单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2381	2025-05-10	Defining pathogenic IL-17 and CSF-1 gene expression signatures in chronic graft-versus-host disease 2025-May-08, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025337 PMID:39977705	研究论文	该研究通过单细胞测序技术在小鼠血液中定义了慢性移植物抗宿主病（cGVHD）中IL-17和CSF-1的基因表达特征，并验证了这些特征在患者中的适用性	首次在小鼠血液单核细胞中定义了非直观的IL-17和CSF-1特征，并验证了这些特征在cGVHD患者中的存在	研究样本量有限，且特征仅在70%的确诊患者和50%的后续发展患者中检测到	开发能够识别cGVHD患者中可药物干预的免疫失调的生物标志物	慢性移植物抗宿主病（cGVHD）患者和小鼠模型	生物医学研究	慢性移植物抗宿主病	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和部分cGVHD患者
2382	2025-05-10	Impaired ketogenesis in Leydig Cells drives testicular aging 2025-May-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59591-8 PMID:40328805	研究论文	该研究揭示了睾丸衰老过程中Leydig细胞酮生成受损的关键作用及其机制	首次发现Leydig细胞中酮生成关键酶Hmgcs2表达随年龄下降，并阐明β-羟基丁酸通过Foxo3a延缓细胞衰老的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类睾丸衰老的类似机制仍需验证	探究睾丸衰老的分子机制并寻找潜在治疗靶点	年轻与老年小鼠的Leydig细胞	生殖生物学	睾丸功能障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠衰老模型	基因表达数据、代谢物浓度数据	年轻与老年小鼠睾丸组织及Leydig细胞
2383	2025-05-10	Exploring the Mechanisms of Microenergy Acoustic Pulse Therapy for the Treatment of Female Stress Urinary Incontinence-Part II 2025-May-07, Neurourology and urodynamics IF:1.8Q3 DOI:10.1002/nau.70048 PMID:40338807	research paper	本研究探讨了微能量声脉冲（MAP）疗法在阴道分娩损伤诱导的应激性尿失禁（SUI）大鼠模型中的治疗机制	首次在单细胞分辨率下研究MAP疗法对SUI的治疗效果，揭示了其对细胞衰老的调节和肌肉神经再生的促进作用	研究基于动物模型，结果可能无法直接推广到人类	探索MAP疗法在SUI治疗中的分子机制	阴道分娩损伤诱导的SUI大鼠模型	生物医学研究	应激性尿失禁	单细胞测序、漏尿点压力测量、肌电图、电生理学研究	动物模型	基因表达数据、生理测量数据	未明确说明，但使用了大鼠模型
2384	2025-05-10	Integrative bioinformatics and machine learning identify key crosstalk genes and immune interactions in head and neck cancer and Hodgkin lymphoma 2025-May-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99017-5 PMID:40328901	research paper	该研究通过整合生物信息学和机器学习技术，识别头颈癌和霍奇金淋巴瘤中的关键交叉基因和免疫相互作用	首次探索头颈癌和霍奇金淋巴瘤之间的分子交叉作用，并利用机器学习算法筛选关键生物标志物	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	阐明头颈癌和霍奇金淋巴瘤的共享分子机制，识别潜在诊断生物标志物和治疗靶点	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)和霍奇金淋巴瘤(HL)	生物信息学	头颈癌, 霍奇金淋巴瘤	RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析(WGCNA)	LASSO回归, 随机森林, SVM-RFE	RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据	NA
2385	2025-05-10	Recurrence of acute allergic asthma depends on the role of ILC2 driven by Il1rl1 signaling 2025-May-06, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02220-0 PMID:40329299	研究论文	研究通过建立急性过敏性哮喘复发小鼠模型，揭示了ILC2s通过Il1rl1信号通路在哮喘复发中的关键作用	首次发现ILC2s通过Il1rl1信号通路驱动急性过敏性哮喘的复发，并验证了Il1rl1缺失可显著抑制哮喘复发	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索哮喘复发的细胞和分子机制，寻找预防哮喘恶化的新治疗策略	急性过敏性哮喘小鼠模型	免疫学	哮喘	单细胞转录组学、流式细胞术、基因敲除实验	小鼠模型	转录组数据、流式细胞数据	NA
2386	2025-05-10	Investigating the mechanisms by which low NAT1 expression in tumor cells contributes to chemo-resistance in colorectal cancer 2025-May-06, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-025-01882-4 PMID:40329330	研究论文	研究低NAT1表达在结直肠癌细胞中如何导致化疗耐药性的机制	揭示了NAT1在调节化疗敏感性、细胞代谢和血管生成中的多方面作用，并提出了NAT1作为生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，临床前和临床验证仍需进一步研究	评估NAT1在介导结直肠癌化疗耐药性中的作用，寻找克服这一临床挑战的新策略	结直肠癌细胞系CaCO2和HCT116，以及肿瘤组织和邻近正常组织	癌症研究	结直肠癌	生物信息学分析、代谢组学、下一代测序（NGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Cellchat检测、Western blot	NA	基因表达数据、代谢数据、蛋白质数据	结直肠癌细胞系和肿瘤组织样本
2387	2025-05-10	RNA research for drug discovery: Recent advances and critical insight 2025-May-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149342 PMID:39983851	综述	本文综述了RNA研究在药物发现领域的最新进展和关键见解	强调了RNA研究在开发新型治疗药物中的关键作用，包括ASOs、mRNA疗法和RNAi等重大发现	RNA稳定性、递送和脱靶效应等挑战仍然存在，需要持续创新和伦理考量	探讨RNA研究在药物发现中的现状和前景	RNA生物学及其在治疗应用中的复杂性	药物发现	多种疾病	高通量测序、单细胞RNA测序、表观转录组学	NA	RNA序列数据	NA
2388	2025-05-10	Propionate alleviates diabetes-induced cardiac fibrosis in mice via regulating Serpinf1 2025-05-05, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151641 PMID:40203653	研究论文	本研究探讨了丙酸盐对糖尿病小鼠心脏纤维化的治疗作用及其机制	发现丙酸盐通过上调Serpinf1基因表达，抑制Wnt信号通路异常激活，改善糖尿病心脏纤维化	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究丙酸盐对糖尿病心脏纤维化的治疗效果及分子机制	链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠模型和原代小鼠心脏成纤维细胞	心血管疾病	糖尿病心肌病	单细胞RNA测序、shRNA敲低实验	小鼠糖尿病模型	RNA测序数据、生化检测数据	未明确说明小鼠数量
2389	2025-05-10	Integrative epidemiology and immunotranscriptomics uncover a risk and potential mechanism for cutaneous lymphoma unmasking or progression with dupilumab therapy 2025-May, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.028 PMID:39521279	研究论文	本研究通过流行病学和免疫转录组学方法，探讨了dupilumab治疗与皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）发生或进展的风险及潜在机制	首次结合FDA不良事件报告系统（FAERS）和大规模RNA测序数据，揭示了dupilumab可能通过IL-13受体阻断机制促进CTCL的潜在风险	研究基于FAERS数据库的回顾性分析，存在报告偏倚，且缺乏实验验证	评估dupilumab与CTCL关联的安全信号并探究其潜在机制	使用dupilumab治疗的患者及CTCL病例	免疫学与肿瘤学	皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA测序）	NA	药物不良事件报告数据、转录组数据	FAERS数据库中181,575份dupilumab相关不良事件报告（其中606例为肿瘤报告）
2390	2025-05-10	Cutting-edge tools for unveiling the dynamics of plasmid-host interactions 2025-May, Trends in microbiology IF:14.0Q1 DOI:10.1016/j.tim.2024.12.013 PMID:39843314	review	本文综述了用于揭示质粒-宿主相互作用动态的前沿工具	评估了单细胞测序、荧光技术和高级Hi-C方法在质粒-宿主相互作用研究中的应用，并讨论了CRISPR-based phage engineering等新兴技术的潜力	NA	探讨质粒介导的抗生素抗性基因(ARGs)在复杂微生物组中的传播机制	质粒-宿主相互作用	微生物学	抗生素抗性	单细胞测序, 荧光技术, Hi-C, CRISPR-based phage engineering	NA	基因测序数据	NA
2391	2025-05-10	Recent advances in single-cell RNA sequencing of bacteria: Techniques, challenges, and applications 2025-May, Journal of bioscience and bioengineering IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.jbiosc.2025.01.008 PMID:39984340	综述	本文综述了细菌单细胞RNA测序技术的最新进展、挑战及应用	重点介绍了细菌scRNA-seq技术的创新方法及其在微生物学中的新兴应用	讨论了细菌scRNA-seq面临的技术挑战，如细菌mRNA缺乏poly-A尾和单个细菌细胞RNA含量低	总结细菌单细胞转录组学的现状和未来方向	细菌系统	微生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
2392	2025-05-10	Identification of CACNB1 protein as an actionable therapeutic target for hepatocellular carcinoma via metabolic dysfunction analysis in liver diseases: An integrated bioinformatics and machine learning approach for precise therapy 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142315 PMID:40139615	研究论文	通过整合生物信息学和机器学习方法，识别CACNB1蛋白作为肝细胞癌的可操作治疗靶点，并研究代谢功能障碍在肝病中的作用	利用单细胞RNA测序分析NAFLD衍生的肝硬化的微环境代谢活动，开发了一种基于高斯混合模型的纤维化预测模型，并识别了CACNB1蛋白作为HCC的潜在治疗靶点	研究依赖于公开数据集，可能需要进一步实验验证	研究代谢功能障碍在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）和肝细胞癌（HCC）中的作用，并开发精确治疗方法	806例NAFLD样本和267例正常肝脏样本，以及来自TCGA和GEO的HCC数据集	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），高斯混合模型（GMM），机器学习算法	高斯混合模型（GMM）	基因表达数据	806例NAFLD样本和267例正常肝脏样本，以及多个HCC数据集
2393	2025-05-10	Unveiling hypoxia-related prognostic and immunotherapeutic biomarkers in lung adenocarcinoma through single-cell and bulk RNA sequencing: Including insights into PGF 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143056 PMID:40228772	research paper	通过单细胞和批量RNA测序揭示肺腺癌中与缺氧相关的预后和免疫治疗生物标志物，包括对PGF的见解	识别了与晚期肺腺癌相关的新亚型，并开发了基于缺氧相关分子簇的新型预后特征	样本量较小（15例患者），可能影响结果的普遍性	研究缺氧微环境与免疫抵抗之间的相互作用机制	肺腺癌（LUAD）患者	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk RNA sequencing, spatial transcriptomic analysis	NA	RNA sequencing data	15例肺腺癌患者
2394	2025-05-08	Abnormal lineage differentiation of peri-implantation aneuploid embryos revealed by single-cell RNA sequencing 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70326 PMID:40329849	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2395	2025-05-10	Targeting VSIG4+ tissue-resident macrophages enhances T cell cytotoxicity and immunotherapy efficacy in cancer 2025-Apr-29, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.011 PMID:40339578	研究论文	本研究探讨了VSIG4+组织驻留巨噬细胞在癌症中的作用及其对T细胞细胞毒性和免疫治疗效果的增强作用	发现VSIG4过表达的TRM衍生TAM亚群在多种癌症中存在，并揭示了VSIG4通过直接或间接方式促进免疫抑制效应的机制，同时鉴定出MEF2C作为维持VSIG4表达的关键转录因子	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	探索TRM衍生的TAM亚群在癌症中的作用及其对免疫治疗的影响	VSIG4+组织驻留巨噬细胞及其衍生的TAM亚群	肿瘤免疫学	睾丸癌、肝细胞癌、肺癌、胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、谱系追踪	NA	RNA测序数据	NA
2396	2025-05-10	Lactate drives senescence-resistant lineages in hepatocellular carcinoma via histone H2B lactylation of NDRG1 2025-Apr-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217567 PMID:39978571	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序轨迹分析重建肝细胞癌（HCC）的克隆演化，揭示了LDHA-NDRG1轴在肿瘤异质性和抗衰老机制中的关键作用	揭示了LDHA介导的组蛋白H2B在NDRG1上的K58位点乳酸化修饰，这一表观遗传机制将代谢重编程与衰老逃逸联系起来	研究主要基于小鼠模型和公共数据集，需要在人类患者中进行进一步验证	探索肝细胞癌的肿瘤异质性机制并开发精准治疗策略	肝细胞癌（HCC）的克隆演化及LDHA-NDRG1轴	癌症生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，加权基因共表达网络分析	14基因预后模型	RNA测序数据	公共HCC数据集及转移性HCC小鼠模型
2397	2025-05-10	Single-Cell RNA Sequencing Outperforms Single-Nucleus RNA Sequencing in Analyzing Pancreatic Cell Diversity and Gene Expression in Goats 2025-Apr-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083916 PMID:40332786	研究论文	本研究比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在分析山羊胰腺细胞多样性和基因表达方面的效果	首次在山羊胰腺研究中比较了scRNA-seq和snRNA-seq的效果，发现scRNA-seq在检测细胞类型多样性和关键基因表达谱方面更优	研究仅使用了3只10日龄健康雌性山羊的胰腺组织，样本量较小	比较scRNA-seq和snRNA-seq在山羊胰腺研究中的效果	山羊胰腺组织	基因组学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA测序数据	3只10日龄健康雌性山羊的胰腺组织
2398	2025-05-10	Personalized Stem Cell-Based Regeneration in Spinal Cord Injury Care 2025-Apr-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083874 PMID:40332538	综述	本文探讨了干细胞工程和再生医学在脊髓损伤治疗中的新进展，特别是通过神经干细胞/祖细胞、诱导多能干细胞和间充质干细胞的移植	结合患者特异性变异、生物工程创新和转录组学引导的精准医学，定义了脊髓损伤治疗的新前沿	患者特异性因素如细胞衰老、遗传和表观遗传变异、损伤微环境和合并症影响干细胞疗法的疗效	探索干细胞疗法在脊髓损伤治疗中的临床应用	脊髓损伤患者	再生医学	脊髓损伤	单细胞转录组学、CRISPR介导的低免疫原性工程、生物材料递送平台	NA	NA	NA
2399	2025-05-10	Study on the mechanism of action of the active ingredient of Calculus Bovis in the treatment of sepsis by integrating single-cell sequencing and machine learning 2025-Apr-18, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042184 PMID:40258762	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习，探讨了牛黄活性成分治疗脓毒症的作用机制	结合网络药理学、RNA测序、单细胞RNA测序和多种机器学习模型，系统分析了牛黄活性成分在脓毒症治疗中的潜在靶点和机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索牛黄活性成分治疗脓毒症的分子机制	牛黄活性成分与脓毒症相关基因	生物信息学	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	XGBoost, SVM, Decision Tree, KNN	基因表达数据	来自中国国家基因库数据库的脓毒症数据，GSE65682数据库用于生存分析
2400	2025-05-10	Identifying Aberrant 1CM-Related Pathways by Multi-Omics Analysis and Validating Tumor Inhibitory Effect of One-Carbon Donor Betaine in Gastric Cancer 2025-Apr-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083841 PMID:40332533	研究论文	通过多组学分析识别胃癌中异常的1CM相关通路，并验证一碳供体甜菜碱对胃癌的抑制作用	首次通过多组学联合分析揭示胃癌中1CM相关通路的异常激活，并发现甜菜碱作为一碳供体对胃癌细胞的抑制作用	样本量有限，特别是转录组测序仅使用了6对组织样本，需要更大规模的验证	阐明胃癌中代谢重编程的分子机制，特别是1CM相关通路的作用	胃癌患者和健康个体的血浆样本、胃癌组织	代谢组学	胃癌	代谢组学分析、转录组测序、单细胞测序、Random Forest分析	NA	代谢组数据、转录组数据、单细胞数据	334例血浆样本（胃癌患者和健康个体）、6对组织样本