单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24021	2024-08-09	γδ T Cells in Merkel Cell Carcinomas Have a Proinflammatory Profile Prognostic of Patient Survival 2021-06, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-20-0817 PMID:33674358	研究论文	研究分析了58个Merkel细胞癌（MCC）病变中的T细胞浸润情况，发现γδ T细胞具有促炎特征，与患者生存预后相关	首次揭示了γδ T细胞在Merkel细胞癌中的促炎特征及其作为预后生物标志物的潜力	NA	研究Merkel细胞癌中T细胞浸润的特征及其对患者生存的影响	Merkel细胞癌中的T细胞浸润	免疫学	皮肤癌	多重免疫组化/免疫荧光（m-IHC/IF）、流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	58个Merkel细胞癌病变，来自39名患者
24022	2024-08-09	PieParty: visualizing cells from scRNA-seq data as pie charts 2021-05, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202000986 PMID:33674364	研究论文	本文介绍了一种名为PieParty的新方法，用于将scRNA-seq数据可视化为饼图，每个饼图代表一个细胞，每个切片对应单个基因的表达	PieParty允许同时可视化多个基因和基因网络的表达，生成信息密集、空间高效且高度直观的图表	NA	开发一种新的方法来可视化scRNA-seq数据，以提高信息表达的直观性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
24023	2024-08-09	Pathogenesis Study Based on High-Throughput Single-Cell Sequencing Analysis Reveals Novel Transcriptional Landscape and Heterogeneity of Retinal Cells in Type 2 Diabetic Mice 2021-05, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db20-0839 PMID:33674409	研究论文	本研究通过高吞吐量的单细胞测序分析，揭示了2型糖尿病小鼠视网膜细胞的新转录景观和异质性	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了2型糖尿病小鼠视网膜细胞的特定表达模式和细胞间通信变化，并探讨了视黄醛结合蛋白1（RLBP1）作为治疗糖尿病视网膜病变的潜在靶点	NA	旨在阐明介导糖尿病视网膜病变发病机制的因素	2型糖尿病小鼠的视网膜细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包括leptin受体缺陷型和对照小鼠的视网膜样本
24024	2024-08-09	Single Molecule-Based fliFISH Validates Radial and Heterogeneous Gene Expression Patterns in Pancreatic Islet β-Cells 2021-05, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db20-0802 PMID:33685924	研究论文	本研究使用基于波动定位成像的荧光原位杂交技术（fliFISH）在单细胞水平上量化小鼠胰腺胰岛切片中的转录本，验证了胰岛β细胞中基因表达的径向和异质性模式	首次使用fliFISH技术在空间背景下评估胰岛中转录本的异质性，准确量化了从单拷贝到每细胞超过100拷贝的广泛表达水平	NA	验证胰岛β细胞中基因表达的径向和异质性模式	小鼠胰腺胰岛中的Insulin 2等基因的表达模式	数字病理学	NA	波动定位成像的荧光原位杂交（fliFISH）	NA	图像	小鼠胰腺胰岛切片中的单细胞
24025	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals the sustained immune cell dysfunction in the pathogenesis of sepsis secondary to bacterial pneumonia 2021-05, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2021.01.026 PMID:33691144	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了健康对照组和细菌性肺炎继发脓毒症患者的外周血单个核细胞，探讨了免疫细胞在疾病过程中的数量和功能变化	首次详细描述了细菌性肺炎继发脓毒症患者免疫细胞在急性、稳定和恢复期的动态变化，并比较了不同病原体引起的脓毒症中免疫反应的差异	研究样本量较小，仅包括两名患者，可能影响结果的普遍性	揭示细菌性肺炎继发脓毒症中免疫细胞功能障碍的具体变化	健康对照组和细菌性肺炎继发脓毒症患者的外周血单个核细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括健康对照组和两名脓毒症患者
24026	2024-08-09	Spinal macrophages resolve nociceptive hypersensitivity after peripheral injury 2021-04-21, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2021.02.018 PMID:33667343	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了脊髓巨噬细胞在周围神经损伤后对痛觉过敏的调节作用	首次确定了脊髓巨噬细胞在周围神经损伤后通过上调抗炎介质Cd163来缓解神经炎症和痛觉过敏的作用	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探究脊髓巨噬细胞在周围神经损伤后对痛觉过敏的调节机制	脊髓巨噬细胞及其在神经损伤后的抗炎反应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
24027	2024-08-09	Trem2 restrains the enhancement of tau accumulation and neurodegeneration by β-amyloid pathology 2021-04-21, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2021.02.010 PMID:33675684	研究论文	研究探讨了TREM2在β-淀粉样蛋白和tau病理背景下对阿尔茨海默病进展的影响	揭示了TREM2通过限制β-淀粉样蛋白促进病理性tau扩散的程度，从而减缓阿尔茨海默病进展和减少tau介导的神经退行性变	研究仅限于pR5-183和TauPS2APP小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果	理解TREM2在β-淀粉样蛋白和tau病理共同存在的情况下对阿尔茨海默病后期阶段的影响	TREM2在阿尔茨海默病中的作用及其对tau和β-淀粉样蛋白病理的影响	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	pR5-183和TauPS2APP小鼠模型
24028	2024-08-09	Knockdown of sorcin increases HEI-OC1 cell damage induced by cisplatin in vitro 2021-04-15, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2021.108752 PMID:33675811	研究论文	研究通过敲降sorcin蛋白表达，探讨其对顺铂诱导的HEI-OC1细胞损伤的影响	首次揭示了sorcin在顺铂诱导的耳毒性中的保护作用及其通过P-ERK1/2信号通路发挥作用的机制	NA	探讨sorcin在顺铂诱导的耳毒性中的作用及其机制	sorcin蛋白在HEI-OC1细胞中的表达及其对顺铂损伤的影响	NA	耳聋	siRNA转染技术	NA	RNA测序数据	小鼠外毛细胞及HEI-OC1细胞
24029	2024-08-09	Complete Freund's adjuvant-induced decrement of pruriceptor-mediated suppression of itch 2021-Apr-15, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.1093/abbs/gmab027 PMID:33693534	研究论文	本研究探讨了完全弗氏佐剂（CFA）对瘙痒感受器介导的瘙痒抑制的影响	首次揭示了CFA处理后瘙痒感受器的综合抑制作用，以及这种抑制如何影响瘙痒感知	研究主要集中在瘙痒感受器的基因表达变化，未深入探讨CFA处理后瘙痒抑制的具体神经机制	探究CFA处理对瘙痒感知的影响及其可能的细胞机制	瘙痒行为测试、钙成像、单细胞RNA测序和实时PCR	神经科学	NA	钙成像、单细胞RNA测序、实时PCR	NA	基因表达数据	涉及多种瘙痒感受器相关的DRG神经元
24030	2024-08-09	Modeling expression ranks for noise-tolerant differential expression analysis of scRNA-seq data 2021-04, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.267070.120 PMID:33674351	研究论文	本文探讨了使用离散广义贝塔分布（DGBD）模型表达秩作为转录本丰度的稳健替代品，用于单细胞RNA-seq数据的差异表达分析	提出了ROSeq方法，该方法在表达噪声下表现出色，并能快速适应增加的样本大小	NA	旨在提高单细胞RNA-seq数据差异表达分析的准确性和鲁棒性	单细胞RNA-seq数据的基因表达模型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	离散广义贝塔分布（DGBD）	基因表达数据	涉及两个表型差异显著的单细胞群体
24031	2024-08-09	c-CSN: Single-cell RNA Sequencing Data Analysis by Conditional Cell-specific Network 2021-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2020.05.005 PMID:33684532	研究论文	本文提出了一种名为c-CSN的方法，用于构建条件细胞特异性网络（CCSN），以测量单细胞RNA测序数据中基因之间的直接关联	c-CSN方法通过消除间接关联，能够准确测量基因之间的直接关联，并可用于细胞聚类和基于网络的维度降低	NA	克服单细胞RNA测序数据中的高噪声和低覆盖问题，提高基因关联分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的基因关联	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	条件细胞特异性网络（CCSN）	基因表达矩阵	多个单细胞RNA测序数据集
24032	2024-08-09	Single-cell analysis reveals the origins and intrahepatic development of liver-resident IFN-γ-producing γδ T cells 2021-04, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-021-00656-1 PMID:33692482	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠肝脏和胸腺中γδ T细胞的异质性，揭示了γδ T细胞的发育轨迹及其在肝脏中的起源和发展	首次系统地阐明了γδ T细胞在肝脏中的起源和非胸腺依赖的发育途径	NA	探究γδ T细胞在肝脏中的起源及其非胸腺依赖的发育途径	小鼠肝脏和胸腺中的γδ T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠肝脏和胸腺样本
24033	2024-08-09	Input-output signal processing plasticity of vagal motor neurons in response to cardiac ischemic injury 2021-Mar-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102143 PMID:33665562	研究论文	研究了迷走神经运动神经元在心脏缺血损伤下的输入输出信号处理可塑性	开发了一种中尺度单细胞转录组学数据，揭示了迷走神经背侧运动核（DMV）神经元在稳态和生理扰动后的状态变化	NA	探索迷走神经背侧运动核（DMV）神经元的分子表型，以利用DMV的可塑性进行治疗干预	迷走神经背侧运动核（DMV）神经元	生物电子医学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	数百个DMV神经元
24034	2024-08-09	Single cell transcriptomic analysis of murine lung development on hyperoxia-induced damage 2021-03-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21865-2 PMID:33692365	研究论文	本研究利用MULTI-seq技术对36只小鼠的66,000多个细胞进行单细胞RNA测序，分析了正常和因高氧导致的肺发育受损情况下的细胞动态变化	首次使用单细胞RNA测序技术详细分析了高氧环境下小鼠肺发育的细胞组成变化，并验证了部分结果在BPD患者肺中的应用	NA	探究高氧环境下小鼠肺发育的细胞动态变化及其与BPD的关系	小鼠肺细胞在高氧环境下的发育情况	数字病理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	66,000多个细胞来自36只小鼠
24035	2024-08-09	Complexity and graded regulation of neuronal cell-type-specific alternative splicing revealed by single-cell RNA sequencing 2021-03-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2013056118 PMID:33674385	研究论文	本研究利用深度单细胞RNA测序数据，系统地研究了成年小鼠皮质中超过100种转录组定义的神经元类型的可变剪接（AS）调控	发现了谷氨酸能和GABA能神经元之间以及每个神经元类别内子类之间的独特剪接程序，并揭示了RNA结合蛋白（RBPs）在不同神经元类型中的特异性表达和活性	NA	探讨可变剪接在神经元细胞类型分子多样性中的贡献	成年小鼠皮质中的神经元类型	基因调控	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过100种转录组定义的神经元类型
24036	2024-08-09	Single-cell transcriptome profiling reveals β cell maturation in stem cell-derived islets after transplantation 2021-Mar-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108850 PMID:33691098	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
24037	2024-08-09	Multiple sclerosis risk gene Mertk is required for microglial activation and subsequent remyelination 2021-03-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108835 PMID:33691116	研究论文	本文研究了多发性硬化症风险基因Mertk在微胶质细胞激活及随后的髓鞘再生中的作用	首次证明了Mertk基因在髓鞘再生中的关键作用，并揭示了其在微胶质细胞激活、吞噬和迁移中的具体机制	NA	探讨Mertk基因在多发性硬化症髓鞘再生中的作用及其机制	Mertk基因敲除小鼠与野生型小鼠在髓鞘再生过程中的差异	神经科学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	Mertk基因敲除小鼠与野生型小鼠
24038	2024-08-09	Single-cell transcriptomic analysis of eutopic endometrium and ectopic lesions of adenomyosis 2021-Mar-08, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-021-00562-z PMID:33685511	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了异位子宫内膜和腺肌症异位病变的基因表达模式变化，并探讨了腺肌症潜在的新发病机制	本研究首次在单细胞水平上揭示了腺肌症异位病变与正常子宫内膜之间基因表达模式的差异，并发现了具有肿瘤样特征的高拷贝数变异细胞亚群	研究样本量较小，仅包括一个对照组和一个腺肌症患者样本，可能影响结果的普遍性和可靠性	揭示腺肌症的精确发病机制，并探索潜在的治疗策略	异位子宫内膜和腺肌症异位病变的细胞	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1个对照组样本，1个腺肌症患者样本，3个平滑肌瘤样本，3个腺肌症样本
24039	2024-08-09	Immune cell profiling of the cerebrospinal fluid enables the characterization of the brain metastasis microenvironment 2021-03-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21789-x PMID:33686071	研究论文	本文通过单细胞RNA测序结合T细胞受体基因分型，研究了脑转移瘤和匹配的脑脊液中的免疫细胞特征	首次通过分析脑脊液中的免疫细胞，提供了一种非侵入性的方法来预测免疫检查点抑制剂的反应，并识别脑转移瘤中的T细胞受体克隆型	NA	研究脑转移瘤微环境中的免疫细胞特征，并探索预测免疫检查点抑制剂反应的新方法	脑转移瘤和脑脊液中的免疫细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
24040	2024-08-09	Dynamic blood single-cell immune responses in patients with COVID-19 2021-03-06, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-021-00526-2 PMID:33677468	研究论文	研究通过单细胞分辨率下的5'基因表达、T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）V(D)J转录组分析，探讨了COVID-19患者在不同阶段血液免疫反应的动态变化。	本研究首次详细描述了COVID-19患者血液中免疫细胞的动态变化，并揭示了特定免疫反应对SARS-CoV-2抗原的作用。	研究样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证这些发现。	揭示SARS-CoV-2感染后人体血液免疫反应的动态变化，为治疗COVID-19提供潜在的治疗线索。	COVID-19患者的血液免疫反应。	数字病理学	COVID-19	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	341,420个外周血单个核细胞（PBMCs），185,430个克隆型T细胞和28,802个克隆型B细胞，来自16名COVID-19患者的25个样本。