单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24081	2024-08-09	Targeted single-cell RNA sequencing of transcription factors enhances the identification of cell types and trajectories 2021-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.273961.120 PMID:34011578	研究论文	本文通过靶向单细胞RNA测序技术（scCapture-seq）对转录因子进行测序，提高了细胞类型和发育轨迹的识别能力	提出了一种新的靶向单细胞RNA测序方法（scCapture-seq），能够更有效地检测和量化低表达基因，特别是转录因子的表达	传统的单细胞RNA测序技术在检测和量化低表达基因方面存在局限性	提高单细胞RNA测序技术在识别细胞类型和发育轨迹方面的分辨率	从诱导多能干细胞（iPSC）衍生的神经元培养物中靶向测序约1000个转录因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	从两个不同实验室使用相同分化协议生成的神经元群体
24082	2024-08-09	Clonally expanded EOMES+ Tr1-like cells in primary and metastatic tumors are associated with disease progression 2021-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-021-00930-4 PMID:34017124	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，发现浸润在原发性和转移性结直肠癌及非小细胞肺癌中的CD4 T细胞高度富集两种大小和抑制功能相当的亚群，包括叉头框蛋白P3 T细胞和表达颗粒酶K及几丁质酶-3-样蛋白2的EOMES同源型1调节T（Tr1）样细胞。	本研究首次发现EOMES Tr1样细胞在原发性和转移性肿瘤中的克隆扩增与疾病进展相关，并可能与程序性细胞死亡蛋白1靶向免疫治疗的反应相关。	NA	探讨T细胞在原发性和转移性肿瘤中的异质性，并识别新的癌症免疫治疗靶点。	CD4 T细胞在原发性和转移性结直肠癌及非小细胞肺癌中的分布和功能。	数字病理学	结直肠癌, 非小细胞肺癌	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
24083	2024-08-09	Genetic pathways regulating hematopoietic lineage speciation: Factorial latent variable model analysis of single cell transcriptome 2021-Jun, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2021.107080 PMID:34026977	研究论文	本文应用因子单细胞潜在变量模型（f-scLVM）分析单细胞转录组数据，以揭示稳态造血过程中调控细胞分化的遗传途径	首次使用f-scLVM模型分解单细胞转录组异质性，识别调控细胞命运的生物学因子	NA	阐明调控造血细胞分化关键阶段的遗传途径	来自12周龄雌性小鼠的1920个造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的单细胞转录组数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序	因子单细胞潜在变量模型（f-scLVM）	转录组数据	1920个造血干细胞和祖细胞
24084	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of human liver reveals hepatic stellate cell heterogeneity 2021-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2021.100278 PMID:34027339	research paper	本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了人类肝脏中肝细胞和肝星状细胞的异质性	首次描述了人类肝脏中肝星状细胞的两个亚群，并揭示了它们在细胞外基质生成和组织中的特定作用	NA	阐明人类肝脏中肝细胞和肝星状细胞的异质性	人类肝脏中的肝细胞和肝星状细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	约25,000个新鲜分离的人类肝脏细胞
24085	2024-08-09	Tutorial: guidelines for annotating single-cell transcriptomic maps using automated and manual methods 2021-06, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-021-00534-0 PMID:34031612	教程	本教程介绍了如何使用自动和手动方法注释单细胞转录组图谱	提出了一个三步工作流程，包括自动细胞注释、手动细胞注释和验证	需要基本的计算机软件熟悉度和编程知识	创建细胞的注释图谱	单细胞转录组数据中的细胞类型、状态和其他生物学相关模式	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	数千个细胞
24086	2024-08-09	Fate and State of Vascular Smooth Muscle Cells in Atherosclerosis 2021-05-25, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.120.049922 PMID:34029141	研究论文	本文综述了血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的命运和状态，利用细胞系追踪、单细胞RNA测序和人类基因组学等创新技术，探讨了VSMCs向其他细胞表型的分子重编程。	整合了细胞系追踪、单细胞RNA测序和人类基因组学等创新技术，提供了对VSMCs在动脉粥样硬化中分子重编程的深入见解。	NA	探讨血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的作用及其分子机制。	血管平滑肌细胞及其在动脉粥样硬化中的命运和状态。	NA	心血管疾病	细胞系追踪、单细胞RNA测序、人类基因组学	NA	NA	NA
24087	2024-08-09	CDSeqR: fast complete deconvolution for gene expression data from bulk tissues 2021-May-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04186-5 PMID:34030626	研究论文	本文介绍了CDSeqR，一个用于从大量组织样本中进行基因表达数据完全去卷积的R实现，相较于原始的MATLAB实现，其在性能上有显著提升，并新增了细胞类型注释功能	CDSeqR通过一种新颖的策略显著提高了计算效率，包括速度和内存使用，并设计了新的功能用于使用单细胞RNA测序数据注释CDSeq估计的细胞类型	NA	开发和验证一种新的计算方法，用于从大量RNA-Seq数据中同时估计样本特异性细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达谱	大量组织样本中的基因表达数据	生物信息学	NA	RNA-Seq	CDSeq	基因表达数据	使用了来自癌症基因组图谱（TCGA）和基因型-组织表达（GTEx）项目的真实大量RNA-seq数据以及合成和真实细胞混合物数据
24088	2024-08-09	Clump sequencing exposes the spatial expression programs of intestinal secretory cells 2021-05-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23245-2 PMID:34031373	research paper	本文介绍了一种名为ClumpSeq的方法，通过测序小簇附着细胞来揭示小肠中所有上皮细胞类型的空间图谱	ClumpSeq方法能够重建罕见细胞类型的空间图谱，解决了空间转录组学中罕见细胞类型mRNA含量被稀释的问题	NA	研究小肠中罕见细胞类型的空间表达模式	小肠中的上皮细胞类型，特别是罕见细胞类型如杯状细胞和簇细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小簇附着细胞
24089	2024-08-09	Evolution of core archetypal phenotypes in progressive high grade serous ovarian cancer 2021-05-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23171-3 PMID:34031395	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）在治疗过程中的转录组变化，揭示了驱动癌症异质性的核心原型表型	首次通过多任务学习方法识别出代谢和增殖、细胞防御反应及DNA修复信号作为跨患者的持续细胞状态，并展示了这些原型表型在多线治疗后癌症细胞中的变化	原型表型与特定全基因组驱动突变没有一致关联，但与单细胞水平的亚克隆群体紧密相关	理解高级别浆液性卵巢癌在化疗后抗药性演化的驱动因素	高级别浆液性卵巢癌细胞在治疗过程中的转录组变化	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	多任务学习	转录组数据	两个独立患者队列的HGSOC肿瘤样本
24090	2024-08-09	ΔN63 suppresses the ability of pregnancy-identified mammary epithelial cells (PIMECs) to drive HER2-positive breast cancer 2021-05-22, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-03795-5 PMID:34023861	研究论文	本文研究了p63在妊娠相关HER2阳性乳腺癌中的复杂作用，发现p63不仅维持妊娠识别的乳腺上皮细胞（PIMECs）的数量，还抑制其内在的肿瘤生成能力。	首次揭示了p63在PIMECs中的双重作用，既维持其数量又抑制其肿瘤生成能力。	研究主要基于遗传小鼠模型，可能与人类情况存在差异。	探讨p63对PIMECs内在肿瘤生成能力的影响。	妊娠识别的乳腺上皮细胞（PIMECs）和HER2阳性乳腺癌。	数字病理学	乳腺癌	FACS排序、qRT-PCR和scRNA-seq分析	NA	RNA	p63+/-;ErbB2和p63+/+;ErbB2雌性小鼠的PIMECs
24091	2024-08-09	A bioinformatic study revealed serotonergic neurons are involved in the etiology and therapygenetics of anxiety disorders 2021-05-20, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-021-01432-5 PMID:34011923	研究论文	本研究通过生物信息学方法，利用单细胞转录组数据，探讨了焦虑障碍相关基因在特定细胞类型中的表达特异性，特别是发现了血清素能神经元在焦虑障碍的病因和治疗遗传学中的作用	本研究首次揭示了血清素能神经元在焦虑障碍的病因和治疗遗传学中的重要作用，与之前的研究结果形成对比	研究主要依赖于基因表达数据，未涉及实验验证	探讨焦虑障碍相关基因在特定细胞类型中的表达特异性，以及这些细胞类型在焦虑障碍病因和治疗遗传学中的作用	焦虑障碍相关基因及其在特定细胞类型中的表达特异性	生物信息学	焦虑障碍	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	37个焦虑障碍相关基因和23个认知行为治疗相关基因
24092	2024-08-09	scCancer: a package for automated processing of single-cell RNA-seq data in cancer 2021-05-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa127 PMID:34020534	研究论文	开发了一个名为scCancer的R包，用于处理和分析癌症研究的单细胞RNA测序数据	引入了全面的质量控制指标，使用数据驱动的机器学习算法准确识别主要的癌症微环境细胞群体，并估计恶性评分以分类恶性与非恶性细胞	NA	处理和分析单细胞RNA测序数据以研究癌症细胞异质性和微环境	癌症细胞异质性和微环境	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	机器学习算法	单细胞转录组数据	56个样本，共433,405个细胞
24093	2024-08-09	Comparison of high-throughput single-cell RNA sequencing data processing pipelines 2021-05-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa116 PMID:34020539	研究论文	本研究通过Nextflow框架封装了七种现有的高通量单细胞RNA测序数据处理流程，并使用来自五种不同高通量单细胞RNA测序平台的八个公共数据集评估了它们的性能。	首次系统地评估了不同高通量单细胞RNA测序数据处理流程的性能，为选择合适的流程提供了实用指南。	研究仅限于评估现有流程的性能，未涉及流程的进一步优化或开发。	评估不同高通量单细胞RNA测序数据处理流程的性能，为选择合适的流程提供指南。	七种高通量单细胞RNA测序数据处理流程的性能。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	八个公共数据集，来自五种不同的高通量单细胞RNA测序平台
24094	2024-08-09	The winning methods for predicting cellular position in the DREAM single-cell transcriptomics challenge 2021-05-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa181 PMID:34020545	研究论文	本文介绍了在DREAM单细胞转录组学挑战赛中预测果蝇胚胎中单细胞位置的获胜方法	开发了超过50种管道，结合不同的预处理RNA-seq数据、基因选择、细胞位置预测和验证方法，取得了多个子挑战的优异成绩	NA	预测细胞位置，以估计细胞功能及其与空间环境的整合	单细胞转录组数据中的细胞位置	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	NA
24095	2024-08-09	Spatio-temporal landscape of mouse epididymal cells and specific mitochondria-rich segments defined by large-scale single-cell RNA-seq 2021-May-18, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-021-00260-7 PMID:34001862	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序技术，详细分析了小鼠附睾细胞的组成及其在不同附睾段的时空差异表达基因和线粒体的分布	首次揭示了小鼠附睾中线粒体的空间特异性分布模式及关键基因，这些基因可能与精子的功能相关	NA	研究小鼠附睾细胞的单细胞转录组图谱，揭示与精子功能相关的关键基因和线粒体分布模式	小鼠附睾细胞及其线粒体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共检测了40,623个细胞，并进一步聚类为8种已识别的细胞群体
24096	2024-08-09	Identifying cell types from single-cell data based on similarities and dissimilarities between cells 2021-May-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03873-z PMID:34006217	研究论文	本文提出了一种改进的谱聚类方法，用于基于细胞间的相似性和差异性从单细胞数据中识别细胞类型	本文的创新点在于结合了细胞间的相似性和差异性，改进了现有的谱聚类方法，提高了细胞类型识别的准确性和鲁棒性	本文的局限性在于仅在几个真实的单细胞RNA-seq数据集上进行了验证，可能需要进一步在更多数据集上进行测试	研究目的是提高从单细胞数据中识别细胞类型的准确性和鲁棒性	研究对象是单细胞数据中的细胞类型	计算系统生物学	NA	单细胞测序	谱聚类	基因表达数据	几个真实的单细胞RNA-seq数据集
24097	2024-08-09	Rapid isolation and immune profiling of SARS-CoV-2 specific memory B cell in convalescent COVID-19 patients via LIBRA-seq 2021-05-17, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-021-00610-7 PMID:34001847	研究论文	本研究通过LIBRA-seq技术，从康复期COVID-19患者中快速分离并分析了SARS-CoV-2特异性记忆B细胞的免疫特征	首次揭示了SARS-CoV-2感染后特异性BCR配对的多样性和非随机性，并发现了多种高亲和力的抗体	样本量较小，仅涉及五名康复期COVID-19患者	探究SARS-CoV-2感染后记忆B细胞的免疫反应和特异性BCR配对的多样性	康复期COVID-19患者的记忆B细胞和浆细胞	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序和VDJ测序	NA	单细胞RNA测序数据	五名康复期COVID-19患者
24098	2024-08-09	Narrating the story ARC of adipose tissue aging 2021-05-17, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.020 PMID:34004148	研究论文	Nguyen等人在《Developmental Cell》期刊中使用scRNA-seq技术探讨了皮下脂肪组织在老化过程中的细胞景观变化，并发现了一类名为年龄依赖性调节细胞（ARC）的新细胞群体，这些细胞与年龄相关的脂肪组织功能障碍及代谢疾病有关	发现了一类新的细胞群体——年龄依赖性调节细胞（ARC），这些细胞与年龄相关的脂肪组织功能障碍有关	NA	探讨脂肪组织老化过程中的细胞景观变化及其对代谢疾病的影响	皮下脂肪组织在老化过程中的细胞变化	数字病理学	代谢疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	NA
24099	2024-08-09	Fibroblast dedifferentiation as a determinant of successful regeneration 2021-05-17, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.016 PMID:34004152	研究论文	本研究通过遗传命运图谱和异时移植结合单细胞转录组分析，探讨了成年青蛙和蝾螈在肢体再生能力上的差异及其细胞机制	首次揭示了成年青蛙连接组织细胞在再生过程中的限制性，以及胚胎和成年青蛙软骨分化程序的分子差异	研究主要集中在细胞水平，未涉及系统性因素对再生能力的影响	探究成年青蛙肢体再生能力的限制因素及其细胞机制	青蛙和蝾螈的连接组织细胞及其在肢体再生中的作用	NA	NA	遗传命运图谱、异时移植、单细胞转录组分析	NA	单细胞RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
24100	2024-08-09	Dissecting the Transcriptional and Chromatin Accessibility Heterogeneity of Proliferating Cone Precursors in Human Retinoblastoma Tumors by Single Cell Sequencing-Opening Pathways to New Therapeutic Strategies? 2021-05-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.62.6.18 PMID:34003213	研究论文	本研究通过单细胞RNA和ATAC测序分析，揭示了人类视网膜母细胞瘤中增殖锥前体细胞的转录和染色质可及性异质性，并探索了新的治疗策略	首次对人类视网膜母细胞瘤进行单细胞RNA和ATAC测序分析，揭示了肿瘤内克隆类型的全谱及其分子变化	NA	探索视网膜母细胞瘤的异质性及其分子途径，以定义新的治疗策略	人类视网膜母细胞瘤中的增殖锥前体细胞	数字病理学	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）	NA	单细胞数据	两个视网膜母细胞瘤样本和九个人类胚胎及胎儿视网膜样本