单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24081	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals that targeting HSP90 suppresses PDAC progression by restraining mitochondrial bioenergetics 2021-Mar-03, Oncogenesis IF:5.9Q1 DOI:10.1038/s41389-021-00311-4 PMID:33658487	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了通过靶向HSP90抑制胰腺导管腺癌（PDAC）进展的机制	首次揭示了HSP90抑制通过破坏HSP90与OPA1的相互作用，减少线粒体嵴数量和能量产生，从而抑制PDAC进展	NA	开发针对胰腺导管腺癌的新治疗策略	胰腺导管腺癌（PDAC）及其细胞亚群	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	KPC小鼠的PDAC肿瘤样本
24082	2024-08-09	Proteogenomics of glioblastoma associates molecular patterns with survival 2021-03-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108787 PMID:33657365	研究论文	本文通过整合高分辨率质谱蛋白质组学和RNA测序数据，分析了87名胶质母细胞瘤患者的蛋白质表达、RNA表达及临床信息，以探索与生存相关的分子模式。	研究揭示了蛋白质组特征与生存之间的更强关联，并发现了与已建立的基于RNA的分类不同的独特蛋白质分类。	NA	旨在通过蛋白质组学分析，揭示胶质母细胞瘤的分子模式与患者生存之间的关系。	胶质母细胞瘤患者的蛋白质组和转录组数据。	数字病理学	脑瘤	质谱蛋白质组学，RNA测序	NA	蛋白质组数据，转录组数据	87名胶质母细胞瘤患者
24083	2024-08-09	Heterogeneity of glial progenitor cells during the neurogenesis-to-gliogenesis switch in the developing human cerebral cortex 2021-03-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108788 PMID:33657375	研究论文	本文研究了发育中的人类大脑皮层中神经发生向胶质发生转变期间胶质前体细胞的异质性和分子特征	通过单细胞RNA测序技术，成功富集并表征了多种胶质和神经元谱系的前体细胞，并验证了其在固定切片中的表型	NA	探究发育中的人类大脑皮层中胶质前体细胞的异质性和分子特征	胶质前体细胞及其在神经发生向胶质发生转变过程中的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	EGFR细胞
24084	2024-08-09	Tracing cell-type evolution by cross-species comparison of cell atlases 2021-03-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108803 PMID:33657376	research paper	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，构建了跨物种的细胞类型进化层次结构，揭示了动物细胞类型的保守性和差异性。	首次全面研究了细胞类型的进化，并构建了跨物种的细胞类型进化层次结构。	NA	探索细胞类型的进化过程及其在不同物种间的保守性和差异性。	七种动物物种的细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	数据	七种动物物种的细胞
24085	2024-08-09	ArchR is a scalable software package for integrative single-cell chromatin accessibility analysis 2021-03, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00790-6 PMID:33633365	研究论文	本文介绍了一个名为ArchR的软件包，用于单细胞染色质可及性数据的快速和全面分析	ArchR提供了一个直观的用户界面，支持复杂单细胞分析，如双细胞去除、单细胞聚类和细胞类型识别等，并能与单细胞RNA测序数据进行多组学整合	NA	加速单细胞水平上基因调控的理解	单细胞染色质可及性数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞染色质可及性数据	超过120万个单细胞
24086	2024-08-09	Estrogen receptor alpha in the brain mediates tamoxifen-induced changes in physiology in mice 2021-03-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.63333 PMID:33647234	研究论文	本文研究了雌激素受体α在大脑中对tamoxifen引起的生理变化的作用	首次揭示了tamoxifen治疗引起的基因表达变化依赖于雌激素受体α，并通过单细胞RNA测序证实了这一点	研究仅限于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探究tamoxifen治疗对小鼠生理变化的影响及其机制	小鼠在接受tamoxifen治疗后的温度、骨密度和运动变化	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	雌激素受体α缺陷小鼠和接受tamoxifen治疗的小鼠
24087	2024-08-09	Blinatumomab-induced T cell activation at single cell transcriptome resolution 2021-Mar-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-021-07435-2 PMID:33648458	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析，揭示了Blinatumomab诱导的T细胞激活及其在单细胞层面的转录变化。	首次在单细胞层面详细分析了Blinatumomab诱导的T细胞激活及其转录变化，并发现了TNFSF4可能作为Blinatumomab治疗抵抗的机制及潜在的联合治疗靶点。	研究主要集中在细胞系模型和患者来源模型，未来需要更多的临床数据来验证这些发现。	揭示Blinatumomab诱导的T细胞激活机制及其在治疗B细胞淋巴母细胞白血病中的应用。	Blinatumomab诱导的T细胞激活及其转录变化。	癌症免疫治疗	B细胞淋巴母细胞白血病	单细胞测序	NA	转录组数据	共分析了来自细胞系模型的17,920个单细胞T细胞和来自患者样本的2,271个单细胞T细胞。
24088	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing in cancer research 2021-Mar-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-021-01874-1 PMID:33648534	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在肿瘤研究中的应用	scRNA-seq技术能够揭示肿瘤细胞的异质性，监测肿瘤发展进程，并分析免疫细胞的免疫逃逸和药物抵抗机制	NA	探讨scRNA-seq技术在肿瘤异质性、发病机制及治疗中的应用	肿瘤细胞和肿瘤组织中的免疫细胞	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
24089	2024-08-09	Single-cell map of diverse immune phenotypes in the acute myeloid leukemia microenvironment 2021-Mar-01, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-021-00265-0 PMID:33648605	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了急性髓系白血病（AML）患者骨髓样本中的免疫细胞表型、功能和发展轨迹	首次详细描述了AML患者骨髓中多种免疫细胞类型的多样性，包括树突状细胞和巨噬细胞的差异，以及识别出几种独特的免疫细胞类型	研究仅限于AML患者的骨髓样本，未包括AML原始细胞	旨在理解AML微环境中免疫细胞表型、功能和发展轨迹，以揭示逃避免疫监视和免疫治疗反应的机制	急性髓系白血病患者的骨髓免疫细胞	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	16名AML患者和4名健康捐赠者的骨髓样本
24090	2024-08-09	Single-cell mapper (scMappR): using scRNA-seq to infer the cell-type specificities of differentially expressed genes 2021-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab011 PMID:33655208	研究论文	本文介绍了一种名为single cell Mapper（scMappR）的方法，该方法利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和现有的反卷积方法，为从bulk RNA-seq获得的差异表达基因（DEGs）分配细胞类型特异性评分	scMappR方法解决了bulk RNA-seq无法确定差异表达发生的细胞类型的问题，通过利用scRNA-seq数据和反卷积方法，为DEGs分配细胞类型特异性评分	scMappR依赖于用户提供的scRNA-seq数据或预先整理的scRNA-seq表达矩阵，可能限制其在某些情况下的应用	开发一种方法，通过利用scRNA-seq数据和反卷积方法，为bulk RNA-seq获得的DEGs分配细胞类型特异性评分	评估scMappR方法在模拟RNA-seq数据和已排序血液细胞RNA-seq数据上的表现，并探究其在肾脏再生过程中细胞类型特异性变化的揭示能力	基因表达分析	NA	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	约100种人类和鼠类组织
24091	2024-08-09	Detecting cell-type-specific allelic expression imbalance by integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data 2021-03, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009080 PMID:33661921	研究论文	本文开发了BSCET方法，通过整合批量和单细胞RNA测序数据，实现对细胞类型特异性等位表达不平衡（AEI）的检测	BSCET方法能够利用现有的批量组织RNA-seq数据，通过整合少量scRNA-seq样本的细胞类型组成信息，实现细胞类型特异性AEI的特征化	单细胞RNA测序需要大量个体的全长转录本序列，成本较高	研究细胞类型特异性的等位表达不平衡，并探索其在人类疾病中的作用	细胞类型特异性的等位表达不平衡（AEI）	基因组学	糖尿病	RNA测序	BSCET	RNA-seq数据	涉及两个胰腺胰岛批量RNA-seq数据集
24092	2024-08-09	Tumor-specific cytolytic CD4 T cells mediate immunity against human cancer 2021-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abe3348 PMID:33637530	研究论文	本研究通过挖掘单细胞RNA测序数据集，识别出在不同人类癌症中表现出细胞毒性表型的CD4 T细胞簇，并使用肽-MHCII-多聚体技术在体外验证了肿瘤特异性细胞毒性CD4 T细胞的存在	本研究首次在单细胞水平上综合表型和功能特征，利用高吞吐量纳米生物芯片和机器学习技术，展示了CD4 T细胞对肿瘤的直接、接触依赖性和粒酶依赖性细胞毒性活性	NA	研究CD4 T细胞在癌症免疫中的直接细胞毒性潜力	CD4 T细胞在不同人类癌症中的细胞毒性表型	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	机器学习	单细胞RNA测序数据	不同人类癌症患者的数据
24093	2024-08-09	Development and Multi-Data Set Verification of an RNA Binding Protein Signature for Prognosis Prediction in Glioma 2021, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2021.637803 PMID:33634155	研究论文	本研究旨在开发一种RNA结合蛋白（RBP）特征，用于预测胶质瘤的预后	本研究构建了一个包含10个RBP的特征，通过多数据集验证其对胶质瘤预后预测的稳健性	NA	开发和验证一种新的RNA结合蛋白特征，用于胶质瘤的预后预测	胶质瘤患者	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	Cox回归分析	基因表达数据	训练集693例，验证集325例
24094	2024-08-09	FOntCell: Fusion of Ontologies of Cells 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.562908 PMID:33644039	研究论文	本文开发了一种算法，通过结合类标签名称匹配和基于图卷积的结构映射，实现细胞分类本体的自动合并	设计了两种图卷积方法（向量结构匹配和基于约束的结构匹配），并实现了一个Python软件模块FOntCell，用于高效自动并行计算本体合并	NA	开发一种算法，用于自动合并和融合细胞分类本体，以整合来自不同来源的细胞信息	细胞分类本体，包括CELDA、LifeMap和LungMAP人类解剖细胞本体	自然语言处理	NA	图卷积	NA	文本	NA
24095	2024-08-09	Single-Cell Sequencing Applications in the Inner Ear 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.637779 PMID:33644075	综述	本文综述了单细胞测序技术在耳蜗研究中的最新进展	利用单细胞测序技术揭示了耳蜗组织的异质性，识别了未知的细胞亚型，发现了新的细胞标记物，并揭示了发育过程中的动态信号通路	NA	总结单细胞测序技术在耳蜗研究中的应用及其带来的新发现	耳蜗细胞及其基因表达	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
24096	2024-08-09	Single-cell qPCR Assay with Massively Parallel Microfluidic System 2020-Mar-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3563 PMID:33659534	research paper	本文介绍了一种使用大规模并行微流控系统的单细胞qPCR检测方法	本文提供了一种新的标准化协议，用于单细胞qPCR技术，该技术能够更详细地理解异质细胞群和少数细胞	单细胞qPCR技术在基因数量方面存在一定限制	旨在建立单细胞qPCR技术的标准化协议，以更详细地理解细胞异质性	单细胞转录组及其在不同条件下的变化	NA	NA	单细胞qPCR	NA	基因表达数据	单个细胞
24097	2024-08-09	Integrated RNA Sequencing Reveals Epigenetic Impacts of Diesel Particulate Matter Exposure in Human Cerebral Organoids 2020, Developmental neuroscience IF:2.3Q3 DOI:10.1159/000513536 PMID:33657557	研究论文	本研究通过综合RNA测序揭示了柴油颗粒物暴露对人脑类器官的表观遗传影响	首次结合单细胞和直接转录组学方法，研究柴油颗粒物暴露对人类诱导多能干细胞衍生的脑类器官的毒基因组效应	NA	探讨柴油颗粒物暴露对胎儿大脑发育的影响及其在自闭症谱系障碍中的潜在作用	人脑类器官	数字病理学	自闭症谱系障碍	RNA测序	NA	RNA	NA
24098	2024-08-09	Yeast Single-cell RNA-seq, Cell by Cell and Step by Step 2019-Sep-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3359 PMID:33654857	研究论文	本文详细描述了一种针对酵母的单细胞RNA测序（yscRNA-seq）协议的实验和计算步骤	yscRNA-seq协议具有成本低、高通量和易于实施的特点，结合了单细胞表型分选和独特的分子标识符，能够以链和异构体特异性的方式数字化计数分子数量	NA	开发和描述一种适用于酵母的单细胞RNA测序协议，以便于在其他实验室中实施并指导新技术的开发	酵母细胞的单细胞RNA测序	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
24099	2024-08-09	TiC2D: Trajectory Inference From Single-Cell RNA-Seq Data Using Consensus Clustering 2022 Jul-Aug, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2021.3061720 PMID:33630737	研究论文	本文介绍了一种名为TiC2D的新算法，用于从单细胞RNA测序数据中进行细胞轨迹推断，采用共识聚类策略精确聚类细胞	TiC2D算法采用共识聚类策略，能够准确推断单细胞转录组的发展轨迹，并识别细胞命运决定中的关键基因	NA	开发一种新的算法用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞轨迹，以揭示正常发育和疾病的机制	单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识聚类	转录组数据	四个独立的单细胞RNA测序数据集
24100	2024-08-09	Robust decomposition of cell type mixtures in spatial transcriptomics 2022-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00830-w PMID:33603203	研究论文	本文开发了一种名为RCTD的计算方法，用于分解空间转录组学中的细胞类型混合物，并校正不同测序技术间的差异	RCTD方法利用单细胞RNA-seq学到的细胞类型特征来分解细胞类型混合物，并能准确再现已知的细胞类型和亚型定位模式	NA	开发一种新的计算方法来分解空间转录组学中的细胞类型混合物	空间转录组学中的细胞类型混合物	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	RCTD	转录组数据	模拟数据集、Slide-seq和Visium的小鼠脑数据集