单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24061	2024-08-09	Low bias multiple displacement amplification with confinement effect based on agarose gel 2021-Jul, Analytical and bioanalytical chemistry IF:3.8Q1 DOI:10.1007/s00216-021-03415-3 PMID:34050387	research paper	本文提出了一种基于低熔点琼脂糖凝胶的改进多重置换扩增（MDA）方法，名为gelMDA，用于提高单细胞基因组扩增的效率和减少扩增偏差。	gelMDA方法通过使用低熔点琼脂糖凝胶，显著提高了扩增的灵敏度和产物产量，同时降低了变异系数（CV）和提高了重现性。	NA	研究旨在改进单细胞全基因组扩增技术，提高扩增效率并减少扩增偏差。	单细胞基因组和转录组的扩增与测序。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	直径为30μm的组织切片区域
24062	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing identifies molecular targets associated with poor in vitro maturation performance of oocytes collected from ovarian stimulation 2021-06-18, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deab100 PMID:34052851	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了从卵巢刺激中收集的卵母细胞体外成熟（rIVM）性能不佳的分子靶点，并探讨了如何通过恢复GATA-1/CREB1/WNT信号轴来提高其可用性。	首次揭示了GATA-1/CREB1/WNT信号轴在rIVM卵母细胞中的抑制状态，并发现通过添加没食子酸可以提高卵母细胞的成熟率。	在高质量和低质量rIVM卵母细胞的比较中，样本数量有限；无法预测卵母细胞纺锤体的存在，仅能通过极体排出作为指标。	探讨与rIVM卵母细胞性能不佳相关的转录组特征，并寻找恢复其性能的方法。	从卵巢刺激中收集的人类卵母细胞和从年轻小鼠中收集的未成熟卵母细胞。	数字病理学	不孕症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	人类卵母细胞：10个来自7名捐赠者（体内卵母细胞），10个来自10名捐赠者（rIVM卵母细胞）；小鼠卵母细胞：84个（含没食子酸），85个（不含没食子酸）
24063	2024-08-08	A unique macrophage subpopulation signals directly to progenitor cells to promote regenerative neurogenesis in the zebrafish spinal cord 2021-06-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.031 PMID:34033756	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和细胞类型特异性操作，揭示了斑马鱼脊髓中特定损伤激活的巨噬细胞直接向脊髓祖细胞发送信号，促进再生性神经发生的机制	首次证明了巨噬细胞可以直接通过非发育信号与脊髓祖细胞通信，促进再生性神经发生	NA	探讨中枢神经系统损伤后，巨噬细胞是否通过直接信号机制促进再生性神经发生	斑马鱼脊髓中的巨噬细胞和脊髓祖细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
24064	2024-08-08	A spatial vascular transcriptomic, proteomic, and phosphoproteomic atlas unveils an angiocrine Tie-Wnt signaling axis in the liver 2021-06-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.05.001 PMID:34038707	研究论文	本文通过结合空间细胞分选与转录组学和定量蛋白质组学/磷蛋白质组学，建立了肝脏内皮细胞的空间解析蛋白质组图谱，深入揭示了区域化的血管信号机制	本文首次揭示了肝脏中血管Wnt活性的Tie受体信号作为选择性和特定调节器的机制，以及其在肝脏再生中调控肝细胞功能的血管内分泌信号作用	NA	深入理解肝脏内皮细胞信号的空间组织	肝脏内皮细胞的蛋白质组和磷蛋白质组	数字病理学	NA	单细胞转录组学（scRNA-seq），定量蛋白质组学，磷蛋白质组学	NA	转录组，蛋白质组，磷蛋白质组	NA
24065	2024-08-09	Ultra-high-throughput single-cell RNA sequencing and perturbation screening with combinatorial fluidic indexing 2021-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-021-01153-z PMID:34059827	研究论文	本文介绍了一种名为'单细胞组合流体索引'（scifi）的新技术，用于实现成本效益高的单细胞RNA测序和扰动筛选	scifi-RNA-seq方法通过结合一步法组合预索引和微流控单细胞RNA测序，显著提高了基于液滴的单细胞RNA测序的通量，并简化了多轮组合索引的工作流程	NA	开发一种成本效益高且通量大的单细胞RNA测序技术，以满足大规模细胞图谱项目和高通量扰动筛选的需求	人类和鼠类细胞系，以及人类T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种人类和鼠类细胞系，以及人类T细胞
24066	2024-08-09	Multiomics characteristics of neurogenesis-related gene are dysregulated in tumor immune microenvironment 2021-May-31, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-021-00202-y PMID:34059678	研究论文	本研究利用大规模临床队列和单细胞RNA测序技术，探讨了热/冷肿瘤微环境的分子特征	提供了通过单细胞RNA测序技术解析肿瘤微环境为热/冷肿瘤微环境的新方法	NA	深入了解热/冷肿瘤微环境的分子特征	肿瘤微环境中的分子差异	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大规模临床队列
24067	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of cultured human endometrial CD140b+CD146+ perivascular cells highlights the importance of in vivo microenvironment 2021-05-29, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-021-02354-1 PMID:34051872	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了培养的人类子宫内膜CD140b+CD146+周细胞，揭示了体内微环境在维持细胞身份中的重要性。	首次提供了培养的人类CD140b+CD146+周细胞的单细胞图谱，并识别出培养特有的相对均一的细胞群体。	NA	探讨子宫内膜间质/干细胞的细胞异质性及其与原代细胞的关系。	培养的人类子宫内膜CD140b+CD146+周细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自月经期和分泌期子宫内膜的培养细胞
24068	2024-08-09	Developmental bifurcation of human T follicular regulatory cells 2021-05-28, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abd8411 PMID:34049865	研究论文	本研究利用单细胞转录组学方法，分析了从人血液、髂淋巴结和扁桃体中分离的T滤泡辅助细胞和调节细胞的成熟过程	研究发现T细胞的成熟过程呈现分叉轨迹，一条路径通向血液中的T细胞，另一条通向最成熟的GC T细胞	由于缺乏体外模拟体内生物学的实验方法以及难以获取健康人淋巴组织，研究受到一定限制	研究人类T滤泡辅助细胞和调节细胞的发育过程	人类T滤泡辅助细胞和调节细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	从人血液、髂淋巴结和扁桃体中分离的T细胞和T细胞样本
24069	2024-08-09	Comparative Analysis of Public Data Sets to Identify Stemness Markers That Differentiate Liver Cancer Stem Cells 2021-May-27, Studies in health technology and informatics DOI:10.3233/SHTI210290 PMID:34042693	研究论文	本研究通过分析大量单细胞RNA测序数据，旨在识别区分肝癌干细胞的干细胞标志物	利用共享大数据推动转化医学，生成新的假设	NA	识别肝癌干细胞中的重要干细胞标志物，解释其对治疗的抵抗性	肝癌干细胞及其干细胞标志物	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	10865个单细胞RNA测序样本，涉及42684个编码和非编码基因
24070	2024-08-09	Contrastive self-supervised clustering of scRNA-seq data 2021-May-27, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04210-8 PMID:34044773	研究论文	本文提出了一种新的无监督学习方法contrastive-sc，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的细胞聚类	该方法采用自监督对比学习框架，最初用于图像处理，现在被改编用于scRNA-seq数据，并在模拟和真实世界数据集上与现有技术进行了广泛比较	NA	研究目的是提出一种新的scRNA-seq数据聚类方法	scRNA-seq数据的细胞聚类	机器学习	NA	自监督对比学习	人工神经网络	scRNA-seq数据	模拟和真实世界数据集
24071	2024-08-09	Actuation enhances patterning in human neural tube organoids 2021-05-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22952-0 PMID:34045434	研究论文	本文开发了能够驱动类器官的设备，并展示了主动机械力如何增强源自单个人类多能干细胞（hPSC）的神经管类器官的形态发生和模式化	首次实现了通过主动机械力动态协调的机械操作来增强类器官的模式化，而不仅仅是依赖于对机械力做出反应的细胞外基质	NA	研究主动机械力如何影响类器官的生长和模式化，以及这种影响的分子机制	源自单个人类多能干细胞的神经管类器官	再生医学	NA	单细胞转录组学和免疫组织化学	NA	细胞	单个人类多能干细胞（hPSC）
24072	2024-08-09	Comparison of the major cell populations among osteoarthritis, Kashin-Beck disease and healthy chondrocytes by single-cell RNA-seq analysis 2021-05-27, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-03832-3 PMID:34045450	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，比较了骨关节炎、大骨节病和健康软骨细胞中的主要细胞群体	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了大骨节病和骨关节炎中软骨细胞群体的异质性，并发现了新的细胞标志物	NA	旨在识别大骨节病、骨关节炎患者和健康对照组中软骨细胞的主要细胞群体及其转录程序，以区分这三组中的软骨细胞	大骨节病、骨关节炎患者和健康对照组的软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
24073	2024-08-09	A top-down measure of gene-to-gene coordination for analyzing cell-to-cell variability 2021-05-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-90353-w PMID:34040065	研究论文	本文应用一种新开发的计算方法来测量全局基因协调水平（GCL），以系统地研究基因调控数值模型中的细胞间变异性	本文提出的方法能够评估和比较具有相同细胞间变异性的群体中引入的生物变异性和技术变异性之间的比率，并且对小样本大小或数据组成性引起的虚假相关性具有鲁棒性	NA	区分细胞间变异性中的生物变异性和技术变异性，并研究其对基因调控的影响	单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术测量的基因表达谱	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
24074	2024-08-09	A potential role for somatostatin signaling in regulating retinal neurogenesis 2021-05-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-90554-3 PMID:34040115	研究论文	研究探讨了生长抑素信号在调节视网膜神经发生中的潜在作用	首次在体内证实了生长抑素受体2（Sstr2）信号对视网膜神经发生的负向调节作用	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序分析，体内实验数据较少	探究生长抑素信号在视网膜神经发生中的作用及其机制	视网膜神经发生过程中的神经肽及其受体	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	小鼠和人类胚胎视网膜组织
24075	2024-08-08	scDesign2: a transparent simulator that generates high-fidelity single-cell gene expression count data with gene correlations captured 2021-05-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02367-2 PMID:34034771	研究论文	本文介绍了一种名为scDesign2的透明模拟器，能够生成高保真的单细胞基因表达计数数据，并捕捉基因间的相关性	scDesign2是首个能够同时保留基因、捕捉基因相关性并生成任意数量具有不同测序深度的细胞的模拟器	NA	解决单细胞转录组学中基准测试实验协议和计算方法的挑战	单细胞基因表达计数数据	生物信息学	NA	NA	NA	基因表达数据	任意数量
24076	2024-08-08	Single-cell analysis of pancreatic ductal adenocarcinoma identifies a novel fibroblast subtype associated with poor prognosis but better immunotherapy response 2021-May-25, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-021-00271-4 PMID:34035226	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤间异质性，发现了一种新型癌症相关成纤维细胞（meCAFs）亚型，该亚型与不良预后相关，但显示出更好的免疫治疗反应	首次在PDAC中发现了一种新型癌症相关成纤维细胞亚型meCAFs，并揭示了其在PDAC进展和免疫治疗反应中的关键作用	NA	探索胰腺导管腺癌的肿瘤间异质性，并评估新型癌症相关成纤维细胞亚型在治疗选择中的潜在价值	胰腺导管腺癌中的癌症相关成纤维细胞、导管癌细胞和免疫细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个PDAC患者样本
24077	2024-08-08	A 3D system to model human pancreas development and its reference single-cell transcriptome atlas identify signaling pathways required for progenitor expansion 2021-05-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23295-6 PMID:34035279	研究论文	本文报道了建立一个7至10周胎儿胰腺的单细胞转录组图谱，并开发了InterCom R包用于识别受体-配体对及其下游效应，同时建立了一个从胎儿组织或人多能干细胞开始的3D人胰腺培养系统，用于长期维持胰腺前体细胞。	本文创新性地建立了3D人胰腺培养系统和InterCom R包，用于研究细胞间相互作用和胰腺前体细胞的扩展。	NA	研究人胰腺发育过程中的细胞间相互作用和信号通路。	人胰腺发育过程中的细胞和信号通路。	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	7至10周胎儿胰腺样本
24078	2024-08-08	Characterizing the tumor microenvironment of metastatic ovarian cancer by single-cell transcriptomics 2021-05-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109165 PMID:34038734	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了转移性卵巢癌肿瘤微环境的细胞组成和细胞间相互作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了转移性卵巢癌肿瘤微环境中9种主要细胞类型的转录特征，并揭示了不同免疫细胞亚群在肿瘤微环境中的分布和功能	研究样本仅来自6名患者，可能影响结果的普遍性	深入理解肿瘤微环境的细胞组成及其在癌症免疫治疗中的作用	转移性卵巢癌患者的肿瘤微环境细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	9,885个细胞，来自6名患者
24079	2024-08-09	Dissecting the microenvironment around biosynthetic scaffolds in murine skin wound healing 2021-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abf0787 PMID:34039601	研究论文	研究了三种不同表面形貌（随机、对齐和格子状）的静电纺丝膜对小鼠和大鼠皮肤伤口愈合及免疫调节特性的影响	通过单细胞RNA测序揭示了微环境中不同的细胞异质性，并发现对齐的支架能促进适应性免疫反应	NA	探讨生物材料结构特性对细胞行为和免疫反应的影响	静电纺丝膜在皮肤伤口愈合中的作用及其对免疫细胞的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和大鼠的皮肤伤口样本
24080	2024-08-09	Shared transcriptional profiles of atypical B cells suggest common drivers of expansion and function in malaria, HIV, and autoimmunity 2021-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abg8384 PMID:34039612	研究论文	本文通过无偏倚的单细胞RNA测序技术，揭示了在疟疾、HIV和自身免疫疾病中非典型B细胞（ABCs）的转录谱相似性，并探讨了其功能和扩张的共同驱动因素。	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了疟疾、HIV和自身免疫疾病中非典型B细胞的相似转录谱，并发现干扰素-γ在这些疾病中驱动ABCs的扩张。	NA	探究非典型B细胞在慢性传染病和自身免疫疾病中的扩张和功能。	非典型B细胞（ABCs）及其在疟疾、HIV和自身免疫疾病中的转录谱和功能。	免疫学	疟疾, HIV, 自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA