单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24181	2024-08-09	A subpopulation of embryonic microglia respond to maternal stress and influence nearby neural progenitors 2021-05-03, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.03.018 PMID:33887203	研究论文	研究探讨了胚胎期下丘脑中的小胶质细胞对母体应激的反应及其对邻近神经干细胞的影响	发现胚胎期下丘脑中的小胶质细胞能响应母体应激，并通过分泌CCL3和CCL4影响神经干细胞的增殖和分化	研究主要集中在雄性胚胎，对雌性的影响未详细探讨	探究胚胎期下丘脑小胶质细胞对母体应激的响应及其对神经发育的影响	胚胎期下丘脑的小胶质细胞和神经干细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及雄性胚胎的小胶质细胞和神经干细胞
24182	2024-08-09	Establishing and maintaining fertility: the importance of cell cycle arrest 2021-05-01, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.348151.120 PMID:33888561	综述	本文综述了Cip/Kip家族的周期素依赖性激酶抑制剂（CKIs）在小鼠性腺发育中的作用，特别强调了单细胞RNA测序研究显示的周期素依赖性激酶抑制剂的异质性	强调了单细胞RNA测序研究显示的周期素依赖性激酶抑制剂的异质性，并突出了细胞周期抑制剂在控制和维持雌性生育能力中的新角色	NA	探讨细胞周期抑制剂在性腺发育和维持生育能力中的重要性	小鼠性腺发育中的Cip/Kip家族周期素依赖性激酶抑制剂	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
24183	2024-08-09	Gremlin 1+ fibroblastic niche maintains dendritic cell homeostasis in lymphoid tissues 2021-05, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-021-00920-6 PMID:33903764	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，鉴定了在人和小鼠淋巴结中表达Gremlin1的成纤维网状细胞亚群，并发现这些细胞在维持淋巴组织中树突状细胞稳态中起关键作用	首次揭示了Gremlin1成纤维细胞在淋巴结中形成的新微环境，该微环境对淋巴组织中树突状细胞的稳态维持至关重要	NA	探究成纤维网状细胞在淋巴组织中的功能及其对树突状细胞稳态的影响	人和小鼠淋巴结中的成纤维网状细胞及树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人和小鼠的淋巴结样本
24184	2024-08-09	Single-cell sequencing of human white adipose tissue identifies new cell states in health and obesity 2021-05, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-021-00922-4 PMID:33907320	研究论文	本文通过单细胞转录组学和流式细胞术，揭示了健康和肥胖人体白色脂肪组织中基质血管部分的大规模综合细胞普查，并报告了脂肪组织定居的先天淋巴细胞、树突状细胞和单核细胞衍生巨噬细胞的新亚群和发展轨迹。	本文首次揭示了肥胖人体白色脂肪组织中免疫调节机制向炎症网络的转变，并提供了健康人体白色脂肪组织的详细和无偏见的细胞景观。	NA	研究健康和肥胖人体白色脂肪组织中的细胞状态和相互作用。	人体白色脂肪组织中的细胞亚群和发展轨迹。	数字病理学	肥胖	单细胞转录组学	NA	细胞	健康和肥胖的人体白色脂肪组织样本
24185	2024-08-09	Comprehensive description of the current breast cancer microenvironment advancements via single-cell analysis 2021-Apr-27, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-021-01949-z PMID:33906694	综述	本文综述了通过单细胞分析技术在乳腺癌微环境研究中的最新进展	利用单细胞DNA测序、单细胞RNA测序和质谱流式细胞术等技术，深入探讨了乳腺癌肿瘤浸润细胞的表型和功能多样性	NA	总结乳腺癌肿瘤生态系统的单细胞特征化进展，并探讨肿瘤内细胞表型多样性及其潜在的预后相关性	乳腺癌的肿瘤细胞、免疫细胞、成纤维细胞和血管细胞等组成的复杂微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞DNA测序（scDNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和质谱流式细胞术	NA	细胞	NA
24186	2024-08-09	Single-cell characterization of a model of poly I:C-stimulated peripheral blood mononuclear cells in severe asthma 2021-Apr-26, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-021-01709-9 PMID:33902571	研究论文	本研究使用两种单细胞方法（DropSeq和CyTOF）对严重哮喘患者的PBMCs进行单细胞RNA测序和质谱流式细胞术分析，探讨了Poly I:C刺激后的免疫反应。	本研究首次采用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术对严重哮喘患者的PBMCs进行详细分析，揭示了Poly I:C刺激后的免疫反应和细胞亚群的变化。	研究样本量较小，仅包括五名严重哮喘患者和三名健康对照者，可能影响结果的普遍性。	研究严重哮喘患者PBMCs在Poly I:C刺激下的免疫反应和细胞亚群的变化。	严重哮喘患者的PBMCs及其对Poly I:C的免疫反应。	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	细胞	9414个PBMCs，包括6099个来自5名严重哮喘患者和3315个来自3名健康对照者
24187	2024-08-09	In silico screening using bulk and single-cell RNA-seq data identifies RIMS2 as a prognostic marker in basal-like breast cancer: A retrospective study 2021-Apr-23, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000025414 PMID:33879671	研究论文	本研究利用批量和单细胞RNA测序数据，筛选出RIMS2作为基底样乳腺癌的预后标志物，并评估其与单细胞水平上细胞状态的相关性	首次通过单细胞RNA测序数据验证RIMS2在基底样乳腺癌中的表达，并发现其与DNA修复能力和上皮-间质转化呈负相关	研究为回顾性分析，样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	旨在筛选和验证基底样乳腺癌中的预后相关基因	基底样乳腺癌肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	Cox回归模型	RNA测序数据	20,530个基因，89个基底样细胞
24188	2024-08-09	Barcoded viral tracing of single-cell interactions in central nervous system inflammation 2021-04-23, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abf1230 PMID:33888612	研究论文	本文开发了一种名为RABID-seq的技术，结合条形码病毒追踪和单细胞RNA测序，用于研究中枢神经系统炎症中的星形胶质细胞相互作用	RABID-seq技术首次结合条形码病毒追踪和单细胞RNA测序，用于在体内研究星形胶质细胞相互作用	NA	研究星形胶质细胞在中枢神经系统炎症中的相互作用及其潜在的治疗靶点	星形胶质细胞和微胶质细胞的相互作用	NA	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
24189	2024-08-09	A fetal wave of human type 3 effector γδ cells with restricted TCR diversity persists into adulthood 2021-04-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abf0125 PMID:33893173	研究论文	本文通过高通量测序和单细胞RNA测序等技术，研究了人类胎儿和成人血液中γδ T细胞的多样性和功能特性	首次揭示了人类胎儿期和成人期存在具有半不变Vγ9Vδ2 TCR的功能性不同的先天样效应γδ T细胞波	NA	探究人类胎儿和成人血液中γδ T细胞的多样性和功能特性	γδ T细胞	免疫学	NA	高通量测序, 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术, TCR测序	NA	血液样本	新生儿和成人血液样本
24190	2024-08-09	scSensitiveGeneDefine: sensitive gene detection in single-cell RNA sequencing data by Shannon entropy 2021-Apr-22, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04136-1 PMID:33888056	研究论文	本研究开发了一种基于变异系数排名和香农熵的方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别敏感基因，并验证了该方法的有效性	首次提出使用变异系数排名和香农熵来识别敏感基因，这些基因对环境刺激有高度敏感性，可能对细胞类型注释产生重大影响	NA	揭示细胞中随机基因表达模式的普遍性，比较细胞标记基因、管家基因和敏感基因之间的差异，并改进无监督聚类的结果	单细胞RNA测序数据中的敏感基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11个来自不同人体组织的单细胞数据集
24191	2024-08-09	Two reactive behaviors of chondrocytes in an IL-1β-induced inflammatory environment revealed by the single-cell RNA sequencing 2021-04-20, Aging DOI:10.18632/aging.202857 PMID:33879632	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了在IL-1β诱导的炎症环境中体外扩增的软骨细胞的异质性反应	本研究首次揭示了在IL-1β诱导的炎症环境中，软骨细胞通过两种不同的路径转化为具有骨关节炎表型和促炎特性的终端细胞簇	研究仅限于体外实验，尚未在体内环境中验证这些发现	探究在IL-1β诱导的炎症环境中体外扩增的软骨细胞的异质性反应	人关节软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	体外扩增的人关节软骨细胞，处理时间为0、24和48小时
24192	2024-08-09	XYZeq: Spatially resolved single-cell RNA sequencing reveals expression heterogeneity in the tumor microenvironment 2021-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abg4755 PMID:33883145	研究论文	本文介绍了XYZeq工作流程，该流程将空间元数据编码到单细胞RNA测序库中，以揭示肿瘤微环境中细胞表达的异质性	XYZeq工作流程的创新之处在于它能够捕获空间条形码转录组，从而提供细胞在解剖空间中的功能信息	NA	研究目的是更好地理解个体细胞在解剖空间中的功能	研究对象包括小鼠肿瘤模型中的细胞类型和状态	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数万个细胞
24193	2024-08-09	Single-cell analyses reveal SARS-CoV-2 interference with intrinsic immune response in the human gut 2021-04, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202110232 PMID:33904651	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究，揭示了SARS-CoV-2感染人肠道后对固有免疫反应的干扰	发现了SARS-CoV-2感染肠道细胞后抑制自分泌干扰素作用，限制了干扰素刺激基因的表达	NA	探究SARS-CoV-2感染人肠道后触发的抗病毒程序	SARS-CoV-2感染的肠道类器官	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
24194	2024-08-09	Non-linear Normalization for Non-UMI Single Cell RNA-Seq 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.612670 PMID:33897755	研究论文	本文介绍了一种非线性归一化方法，用于处理非UMI单细胞RNA测序数据中的技术噪声	提出了一种细胞和基因特异性的非线性归一化方法，能够更有效地减少技术变异而不影响生物变异	NA	开发一种新的归一化方法，以减少单细胞RNA测序数据中的技术噪声	单细胞RNA测序数据中的技术噪声	基因组学	NA	单细胞RNA测序	非线性归一化方法	基因表达数据	NA
24195	2024-08-09	LGR6 marks nephron progenitor cells 2021-11, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.346 PMID:33848015	研究论文	本文识别了LGR6作为肾元前体细胞（NPCs）的标记物，并探讨了其在胚胎肾发生中的多重命运及其潜在的再生能力	首次鉴定LGR6为正在进行间充质向上皮转变（MET）的NPCs的标记物	NA	研究LGR6在肾元前体细胞分化和胚胎肾发生中的作用	肾元前体细胞（NPCs）及其在胚胎和出生后肾发生中的作用	NA	NA	共聚焦成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA序列	胚胎移植体
24196	2024-08-09	Identification of a novel subset of alveolar type 2 cells enriched in PD-L1 and expanded following pneumonectomy 2021-10, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.04168-2020 PMID:33863742	研究论文	本研究通过流式细胞术、定量PCR、ATAC-seq、基因阵列、肺切除术和精确切割肺切片培养等方法，鉴定了在小鼠中存在一种新的肺泡II型细胞亚群，该亚群在肺切除术后扩增并表达PD-L1。	本研究首次鉴定了在小鼠中存在一种新的肺泡II型细胞亚群，该亚群在肺切除术后扩增并表达PD-L1，并提供了人类中存在此类细胞的证据。	NA	鉴定新的肺泡II型细胞亚群并研究其在肺再生中的作用。	小鼠和人类的肺泡II型细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC-seq	NA	基因表达数据	小鼠和人类肺组织样本
24197	2024-08-09	Elucidating transcriptomic profiles from single-cell RNA sequencing data using nature-inspired compressed sensing 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab125 PMID:33855366	研究论文	本文介绍并比较了四种基于自然启发优化算法的压缩感知框架，以提高单细胞RNA测序数据中转录组剖面的质量	提出了四种新的压缩感知框架（CSCS, ABCCS, BACS 和 FACS），并通过实验证明了FACS方法在多个数据集上的优越性能	未明确提及	改进单细胞RNA测序数据处理中的压缩感知技术	单细胞RNA测序数据中的转录组剖面	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	压缩感知	基因表达数据	九个不同的数据集
24198	2024-08-09	Deep learning of gene relationships from single cell time-course expression data 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab142 PMID:33876191	研究论文	本文利用单细胞时间序列表达数据，开发了一种新的深度学习方法来推断基因间的调控和信号关系	提出了一种新的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）表达数据编码方法，并在此基础上开发了用于时间序列数据交互预测的深度学习模型	NA	开发新的计算方法来分析单细胞时间序列基因表达数据，以推断基因间的相互作用	单细胞时间序列基因表达数据	机器学习	NA	scRNA-Seq	卷积神经网络（CNN）和循环神经网络（RNN）	时间序列数据	五种不同的单细胞时间序列scRNA-Seq数据集
24199	2024-08-09	Determinants of Response and Intrinsic Resistance to PD-1 Blockade in Microsatellite Instability-High Gastric Cancer 2021-09, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-0219 PMID:33846173	研究论文	本研究探讨了微卫星不稳定性高（MSI-H）胃癌对PD-1抑制剂反应的决定因素和内在抵抗机制	通过结合全外显子测序和单细胞RNA测序，识别了肿瘤动态进化和T细胞受体多样性与治疗反应的关系	研究仅限于MSI-H胃癌患者，且为单臂II期试验，需要进一步验证和扩展	揭示MSI-H胃癌对PD-1抑制剂的反应异质性，并探索提高反应性的策略	MSI-H胃癌患者及其肿瘤和血液样本	数字病理学	胃癌	全外显子测序（WES），单细胞RNA测序	NA	组织样本，血液样本	包括多个MSI-H胃癌患者的组织和血液样本
24200	2024-08-09	Downregulation of TGR5 (GPBAR1) in biliary epithelial cells contributes to the pathogenesis of sclerosing cholangitis 2021-09, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2021.03.029 PMID:33872692	研究论文	本文研究了胆管上皮细胞中TGR5（GPBAR1）表达下调对硬化性胆管炎发病机制的影响	发现TGR5在胆管上皮细胞中的表达减少促进了反应性胆管上皮细胞表型的形成，加重了胆管损伤，并揭示了norUDCA恢复胆管TGR5表达水平的新机制	NA	探讨TGR5表达变化在原发性硬化性胆管炎发病机制中的作用	胆管上皮细胞中的TGR5表达及其在原发性硬化性胆管炎中的作用	NA	硬化性胆管炎	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	mRNA和蛋白质水平	使用了来自不同小鼠模型的胆管上皮细胞和肝脏组织样本