单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24161	2024-08-09	Single-cell analysis reveals urothelial cell heterogeneity and regenerative cues following cyclophosphamide-induced bladder injury 2021-05-05, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-03740-6 PMID:33953164	研究论文	本研究使用基于液滴的单细胞RNA测序技术，分析了在小鼠膀胱黏膜层在正常和受伤条件下的细胞类型，揭示了尿路上皮细胞的异质性及其在环磷酰胺诱导的膀胱损伤后的再生机制	首次详细描述了在环磷酰胺诱导的膀胱损伤中，不同膀胱细胞亚群如何协同作用以驱动修复和再生过程	NA	深入理解环磷酰胺诱导的膀胱损伤期间的细胞动态，并识别对受伤膀胱再生有重要贡献的微环境因子	小鼠膀胱黏膜层的细胞在正常和受伤条件下的类型和功能	数字病理学	膀胱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
24162	2024-08-09	Deep generative model embedding of single-cell RNA-Seq profiles on hyperspheres and hyperbolic spaces 2021-05-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22851-4 PMID:33953202	研究论文	本文介绍了一种名为scPhere的可扩展深度生成模型，用于将单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据嵌入到低维的超球面或双曲空间中，以准确表示scRNA-seq数据	scPhere模型解决了多层次的复杂批次因素，促进了大型数据集的交互式可视化，解决了细胞拥挤问题，并揭示了时间轨迹	NA	开发一种新的方法来处理和解释单细胞RNA测序数据中的维度降低问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度生成模型	文本	九个大型数据集，来自人类患者或动物发育的复杂组织
24163	2024-08-09	Distinct identities of leaf phloem cells revealed by single cell transcriptomics 2021-05-05, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koaa060 PMID:33955487	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术揭示了叶片韧皮部细胞的不同身份	首次通过单细胞转录组学技术详细分析了叶片韧皮部细胞的代谢途径和功能	NA	探究叶片韧皮部细胞的特性和功能	叶片韧皮部细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	至少19种细胞集群
24164	2024-08-09	Evidence for phloem loading via the abaxial bundle sheath cells in maize leaves 2021-05-05, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koaa055 PMID:33955497	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了C4玉米叶片中束鞘细胞的分化，特别是背侧束鞘细胞在韧皮部装载中的作用	发现了玉米中一种新的韧皮部装载机制，其中背侧束鞘细胞为主要途径，用于质外体蔗糖向韧皮部的转移	NA	研究C4玉米叶片中束鞘细胞的分化及其在韧皮部装载中的作用	C4玉米的束鞘细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
24165	2024-08-09	Single-keratinocyte transcriptomic analyses identify different clonal types and proliferative potential mediated by FOXM1 in human epidermal stem cells 2021-05-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22779-9 PMID:33947848	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，识别了人类表皮干细胞中由FOXM1介导的不同克隆类型和增殖潜力	发现FOXM1作为YAP依赖的关键调节因子在表皮干细胞中的作用	NA	提高表皮培养中干细胞测量的标准	人类表皮干细胞及其克隆类型	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
24166	2024-08-09	Cell-level metadata are indispensable for documenting single-cell sequencing datasets 2021-05, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001077 PMID:33945522	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集中细胞级元数据的重要性及其在现有研究中的缺失情况	强调了细胞级元数据在单细胞测序数据中的不可或缺性，并呼吁提高相关标准和文档记录	指出大多数研究未能提供足够的细胞级元数据，导致数据复现、探索和验证的困难	探讨单细胞RNA测序数据中细胞级元数据的必要性及其对研究的影响	单细胞RNA测序数据及其细胞级元数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	数据集	NA
24167	2024-08-09	A single-cell map of intratumoral changes during anti-PD1 treatment of patients with breast cancer 2021-05, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01323-8 PMID:33958794	研究论文	研究了乳腺癌患者在接受抗PD1治疗前后肿瘤内细胞的变化，通过单细胞转录组、T细胞受体和蛋白质组分析，揭示了免疫治疗反应的异质性	首次详细描述了抗PD1治疗前后乳腺癌肿瘤内T细胞的克隆扩增及其相关免疫表型和基因集的变化	研究仅限于激素受体阳性或三阴性乳腺癌患者，且样本量相对较小	探讨为何只有部分乳腺癌肿瘤对抗PD1免疫检查点阻断治疗有反应	乳腺癌患者的肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组、T细胞受体和蛋白质组分析	NA	单细胞数据	29名接受抗PD1治疗的患者和11名在接受新辅助化疗后接受抗PD1治疗的患者
24168	2024-08-09	Transcriptional analysis of cystic fibrosis airways at single-cell resolution reveals altered epithelial cell states and composition 2021-05, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01332-7 PMID:33958799	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，比较了囊性纤维化患者和健康捐赠者的近端气道，揭示了疾病相关的细胞状态和组成的改变	本研究首次在单细胞分辨率下分析了囊性纤维化气道的转录组变化，并发现了疾病依赖性的细胞差异	NA	揭示囊性纤维化气道疾病的细胞状态和组成变化，为开发新的靶向疗法提供分子图谱	囊性纤维化患者的近端气道与健康肺捐赠者的近端气道	数字病理学	囊性纤维化	单细胞转录组学	NA	转录组	囊性纤维化患者样本19例，健康肺捐赠者样本19例
24169	2024-08-09	Predicting anti-PD-1 responders in malignant melanoma from the frequency of S100A9+ monocytes in the blood 2021-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2020-002171 PMID:33963011	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，研究了恶性黑色素瘤患者中S100A9+单核细胞频率与抗PD-1治疗反应的关系	首次揭示了S100A9+单核细胞在预测抗PD-1治疗反应中的潜在作用	研究样本量较小，需要进一步在大规模患者群体中验证	寻找预测抗PD-1治疗反应的生物标志物	恶性黑色素瘤患者的外周血单核细胞	数字病理学	恶性黑色素瘤	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	细胞	单细胞RNA测序分析涉及8例患者，流式细胞术分析涉及20例患者
24170	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Tissue Compartment-Specific Plasticity of Mycosis Fungoides Tumor Cells 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.666935 PMID:33968070	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了晚期蕈样霉菌病（MF）患者皮肤、血液和淋巴结中的肿瘤微环境，揭示了MF肿瘤细胞在不同组织隔室中的表型和功能可塑性。	首次通过单细胞RNA测序技术，结合V-D-J T细胞受体测序，详细描述了MF肿瘤细胞在不同组织环境中的表型和功能变化。	研究仅基于单一患者的数据，可能限制了结果的普遍性和广泛适用性。	探讨蕈样霉菌病肿瘤细胞在疾病进展过程中与组织环境相关的表型和功能特性。	蕈样霉菌病患者的皮肤、血液和淋巴结中的肿瘤细胞及其微环境。	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	单一患者
24171	2024-08-09	Cryopreservation Preserves Cell-Type Composition and Gene Expression Profiles in Bone Marrow Aspirates From Multiple Myeloma Patients 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.663487 PMID:33968139	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了新鲜和冷冻的骨髓抽吸物中细胞类型组成和基因表达谱，以评估冷冻保存对多发性骨髓瘤患者样本的影响	首次详细研究了冷冻保存对多发性骨髓瘤患者骨髓抽吸物中单细胞基因表达谱和细胞类型比例的影响	研究样本仅限于六名多发性骨髓瘤患者，可能需要更多样本以验证结果的普遍性	探讨冷冻保存是否会影响多发性骨髓瘤患者骨髓抽吸物中的细胞类型组成和基因表达谱	多发性骨髓瘤患者的骨髓抽吸物中的细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六名多发性骨髓瘤患者的骨髓抽吸物
24172	2024-08-09	Irradiation-Induced Changes in the Immunogenicity of Lung Cancer Cell Lines: Based on Comparison of X-rays and Carbon Ions 2021, Frontiers in public health IF:3.0Q2 DOI:10.3389/fpubh.2021.666282 PMID:33968889	研究论文	本研究通过比较碳离子和X射线在不同时间和剂量窗口下对肺癌细胞系免疫原性变化的影响，探讨了两者在诱导免疫效应方面的差异	首次全面比较了碳离子和X射线在不同时间和剂量窗口下对肺癌细胞系免疫原性变化的影响，并推测碳离子在诱导免疫效应方面可能比传统X射线更具优势	研究主要集中在特定肺癌细胞系和特定免疫标志物上，可能需要进一步扩大样本和标志物范围以验证结果的普遍性	探讨碳离子和X射线在不同时间和剂量窗口下对肺癌细胞系免疫原性变化的影响，以及其在诱导免疫效应方面的差异	肺癌细胞系A549、H520和Lewis Lung Carcinoma (LLC)	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、ELISA	NA	基因表达数据	涉及A549、H520和Lewis Lung Carcinoma (LLC)三种肺癌细胞系
24173	2024-08-09	Single-cell transcriptome and genome analyses of pituitary neuroendocrine tumors 2021-11-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noab102 PMID:33908609	研究论文	本文通过单细胞转录组和基因组分析，研究了垂体神经内分泌肿瘤的特征和异质性	通过高精度的单细胞RNA测序和单细胞多组学测序，揭示了垂体神经内分泌肿瘤的新型肿瘤相关基因和基因表达模式	NA	深入理解垂体神经内分泌肿瘤的发病机制和异质性	垂体神经内分泌肿瘤及其亚型	数字病理学	垂体肿瘤	单细胞RNA测序，单细胞多组学测序	NA	转录组数据，基因组数据	2679个单细胞来自23个手术切除样本，238个单细胞来自5个患者
24174	2024-08-09	Single-cell transcriptomics applied to emigrating cells from psoriasis elucidate pathogenic versus regulatory immune cell subsets 2021-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2021.04.021 PMID:33932468	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术分析了银屑病患者皮肤迁移细胞的基因表达，以阐明致病性和调节性免疫细胞亚群的特征。	本研究首次应用单细胞转录组学于银屑病患者皮肤迁移细胞，提供了一个创新的研究平台，用于比较不同炎症性皮肤病中异质免疫细胞的基因表达谱。	先前的人类皮肤单细胞数据中，炎症细胞仅占总体细胞的一小部分，难以确定功能性亚群。	旨在通过单细胞转录组学技术克服上述限制，阐明银屑病患者皮肤中致病性和调节性免疫细胞亚群的体外基因表达谱。	银屑病患者皮肤迁移细胞的基因表达。	单细胞转录组学	银屑病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	细胞	来自银屑病患者和对照组皮肤的人类迁移细胞
24175	2024-08-09	Single-cell transcriptomes reveal characteristic features of cell types within the human adrenal microenvironment 2021-11, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.30398 PMID:33934358	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了人类肾上腺微环境中细胞类型的特征	首次通过单细胞RNA测序揭示了人类肾上腺微环境中细胞类型的特征，包括非免疫细胞的免疫激活和肾上腺皮质细胞的性别相关多样性	NA	揭示人类肾上腺微环境中细胞类型的特征，为肾上腺疾病的研究提供基础	人类肾上腺微环境中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
24176	2024-08-09	Analyzing master regulators and scRNA-seq of COVID-19 patients reveals an underlying anti-SARS-CoV-2 mechanism of ZNF proteins 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab118 PMID:33907801	研究论文	本研究通过分析COVID-19患者的调控因子和单细胞RNA测序数据，揭示了ZNF蛋白在抗SARS-CoV-2感染中的潜在作用	首次发现女性COVID-19患者表达更多的ZNF蛋白和更强的转录活性，这些活性与SARS-CoV-2载量呈显著负相关，并能激活靶基因参与抗病毒感染	NA	探究不同性别COVID-19患者预后差异的原因及ZNF蛋白在抗SARS-CoV-2感染中的作用	COVID-19患者、ZNF蛋白及SARS-CoV-2感染	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3044例COVID-19患者
24177	2024-08-09	Inflation-collapse dynamics drive patterning and morphogenesis in intestinal organoids 2021-09-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.04.002 PMID:33915079	研究论文	本文研究了肠道类器官中干细胞自我组织形成结构化组织的过程，特别是干细胞区（SCZs）大小的调控机制。	通过改进肠道类器官培养条件，实现了长期时间流逝成像，揭示了离子通道介导的膨胀和机械敏感Piezo家族通道对SCZs形状的调控作用。	NA	探索干细胞如何自我组织形成结构化组织的问题。	肠道类器官中的干细胞区（SCZs）。	数字病理学	NA	时间流逝成像，单细胞转录组学	NA	图像，转录组数据	多个肠道类器官
24178	2024-08-09	Gene signature extraction and cell identity recognition at the single-cell level with Cell-ID 2021-09, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00896-6 PMID:33927417	研究论文	本文介绍了一种名为Cell-ID的无聚类多元统计方法，用于从单细胞测序数据中稳健地提取每个细胞的基因特征	Cell-ID方法无需聚类，能够跨不同供体、组织来源、物种和单细胞组学技术重复提取基因特征，并用于自动细胞类型注释和跨数据集的细胞匹配	NA	开发一种新的方法来探索单细胞水平的细胞类型多样性	人类和鼠类的多种样本，包括血液细胞、胰腺胰岛、呼吸道、肠道和嗅觉上皮，以及全面的鼠细胞图谱数据集	数字病理学	NA	单细胞测序	多元统计方法	单细胞测序数据	多个人类和鼠类样本
24179	2024-08-09	Novel therapeutic targets to improve IVF outcomes in endometriosis patients: a review and future prospects 2021-08-20, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmab014 PMID:33930149	综述	本文综述了子宫内膜异位症患者不孕症的病理机制及现有治疗方案，旨在改善这些患者的体外受精（IVF）结果	探讨了子宫内膜异位症患者不孕症的分子机制，并提出了针对这些机制的治疗策略	尚未有明确的理论能完全解释子宫内膜异位症患者的不孕机制	探讨子宫内膜异位症导致不孕的病理机制及治疗方案，以改善IVF结果	子宫内膜异位症患者的不孕症及IVF结果	NA	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序	NA	RNA	123篇文献
24180	2024-08-09	Bayesian inference of gene expression states from single-cell RNA-seq data 2021-08, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00875-x PMID:33927416	研究论文	本文提出了一种基于贝叶斯推断的单细胞RNA测序数据归一化方法Sanity	Sanity方法直接从原始的唯一分子标识符（UMI）计数中估计表达值及其误差范围，无需可调参数，并能有效校正生物学和测量采样噪声	文章未提及Sanity方法的具体局限性	开发一种新的单细胞RNA测序数据归一化方法，以提高下游分析任务的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	贝叶斯模型	基因表达数据	文章未提及具体样本数量