单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28027 篇文献，本页显示第 24101 - 24120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24101 | 2024-08-09 |
G2S3: A gene graph-based imputation method for single-cell RNA sequencing data
2021-05, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009029
PMID:34003861
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研究论文 | 本文提出了一种基于基因图的单细胞RNA测序数据插补方法G2S3 | G2S3通过从稀疏基因图中借用相邻基因的信息来插补丢失数据，显示出在恢复基因表达、识别细胞亚型等方面的优越性能 | NA | 开发一种新的方法来解决单细胞RNA测序数据中的数据稀疏和噪声问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因图 | 基因表达数据 | 八个单细胞转录组数据集 |
| 24102 | 2024-08-09 |
Impaired immune signaling and changes in the lung microbiome precede secondary bacterial pneumonia in COVID-19
2021-Apr-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-380803/v1
PMID:34013247
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研究论文 | 本研究通过气管抽吸物批量和单细胞RNA测序（scRNA-seq）评估了28名COVID-19患者和8名重症未感染对照组的低呼吸道免疫反应和微生物组动态变化，其中15名COVID-19患者发展为呼吸机相关肺炎（VAP） | 首次揭示了COVID-19患者在VAP发生前两周免疫信号传导的显著损害，并通过纵向元转录组分析揭示了VAP患者肺微生物组群落组成的破坏 | 样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证这些发现 | 探讨COVID-19患者中次级细菌性肺炎前的免疫信号障碍和肺微生物组变化 | COVID-19患者和重症未感染对照组的低呼吸道免疫反应和微生物组动态 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 28名COVID-19患者和8名重症未感染对照组 |
| 24103 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Human Adipose-Derived Stromal Cells Identifies a Contractile Cell Subpopulation
2021, Stem cells international
IF:3.8Q2
DOI:10.1155/2021/5595172
PMID:34007285
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探索了人脂肪源性间充质细胞（hASCs）在两次细胞分裂后的异质性，并识别出一种收缩细胞亚群 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了hASCs中的收缩细胞亚群，这些细胞可能为周细胞和/或血管平滑肌细胞 | 研究仅限于两次细胞分裂后的hASCs，未涉及更深入的功能验证和临床应用 | 探索hASCs的异质性，为其临床应用提供更多理解 | 人脂肪源性间充质细胞（hASCs） | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 至少两个亚群 |
| 24104 | 2024-08-09 |
Transcriptomic Profiling of Human Placenta in Gestational Diabetes Mellitus at the Single-Cell Level
2021, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2021.679582
PMID:34025588
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对妊娠糖尿病患者的人类胎盘进行了全面的转录组分析，构建了细胞图谱，并识别了细胞亚型及其特异性标记基因 | 首次在单细胞水平上对妊娠糖尿病患者的人类胎盘进行转录组分析，揭示了胎盘细胞功能和细胞间相互作用 | NA | 阐明妊娠糖尿病的分子机制，并促进新的治疗方法和预防措施的开发 | 人类胎盘在妊娠糖尿病中的转录组特征 | 数字病理学 | 妊娠糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 24105 | 2024-08-09 |
Pharmacological Inhibition and Genetic Knockdown of BCL9 Modulate the Cellular Landscape of Cancer-Associated Fibroblasts in the Tumor-Immune Microenvironment of Colorectal Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.603556
PMID:34026600
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研究论文 | 研究通过单细胞测序分析结直肠癌肿瘤微环境中BCL9抑制对癌症相关成纤维细胞（CAFs）的影响 | 首次揭示了BCL9抑制在CAFs中的细胞类型景观和转录差异，以及其如何通过抑制Wnt信号影响癌症相关的免疫监视 | 未详细说明BCL9抑制对CAFs的具体分子机制 | 探讨BCL9抑制对结直肠癌肿瘤微环境中CAFs的影响及其对免疫反应的作用 | 结直肠癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 涉及结直肠癌中的四种不同类型的CAFs |
| 24106 | 2024-08-09 |
Fibroblast and Myofibroblast Subtypes: Single Cell Sequencing
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1382-5_4
PMID:34028734
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研究论文 | 本文描述了从心脏组织样本中制备单细胞悬液进行单细胞RNA测序的方法，并介绍了单细胞RNA测序和空间转录组学数据的计算分析流程，以探索纤维母细胞/肌纤维母细胞的异质性并识别其在心脏中的不同亚型和位置 | 利用新的单细胞'omics'技术，全面分析转录程序，揭示了间质细胞在转录、功能、表观遗传和空间上的异质性 | 需要进一步明确新识别的细胞簇是否代表不同的亚群或同一群体的不同状态 | 探索纤维母细胞/肌纤维母细胞的异质性并识别其在心脏中的不同亚型和位置 | 纤维母细胞和肌纤维母细胞的亚型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 心脏组织样本 |
| 24107 | 2024-08-09 |
Pseudo Heparin Resistance After Pulmonary Endarterectomy: Role of Thrombus Production of Factor VIII
2022, Seminars in thoracic and cardiovascular surgery
IF:2.6Q2
DOI:10.1053/j.semtcvs.2021.03.042
PMID:33984481
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研究论文 | 本文研究了肺动脉内膜切除术后伪肝素抵抗现象，并评估了因子VIII的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析肺动脉内膜切除术标本中的因子VIII基因表达 | 样本量较小，仅包括13名患者和5个标本 | 探讨肺动脉内膜切除术后伪肝素抵抗的原因及其对术后肝素化的影响 | 肺动脉内膜切除术后的患者及其血液样本 | 数字病理学 | 肺高血压 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液样本 | 13名患者和5个标本 |
| 24108 | 2024-08-09 |
Caspases and therapeutic potential of caspase inhibitors in moderate-severe SARS-CoV-2 infection and long COVID
2022-01, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.14907
PMID:33993490
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研究论文 | 研究了caspase在COVID-19疾病中的表达及其在治疗中的潜在作用 | 首次探讨了caspase在COVID-19中的表达模式及其对疾病进程的影响，并提出了使用pan-caspase抑制剂作为治疗策略 | 研究结果为初步结果，需要进一步的临床相关性研究来验证 | 探讨caspase在COVID-19中的作用及其治疗潜力 | COVID-19患者和非COVID-19患者的免疫细胞 | NA | COVID-19 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括COVID-19患者和非COVID-19患者的血液样本 |
| 24109 | 2024-08-09 |
FBA: feature barcoding analysis for single cell RNA-Seq
2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab375
PMID:33999185
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研究论文 | 本文介绍了FBA软件包，用于单细胞RNA测序中的特征条形码分析，包括质量控制、定量、解复用、多重检测、聚类和可视化 | FBA提供了一个灵活且简化的工具包，用于处理和分析特征条形码实验 | NA | 扩展单细胞RNA测序的读出，包括细胞表面蛋白和基因组扰动等额外特征 | 单细胞RNA测序中的特征条形码 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 序列条形码 | NA |
| 24110 | 2024-08-09 |
Dysregulation of the Pdx1/Ovol2/Zeb2 axis in dedifferentiated β-cells triggers the induction of genes associated with epithelial-mesenchymal transition in diabetes
2021-11, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101248
PMID:33989778
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研究论文 | 本研究探讨了miR-7过表达导致的β细胞去分化如何通过诱导上皮-间质转化（EMT）相关基因的表达，影响糖尿病中的胰岛基因表达和微环境 | 首次揭示了miR-7介导的β细胞去分化通过EMT信号通路引发慢性组织损伤反应，改变胰岛微环境并促进纤维化 | NA | 研究miR-7介导的β细胞去分化在糖尿病中的病理机制及其对胰岛基因表达和微环境的影响 | β细胞特异性miR-7过表达小鼠（Tg7）的胰岛 | NA | 糖尿病 | RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | β细胞特异性miR-7过表达小鼠（Tg7）的胰岛样本 |
| 24111 | 2024-08-09 |
scConnect: a method for exploratory analysis of cell-cell communication based on single-cell RNA-sequencing data
2021-Oct-25, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab245
PMID:33974001
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研究论文 | 提出了一种基于单细胞RNA测序数据探索细胞间通信的方法scConnect | 该方法通过构建多向图来推断和整合细胞类型间的配体-受体相互作用，支持上下文探索性分析 | NA | 旨在开发一种新的分析方法，用于探索基于单细胞RNA测序数据的细胞间通信 | 细胞间通信，特别是细胞类型间的配体-受体相互作用 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | 多向图 | RNA测序数据 | 涉及小鼠大脑和人类肿瘤的细胞类型 |
| 24112 | 2024-08-09 |
Differential gene expression analysis for multi-subject single-cell RNA-sequencing studies with aggregateBioVar
2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab337
PMID:33970215
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研究论文 | 本文提出了一种用于多主体单细胞RNA测序研究的差异基因表达分析统计模型，并展示了未考虑额外生物变异可能导致假发现率（FDR）升高 | 提出了一个新的统计模型和简单方法来估计模型参数，以及基于伪批量计数的方法来更好地控制FDR | 需要进一步验证模型在不同类型数据集上的适用性和效果 | 改进单细胞RNA测序研究的差异基因表达分析方法 | 多主体单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 统计模型 | 基因-细胞计数矩阵 | 涉及人类和动物模型的单细胞RNA测序数据集 |
| 24113 | 2024-08-09 |
MAT2: manifold alignment of single-cell transcriptomes with cell triplets
2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab250
PMID:33974010
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MAT2的方法，通过深度神经网络和对比学习策略在流形空间中对单细胞转录组进行对齐 | MAT2通过基于已知细胞类型注释定义的细胞三元组，提高了对齐过程的鲁棒性，特别是在具有有限共同细胞类型的数据集中。此外，MAT2能够重建无批次效应的基因表达，有助于细胞类型的注释 | NA | 开发一种新的方法来对齐多个单细胞RNA测序数据集，以建立生物过程的全面细胞景观 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 转录组数据 | NA |
| 24114 | 2024-08-09 |
Analysis of deficiency of adenosine deaminase 2 pathogenesis based on single-cell RNA sequencing of monocytes
2021-09, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1002/JLB.3HI0220-119RR
PMID:33988272
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了14名ADA2缺乏症患者和6名健康捐赠者的CD14单核细胞，以阐明ADA2缺乏症的分子机制 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ADA2缺乏症中单核细胞亚型的分子特征和异常免疫通路 | NA | 阐明ADA2缺乏症的分子机制 | ADA2缺乏症患者的CD14单核细胞 | 数字病理学 | 罕见病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 14名患者和6名健康捐赠者的单核细胞 |
| 24115 | 2024-08-09 |
Genome medicine in male infertility: From karyotyping to single-cell analysis
2021-Aug, The journal of obstetrics and gynaecology research
IF:1.6Q3
DOI:10.1111/jog.14828
PMID:33998107
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研究论文 | 本文探讨了从核型分析到单细胞分析的男性不育基因组医学进展 | 文章介绍了通过微阵列技术和下一代测序（NGS）技术，超越传统的核型和聚合酶链反应分析，发现越来越多的遗传异常导致生精障碍，并引入了单细胞转录组分析以更全面地理解睾丸病理 | 文章指出大多数基因突变，如克莱因费尔特综合征、无精子因子微缺失或先天性双侧输精管缺失，并不遵循一个基因-一个表型的模式 | 旨在通过结合表型数据和大量生物信息学数据，更全面地理解男性不育的病理生理学，从而不仅有助于诊断，还能指导不育治疗的选择和新治疗方式的开发 | 研究对象为男性不育症，特别是非阻塞性无精子症（NOA） | 基因组学 | 男性不育症 | 下一代测序（NGS） | NA | 基因组、表观基因组、转录组和蛋白质组数据 | 使用人类睾丸样本进行单细胞转录组分析 |
| 24116 | 2024-08-09 |
Active Flow Control and Dynamic Analysis in Droplet Microfluidics
2021-07-27, Annual review of analytical chemistry (Palo Alto, Calif.)
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综述 | 本文综述了液滴微流控领域中最近开发的流体控制技术以及与分析方法的独特集成，重点关注自动化和与模拟/数字域的连接 | 本文强调了液滴微流控技术在自动化和与分析方法集成方面的新进展 | 目前大多数分析读出是光学性质的，且样本准备和液滴形成及操作主要依赖被动手段 | 探讨液滴微流控技术的发展潜力及其在分析科学中的应用 | 液滴微流控技术及其在分析方法中的集成 | 微流控 | NA | 液滴微流控 | NA | NA | NA |
| 24117 | 2024-08-09 |
Parallel functional reduction in the mitochondria of apicomplexan parasites
2021-07-12, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2021.04.028
PMID:33974849
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学方法，对寄生虫门中的早期分化线格拉雷纳的线粒体代谢谱进行了表征，发现其线粒体能量代谢显著减少，并多次平行发生功能性减少。 | 本研究揭示了格拉雷纳寄生虫线粒体的严重功能性减少，并展示了从完全需氧的器官到功能极度减少的'线粒体'的广泛功能范围，扩展了含有线粒体相关器官的生物多样性。 | NA | 探究寄生虫门中早期分化线格拉雷纳的线粒体代谢谱及其功能性减少的机制。 | 格拉雷纳寄生虫的线粒体代谢谱及其功能性减少。 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 24118 | 2024-08-09 |
SchistoCyte Atlas: A Single-Cell Transcriptome Resource for Adult Schistosomes
2021-07, Trends in parasitology
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.pt.2021.04.010
PMID:33975779
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research paper | 本文介绍了SchistoCyte Atlas，一个用于探索成年曼氏血吸虫单细胞分辨率基因表达的网络平台。 | SchistoCyte Atlas为非专业人士提供了全球可访问的资源，加速了对这些破坏性寄生虫生物学的理解。 | NA | 旨在探索成年血吸虫的单细胞分辨率基因表达。 | 成年曼氏血吸虫的单细胞基因表达。 | NA | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | NA |
| 24119 | 2024-08-09 |
TRUST4: immune repertoire reconstruction from bulk and single-cell RNA-seq data
2021-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01142-2
PMID:33986545
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research paper | 介绍了一种名为TRUST4的开源算法，用于从RNA测序数据中重建αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体库 | TRUST4支持FASTQ和BAM格式，比竞争方法更快更敏感，能够组装更长甚至全长受体库，并能从未经V(D)J富集的单细胞RNA测序数据中调用受体序列 | NA | 开发一种新的算法用于免疫受体库的重建 | αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体库 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 24120 | 2024-08-09 |
High-throughput full-length single-cell RNA-seq automation
2021-06, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-021-00523-3
PMID:33990801
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研究论文 | 本文介绍了一种自动化的高通量全长单细胞RNA测序协议 | 提出了一个自动化协议，用于全长单细胞RNA测序，显著降低了成本并提高了实验的可扩展性 | NA | 优化全长单细胞RNA测序的自动化协议，以降低成本和提高实验效率 | 全长单细胞RNA测序的自动化协议及其成本和质量优化 | 基因组学 | NA | 全长单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 取决于批次处理的板数 |