单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27621 篇文献，本页显示第 24201 - 24220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24201 | 2024-08-09 |
Potential therapeutic targets in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma: reversing the protumor effect of tumor-associated macrophages
2021-Feb-17, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-021-01873-2
PMID:33596985
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综述 | 本文综述了肝细胞癌患者中肿瘤微环境的治疗靶点，特别是针对肿瘤相关巨噬细胞的肿瘤促进效应的逆转 | 利用单细胞测序技术揭示了肿瘤微环境中细胞间的相互作用网络，并识别出肿瘤相关巨噬细胞作为关键节点 | NA | 探讨如何通过重塑肿瘤微环境和重新编程肿瘤相关巨噬细胞表型来提高肝细胞癌患者的免疫治疗效果 | 肝细胞癌患者的肿瘤微环境和肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 24202 | 2024-08-09 |
Dissection of intercellular communication using the transcriptome-based framework ICELLNET
2021-02-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-21244-x
PMID:33597528
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研究论文 | 本文开发了基于转录组的框架ICELLNET，用于解析细胞间通信 | ICELLNET集成了专家 curated的配体-受体相互作用数据库、通信分数量化、与31种参考人类细胞类型的连接以及三种可视化模式 | NA | 开发一个全面的、多功能的、生物学验证的、易于使用的框架，用于从单个或多个基于细胞的转录组数据中解析细胞通信 | 细胞间通信的解析 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | 转录组数据 | 涉及31种参考人类细胞类型 |
| 24203 | 2024-08-09 |
Molecular Signatures of Inflammatory Profile and B-Cell Function in Patients with Severe Fever with Thrombocytopenia Syndrome
2021-02-16, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.02583-20
PMID:33593977
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研究论文 | 本研究利用靶向蛋白质组学和单细胞转录组学技术，分析了SFTS患者血液中的免疫景观变化，并揭示了B细胞功能改变与SFTSV感染致死性的关联 | 首次揭示了SFTSV感染导致B细胞亚群改变及干扰素途径下调，以及这些变化与疾病严重程度和致死性的关系 | NA | 探究SFTSV感染的临床表现机制及其与免疫反应的关系 | SFTS患者的血液样本，特别是外周血单个核细胞（PBMCs） | NA | NA | 靶向蛋白质组学，单细胞转录组学 | NA | 蛋白质，RNA | NA |
| 24204 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomic landscape reveals the differences in cell differentiation and immune microenvironment of papillary thyroid carcinoma between genders
2021-Feb-15, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-021-00549-w
PMID:33588924
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了甲状腺乳头状癌（PTC）在不同性别间的细胞分化和免疫微环境的差异 | 首次揭示了性别对PTC中单细胞转录组景观的影响，包括细胞簇和免疫微环境的详细差异 | NA | 旨在阐明性别对甲状腺乳头状癌中细胞簇和免疫微环境的影响 | 甲状腺乳头状癌（PTC）在不同性别间的细胞分化和免疫微环境 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 共生成6720、14666和33373个单细胞转录组，分别来自4名男性PTC患者、7名女性PTC患者和3名结节性甲状腺肿患者 |
| 24205 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing reveals the potential oncogenic expression atlas of human iPSC-derived cardiomyocytes
2021-02-15, Biology open
IF:1.8Q3
DOI:10.1242/bio.053348
PMID:33589441
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析了人类诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的心肌细胞的致癌表达图谱 | 发现了与致癌相关的动态表达事件，以及Yamanaka因子基因的动态表达和共表达模式 | NA | 理解iPSC衍生的心肌细胞在单细胞分辨率下的特性 | 人类iPSC衍生的心肌细胞 | 再生医学 | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 32,365个细胞 |
| 24206 | 2024-08-09 |
Fast and precise single-cell data analysis using a hierarchical autoencoder
2021-02-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-21312-2
PMID:33589635
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scDHA的分析框架，用于从单细胞RNA测序数据中提取代表性信息 | scDHA框架包括一个非负核自动编码器和一个堆叠的贝叶斯自动编码器，能够有效去除不重要的基因或成分，并通过在压缩空间中反复扰动来学习更通用的数据表示 | NA | 解决单细胞RNA测序研究中数据量大和噪声水平高的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自动编码器 | 基因表达数据 | NA |
| 24207 | 2024-08-09 |
Cellular transcriptomics reveals evolutionary identities of songbird vocal circuits
2021-02-12, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abd9704
PMID:33574185
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了鸣禽鸣叫运动通路的神经元谱，揭示了鸣禽鸣叫电路与哺乳动物新皮质在神经发育上的差异和转录相似性 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了鸣禽鸣叫电路与哺乳动物新皮质在神经发育上的差异和转录相似性 | NA | 探究鸣禽鸣叫行为与哺乳动物复杂行为是否源自共享或不同的神经电路 | 鸣禽鸣叫运动通路的神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 24208 | 2024-08-09 |
Single-cell analysis of human B cell maturation predicts how antibody class switching shapes selection dynamics
2021-02-12, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abe6291
PMID:33579751
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析人类B细胞成熟过程，预测抗体类别转换如何影响选择动力学 | 提供了人类B细胞成熟的全面路线图，结合单细胞转录组学和抗体谱系数据，定义了B细胞状态的基因表达、抗体谱系和克隆共享 | NA | 揭示B细胞介导的人类免疫反应的动态细胞状态，并强调抗体同种型在其抗体依赖性选择中的作用 | 人类B细胞的成熟过程及其在免疫反应中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 24209 | 2024-08-09 |
Inflammatory Mechanisms Underlying Nonalcoholic Steatohepatitis and the Transition to Hepatocellular Carcinoma
2021-Feb-10, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13040730
PMID:33578800
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综述 | 本文综述了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中炎症机制及其向肝细胞癌（HCC）转化的过程 | 介绍了单细胞测序、遗传命运图谱和活体显微镜等新技术在揭示免疫介导的肝脏损伤复杂机制中的应用 | NA | 深入理解非酒精性脂肪肝炎（NASH）进展及其向肝细胞癌转化的炎症机制 | NAFLD的炎症机制及其向HCC的转化 | NA | 肝病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 24210 | 2024-08-09 |
Sexual Dimorphism through the Lens of Genome Manipulation, Forward Genetics, and Spatiotemporal Sequencing
2021-02-03, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaa243
PMID:33587127
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研究论文 | 本文探讨了通过基因组操作、正向遗传学和时空测序技术来研究性二态性的分子机制 | 引入了“4D基因组技术”，结合精确基因编辑、诱导性转基因系统和单细胞RNA测序等技术，以及经典实验设计，以高分辨率揭示性二态性的分子遗传基础 | NA | 揭示性二态性的分子遗传基础 | 性二态性的遗传机制 | 遗传学 | NA | 基因组操作、正向遗传学、时空测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 24211 | 2024-08-09 |
DIscBIO: A User-Friendly Pipeline for Biomarker Discovery in Single-Cell Transcriptomics
2021-Jan-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22031399
PMID:33573289
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研究论文 | 本文介绍了DIscBIO，一个用于单细胞转录组学中生物标志物发现的开放源代码、多算法管道 | DIscBIO整合了多个scRNA-seq包，允许通过决策树和基因富集分析在网络环境中进行生物标志物发现 | 为了进行有意义的scRNA-seq分析，用户需要理解所实施的方法及其可能的选项和限制 | 开发一个用户友好的管道，用于在单细胞转录组学中进行生物标志物发现 | 单细胞转录组数据中的细胞亚群和生物标志物 | 生物信息学 | 乳腺癌，黏液脂肪肉瘤 | scRNA-seq | 决策树 | 单细胞测序读取计数 | 两个scRNA-seq数据集，第一个数据集来自乳腺癌患者的循环肿瘤细胞，第二个数据集来自黏液脂肪肉瘤的细胞周期调控 |
| 24212 | 2024-08-09 |
Decoding the multicellular ecosystem of lung adenocarcinoma manifested as pulmonary subsolid nodules by single-cell RNA sequencing
2021-01, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abd9738
PMID:33571124
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了16个肺部亚实性结节（SSN）样本、6个邻近正常肺组织（nLung）和9个伴有淋巴结转移的肺腺癌（mLUAD）样本，揭示了SSN的转录组特征和肿瘤微环境（TME）。 | 首次提供了SSN及其肿瘤微环境的单细胞转录组图谱，发现细胞毒性自然杀伤/T细胞在SSN的TME中占主导地位，恶性细胞经历了强烈的代谢重编程和免疫压力。 | 研究样本数量相对有限，可能影响结果的普遍性。 | 深入了解表现为肺部亚实性结节的肺腺癌的生物学行为和肿瘤微环境，为肺癌免疫治疗提供新的见解。 | 肺部亚实性结节（SSN）、邻近正常肺组织（nLung）和伴有淋巴结转移的肺腺癌（mLUAD）。 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 16个SSN样本，6个nLung样本，9个mLUAD样本，共118,293个细胞，约0.6亿个独特转录本。 |
| 24213 | 2024-08-09 |
Novel Biomarkers for Lupus Nephritis in the "OMICS" Era
2021, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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综述 | 本文综述了在精准医学时代，利用基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学技术开发的狼疮性肾炎（LN）新型生物标志物的最新数据 | 综述了多种组学技术在LN诊断和监测中的应用，提供了更深入的疾病发病机制理解，并可能改变未来LN病例的管理方式 | NA | 总结和评估在精准医学时代开发的新型生物标志物，以改善LN的诊断和监测 | 狼疮性肾炎（LN）及其相关生物标志物 | NA | 自身免疫性疾病 | 基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 基因数据、转录数据、蛋白质数据、代谢数据 | NA |
| 24214 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomic Reveals Dual and Multi-Transmitter Use in Neurons Across Metazoans
2021, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2021.623148
PMID:33597849
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学研究，探讨了跨门动物神经元中双或多神经递质的使用情况 | 挑战了传统的Dale原则，即一个神经元只表达一种神经递质，提供了证据支持一个神经元可以表达多种神经递质 | NA | 研究神经元中神经递质的表达模式，特别是在单细胞水平上 | 跨门动物的神经元 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多个动物物种的神经元 |
| 24215 | 2024-08-09 |
Systems biology analysis identifies TNFRSF9 as a functional marker of tumor-infiltrating regulatory T-cell enabling clinical outcome prediction in lung cancer
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.01.025
PMID:33598101
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研究论文 | 本文通过系统生物学方法识别肿瘤浸润调节性T细胞（TI-Tregs）的功能性细胞表面标记物TNFRSF9，并探讨其在非小细胞肺癌（NSCLC）患者临床结果预测中的应用 | 本文首次通过综合转录组和网络分析，识别出TNFRSF9作为TI-Tregs的高功能重要性标记物，并发现其在Tregs中的低表达与NSCLC患者更好的总体生存率和抗PD-1免疫治疗反应相关 | NA | 识别肿瘤特异性免疫细胞的功能标记物，以开发新的治疗靶点和增强癌症免疫治疗的生物标志物 | 肿瘤浸润调节性T细胞（TI-Tregs）的细胞表面标记物 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用来自小鼠肺癌模型和非小细胞肺癌患者的bulk RNA-seq和单细胞转录组数据 |
| 24216 | 2024-08-09 |
Development of a program for in silico optimized selection of oligonucleotide-based molecular barcodes
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0246354
PMID:33600481
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研究论文 | 本文介绍了一种用于选择最佳分子条形码子集的工具，该工具考虑了GC含量、同聚物、简单重复序列、汉明距离和条形码间的互补性等五个因素 | 该工具通过随机生成初始集和迭代替换的方法选择最佳条形码，具有快速性能和灵活性 | NA | 开发一种用于选择最佳分子条形码子集的工具，以提高实验的准确性和效率 | 分子条形码的选择和优化 | 生物信息学 | NA | 分子条形码技术 | NA | DNA序列 | 在多次测试中生成100000个长度为12个核苷酸的条形码 |
| 24217 | 2024-08-09 |
Integration of single-cell datasets reveals novel transcriptomic signatures of β-cells in human type 2 diabetes
2020-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa097
PMID:33575641
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据集，揭示了人类2型糖尿病中β细胞的新转录组特征 | 首次通过整合多个独立研究的单细胞RNA测序数据集，克服了变异源的干扰，更准确地识别了2型糖尿病β细胞的共同转录组特征 | 研究依赖于已有的单细胞RNA测序数据集，可能受到原始数据质量的影响 | 旨在通过单细胞RNA测序技术，识别与人类2型糖尿病相关的β细胞转录组变化 | 人类2型糖尿病中的胰腺β细胞 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 3046个单细胞，表达27931个基因 |
| 24218 | 2024-08-09 |
Normalizing single-cell RNA sequencing data with internal spike-in-like genes
2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa059
PMID:33575610
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研究论文 | 本文开发了一种基于少量恒定表达基因作为内部标准品的算法，用于单细胞RNA测序数据的归一化处理 | 提出了一种新的归一化方法ISnorm，使用内部类似标准品的恒定表达基因来归一化单细胞RNA测序数据，以应对转录组的大幅变化 | NA | 改进单细胞RNA测序数据归一化方法，提高下游分析的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个案例研究数据集 |
| 24219 | 2024-08-09 |
Dimensionality reduction for single cell RNA sequencing data using constrained robust non-negative matrix factorization
2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa064
PMID:33575614
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研究论文 | 本文开发了一种用于单细胞RNA测序数据降维的方法，该方法在非负矩阵分解框架下同时进行降维和缺失值插补 | 提出了一种结合降维和缺失值插补的新方法，并通过加权ℓ惩罚确保稀疏模式得以维持 | NA | 开发一种新的降维方法，以解决单细胞RNA测序数据中的缺失值和非负性约束问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | RNA测序数据 | 使用了合成数据和真实数据进行实验 |
| 24220 | 2024-08-09 |
Comparative performance of the BGI and Illumina sequencing technology for single-cell RNA-sequencing
2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa034
PMID:33575589
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研究论文 | 本文比较了Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000平台在单细胞RNA测序中的性能 | 首次对比了不同高通量测序平台在单细胞RNA测序中的性能 | NA | 评估不同测序平台在单细胞RNA测序中的性能 | Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000测序平台 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | 超过70,000个细胞 |