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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2401 | 2025-11-17 |
A newly developed Germlings Harvester (GEHA) in combination with metabarcoding analysis detected numerous plankton species, particularly HABs-causing species, from in-situ germination of resting stage cells
2025-Dec, Harmful algae
IF:5.5Q1
DOI:10.1016/j.hal.2025.103002
PMID:41241549
|
研究论文 | 开发了新型Germlings Harvester (GEHA)设备并结合宏条形码技术,首次实现海洋沉积物中浮游生物休眠阶段细胞的原位萌发检测 | 首次开发GEHA设备实现原位检测浮游生物休眠细胞萌发,结合宏条形码技术发现128种新型休眠阶段细胞生产者,首次观测到9种有害藻华物种的原位萌发 | 未提及方法检测限和定量准确性,尚未进行大规模推广应用验证 | 研究浮游生物休眠阶段细胞萌发对群落组成和有害藻华形成的影响 | 海洋沉积物中的浮游生物休眠阶段细胞(包括甲藻孢囊、硅藻孢子等) | 环境微生物学 | NA | 宏条形码分析、单细胞测序、克隆培养 | NA | 基因序列数据、物种鉴定数据 | 从青岛湾沉积物中鉴定出220种浮游生物物种 | NA | 宏条形码测序、单细胞测序 | NA | NA |
| 2402 | 2025-11-17 |
Spatiotemporal transcriptomic insights into ferroptosis and TFRC-linked immune interactions in ischemia-reperfusion acute kidney injury
2025-Nov-15, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00364-0
PMID:41241671
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研究论文 | 本研究通过时空转录组学分析揭示了铁死亡在缺血再灌注急性肾损伤中的作用及其与免疫细胞的相互作用 | 整合单细胞和空间转录组学技术,首次系统揭示TFRC等铁死亡相关基因在肾小管细胞中的空间表达模式及其与巨噬浸润的邻近关系 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究铁死亡相关基因在急性肾损伤中的表达特征、空间分布及免疫相互作用,寻找潜在治疗靶点 | 小鼠缺血再灌注急性肾损伤模型、肾小管细胞 | 生物信息学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫荧光,共培养实验 | 机器学习诊断模型 | 基因表达数据,空间转录组数据,图像数据 | 小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 2403 | 2025-11-17 |
A single-cell multi-omics framework identifies immune cell drivers of migraine and repurposable therapeutics
2025-Nov-13, The journal of headache and pain
IF:7.3Q1
DOI:10.1186/s10194-025-02179-w
PMID:41233745
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研究论文 | 本研究通过建立单细胞多组学分析框架,识别偏头痛的免疫细胞驱动因素和可重新利用的治疗药物 | 首次整合单细胞表达数量性状位点数据和单细胞孟德尔随机化分析,系统探索偏头痛的免疫介导调控机制 | 未在文中明确说明研究的具体局限性 | 探索偏头痛的免疫遗传学基础并识别潜在治疗靶点 | 14种免疫细胞类型和9,117个独特的sc-eQTL | 生物信息学 | 偏头痛 | 单细胞表达数量性状位点分析, 单细胞孟德尔随机化, 共定位分析, 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 全表型组关联研究 | 孟德尔随机化模型, 共定位分析模型 | 单细胞基因表达数据, 基因型数据, 表型数据 | 涉及9,117个sc-eQTL和14种免疫细胞类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2404 | 2025-11-17 |
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing analysis to reveal characterization of mechanical stimulus-related genes and prognostic signatures in breast cancer
2025-Nov-13, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-025-02130-6
PMID:41233852
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研究论文 | 通过整合bulk和单细胞RNA测序分析,揭示机械刺激相关基因在乳腺癌中的特征并建立预后预测模型 | 首次建立基于机械刺激相关基因的乳腺癌预后评分模型,并在单细胞分辨率上验证机械刺激对肿瘤免疫微环境的影响 | 研究主要基于TCGA数据库,需要更多独立队列验证模型的普适性 | 预测乳腺癌患者预后并理解机械刺激在乳腺肿瘤微环境中的作用 | 乳腺癌患者和肿瘤样本 | 生物信息学 | 乳腺癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归, SCISSOR算法, 体外和体内实验 | 预后评分模型, 列线图 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA数据库乳腺癌样本,具体数量未明确说明 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2405 | 2025-11-17 |
Single-cell transcriptome analysis profiles the enlarged subsets of myeloid-biased HSPCs with preleukemic characters in disuse osteoporosis mice
2025-Nov-12, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01499-3
PMID:41225641
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了废用性骨质疏松小鼠中具有白血病前特征的髓系偏态造血干细胞祖细胞亚群的扩增机制 | 首次在骨质疏松模型中系统鉴定并表征了具有白血病前特征的髓系偏态HSPC亚群,并发现BRD4染色质重塑蛋白在此过程中的关键调控作用 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类样本中验证;BRD4抑制剂仅部分恢复表型,可能存在其他调控机制 | 探究骨质疏松条件下髓系偏态造血的发生机制及其与白血病发生的关系 | 废用性骨质疏松小鼠模型的造血干细胞祖细胞 | 单细胞转录组学 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 骨质疏松小鼠模型的造血干细胞祖细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2406 | 2025-11-17 |
Microglial HMOX1 drives retinal angiogenesis via modulation of endothelial STAT3 signaling
2025-Nov-11, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本研究揭示小胶质细胞HMOX1通过调控内皮STAT3信号通路驱动视网膜血管生成的新机制 | 首次发现小胶质细胞HMOX1在缺氧条件下通过旁分泌信号激活内皮STAT3-VEGF轴驱动病理性血管生成 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究小胶质细胞HMOX1在视网膜血管生成中的作用机制 | 早产儿视网膜病变小鼠模型、小胶质细胞和内皮细胞 | 分子生物学 | 早产儿视网膜病变 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 细胞共培养实验 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞功能实验数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2407 | 2025-11-17 |
Human heart-macrophage assembloids mimic immune-cardiac interactions and enable arrhythmia disease modeling
2025-Nov-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.09.011
PMID:41151577
|
研究论文 | 开发了一种人类心脏-巨噬细胞组装体模型,用于模拟免疫-心脏相互作用并研究心律失常疾病 | 首次通过将自体人类多能干细胞衍生的胚胎单核细胞整合到心脏类器官中,生成生理相关的心脏组织驻留巨噬细胞 | NA | 研究免疫-心脏相互作用机制并建立心律失常疾病模型 | 人类心脏-巨噬细胞组装体模型 | 疾病建模 | 心律失常 | 单细胞转录组学、实时成像、蛋白质组学 | 组装体模型 | 转录组数据、图像数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2408 | 2025-11-17 |
Distinct Tumor-Associated Macrophage Signatures Shape the Immune Microenvironment and Patient Prognosis in Renal Cell Carcinoma
2025-Nov-06, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14211740
PMID:41227385
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据开发了肾细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞特征,建立了预后风险模型 | 首次在肾细胞癌中系统鉴定8种不同的肿瘤相关巨噬细胞特征,并构建27基因风险预测模型 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 探讨肿瘤相关巨噬细胞特征对肾细胞癌免疫微环境和患者预后的影响 | 肾细胞癌患者及其肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序,LASSO Cox回归分析 | LASSO Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据,临床生存数据 | TCGA数据集和多个独立肾细胞癌队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2409 | 2025-11-17 |
Integrated Multi-Omics Analysis Uncovers Immune-Metabolic Interplay in Hepatocellular Carcinoma Tumor Microenvironment
2025-Nov-03, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17213565
PMID:41228357
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研究论文 | 通过整合多组学分析揭示肝细胞癌肿瘤微环境中免疫与代谢的相互作用 | 首次通过整合基因组学、表观基因组学和单细胞转录组学系统解析HCC肿瘤微环境中免疫代谢互作机制,发现启动子低甲基化驱动的关键基因表达与患者预后相关 | 样本量相对有限(60例患者),需要更大队列验证发现 | 解析肝细胞癌肿瘤微环境的免疫和代谢特征及其临床意义 | 60例肝细胞癌患者的肿瘤样本 | 多组学整合分析 | 肝细胞癌 | 多组学分析, 单细胞RNA测序, DNA甲基化分析 | NA | 基因组数据, 表观基因组数据, 单细胞转录组数据 | 60例HCC患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 2410 | 2025-11-17 |
Mechanical confinement governs phenotypic plasticity in melanoma
2025-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09445-6
PMID:40866703
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研究论文 | 本研究揭示了机械限制通过染色质重塑介导黑色素瘤表型可塑性的机制 | 首次证明机械限制通过HMGB2介导的染色质构象变化驱动表型转换 | 研究主要基于斑马鱼模型,人类样本验证有限 | 探究黑色素瘤表型可塑性的外部触发机制 | 黑色素瘤细胞与肿瘤微环境界面 | 癌症生物学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学,单细胞转录组学,定量建模 | 斑马鱼模型 | 转录组数据,形态学数据 | 斑马鱼模型和人类样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2411 | 2025-11-17 |
CoCo-ST detects global and local biological structures in spatial transcriptomics datasets
2025-Nov, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01781-z
PMID:41083603
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研究论文 | 提出一种名为CoCo-ST的图对比特征表示框架,用于检测空间转录组数据中的全局和局部生物结构 | 通过比较目标样本与背景样本,能够同时检测高方差和低方差的空间结构,解决了现有方法忽略低方差结构的问题 | NA | 开发能够检测空间转录组数据中高方差和低方差生物结构的计算方法 | 小鼠肺前癌样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 图对比学习 | 图对比特征表示框架 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium, Xenium Prime 5K, Visium HD | spot-level Visium数据, 单细胞Xenium Prime 5K数据, 亚细胞Visium HD数据 |
| 2412 | 2025-11-17 |
Integration of Transcriptome Profiling and Single-Cell Sequencing Analysis to Establish a CD8+ T Cell-Related Prognostic Model for Patients With NSCLC: From Assessment to Therapy
2025-Nov, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71337
PMID:41223031
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研究论文 | 本研究通过整合转录组分析和单细胞测序技术,建立了基于CD8+ T细胞的非小细胞肺癌预后模型 | 首次结合转录组分析和单细胞测序构建CD8+ T细胞相关预后模型,并开发了临床预后列线图 | 研究基于三个公共数据集,需要进一步前瞻性临床验证 | 开发CD8+ T细胞相关预后模型以改善NSCLC患者的预后评估和免疫治疗决策 | 非小细胞肺癌患者 | 生物信息学 | 肺癌 | 转录组分析,单细胞测序,加权基因共表达网络分析 | LASSO回归,Cox回归,风险模型,列线图 | 基因表达数据,单细胞数据,临床数据 | 三个数据集(TCGA-NSCLC, GSE183219, GSE42127) | NA | 单细胞RNA-seq,转录组分析 | NA | NA |
| 2413 | 2025-11-17 |
Identification of Disulfidptosis-Associated Hub Genes in Psoriasis via Integrated Transcriptomic and Experimental Validation Approaches
2025-Nov, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70945
PMID:41224720
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研究论文 | 通过整合转录组学和实验验证方法鉴定银屑病中与二硫死亡相关的枢纽基因 | 首次将新型细胞死亡方式二硫死亡与银屑病发病机制联系起来,并通过多组学整合分析识别关键基因 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于小鼠模型,需要进一步临床验证 | 探索二硫死亡在银屑病发病机制中的作用并识别相关生物标志物 | 银屑病患者皮肤组织和imiquimod诱导的银屑病样小鼠模型 | 生物信息学 | 银屑病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, Western blotting | LASSO回归, 随机森林, WGCNA | 转录组数据, 单细胞数据 | 多个数据集(GSE106992, GSE11239, GSE162183)和小鼠模型 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2414 | 2025-11-17 |
Ubiquitous dysregulation of the Wnt pathway in immune thrombocytopenia genetic susceptibility
2025-Nov, Blood vessels, thrombosis & hemostasis
DOI:10.1016/j.bvth.2025.100107
PMID:41235340
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研究论文 | 本研究通过功能基因组学和单细胞RNA测序分析,揭示了Wnt信号通路在免疫性血小板减少症中的广泛失调 | 首次在ITP中系统性地证明了Wnt信号通路的多基因、多细胞类型特异性失调模式 | 研究主要基于遗传关联和基因表达分析,缺乏直接的机制验证实验 | 探究Wnt信号通路在免疫性血小板减少症发病机制中的作用 | 免疫性血小板减少症患者和健康对照的遗传及单细胞转录组数据 | 基因组学 | 免疫性血小板减少症 | 全基因组关联研究, 单细胞RNA测序, 功能基因组学分析 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2415 | 2025-11-17 |
Mechanistic study of ANXA3-mediated endoplasmic reticulum stress promoting M1 macrophage polarization in pulmonary arterial hypertension based on bioinformatics and nine machine learning algorithms
2025-Nov, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.111215
PMID:41110296
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研究论文 | 本研究通过生物信息学和九种机器学习算法揭示了ANXA3通过内质网应激促进M1巨噬细胞极化在肺动脉高压中的作用机制 | 首次系统整合多种机器学习算法识别肺动脉高压中内质网应激相关关键基因,并通过实验验证ANXA3在调控M1巨噬细胞极化和肺动脉平滑肌细胞功能中的核心作用 | 样本量相对有限(100例患者和61例对照),且主要基于动物模型验证,需要进一步临床研究确认 | 阐明内质网应激在肺动脉高压免疫调节中的分子机制,识别关键调控基因 | 肺动脉高压患者外周血单核细胞、特发性肺动脉高压患者样本、两种肺动脉高压大鼠模型(MCT诱导和SuHx诱导) | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 转录组分析、机器学习算法、qRT-PCR、单细胞RNA测序、免疫荧光、功能实验 | LASSO回归等九种机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 161例人类样本(100例患者+61例对照)和20例特发性肺动脉高压患者,两种大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2416 | 2025-11-17 |
Six1-Eya1 Axis Governs Myofiber Remodeling and Fibrosis in Extraocular Myopathy: Insights from Single-Cell RNA Sequencing and Mesenchymal Stem Cell Therapy in Thyroid Eye Disease
2025-Oct-31, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14211708
PMID:41227354
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和间充质干细胞治疗,揭示了Six1-Eya1轴在甲状腺眼病眼外肌肌纤维重塑和纤维化中的调控作用 | 首次发现Six1和Eya1作为肌纤维分化和纤维化抑制的核心调控因子,并验证其在甲状腺眼病中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,需要进一步临床验证 | 探究甲状腺眼病中眼外肌肌病的分子机制和治疗策略 | 甲状腺眼病小鼠模型、正常人和TED患者的成肌细胞 | 单细胞测序分析 | 甲状腺眼病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 对照个体和TED患者的成肌细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2417 | 2025-11-17 |
Comparative Oncology: Cross-Sectional Single-Cell Transcriptomic Profiling of the Tumor Microenvironment Across Seven Human Cancers
2025-Oct-31, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17213527
PMID:41228323
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序对七种人类癌症的肿瘤微环境进行比较分析 | 首次使用单细胞RNA测序技术对七种不同癌症类型的肿瘤微环境进行跨癌种比较分析 | 基于公开数据集的分析,BC和GC癌症需要进行亚型特异性分析 | 阐明不同癌症类型中肿瘤成分的差异转录和细胞间信号特征 | 七种人类癌症:胰腺导管腺癌、肝细胞癌、食管鳞状细胞癌、乳腺癌、甲状腺癌、胃癌和结直肠癌 | 单细胞转录组学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自七种癌症类型的公开scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2418 | 2025-11-17 |
Deciphering the potential pathogeny of rare tracheal adenoid cystic carcinoma by single-cell RNA-sequencing
2025-Oct-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-2025-832
PMID:41234575
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术对罕见气管腺样囊性癌的潜在致病机制进行深入解析 | 首次在单细胞水平揭示TACC可能起源于纤毛上皮细胞,并发现间皮细胞通过MIF-CD74信号通路与巨噬细胞相互作用的新机制 | 研究样本量有限(单细胞RNA-seq仅1例患者,mIHC验证4例患者) | 阐明气管腺样囊性癌的分子特征和致病机制 | 气管腺样囊性癌患者的肿瘤组织、癌旁组织和外周血 | 数字病理学 | 气管腺样囊性癌 | 单细胞RNA测序,荧光多重免疫组化 | 生物信息学分析,伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据,免疫组化图像数据 | 1例患者进行单细胞RNA-seq,4例患者进行mIHC验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2419 | 2025-11-17 |
Single-cell RNA profiling reveals an immunosuppressive microenvironment in EGFR double-mutant non-small cell lung cancer
2025-Oct-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-2025-708
PMID:41234595
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示EGFR双突变非小细胞肺癌中的免疫抑制微环境特征 | 首次使用scFocuSCOPE平台在单细胞水平精确识别罕见突变癌细胞,并系统描述EGFR双突变NSCLC的免疫抑制特征 | 样本量相对较小,双突变病例罕见限制了大规模验证 | 阐明双突变非小细胞肺癌的免疫微环境特征及其治疗意义 | EGFR突变非小细胞肺癌患者样本和EGFR突变细胞系 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光分析 | NA | 单细胞转录组数据,免疫荧光图像 | 25例EGFR突变NSCLC样本,2例双突变患者进行时间序列分析 | NA | 单细胞RNA测序 | scFocuSCOPE | 用于单细胞水平精确识别和表征罕见突变癌细胞的测序平台 |
| 2420 | 2025-11-17 |
Integrated multi-omic analysis unravels the characteristics of the metabolism-related intratumoral microbes and establishes a novel signature for predicting prognosis and therapeutic response in lung adenocarcinoma
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-357
PMID:41234824
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析揭示了肺腺癌中代谢相关瘤内微生物的特征,并建立了一个预测预后和治疗反应的新型标志物 | 首次系统识别了肺腺癌中与代谢相关的瘤内微生物,建立了基于微生物丰度的预后预测标志物,并揭示了这些微生物与肿瘤微环境的关联 | 基于公开数据集的分析,需要实验验证;样本量有限;机制研究不够深入 | 探究代谢相关瘤内微生物在肺腺癌中的特征、预后意义及其与肿瘤微环境的关系 | 肺腺癌患者样本和相关的微生物组、转录组数据 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 多组学整合分析、微生物组分析、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、Spearman相关分析、无监督聚类、Scissor算法 | 无监督聚类、预后预测模型 | 微生物组数据、转录组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微生物组分析 | NA | NA |