单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28099 篇文献，本页显示第 24141 - 24160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24141 | 2024-08-09 |
Genome stabilization by RAD51-stimulatory compound 1 enhances efficiency of somatic cell nuclear transfer-mediated reprogramming and full-term development of cloned mouse embryos
2021-Jul, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13059
PMID:34021643
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研究论文 | 本文研究了RAD51刺激化合物1通过增强体细胞核转移介导的重编程效率和克隆小鼠胚胎的完整发育，从而稳定基因组的作用。 | 通过补充RS-1激活剂，增加RAD51表达和DSB焦点，从而提高SCNT重编程效率，并观察到大量基因的重新激活，可能与克服发育障碍有关。 | NA | 研究基因组不稳定性和DNA损伤在体细胞重编程过程中的作用，以及如何通过修复这些损伤来提高重编程效率。 | 体细胞核转移（SCNT）介导的重编程过程中的基因组稳定性和DNA损伤修复。 | NA | NA | 体细胞核转移（SCNT），单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 24142 | 2024-08-09 |
Transcriptome landscape of double negative T cells by single-cell RNA sequencing
2021-07, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2021.102653
PMID:34022742
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了来自C57BL/6小鼠脾脏的28,835个单个免疫细胞，揭示了五种转录上不同的幼稚DNT细胞簇，这些细胞簇表达独特的基因集并主要执行辅助T细胞、细胞毒性和先天免疫功能 | 本研究首次详细描述了幼稚和激活状态下的DNT细胞的异质性，解决了关于DNT细胞的争议，并提供了潜在的转录特征 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现 | 揭示DNT细胞的分子和功能特征，以及它们在免疫系统中的作用 | DNT细胞的转录组特征及其在免疫系统中的功能 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 28,835个单个免疫细胞 |
| 24143 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing in cancer: Applications, advances, and emerging challenges
2021-Jun-25, Molecular therapy oncolytics
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.omto.2021.04.001
PMID:34027052
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肿瘤研究领域的应用、进展及新兴挑战 | scRNA-seq作为一种有效的方法，能够在单细胞分辨率下解析人类肿瘤组织，为解释肿瘤生物学提供了新的视角 | NA | 进一步阐明癌症机制，开发更好的检测和治疗策略 | 肿瘤循环细胞、肿瘤干细胞、肿瘤耐药性、肿瘤微环境等 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 24144 | 2024-08-09 |
Deficiency of histone lysine methyltransferase SETDB2 in hematopoietic cells promotes vascular inflammation and accelerates atherosclerosis
2021-06-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147984
PMID:34003795
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研究论文 | 本文研究了组蛋白赖氨酸甲基转移酶SETDB2在造血细胞中的缺乏如何促进血管炎症并加速动脉粥样硬化的进程 | 首次报道了SETDB2在人及小鼠的动脉粥样硬化病变中表达上调，并在造血细胞中遗传删除SETDB2会促进血管炎症和加速动脉粥样硬化的进展 | NA | 探究SETDB2在动脉粥样硬化中的作用及其对免疫反应的调节机制 | SETDB2在造血细胞中的作用及其对血管炎症和动脉粥样硬化的影响 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从动脉粥样硬化斑块中分离的CD45+细胞 |
| 24145 | 2024-08-09 |
Integration of spatial and single-cell transcriptomics localizes epithelial cell-immune cross-talk in kidney injury
2021-06-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147703
PMID:34003797
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研究论文 | 本文通过整合空间转录组学和单核测序数据，研究了肾脏损伤中上皮细胞与免疫细胞的相互作用及其空间分布 | 首次优化了空间转录组学和单核测序数据的协调，揭示了急性肾脏损伤中细胞类型的空间分布及其转录组特征 | NA | 研究急性肾脏损伤中上皮细胞与免疫细胞的相互作用及其空间分布 | 人类肾脏切除样本和两种小鼠急性肾脏损伤模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学，单核测序 | NA | 转录组数据 | 30种主要细胞类型 |
| 24146 | 2024-08-09 |
CloneSeq: A highly sensitive analysis platform for the characterization of 3D-cultured single-cell-derived clones
2021-06-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.026
PMID:34010629
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研究论文 | 本文开发了CloneSeq平台，结合3D水凝胶球内的克隆扩增和基于液滴的RNA测序，用于揭示细胞异质性。 | CloneSeq提高了检测细胞变异的敏感性，并能揭示特定亚群，如癌症干细胞样细胞和胚胎干细胞的早期分化决策。 | NA | 克服单细胞测序的敏感性限制，揭示生物系统中的细胞异质性。 | 肺癌细胞和胚胎干细胞。 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及。 |
| 24147 | 2024-08-09 |
Use of scREAD to explore and analyze single-cell and single-nucleus RNA-seq data for Alzheimer's disease
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100513
PMID:34013209
|
研究论文 | 本文介绍了使用scREAD数据库对阿尔茨海默病的单细胞和单核RNA测序数据进行探索和分析的方法 | 开发了scREAD数据库，提供了对现有AD scRNA-seq和snRNA-seq数据的全面分析 | NA | 探索和分析阿尔茨海默病的单细胞和单核RNA测序数据 | 阿尔茨海默病的单细胞和单核基因表达谱 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 24148 | 2024-08-09 |
Spatial multi-omics sequencing for fixed tissue via DBiT-seq
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100532
PMID:34027489
|
研究论文 | 本文介绍了一种通过DBiT-seq平台对固定冷冻组织样本进行空间多组学测序的方法 | 该技术采用基于微流体的方法，将组合DNA寡核苷酸条形码直接引入固定在玻璃载玻片上的组织切片中的细胞 | 该技术不能直接解析单个细胞，但可以实现空间转录组学和目标蛋白质组面板空间分析的近单细胞分辨率 | 构建固定冷冻组织样本的多组学图谱 | 固定冷冻组织样本 | 组学技术 | NA | DBiT-seq | NA | 组织样本 | NA |
| 24149 | 2024-08-09 |
Isolation of human bone marrow stromal cells from bone marrow biopsies for single-cell RNA sequencing
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100538
PMID:34027494
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研究论文 | 本文描述了一种结合机械和酶法从人骨髓活检中分离骨髓间质细胞，并通过FACS分选分离间质亚群进行单细胞RNA测序的方法 | 提出了一种新的结合机械和酶法的分离方法，以及使用FACS分选技术进行单细胞RNA测序 | NA | 研究骨髓间质细胞在调节干细胞静止和稳态中的作用，以及它们在各种血液恶性肿瘤中的关键贡献 | 人骨髓间质细胞及其亚群 | 数字病理学 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 24150 | 2024-08-09 |
Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models
2021-06-10, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.04.028
PMID:34019796
|
研究论文 | 本文通过构建多个发育中的内胚层器官的单细胞转录组图谱，研究了人类发育过程中器官的细胞多样性和相互作用 | 首次结合细胞图谱和类器官技术，揭示了人类器官发育的分子机制 | NA | 探究人类发育过程中器官的细胞多样性和相互作用 | 内胚层器官的细胞状态、转录因子及器官特异性上皮干细胞和间充质相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多个发育中的内胚层器官样本 |
| 24151 | 2024-08-09 |
VEGF receptor 2 (KDR) protects airways from mucus metaplasia through a Sox9-dependent pathway
2021-06-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.027
PMID:34010630
|
研究论文 | 本文探讨了VEGF受体2（KDR）通过Sox9依赖途径保护气道免受黏液化生的机制 | 揭示了VEGFa和其受体KDR在促进黏液化生中的新途径，并发现Sox9在Kdr抑制后的杯状细胞分化中的作用 | NA | 研究VEGFa/KDR信号通路在防御黏液化生中的作用 | VEGFa、KDR、MEK/ERK激酶以及Sox9在杯状细胞分化中的作用 | NA | 哮喘，囊性纤维化 | 单细胞RNA测序分析，遗传小鼠模型 | NA | RNA | 小鼠和人类气道细胞 |
| 24152 | 2024-08-09 |
Detection of differentially abundant cell subpopulations in scRNA-seq data
2021-06-01, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2100293118
PMID:34001664
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DA-seq的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别不同丰度的细胞亚群 | DA-seq是一种多尺度方法，能够量化每个细胞的局部差异丰度，并识别连续的显著差异丰度亚群，不受限于聚类结构 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中差异丰度细胞亚群的检测方法 | COVID-19患者、接受免疫检查点治疗的黑色素瘤患者、胚胎发育和年轻与老化脑组织中的细胞亚群 | 单细胞RNA测序 | COVID-19, 黑色素瘤 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 多个scRNA-seq数据集 |
| 24153 | 2024-08-09 |
Targeted single-cell RNA sequencing of transcription factors enhances the identification of cell types and trajectories
2021-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.273961.120
PMID:34011578
|
研究论文 | 本文通过靶向单细胞RNA测序技术（scCapture-seq）对转录因子进行测序，提高了细胞类型和发育轨迹的识别能力 | 提出了一种新的靶向单细胞RNA测序方法（scCapture-seq），能够更有效地检测和量化低表达基因，特别是转录因子的表达 | 传统的单细胞RNA测序技术在检测和量化低表达基因方面存在局限性 | 提高单细胞RNA测序技术在识别细胞类型和发育轨迹方面的分辨率 | 从诱导多能干细胞（iPSC）衍生的神经元培养物中靶向测序约1000个转录因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 从两个不同实验室使用相同分化协议生成的神经元群体 |
| 24154 | 2024-08-09 |
Clonally expanded EOMES+ Tr1-like cells in primary and metastatic tumors are associated with disease progression
2021-06, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-021-00930-4
PMID:34017124
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，发现浸润在原发性和转移性结直肠癌及非小细胞肺癌中的CD4 T细胞高度富集两种大小和抑制功能相当的亚群，包括叉头框蛋白P3 T细胞和表达颗粒酶K及几丁质酶-3-样蛋白2的EOMES同源型1调节T（Tr1）样细胞。 | 本研究首次发现EOMES Tr1样细胞在原发性和转移性肿瘤中的克隆扩增与疾病进展相关，并可能与程序性细胞死亡蛋白1靶向免疫治疗的反应相关。 | NA | 探讨T细胞在原发性和转移性肿瘤中的异质性，并识别新的癌症免疫治疗靶点。 | CD4 T细胞在原发性和转移性结直肠癌及非小细胞肺癌中的分布和功能。 | 数字病理学 | 结直肠癌, 非小细胞肺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA |
| 24155 | 2024-08-09 |
Genetic pathways regulating hematopoietic lineage speciation: Factorial latent variable model analysis of single cell transcriptome
2021-Jun, Data in brief
IF:1.0Q3
DOI:10.1016/j.dib.2021.107080
PMID:34026977
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研究论文 | 本文应用因子单细胞潜在变量模型（f-scLVM）分析单细胞转录组数据，以揭示稳态造血过程中调控细胞分化的遗传途径 | 首次使用f-scLVM模型分解单细胞转录组异质性，识别调控细胞命运的生物学因子 | NA | 阐明调控造血细胞分化关键阶段的遗传途径 | 来自12周龄雌性小鼠的1920个造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的单细胞转录组数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 因子单细胞潜在变量模型（f-scLVM） | 转录组数据 | 1920个造血干细胞和祖细胞 |
| 24156 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing of human liver reveals hepatic stellate cell heterogeneity
2021-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2021.100278
PMID:34027339
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research paper | 本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了人类肝脏中肝细胞和肝星状细胞的异质性 | 首次描述了人类肝脏中肝星状细胞的两个亚群，并揭示了它们在细胞外基质生成和组织中的特定作用 | NA | 阐明人类肝脏中肝细胞和肝星状细胞的异质性 | 人类肝脏中的肝细胞和肝星状细胞 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 约25,000个新鲜分离的人类肝脏细胞 |
| 24157 | 2024-08-09 |
Tutorial: guidelines for annotating single-cell transcriptomic maps using automated and manual methods
2021-06, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-021-00534-0
PMID:34031612
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教程 | 本教程介绍了如何使用自动和手动方法注释单细胞转录组图谱 | 提出了一个三步工作流程，包括自动细胞注释、手动细胞注释和验证 | 需要基本的计算机软件熟悉度和编程知识 | 创建细胞的注释图谱 | 单细胞转录组数据中的细胞类型、状态和其他生物学相关模式 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 数千个细胞 |
| 24158 | 2024-08-09 |
Fate and State of Vascular Smooth Muscle Cells in Atherosclerosis
2021-05-25, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文综述了血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的命运和状态，利用细胞系追踪、单细胞RNA测序和人类基因组学等创新技术，探讨了VSMCs向其他细胞表型的分子重编程。 | 整合了细胞系追踪、单细胞RNA测序和人类基因组学等创新技术，提供了对VSMCs在动脉粥样硬化中分子重编程的深入见解。 | NA | 探讨血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的作用及其分子机制。 | 血管平滑肌细胞及其在动脉粥样硬化中的命运和状态。 | NA | 心血管疾病 | 细胞系追踪、单细胞RNA测序、人类基因组学 | NA | NA | NA |
| 24159 | 2024-08-09 |
CDSeqR: fast complete deconvolution for gene expression data from bulk tissues
2021-May-24, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04186-5
PMID:34030626
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研究论文 | 本文介绍了CDSeqR，一个用于从大量组织样本中进行基因表达数据完全去卷积的R实现，相较于原始的MATLAB实现，其在性能上有显著提升，并新增了细胞类型注释功能 | CDSeqR通过一种新颖的策略显著提高了计算效率，包括速度和内存使用，并设计了新的功能用于使用单细胞RNA测序数据注释CDSeq估计的细胞类型 | NA | 开发和验证一种新的计算方法，用于从大量RNA-Seq数据中同时估计样本特异性细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达谱 | 大量组织样本中的基因表达数据 | 生物信息学 | NA | RNA-Seq | CDSeq | 基因表达数据 | 使用了来自癌症基因组图谱（TCGA）和基因型-组织表达（GTEx）项目的真实大量RNA-seq数据以及合成和真实细胞混合物数据 |
| 24160 | 2024-08-09 |
Clump sequencing exposes the spatial expression programs of intestinal secretory cells
2021-05-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-23245-2
PMID:34031373
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research paper | 本文介绍了一种名为ClumpSeq的方法，通过测序小簇附着细胞来揭示小肠中所有上皮细胞类型的空间图谱 | ClumpSeq方法能够重建罕见细胞类型的空间图谱，解决了空间转录组学中罕见细胞类型mRNA含量被稀释的问题 | NA | 研究小肠中罕见细胞类型的空间表达模式 | 小肠中的上皮细胞类型，特别是罕见细胞类型如杯状细胞和簇细胞 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小簇附着细胞 |