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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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24201 | 2024-08-09 |
What are the applications of single-cell RNA sequencing in cancer research: a systematic review
2021-May-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-021-01955-1
PMID:33975628
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)在癌症研究中的应用,详细介绍了其准备过程、测序平台以及数据分析的主要步骤和方法 | scRNA-seq技术因其前所未有的高分辨率而被广泛应用于癌症研究,有助于更好地理解癌症细胞生物学和发病机制 | NA | 探讨scRNA-seq在癌症研究中的应用,特别是其在实体肿瘤研究中的发现和成就 | 单细胞RNA测序技术及其在癌症研究中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
24202 | 2024-08-09 |
Resident memory T cells in tumor-distant tissues fortify against metastasis formation
2021-05-11, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109118
PMID:33979626
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研究论文 | 研究使用小鼠乳腺癌模型,探讨了肿瘤远处组织中驻留记忆T细胞(Ts)的形成及其在防止转移形成中的作用 | 首次揭示了肿瘤、对侧乳腺黏膜和前转移肺中Ts的发育过程,并通过单细胞RNA测序分析了Ts的两种表型状态 | NA | 探讨肿瘤远处组织中驻留记忆T细胞的形成及其在防止转移形成中的作用 | 驻留记忆T细胞(Ts)及其在肿瘤远处组织中的发育和功能 | 免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠乳腺癌模型 |
24203 | 2024-08-09 |
Pan-cancer analysis reveals tumor-associated macrophage communication in the tumor microenvironment
2021-May-10, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-021-00226-1
PMID:33971970
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序和转录组数据,探讨了肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)在肿瘤微环境(TME)中的分子特征及其与肿瘤细胞的相互作用 | 首次揭示了TAM亚群间的异质性及其在肿瘤进展中的作用,特别是CD86+ TAMs的关键角色,并发现了六个枢纽基因(包括FLI1)在TAM与肿瘤细胞相互作用中的异常表达 | NA | 阐明肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的作用及其与其他微环境成分的通信模式 | 肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的功能和相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 涉及不同肿瘤类型的数据 |
24204 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome profiling of buffelgrass (Cenchrus ciliaris) eggs unveils apomictic parthenogenesis signatures
2021-05-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-89170-y
PMID:33972603
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研究论文 | 本文通过激光捕获显微切割技术对刺毛草(Cenchrus ciliaris)的性成熟和孤雌生殖卵细胞进行RNA测序,揭示了孤雌生殖卵细胞的转录组特征 | 首次创建了刺毛草卵细胞的从头转录组,并识别了孤雌生殖卵细胞与性成熟卵细胞之间的转录差异 | NA | 旨在揭示孤雌生殖机制,为作物育种中双单倍体生产提供帮助 | 刺毛草的性成熟和孤雌生殖卵细胞 | NA | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 性成熟和孤雌生殖卵细胞 |
24205 | 2024-08-09 |
CCR2-dependent monocyte-derived cells restrict SARS-CoV-2 infection
2021-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2021.05.03.442538
PMID:33972938
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研究论文 | 本文研究了CCR2依赖的单核细胞衍生的细胞在限制SARS-CoV-2感染中的作用 | 首次详细描述了CCR2依赖的单核细胞在SARS-CoV-2感染中的保护作用,并使用scRNA-seq分析和体内抗体标记技术进行了验证 | 研究主要基于小鼠模型,可能与人类免疫反应存在差异 | 探讨SARS-CoV-2感染中先天免疫机制的保护作用 | SARS-CoV-2感染中的CCR2依赖的单核细胞 | NA | 呼吸系统疾病 | scRNA-seq, 体内抗体标记 | NA | 细胞 | 小鼠模型 |
24206 | 2024-08-09 |
Inferring Cell Subtypes and LncRNA Function by a Cell-Specific CeRNA Network in Breast Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.656675
PMID:33987091
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研究论文 | 本文提出了一种基于细胞特异性ceRNA网络(CCN)的新策略,用于推断乳腺癌中的细胞亚型和长非编码RNA(lncRNA)功能 | 本文创新性地构建了细胞特异性ceRNA网络(CCN),通过整合细胞特异性RNA-RNA共表达网络(RCN)和现有的ceRNA网络,用于推断细胞亚型和lncRNA功能 | NA | 研究旨在探索乳腺癌中单细胞水平的细胞亚型和lncRNA功能 | 乳腺癌中的细胞亚型和lncRNA功能 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 表达谱 | NA |
24207 | 2024-08-09 |
Identification of Silkworm Hemocyte Subsets and Analysis of Their Response to Baculovirus Infection Based on Single-Cell RNA Sequencing
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.645359
PMID:33995363
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,全面鉴定了家蚕血细胞亚群,并分析了它们对杆状病毒感染的响应 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分类了家蚕血细胞,并揭示了杆状病毒感染对血细胞类型分布的显著影响 | 研究主要集中在血细胞的分子和细胞特性分析,未涉及更广泛的生理或生态影响 | 揭示家蚕血细胞的多样性及其对杆状病毒感染的响应 | 家蚕血细胞及其对杆状病毒感染的响应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括20个细胞集群及其潜在标记基因 |
24208 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome profiling reveals vascular endothelial cell heterogeneity in human skin
2021, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.54917
PMID:33995668
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了人皮肤中血管内皮细胞的异质性 | 首次在单细胞水平上详细描述了皮肤中血管内皮细胞的组织特异性特征和内部异质性 | NA | 探究人皮肤中血管内皮细胞的功能角色和异质性 | 人皮肤中的血管内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组 | 10名供体的皮肤组织 |
24209 | 2024-08-09 |
Endocrine Pancreas Development and Dysfunction Through the Lens of Single-Cell RNA-Sequencing
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.629212
PMID:33996792
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研究论文 | 本文综述了通过单细胞RNA测序技术在内分泌胰腺发育和功能方面的最新进展 | 利用单细胞RNA测序技术,能够捕捉数千个单个细胞的转录组,包括稀有细胞类型、亚型和短暂状态,从而推断细胞转换的发育轨迹和基因调控途径 | NA | 探讨内分泌胰腺发育和功能,以及其在糖尿病病理学中的应用 | 内分泌胰腺的发育和功能,以及糖尿病中的病理胰腺 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千个单个细胞 |
24210 | 2024-08-09 |
Gene Families With Stochastic Exclusive Gene Choice Underlie Cell Adhesion in Mammalian Cells
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.642212
PMID:33996799
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研究论文 | 本文探讨了基因家族中通过随机独占基因选择机制在哺乳动物细胞中实现细胞粘附的现象 | 本文提出了一种简单的度量方法,通过单细胞RNA测序数据检测基因表达的独占性,发现独占基因选择不仅限于典型家族,还扩展到其他细胞类型中的膜蛋白 | 本文主要依赖于单细胞RNA测序数据进行分析,可能存在数据解读的局限性 | 研究基因家族中随机独占基因选择机制在细胞粘附中的作用 | 研究对象包括T细胞受体、气味受体和原钙粘蛋白等基因家族 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个细胞类型 |
24211 | 2024-08-09 |
Evolutionary Multiobjective Clustering Algorithms With Ensemble for Patient Stratification
2022-Oct, IEEE transactions on cybernetics
IF:9.4Q1
DOI:10.1109/TCYB.2021.3069434
PMID:33961576
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研究论文 | 本文提出了两种新的基于集合的进化多目标聚类算法(NSGA-II-ECFE和MOEA/D-ECFE),用于解决患者分层问题,通过四个聚类有效性指标作为目标函数 | 开发了一种有效的集合构建方法以增强集合多样性,并提出了集合聚类适应度评估(ECFE)方法来评估集合,通过测量这四个目标函数下的共识聚类 | NA | 解决患者分层中的亚型诊断问题,构建具有高诊断能力和良好泛化能力的分层模型 | 患者分层问题 | 机器学习 | NA | 进化多目标聚类算法 | NSGA-II-ECFE, MOEA/D-ECFE | 数据集 | 55个合成数据集和35个真实患者分层数据集,以及五个癌症相关的单细胞RNA-seq数据集 |
24212 | 2024-08-09 |
Single-cell Transcriptomics Uncover a Novel Role of Myeloid Cells and T-lymphocytes in the Fibrotic Microenvironment in Peyronie's Disease
2022-05, European urology focus
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.euf.2021.04.012
PMID:33962884
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术揭示了 Peyronie 病纤维化微环境中髓系细胞和 T 淋巴细胞的新作用 | 首次使用单细胞转录组学技术研究 Peyronie 病的免疫机制 | 单细胞 RNA 测序样本量较小,但由于有较大的历史石蜡包埋样本队列,研究结果具有一定的可靠性 | 探究 Peyronie 病患者斑块的免疫特征 | Peyronie 病患者的阴茎白膜 | 数字病理学 | NA | 单细胞 RNA 测序 | NA | 细胞 | 12 名 Peyronie 病患者和 6 名对照组患者 |
24213 | 2024-08-09 |
Cellsnp-lite: an efficient tool for genotyping single cells
2021-12-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab358
PMID:33963851
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研究论文 | 介绍了一种名为cellsnp-lite的软件工具,用于单细胞测序数据的基因分型 | cellsnp-lite在计算速度和内存效率方面相比现有方法有显著提升,同时保持高度一致的结果 | NA | 开发适用于单细胞测序数据的基因分型方法 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
24214 | 2024-08-09 |
The diversity of adult lung epithelial stem cells and their niche in homeostasis and regeneration
2021-12, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-020-1902-3
PMID:33948870
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综述 | 本文综述了成年肺部上皮干细胞及其微环境在稳态和再生中的多样性 | 利用单细胞测序、谱系追踪和活体组织成像技术,深入理解了干细胞异质性、过渡状态和特定细胞谱系标记 | NA | 探讨成年肺部上皮干细胞及其微环境在稳态和再生中的作用 | 成年肺部上皮干细胞及其微环境 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
24215 | 2024-08-09 |
Improving Single-Cell RNA-seq Clustering by Integrating Pathways
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab147
PMID:33940590
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研究论文 | 本文研究了通过整合通路信息来提高单细胞RNA测序数据聚类方法的准确性和鲁棒性 | 提出了一种通过整合通路信息来减少噪声并提高单细胞聚类性能的方法 | 未提及具体限制 | 提高单细胞RNA测序数据聚类方法的准确性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据及其聚类方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 26个scRNA-seq数据集 |
24216 | 2024-08-09 |
Anti-bias training for (sc)RNA-seq: experimental and computational approaches to improve precision
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab148
PMID:33959753
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研究论文 | 本文讨论了(sc)RNA-seq技术中的偏差问题,包括其来源、影响以及生物信息学方法来纠正这些偏差,并探讨了如何利用这些偏差来推断样本制备过程的特征,从而改进文库制备 | 提出了实验和计算方法来提高(sc)RNA-seq的精确度,并利用偏差来改进样本制备过程 | NA | 提高(sc)RNA-seq技术的敏感性和精确度 | (sc)RNA-seq数据中的全局偏差及其对RNA检测和定量的影响 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
24217 | 2024-08-09 |
Clustering single-cell RNA-seq data by rank constrained similarity learning
2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab276
PMID:33961003
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研究论文 | 本文介绍了一种新的聚类算法RCSL,用于通过单细胞RNA测序数据准确识别复杂组织中的各种细胞类型 | RCSL算法结合了细胞间的局部相似性和全局相似性,以区分同类型细胞间的细微差异和不同类型细胞间的大差异 | NA | 提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | RCSL算法 | 表达向量 | 16个基准单细胞RNA测序数据集 |
24218 | 2024-08-09 |
CD276 expression enables squamous cell carcinoma stem cells to evade immune surveillance
2021-09-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.04.011
PMID:33945793
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研究论文 | 本文研究了鳞状细胞癌干细胞通过上调免疫检查点分子CD276来逃避宿主免疫反应的机制 | 首次揭示了鳞状细胞癌干细胞通过表达CD276来逃避免疫监视的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步的人体临床试验验证 | 探讨鳞状细胞癌干细胞逃避免疫监视的机制,并评估靶向CD276的治疗潜力 | 鳞状细胞癌干细胞及其免疫逃逸机制 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及小鼠和人类的头颈部鳞状细胞癌样本 |
24219 | 2024-08-09 |
Generation of hypothalamic arcuate organoids from human induced pluripotent stem cells
2021-09-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.04.006
PMID:33961804
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研究论文 | 本文报道了从人诱导多能干细胞(iPSCs)生成下丘脑弓状器官(ARCOs)的方法,用于模拟人类下丘脑弓状核的发育 | 首次成功生成能够模拟特定下丘脑亚区域发育的器官模型,并通过单细胞RNA测序和机器学习分析揭示了弓状核细胞类型的分子异质性 | NA | 研究人类下丘脑弓状核的发育及其在Prader-Willi综合征(PWS)中的异常 | 人诱导多能干细胞(iPSCs)生成的下丘脑弓状器官(ARCOs) | 数字病理学 | Prader-Willi综合征 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 转录组 | NA |
24220 | 2024-08-09 |
NK cell and ILC heterogeneity in colorectal cancer. New perspectives from high dimensional data
2021-08, Molecular aspects of medicine
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.mam.2021.100967
PMID:33941383
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综述 | 本文综述了自然杀伤细胞(NK细胞)和先天性淋巴细胞(ILCs)在结直肠癌(CRC)中的异质性及其在疾病发生发展中的作用 | 利用下一代测序技术和单细胞RNA测序方法,结合多维流式细胞术分析,揭示了ILC系统在稳态和病理状态下的复杂性和异质性 | NA | 探讨NK细胞和ILCs在CRC发病机制中的保护性和有害作用 | NK细胞和ILCs在CRC中的表型和转录修饰 | NA | 结直肠癌 | 下一代测序技术,单细胞RNA测序 | NA | 高维数据 | NA |