NA	旨在理解肿瘤免疫微环境，以识别癌症进展的免疫调节因子并开发癌症免疫疗法	肿瘤免疫微环境中的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及多种类型的人类肿瘤样本
24262	2024-08-09	Formation and integration of new neurons in the adult hippocampus 2021-04, Nature reviews. Neuroscience DOI:10.1038/s41583-021-00433-z PMID:33633402	综述	本文综述了啮齿动物海马神经发生领域的最新进展，重点介绍了新技术（包括单细胞RNA测序、活体成像和行为中新生细胞的功能观察）以及从干细胞激活到新生神经元整合到现有回路的不同发育步骤	采用了新技术如单细胞RNA测序、活体成像和行为中新生细胞的功能观察	NA	提高对成年神经发生机制和功能后果的理解，并探讨该领域如何在急性与慢性神经损伤和基于干细胞的脑修复中更具转化相关性	成年海马神经发生的过程及其对脑功能的影响	神经科学	NA	单细胞RNA测序、活体成像	NA	细胞	NA
24263	2024-08-09	SSRE: Cell Type Detection Based on Sparse Subspace Representation and Similarity Enhancement 2021-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2020.09.004 PMID:33647482	研究论文	本文提出了一种基于稀疏子空间表示和相似性增强的单细胞聚类框架SSRE，用于提高细胞类型识别的准确性	SSRE通过子空间假设建模细胞间关系，并生成细胞间相似性的稀疏表示，同时结合基因选择和增强策略提高相似性度量的有效性	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稀疏子空间表示	基因表达数据	测试了十个真实单细胞RNA测序数据集和五个模拟数据集
24264	2024-08-09	Cellular plasticity balances the metabolic and proliferation dynamics of a regenerating liver 2021-04, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.267013.120 PMID:33649154	研究论文	本文通过部分肝切除术（PHx）结合单细胞转录组学，追踪了小鼠肝脏再生过程中约22,000个肝细胞的细胞转变和异质性	研究发现，在PHx后，一部分肝细胞暂时重新激活早期新生儿样的基因表达程序以增殖，而另一部分代谢高度活跃的细胞似乎补偿了肝脏功能的任何暂时性缺陷	NA	探讨成年肝脏在再生过程中如何维持其特化功能	小鼠肝脏再生过程中的细胞转变和异质性	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	约22,000个肝细胞
24265	2024-08-09	COVID-19 immune features revealed by a large-scale single-cell transcriptome atlas 2021-04-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.01.053 PMID:33657410	research paper	本文通过大规模单细胞转录组图谱揭示了COVID-19患者的免疫特征	首次应用单细胞RNA测序技术分析了大量COVID-19患者样本，构建了详细的免疫景观图谱	NA	深入理解COVID-19的病理机制并开发有效的治疗策略	COVID-19患者的免疫细胞及其转录组变化	digital pathology	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	284个样本，来自196名COVID-19患者和对照组
24266	2024-08-09	Direct Comparative Analyses of 10X Genomics Chromium and Smart-seq2 2021-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2020.02.005 PMID:33662621	研究论文	本文通过比较10X Genomics Chromium和Smart-seq2两种单细胞RNA测序平台在相同CD45细胞样本上的数据，系统评估了它们的特点	首次系统比较了10X Genomics Chromium和Smart-seq2两种单细胞RNA测序平台的优势和局限性	研究仅限于CD45细胞样本，可能无法完全代表所有细胞类型的表现	旨在深入理解10X Genomics Chromium和Smart-seq2两种单细胞RNA测序平台的特点，并为选择合适的平台提供依据	10X Genomics Chromium和Smart-seq2两种单细胞RNA测序平台	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	相同CD45细胞样本
24267	2024-08-09	Isolation of human ESC-derived cardiac derivatives and embryonic heart cells for population and single-cell RNA-seq analysis 2021-03-19, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100339 PMID:33644774	研究论文	本文描述了从人胚胎干细胞（hESC）分化的心脏衍生物和胚胎心脏细胞中分离细胞，并进行群体和单细胞RNA测序分析的方法	结合群体和单细胞RNA测序分析，揭示人类胚胎发生中的器官特异性细胞和分子图谱	NA	阐明人类胚胎发生中的器官特异性细胞和分子图谱	人胚胎干细胞分化的心脏衍生物和胚胎心脏细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA	NA
24268	2024-08-09	Progenitor cell diversity in the developing mouse neocortex 2021-03-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2018866118 PMID:33649223	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了发育中的小鼠新皮质中的神经前体细胞，揭示了神经前体细胞的多样性及其与神经元类型指定相关的基因表达模式。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了神经前体细胞在不同发育阶段的基因表达动态变化，以及这些变化与神经元身份基因表达的关系。	NA	确定神经前体细胞中的时间基因表达是否与神经元类型指定相关。	发育中的小鼠新皮质中的神经前体细胞。	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	多个神经前体细胞样本
24269	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals that targeting HSP90 suppresses PDAC progression by restraining mitochondrial bioenergetics 2021-Mar-03, Oncogenesis IF:5.9Q1 DOI:10.1038/s41389-021-00311-4 PMID:33658487	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了通过靶向HSP90抑制胰腺导管腺癌（PDAC）进展的机制	首次揭示了HSP90抑制通过破坏HSP90与OPA1的相互作用，减少线粒体嵴数量和能量产生，从而抑制PDAC进展	NA	开发针对胰腺导管腺癌的新治疗策略	胰腺导管腺癌（PDAC）及其细胞亚群	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	KPC小鼠的PDAC肿瘤样本
24270	2024-08-09	Proteogenomics of glioblastoma associates molecular patterns with survival 2021-03-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108787 PMID:33657365	研究论文	本文通过整合高分辨率质谱蛋白质组学和RNA测序数据，分析了87名胶质母细胞瘤患者的蛋白质表达、RNA表达及临床信息，以探索与生存相关的分子模式。	研究揭示了蛋白质组特征与生存之间的更强关联，并发现了与已建立的基于RNA的分类不同的独特蛋白质分类。	NA	旨在通过蛋白质组学分析，揭示胶质母细胞瘤的分子模式与患者生存之间的关系。	胶质母细胞瘤患者的蛋白质组和转录组数据。	数字病理学	脑瘤	质谱蛋白质组学，RNA测序	NA	蛋白质组数据，转录组数据	87名胶质母细胞瘤患者
24271	2024-08-09	Heterogeneity of glial progenitor cells during the neurogenesis-to-gliogenesis switch in the developing human cerebral cortex 2021-03-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108788 PMID:33657375	研究论文	本文研究了发育中的人类大脑皮层中神经发生向胶质发生转变期间胶质前体细胞的异质性和分子特征	通过单细胞RNA测序技术，成功富集并表征了多种胶质和神经元谱系的前体细胞，并验证了其在固定切片中的表型	NA	探究发育中的人类大脑皮层中胶质前体细胞的异质性和分子特征	胶质前体细胞及其在神经发生向胶质发生转变过程中的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	EGFR细胞
24272	2024-08-09	Tracing cell-type evolution by cross-species comparison of cell atlases 2021-03-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108803 PMID:33657376	research paper	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，构建了跨物种的细胞类型进化层次结构，揭示了动物细胞类型的保守性和差异性。	首次全面研究了细胞类型的进化，并构建了跨物种的细胞类型进化层次结构。	NA	探索细胞类型的进化过程及其在不同物种间的保守性和差异性。	七种动物物种的细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	数据	七种动物物种的细胞
24273	2024-08-09	ArchR is a scalable software package for integrative single-cell chromatin accessibility analysis 2021-03, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00790-6 PMID:33633365	研究论文	本文介绍了一个名为ArchR的软件包，用于单细胞染色质可及性数据的快速和全面分析	ArchR提供了一个直观的用户界面，支持复杂单细胞分析，如双细胞去除、单细胞聚类和细胞类型识别等，并能与单细胞RNA测序数据进行多组学整合	NA	加速单细胞水平上基因调控的理解	单细胞染色质可及性数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞染色质可及性数据	超过120万个单细胞
24274	2024-08-09	Estrogen receptor alpha in the brain mediates tamoxifen-induced changes in physiology in mice 2021-03-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.63333 PMID:33647234	研究论文	本文研究了雌激素受体α在大脑中对tamoxifen引起的生理变化的作用	首次揭示了tamoxifen治疗引起的基因表达变化依赖于雌激素受体α，并通过单细胞RNA测序证实了这一点	研究仅限于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探究tamoxifen治疗对小鼠生理变化的影响及其机制	小鼠在接受tamoxifen治疗后的温度、骨密度和运动变化	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	雌激素受体α缺陷小鼠和接受tamoxifen治疗的小鼠
24275	2024-08-09	Blinatumomab-induced T cell activation at single cell transcriptome resolution 2021-Mar-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-021-07435-2 PMID:33648458	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析，揭示了Blinatumomab诱导的T细胞激活及其在单细胞层面的转录变化。	首次在单细胞层面详细分析了Blinatumomab诱导的T细胞激活及其转录变化，并发现了TNFSF4可能作为Blinatumomab治疗抵抗的机制及潜在的联合治疗靶点。	研究主要集中在细胞系模型和患者来源模型，未来需要更多的临床数据来验证这些发现。	揭示Blinatumomab诱导的T细胞激活机制及其在治疗B细胞淋巴母细胞白血病中的应用。	Blinatumomab诱导的T细胞激活及其转录变化。	癌症免疫治疗	B细胞淋巴母细胞白血病	单细胞测序	NA	转录组数据	共分析了来自细胞系模型的17,920个单细胞T细胞和来自患者样本的2,271个单细胞T细胞。
24276	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing in cancer research 2021-Mar-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-021-01874-1 PMID:33648534	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在肿瘤研究中的应用	scRNA-seq技术能够揭示肿瘤细胞的异质性，监测肿瘤发展进程，并分析免疫细胞的免疫逃逸和药物抵抗机制	NA	探讨scRNA-seq技术在肿瘤异质性、发病机制及治疗中的应用	肿瘤细胞和肿瘤组织中的免疫细胞	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
24277	2024-08-09	Single-cell map of diverse immune phenotypes in the acute myeloid leukemia microenvironment 2021-Mar-01, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-021-00265-0 PMID:33648605	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了急性髓系白血病（AML）患者骨髓样本中的免疫细胞表型、功能和发展轨迹	首次详细描述了AML患者骨髓中多种免疫细胞类型的多样性，包括树突状细胞和巨噬细胞的差异，以及识别出几种独特的免疫细胞类型	研究仅限于AML患者的骨髓样本，未包括AML原始细胞	旨在理解AML微环境中免疫细胞表型、功能和发展轨迹，以揭示逃避免疫监视和免疫治疗反应的机制	急性髓系白血病患者的骨髓免疫细胞	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	16名AML患者和4名健康捐赠者的骨髓样本
24278	2024-08-09	Single-cell mapper (scMappR): using scRNA-seq to infer the cell-type specificities of differentially expressed genes 2021-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab011 PMID:33655208	研究论文	本文介绍了一种名为single cell Mapper（scMappR）的方法，该方法利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和现有的反卷积方法，为从bulk RNA-seq获得的差异表达基因（DEGs）分配细胞类型特异性评分	scMappR方法解决了bulk RNA-seq无法确定差异表达发生的细胞类型的问题，通过利用scRNA-seq数据和反卷积方法，为DEGs分配细胞类型特异性评分	scMappR依赖于用户提供的scRNA-seq数据或预先整理的scRNA-seq表达矩阵，可能限制其在某些情况下的应用	开发一种方法，通过利用scRNA-seq数据和反卷积方法，为bulk RNA-seq获得的DEGs分配细胞类型特异性评分	评估scMappR方法在模拟RNA-seq数据和已排序血液细胞RNA-seq数据上的表现，并探究其在肾脏再生过程中细胞类型特异性变化的揭示能力	基因表达分析	NA	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	约100种人类和鼠类组织
24279	2024-08-09	Detecting cell-type-specific allelic expression imbalance by integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data 2021-03, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009080 PMID:33661921	研究论文	本文开发了BSCET方法，通过整合批量和单细胞RNA测序数据，实现对细胞类型特异性等位表达不平衡（AEI）的检测	BSCET方法能够利用现有的批量组织RNA-seq数据，通过整合少量scRNA-seq样本的细胞类型组成信息，实现细胞类型特异性AEI的特征化	单细胞RNA测序需要大量个体的全长转录本序列，成本较高	研究细胞类型特异性的等位表达不平衡，并探索其在人类疾病中的作用	细胞类型特异性的等位表达不平衡（AEI）	基因组学	糖尿病	RNA测序	BSCET	RNA-seq数据	涉及两个胰腺胰岛批量RNA-seq数据集
24280	2024-08-09	Tumor-specific cytolytic CD4 T cells mediate immunity against human cancer 2021-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abe3348 PMID:33637530	研究论文	本研究通过挖掘单细胞RNA测序数据集，识别出在不同人类癌症中表现出细胞毒性表型的CD4 T细胞簇，并使用肽-MHCII-多聚体技术在体外验证了肿瘤特异性细胞毒性CD4 T细胞的存在	本研究首次在单细胞水平上综合表型和功能特征，利用高吞吐量纳米生物芯片和机器学习技术，展示了CD4 T细胞对肿瘤的直接、接触依赖性和粒酶依赖性细胞毒性活性	NA	研究CD4 T细胞在癌症免疫中的直接细胞毒性潜力	CD4 T细胞在不同人类癌症中的细胞毒性表型	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	机器学习	单细胞RNA测序数据	不同人类癌症患者的数据