单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27621 篇文献，本页显示第 24221 - 24240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24221 | 2024-08-09 |
Deep soft K-means clustering with self-training for single-cell RNA sequence data
2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa039
PMID:33575592
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研究论文 | 本文提出了一种结合深度学习和去噪自编码器的软自训练K-means算法，用于单细胞RNA测序数据的聚类 | 本文创新性地结合了深度学习技术和去噪自编码器，提出了一种软自训练K-means算法，有效解决了现有算法在处理高维、稀疏和大规模转录表达数据时的局限性 | NA | 研究目的是改进单细胞RNA测序数据的聚类方法 | 研究对象是单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 深度学习, 去噪自编码器 | 自编码器 | RNA测序数据 | 大规模数据集 |
| 24222 | 2024-08-09 |
Bayesian correlation is a robust gene similarity measure for single-cell RNA-seq data
2020-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa002
PMID:33575552
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研究论文 | 本文探讨了在单细胞RNA测序数据中使用贝叶斯相关性作为基因相似性度量的鲁棒性 | 提出了一种贝叶斯相关性方案，该方案通过考虑低置信度表达估计的基因来扩展其在单细胞RNA测序数据中的应用 | NA | 旨在扩展贝叶斯相关性在单细胞RNA测序数据中的应用，通过三种方式计算相似性 | 单细胞RNA测序数据中的基因相似性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 贝叶斯相关性算法 | 基因表达数据 | 涉及多个细胞和基因对 |
| 24223 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis Reveals Characterization of Infiltrating T Cells in Moderately Differentiated Colorectal Cancer
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.620196
PMID:33584715
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞RNA测序数据分析中度分化结直肠癌中的肿瘤浸润T细胞 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了中度分化结直肠癌中肿瘤浸润T细胞的特征及其在结肠癌和直肠癌中的差异 | NA | 研究中度分化结直肠癌中肿瘤浸润T细胞的特征 | 中度分化结直肠癌中的肿瘤浸润T细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 肿瘤组织中1632个T细胞和外周血中1252个T细胞 |
| 24224 | 2024-08-09 |
Intestinal Stem Cells and Immune Cell Relationships: Potential Therapeutic Targets for Inflammatory Bowel Diseases
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.623691
PMID:33584726
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研究论文 | 本文探讨了肠道干细胞与免疫细胞之间的关系，并提出这些关系可能是治疗炎症性肠病的新疗法 | 提出了将生物制剂与肠道干细胞移植结合的新疗法，以改善炎症性肠病患者的临床症状和疾病复发情况 | NA | 研究肠道干细胞与免疫细胞的相互作用，探索治疗炎症性肠病的新策略 | 肠道干细胞、分化上皮细胞和肠道驻留免疫细胞 | NA | 炎症性肠病 | 肠道类器官培养和单细胞RNA测序技术 | NA | NA | NA |
| 24225 | 2024-08-09 |
Construction of Bone Metastasis-Specific Regulation Network Based on Prognostic Stemness-Related Signatures in Breast Invasive Carcinoma
2020, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2020.613333
PMID:33585235
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研究论文 | 本研究基于预测性干细胞相关特征（PSRSs）构建了乳腺癌骨转移特异性调控网络 | 首次基于PSRSs构建了乳腺癌骨转移特异性调控网络，并发现CD248是关键的PSRS，受MAF正向调控并通过顶端连接途径影响骨转移 | NA | 构建乳腺癌骨转移特异性调控网络，并探索其潜在的治疗策略 | 乳腺癌骨转移的调控网络及其治疗策略 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据 | 1080个原发性乳腺癌样本（1048个无骨转移，32个有骨转移） |
| 24226 | 2024-08-09 |
Heterogeneity of HSCs in a Mouse Model of NASH
2021-08, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.31743
PMID:33550587
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研究论文 | 本研究使用foz/foz小鼠模型，通过单细胞RNA测序详细描述了非酒精性脂肪性肝炎（NASH）模型中造血干细胞（HSC）的表型变化 | 揭示了在正常和损伤状态下HSC表型的意外异质性 | NA | 研究NASH模型中HSC的表型变化 | HSC的单细胞表达谱 | NA | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | foz/foz小鼠的正常肝脏和NASH肝脏样本 |
| 24227 | 2024-08-09 |
Sinoatrial node pacemaker cells share dominant biological properties with glutamatergic neurons
2021-07, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-020-00820-9
PMID:33548033
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研究论文 | 本研究揭示了窦房结起搏细胞（SANPCs）具有谷氨酸能神经元的特性 | 首次发现SANPCs与谷氨酸能神经元在生物学特性上具有显著相似性，并揭示了谷氨酸能神经递质系统在心脏节律调控中的潜在作用 | NA | 探讨SANPCs的细胞本质及其与谷氨酸能神经元的关系 | SANPCs与谷氨酸能神经元的生物学特性 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 24228 | 2024-08-09 |
Multigene phylogenetics of euglenids based on single-cell transcriptomics of diverse phagotrophs
2021-06, Molecular phylogenetics and evolution
IF:3.6Q2
DOI:10.1016/j.ympev.2021.107088
PMID:33545276
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学方法，对多种食细胞性鞭毛虫进行了多基因系统发育分析 | 首次包括食细胞性和共生性鞭毛虫的多基因系统发育分析，揭示了鞭毛虫的单系性及其内部分支的独立性 | 某些关系的支持较弱，导致某些姐妹群的关系仍未解决 | 探究鞭毛虫的系统发育关系及其进化历史 | 多种食细胞性鞭毛虫及其共生性鞭毛虫 | NA | NA | 单细胞转录组学 | 多基因系统发育分析 | 转录组数据 | 28个分类群 |
| 24229 | 2024-08-09 |
Single-cell TCR repertoire analysis reveals highly polyclonal composition of human intraepithelial CD8+ αβ T lymphocytes in untreated celiac disease
2021-06, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202048974
PMID:33559929
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研究论文 | 通过单细胞测序比较了乳糜泻患者和健康个体的CD8 αβ上皮内淋巴细胞的αβ T细胞受体库 | 发现未治疗的乳糜泻患者的T细胞受体库比治疗患者和健康个体的更具有多克隆性和多样性 | NA | 研究乳糜泻患者与健康个体间CD8 αβ上皮内淋巴细胞的T细胞受体库差异 | 乳糜泻患者和健康个体的CD8 αβ上皮内淋巴细胞 | 数字病理学 | 乳糜泻 | 单细胞测序 | NA | 序列数据 | NA |
| 24230 | 2024-08-09 |
SPOTlight: seeded NMF regression to deconvolute spatial transcriptomics spots with single-cell transcriptomes
2021-05-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab043
PMID:33544846
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研究论文 | 开发了一种名为SPOTlight的计算工具，用于整合空间转录组学（ST）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以推断复杂组织中细胞类型和状态的位置 | SPOTlight采用种子非负矩阵分解（NMF）回归方法，利用细胞类型标记基因和非负最小二乘（NNLS）来解卷积ST捕获位置（spots），即使在浅序列或小规模的scRNA-seq参考数据集上也能保持高预测准确性 | NA | 旨在通过整合ST和scRNA-seq数据，推断组织中细胞类型和状态的空间分布 | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 非负矩阵分解（NMF）回归 | 非负矩阵分解（NMF） | 转录组数据 | 涉及小鼠大脑和人类胰腺癌的多个样本 |
| 24231 | 2024-08-09 |
RUNX-1 haploinsufficiency causes a marked deficiency of megakaryocyte-biased hematopoietic progenitor cells
2021-05-13, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020006389
PMID:33569577
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研究论文 | 研究了RUNX-1单倍体不足对造血祖细胞和随后的巨核细胞生成的影响 | 通过单细胞RNA测序和免疫印迹分析，揭示了RUNX-1单倍体不足导致的巨核细胞偏向的造血祖细胞亚群的减少和基因表达变化 | NA | 探讨RUNX-1单倍体不足对造血祖细胞和巨核细胞生成的影响，并寻找可能的治疗干预措施 | 从患者和野生型细胞系中衍生的诱导多能干细胞（iPSC）衍生的造血祖细胞（iHPCs）和巨核细胞（iMks） | NA | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括患者衍生的和野生型细胞系衍生的iHPCs和iMks |
| 24232 | 2024-08-09 |
Integrative analyses of scRNA-seq and scATAC-seq reveal CXCL14 as a key regulator of lymph node metastasis in breast cancer
2021-04-27, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddab042
PMID:33564857
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，分析了乳腺癌原发肿瘤、阴性淋巴结和阳性淋巴结的转录组和染色质可及性，揭示了CXCL14在乳腺癌淋巴结转移中的关键作用 | 首次发现CXCL14在乳腺癌阳性淋巴结中异常高表达，并验证了其在淋巴结转移中的重要作用 | 样本量较小，需要进一步的大规模研究验证 | 揭示乳腺癌淋巴结转移的细胞和分子机制 | 乳腺癌原发肿瘤、阴性淋巴结和阳性淋巴结的单细胞转录组和染色质可及性 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | 转录组数据、染色质可及性数据 | 55名乳腺癌患者 |
| 24233 | 2024-08-09 |
MicroRNA-21-Dependent Macrophage-to-Fibroblast Signaling Determines the Cardiac Response to Pressure Overload
2021-04-13, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究探讨了微小RNA-21（miR-21）在心脏巨噬细胞中的作用及其对心脏重塑的影响 | 首次揭示了miR-21在心脏巨噬细胞中的高表达及其在心脏重塑中的关键作用 | NA | 确定心脏巨噬细胞中miR-21在心肌稳态和疾病相关重塑中的功能 | 心脏巨噬细胞和心脏纤维母细胞 | NA | 心血管疾病 | 小RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 使用Cx3cr1-Cre驱动的miR-21特异性敲除小鼠进行研究 |
| 24234 | 2024-08-09 |
Analysis of classical neutrophils and polymorphonuclear myeloid-derived suppressor cells in cancer patients and tumor-bearing mice
2021-04-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20201803
PMID:33566112
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、细胞质谱、流式细胞术和功能分析，研究了癌症中多形核中性粒细胞（PMNs）的异质性，并描述了肿瘤携带小鼠中的三种PMN群体：经典PMNs、多形核髓源性抑制细胞（PMN-MDSCs）和具有强大免疫抑制活性的活化PMN-MDSCs。 | 首次详细描述了肿瘤携带小鼠中PMN-MDSCs的动态变化及其在癌症患者中的基因特征，并提供了PMN-MDSCs作为独特PMN群体的证据。 | NA | 研究癌症中多形核中性粒细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用。 | 肿瘤携带小鼠和癌症患者中的多形核中性粒细胞。 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、细胞质谱、流式细胞术 | NA | 细胞 | 肿瘤携带小鼠和癌症患者的外周血样本 |
| 24235 | 2024-08-09 |
Single Cell Omics for Musculoskeletal Research
2021-04, Current osteoporosis reports
IF:4.2Q1
DOI:10.1007/s11914-021-00662-2
PMID:33559841
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在肌肉骨骼组织发育和疾病研究中的应用 | 介绍了单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)和飞行时间流式细胞术(CyTOF)等新兴技术 | 数据收集相对容易，但如何获取和解读数据对许多科学家来说仍是一个挑战 | 教育肌肉骨骼研究社区如何利用单细胞技术解答研究问题并推动转化研究 | 肌肉骨骼组织的发育和疾病 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)、飞行时间流式细胞术(CyTOF) | NA | 转录组、表观基因组和蛋白质组 | NA |
| 24236 | 2024-08-09 |
Endothelium-derived stromal cells contribute to hematopoietic bone marrow niche formation
2021-04-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.01.006
PMID:33561425
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研究论文 | 本文揭示了来源于内皮细胞的骨髓基质细胞在骨髓微环境形成中的作用 | 首次鉴定出在人类胎儿和再生骨髓中表达内皮和基质标记物的稀有LNGFR细胞，并证明这些细胞通过内皮间质转化（EndoMT）产生多能基质细胞，这些细胞在移植后能够重建骨髓微环境 | NA | 探讨骨髓基质细胞的起源及其在骨髓微环境形成中的作用 | 人类胎儿和再生骨髓中的LNGFR细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学和谱系追踪 | NA | 转录组数据 | NA |
| 24237 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptional analysis reveals developmental stage-dependent changes in retinal progenitors in the murine early optic vesicle
2021-03-05, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2021.01.043
PMID:33548738
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠早期视泡中视网膜前体细胞在不同发育阶段转录组的变化 | 首次报道了在单细胞分辨率下，视网膜初始分化阶段依赖性的转录组特征，并揭示了小鼠视泡结构在发育过程中的意外异质性 | NA | 研究早期视泡中细胞类型的多样性及其在视杯区域化之前的转录组变化 | 小鼠早期视泡中的视网膜前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7989个细胞 |
| 24238 | 2024-08-09 |
Gene expression pattern of trophoblast-specific transcription factors in trophectoderm by analysis of single-cell RNA-seq data of human blastocyst
2021-Mar, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-021-00770-3
PMID:33543402
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研究论文 | 本研究通过重新分析来自两个独立组的植入后胚胎的单细胞RNA测序数据，鉴定了不同类型的滋养层细胞及其标记物，并关注了滋养层特异性转录因子在不同模型中的基因表达模式。 | 本研究利用单细胞测序技术，首次在人类胚胎植入后阶段对滋养层细胞的转录调控机制进行了深入分析。 | 研究主要依赖于体外培养的滋养层细胞模型，可能与体内实际情况存在差异。 | 揭示人类妊娠早期滋养层细胞分化的转录调控机制。 | 人类植入后胚胎的滋养层细胞及其特异性转录因子。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 来自两个独立组的植入后胚胎样本 |
| 24239 | 2024-08-09 |
Exploring the secrets of brain transcriptional regulation: developing methodologies, recent significant findings, and perspectives
2021-Mar, Brain structure & function
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00429-021-02230-x
PMID:33547496
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综述 | 本文综述了大脑转录调控的分子多样性，并讨论了非编码DNA/RNA在转录/后转录水平的分子机制，以及时空和单细胞转录组学在脑发育和疾病进展中的应用 | 利用最新的技术进步，深入探讨了大脑中复杂的转录网络，并尝试通过时空和单细胞转录组学获得对脑发育和疾病进展的新见解 | 尽管取得了显著进展，但该领域仍面临许多挑战需要解决 | 探索和揭示人类大脑功能的秘密，特别是大脑转录调控的分子机制 | 大脑的转录调控机制，包括基因表达的空间和时间变化与大脑结构和功能的关系 | NA | NA | 时空和单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及啮齿动物、非人类灵长类和人类的大脑 |
| 24240 | 2024-08-09 |
Activin A promotes the development of acquired heterotopic ossification and is an effective target for disease attenuation in mice
2021-02-09, Science signaling
IF:6.7Q1
DOI:10.1126/scisignal.abd0536
PMID:33563697
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研究论文 | 本文研究了激活素A在异位骨化（HO）发展中的作用，并探讨了其作为治疗靶点的潜力。 | 发现激活素A是异位骨化的关键上游信号刺激因子，并证明了通过中和抗体阻断激活素A可以减少HO的发展和骨积累。 | NA | 探讨激活素A在异位骨化中的作用及其作为治疗靶点的有效性。 | 异位骨化的发展和激活素A的作用。 | NA | 异位骨化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用小鼠模型进行研究 |