单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28534 篇文献，本页显示第 24121 - 24140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24121 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Supports Preferential Bioactivation of Remdesivir in the Liver
2021-09-17, Antimicrobial agents and chemotherapy
IF:4.1Q1
DOI:10.1128/AAC.01333-21
PMID:34370586
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24122 | 2024-08-08 |
Protocol for executing and benchmarking eight computational doublet-detection methods in single-cell RNA sequencing data analysis
2021-09-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100699
PMID:34382023
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研究论文 | 本文开发了一个R包DoubletCollection，用于集成和执行八种双细胞检测方法，并提供统一的接口进行双细胞检测后的下游分析 | DoubletCollection包整合了八种双细胞检测方法的安装和执行，为快速发展的单细胞RNA测序领域提供了灵活性 | NA | 开发和验证用于单细胞RNA测序数据分析的双细胞检测方法 | 单细胞RNA测序数据中的双细胞检测方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 24123 | 2024-08-08 |
Hedgehog interacting protein-expressing lung fibroblasts suppress lymphocytic inflammation in mice
2021-09-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.144575
PMID:34375314
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研究论文 | 研究探讨了HHIP基因在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，特别是其如何影响肺部炎症 | 首次揭示了HHIP表达的肺成纤维细胞在调节CD8+ T细胞介导的免疫反应中的作用 | 研究仅限于Hhip+/-小鼠模型，可能不完全代表人类COPD的复杂性 | 理解HHIP基因如何影响COPD中的慢性炎症 | Hhip+/-小鼠的肺部细胞 | NA | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同年龄的Hhip+/-小鼠的整个肺部 |
| 24124 | 2024-08-08 |
Spatial mapping reveals human adipocyte subpopulations with distinct sensitivities to insulin
2021-09-07, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2021.07.018
PMID:34380013
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研究论文 | 本文通过结合空间解析转录组学、单细胞RNA测序和图像分析，揭示了人类白色脂肪组织中具有不同胰岛素敏感性的成熟脂肪细胞亚群。 | 首次通过多模态资源揭示了人类白色脂肪组织中存在三种不同胰岛素敏感性的成熟脂肪细胞亚群。 | NA | 研究白色脂肪组织中细胞异质性和结构对功能的影响。 | 人类白色脂肪组织中的成熟脂肪细胞亚群及其胰岛素敏感性。 | NA | NA | 空间解析转录组学、单细胞RNA测序、图像分析 | NA | 转录组数据、图像数据 | 18种细胞类别 |
| 24125 | 2024-08-08 |
TIPS: trajectory inference of pathway significance through pseudotime comparison for functional assessment of single-cell RNAseq data
2021-09-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab124
PMID:34370020
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TIPS的新方法，用于通过伪时间比较推断通路重要性的轨迹，以评估单细胞RNA测序数据的功能 | TIPS方法利用现有的功能通路和其他基因列表知识库，为生物过程提供进一步的机制洞察 | NA | 开发一种新方法来评估生物通路和转录因子对从单细胞RNA测序数据映射的发育轨迹的贡献 | 单细胞RNA测序数据中的生物通路和转录因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 24126 | 2024-08-08 |
COTAN: scRNA-seq data analysis based on gene co-expression
2021-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqab072
PMID:34396096
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研究论文 | 本文介绍了一种名为COTAN的统计和计算方法，用于分析单细胞水平上的基因对共表达，为单细胞基因相互作用分析提供基础 | COTAN通过研究零UMI计数的分布而非关注正计数，提供了一种新的相关性指数和一个近似的-值，用于独立性检验 | NA | 开发一种新的方法来准确推断细胞群体中的转录组轮廓 | 单细胞水平的基因共表达 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 统计模型 | 基因表达数据 | 两个神经发育数据集 |
| 24127 | 2024-08-08 |
Multifactorial Role of Mitochondria in Echinocandin Tolerance Revealed by Transcriptome Analysis of Drug-Tolerant Cells
2021-08-31, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.01959-21
PMID:34372698
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研究论文 | 本文通过转录组分析揭示了线粒体在伊曲康唑耐药性中的多因素作用，特别是通过单细胞RNA测序研究了耐药细胞的转录特征。 | 首次揭示了线粒体在伊曲康唑耐药性中的多因素作用，并发现了耐药细胞特有的转录特征。 | 研究主要集中在Candida glabrata这一特定病原体上，可能不适用于其他真菌。 | 探究伊曲康唑耐药性的机制，特别是线粒体在其中的作用。 | 耐伊曲康唑的Candida glabrata细胞及其线粒体功能。 | NA | 真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 耐伊曲康唑的Candida glabrata细胞子集 |
| 24128 | 2024-08-08 |
A reference-free approach for cell type classification with scRNA-seq
2021-Aug-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102855
PMID:34381979
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研究论文 | 本文提出了一种无需参考基因组和比对的方法scSimClassify，用于基于单细胞RNA测序数据的细胞类型分类 | scSimClassify利用-mer级别的特征和simhash方法识别的压缩-mer组（CKGs），提供了比基因表达特征更好的分类性能 | NA | 克服单细胞RNA测序数据稀疏性问题，提高细胞类型分类的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 24129 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA analysis identifies pre-migratory neural crest cells expressing markers of differentiated derivatives
2021-08-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.66078
PMID:34397384
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，研究了斑马鱼躯干中神经嵴细胞在迁移早期的转录变化 | 本文发现了神经嵴细胞在迁移前就已经表达与分化后代相关的基因，特别是黄素细胞系，并识别了Rohon-Beard神经元的新遗传标记 | NA | 研究神经嵴细胞如何分化成多种细胞类型 | 斑马鱼躯干中的神经嵴细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个斑马鱼躯干神经嵴细胞群体和Rohon-Beard神经元 |
| 24130 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptomics of planktonic and sessile bacterial populations at single-cell resolution
2021-08-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abi4882
PMID:34385369
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研究论文 | 本文介绍了一种名为par-seqFISH的转录组成像方法，能够在单细胞和分子水平上记录基因表达和空间环境，并应用于机会性病原体的研究 | par-seqFISH方法能够在微尺度集合中以高分辨率记录基因表达和空间环境，为微生物群体的复杂动态研究提供了新的途径 | NA | 捕捉微生物群体在相关时空尺度上的异质表型 | 机会性病原体的浮游和生物膜培养中的微生物群体 | NA | NA | par-seqFISH (parallel sequential fluorescence in situ hybridization) | NA | 基因表达数据 | 约60万个体，跨越数十种条件 |
| 24131 | 2024-08-08 |
Advances in single-cell sequencing: insights from organ transplantation
2021-08-13, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-021-00336-1
PMID:34389057
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在器官移植和排斥反应中的应用 | 该方法提供了特定组织中多种细胞群体的完整图谱，并提供了一种动态和暂时的无偏方法来探索移植物功能障碍的进展 | NA | 研究单细胞RNA测序技术在器官移植和排斥反应中的应用 | 免疫系统在器官移植和排斥反应中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 24132 | 2024-08-08 |
Single cell transcriptomics reveal trans-differentiation of pancreatic beta cells following inactivation of the TFIID subunit Taf4
2021-08-12, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-021-04067-y
PMID:34385420
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研究论文 | 本文研究了TFIID亚基Taf4在成年小鼠胰腺β细胞中的失活对胰岛素信号传导调控的影响 | 首次揭示了Taf4失活后胰腺β细胞向α样细胞的跨分化现象 | NA | 探讨Taf4在胰腺β细胞中的功能及其对胰岛素信号传导的影响 | 成年小鼠胰腺β细胞 | 基因表达调控 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 24133 | 2024-08-08 |
ICAM1 initiates CTC cluster formation and trans-endothelial migration in lung metastasis of breast cancer
2021-08-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25189-z
PMID:34381029
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和蛋白质分析，研究了三阴性乳腺癌（TNBC）原发肿瘤细胞和肺转移的特征，发现ICAM1在肺转移中表达增加，并揭示了ICAM1在肿瘤细胞聚集和跨内皮迁移中的作用。 | 首次报道了ICAM1在三阴性乳腺癌肺转移中的作用，并揭示了ICAM1介导的肿瘤细胞聚集和跨内皮迁移的分子机制。 | 研究基于患者来源的异种移植模型，可能需要进一步的临床验证。 | 探究ICAM1在三阴性乳腺癌肺转移中的作用及其分子机制。 | 三阴性乳腺癌的原发肿瘤细胞和肺转移。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA序列 | 三个三阴性乳腺癌患者来源的异种移植模型（PDXs） |
| 24134 | 2024-08-08 |
Molecular characteristics and spatial distribution of adult human corneal cell subtypes
2021-08-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-94933-8
PMID:34381080
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了成人角膜细胞亚型的分子特征和空间分布 | 首次在全基因组转录水平上深入了解人类角膜的细胞亚型，揭示了与发育、功能和位置相关的新的细胞分组 | NA | 研究成人角膜细胞亚型的分子特征和空间分布 | 成人角膜细胞亚型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6个成人角膜样本 |
| 24135 | 2024-08-08 |
Integrated single-cell analysis revealed immune dynamics during Ad5-nCoV immunization
2021-Aug-10, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00300-2
PMID:34373443
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和V(D)J测序技术，分析了四名COVID-19疫苗试验参与者的外周血单个核细胞在免疫接种过程中的免疫动态变化 | 首次通过scRNA/V(D)J-seq方法揭示了免疫接种过程中细胞免疫和体液免疫的增强，并鉴定出几种潜在的结合抗体 | 研究样本量较小，仅包括四名疫苗试验参与者 | 评估疫苗的安全性和反应，并探索免疫接种过程中的免疫动态变化 | COVID-19疫苗试验参与者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 四名疫苗试验参与者 |
| 24136 | 2024-08-08 |
Ref-1 redox activity alters cancer cell metabolism in pancreatic cancer: exploiting this novel finding as a potential target
2021-Aug-10, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-021-02046-x
PMID:34376225
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研究论文 | 本研究探讨了红氧因子-1（Ref-1）在胰腺癌细胞代谢中的作用，并评估了其作为潜在治疗靶点的可能性。 | 首次揭示了Ref-1在低氧条件下对胰腺癌细胞代谢途径的影响，并通过单细胞RNA测序和蛋白质组学验证了其作用机制。 | 研究主要集中在体外和动物模型中，需要进一步的临床试验来验证Ref-1抑制剂的疗效。 | 探索Ref-1在胰腺癌中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力。 | 胰腺癌细胞及其代谢途径。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 胰腺癌细胞在低氧条件下的样本 |
| 24137 | 2024-08-08 |
MAAPER: model-based analysis of alternative polyadenylation using 3' end-linked reads
2021-08-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02429-5
PMID:34376236
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研究论文 | 本文介绍了一种基于概率模型的方法MAAPER，用于利用靠近多聚腺苷酸位点（PAS）的读取数据进行选择性多聚腺苷酸化（APA）分析 | MAAPER能够高准确度和敏感度地预测PAS，并能对不同类型的APA事件进行稳健的统计分析 | NA | 开发一种新的方法来分析APA isoform的丰度 | 选择性多聚腺苷酸化（APA）isoforms | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 概率模型 | 测序读取数据 | NA |
| 24138 | 2024-08-08 |
Using single-nucleus RNA-sequencing to interrogate transcriptomic profiles of archived human pancreatic islets
2021-08-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00941-8
PMID:34376240
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研究论文 | 本文介绍了使用单核RNA测序（snRNA-seq）作为研究移植人胰岛细胞的替代方法，并与单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行了比较。 | 引入了snRNA-seq作为研究移植人胰岛细胞的新方法，特别是在scRNA-seq不适用的情况下。 | NA | 探讨snRNA-seq在研究移植人胰岛细胞转录组特征中的应用。 | 人胰岛细胞的转录组特征。 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自同一供体的鲜活和冷冻人胰岛细胞样本。 |
| 24139 | 2024-08-08 |
Chronological genome and single-cell transcriptome integration characterizes the evolutionary process of adult T cell leukemia-lymphoma
2021-08-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25101-9
PMID:34376672
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研究论文 | 本文开发并利用基于捕获的测序面板，结合深度DNA测序和单细胞RNA测序，研究成人T细胞白血病-淋巴瘤（ATL）的克隆结构，并分析其基因组和转录组特征 | 首次整合基因组和单细胞转录组数据，以研究ATL的进化过程，揭示了与亚克隆扩张和转换相关的特征性基因组和转录组模式 | NA | 研究成人T细胞白血病-淋巴瘤的克隆结构和进化过程 | 成人T细胞白血病-淋巴瘤（ATL）及其前驱个体 | 数字病理学 | 成人T细胞白血病-淋巴瘤 | 基于捕获的测序 | NA | DNA序列和单细胞RNA序列 | 从ATL患者或前驱个体收集的多个时间点样本 |
| 24140 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis reveals the dynamics of human immune cells during early fetal skin development
2021-08-10, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109524
PMID:34380039
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人类胎儿皮肤发育早期免疫细胞的转录组动态变化 | 首次揭示了人类胎儿皮肤发育过程中免疫细胞的动态变化和功能成熟过程 | NA | 探究人类胎儿皮肤发育过程中免疫细胞的发育动态 | 人类胎儿皮肤中的CD45造血细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 13种免疫细胞类型 |