单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2381	2025-03-01	Single-cell RNA sequencing data identify a conserved population of metallothionein-expressing macrophages that may be ubiquitous in vital human organs 2024-Oct, Clinical and translational discovery DOI:10.1002/ctd2.348 PMID:40018369	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2382	2025-03-16	FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.09.602778 PMID:39026885	研究论文	本文介绍了一个名为FUSION的基于Web的应用程序，用于深入探索多组学数据与明场组织学的结合	开发了一个新的基于Web的工具FUSION，用于整合分子数据和组织病理学特征，提供深度学习和可视化工具，支持空间组学数据和高分辨率组织学图像的深入分析	未明确提及具体限制	开发一个工具，用于连接分子数据和组织病理学特征，以提供更深入的生物学机制洞察	健康与病变组织的空间转录组学数据（ST），包括福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）和冷冻制备的数据集	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	深度学习算法	图像、空间组学数据	未明确提及具体样本数量
2383	2025-03-16	Teplizumab induces persistent changes in the antigen-specific repertoire in individuals at risk for type 1 diabetes 2024-Aug-13, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177492 PMID:39137044	研究论文	本文研究了Teplizumab对1型糖尿病高危人群抗原特异性库的长期影响	首次揭示了Teplizumab在1型糖尿病高危人群中诱导操作耐受性的长期效果，包括T细胞的激活、耗竭和调节过程	研究样本量有限，且未涉及Teplizumab对其他免疫细胞类型的影响	探讨Teplizumab对1型糖尿病高危人群的长期免疫调节效果	1型糖尿病高危人群的外周血CD8+ T细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	研究参与者，具体数量未明确
2384	2025-03-16	CTHRC1+ fibroblasts and SPP1+ macrophages synergistically contribute to pro-tumorigenic tumor microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-07-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-68109-z PMID:39075108	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的细胞群体及其相互作用，特别是SPP1+巨噬细胞和CTHRC1+成纤维细胞的协同作用	通过单细胞和空间转录组学技术，首次揭示了SPP1+巨噬细胞和CTHRC1+成纤维细胞在PDAC肿瘤微环境中的协同作用及其对预后的影响	研究主要基于转录组学数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	探索胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的细胞群体及其相互作用，以寻找潜在的治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的细胞群体	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
2385	2025-03-16	Intestinal strictures in Crohn's disease: An update from 2023 2024-07, United European gastroenterology journal IF:5.8Q1 DOI:10.1002/ueg2.12568 PMID:38546434	综述	本文提供了2023年关于克罗恩病肠道狭窄的最新进展的全面回顾	介绍了单细胞测序等新技术，以及血清生物标志物和新型横断面成像技术等非侵入性诊断工具	未知的发病机制、缺乏普遍接受的标准以及缺乏有效的管理方法仍然是未解决的挑战	旨在提供关于纤维化的前沿信息，并为研究人员和临床医生在肠道狭窄领域取得更大进展奠定基础	克罗恩病患者的肠道狭窄	NA	克罗恩病	单细胞测序	NA	NA	NA
2386	2025-03-16	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.22.590194 PMID:38712147	研究论文	本文介绍了NS-Forest 4.0及其配套Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优的细胞类型分类标记基因	NS-Forest 4.0通过模块化最终决策树步骤，能够比较用户定义标记基因与NS-Forest计算得出的标记基因的性能，并引入了On-Target Fraction指标来量化标记基因的特异性	NA	研究目的是从单细胞RNA测序数据中发现最优的细胞类型分类标记基因	研究对象是单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	随机森林	RNA测序数据	数百万个细胞
2387	2025-03-16	SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics 2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597765 PMID:38895212	研究论文	本文介绍了SpotSweeper，一种用于空间转录组学（SRT）数据的空间感知质量控制方法	SpotSweeper是首个针对SRT数据的质量控制方法，能够识别局部异常和区域伪影，并减少生物异质性带来的偏差	目前的方法尚未完全解决SRT数据中独特的组织学伪影问题	开发适用于空间转录组学数据的质量控制方法，以提高数据可靠性和准确性	空间转录组学数据	生物信息学	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	空间转录组学数据	使用公开可用的Visium数据
2388	2025-03-16	Vascular restoration through local delivery of angiogenic factors stimulates bone regeneration in critical size defects 2024-Jun, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.07.003 PMID:39100886	研究论文	本文通过局部递送血管生成因子来刺激临界尺寸骨缺损中的骨再生	创新性地将电纺PCL纤维与携带Spp1和Cxcl12的电喷雾PLGA微球结合，实现了这些因子的逐步释放，从而恢复血管生成并加速骨再生	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	解决临界尺寸骨缺损的复杂修复过程，促进骨再生	临界尺寸骨缺损的小鼠模型	生物医学工程	骨缺损	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
2389	2025-03-16	hdWGCNA identifies co-expression networks in high-dimensional transcriptomics data 2023-06-26, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100498 PMID:37426759	研究论文	本文介绍了hdWGCNA，一个用于分析高维转录组数据中共表达网络的综合框架	hdWGCNA支持系统级分析，能够进行异构体水平的网络分析，并兼容广泛使用的Seurat R包	NA	开发一个支持高维转录组数据系统级分析的工具	高维转录组数据，如单细胞和空间RNA测序数据	生物信息学	自闭症谱系障碍, 阿尔茨海默病	单细胞RNA测序, 空间RNA测序	NA	转录组数据	近100万个细胞的数据集
2390	2025-03-16	Single-nucleus RNA sequencing of human pancreatic islets identifies novel gene sets and distinguishes β-cell subpopulations with dynamic transcriptome profiles 2023-05-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-023-01179-2 PMID:37127706	研究论文	本文通过单核RNA测序技术（snRNA-seq）研究了人类胰岛细胞的转录组特征，并识别了新的基因集和β细胞亚群	利用snRNA-seq技术，结合内含子序列信息，识别了人类胰岛细胞中非经典基因标记，并区分了β细胞的三个亚群	研究主要基于体外和体内实验，未涉及大规模临床样本验证	研究人类胰岛细胞的转录组特征及其动态变化	人类胰岛细胞	基因组学	糖尿病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自同一供体的人类胰岛细胞
2391	2025-03-16	APOE modulates microglial immunometabolism in response to age, amyloid pathology, and inflammatory challenge 2023-03-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112196 PMID:36871219	研究论文	本文探讨了APOE基因型如何调控小胶质细胞的免疫代谢，特别是在衰老、神经炎症和阿尔茨海默病病理背景下	结合了批量、单细胞和空间转录组学，以及细胞特异性和空间分辨的代谢分析，系统性地研究了APOE在不同条件下的作用	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类情况	研究APOE基因型对小胶质细胞免疫代谢的调控作用	表达人类APOE的小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	RNA测序（RNA-seq）、空间转录组学、质谱成像	NA	转录组数据、代谢数据	NA
2392	2025-03-16	Protocol to isolate live single cells while retaining spatial information by combining cell photolabeling and FACS 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101795 PMID:36325581	研究论文	本文介绍了一种结合细胞光标记和荧光激活细胞分选（FACS）的方法，用于从原发性乳腺肿瘤中分离活单细胞并保留空间信息	提出了一种名为PADME的新方法，能够在单细胞技术中保留空间定位信息	需要进一步验证该方法在其他类型肿瘤或组织中的适用性	开发一种能够在单细胞分析中保留空间信息的技术	原发性乳腺肿瘤中的活单细胞	生物技术	乳腺癌	细胞光标记, FACS, 单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	NA
2393	2025-03-16	Genome-wide analysis of common and rare variants via multiple knockoffs at biobank scale, with an application to Alzheimer disease genetics 2021-12-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2021.10.009 PMID:34767756	研究论文	本文提出了一种可扩展的KnockoffScreen-AL方法，用于分析生物库规模的全基因组测序和全基因组插补数据集中的常见和罕见变异，并应用于阿尔茨海默病遗传学分析	提出了一种适用于生物库规模研究的KnockoffScreen-AL方法，能够分析数百万个罕见遗传变异，并在阿尔茨海默病分析中发现了14个传统关联测试未能检测到的显著位点	生成knockoffs的计算成本较高，现有方法无法处理生物库规模的全基因组测序数据	开发一种可扩展的方法，用于分析生物库规模的全基因组测序和全基因组插补数据集中的常见和罕见变异，并应用于阿尔茨海默病遗传学分析	388,051个来自英国生物库的全基因组插补样本，以及94,437个临床诊断的阿尔茨海默病样本	基因组学	阿尔茨海默病	全基因组测序、全基因组插补、单细胞RNA测序、蛋白质组学	KnockoffScreen-AL	基因组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	388,051个全基因组插补样本，94,437个临床诊断样本，143,793个单核转录组样本，735个蛋白质组样本
2394	2025-03-16	An N-Cadherin 2 expressing epithelial cell subpopulation predicts response to surgery, chemotherapy and immunotherapy in bladder cancer 2021-08-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25103-7 PMID:34385456	研究论文	本研究通过单核RNA测序、空间转录组学和单细胞分辨率空间蛋白质组学分析，识别出膀胱癌中具有治疗反应预测能力的上皮细胞亚群	发现表达N-Cadherin 2（CDH12）的上皮细胞亚群，能够预测膀胱癌患者对手术、化疗和免疫治疗的反应	研究主要基于单细胞和空间组学技术，样本量和临床验证可能有限	探索膀胱癌患者对手术、化疗和免疫治疗反应的预测标志物	膀胱癌患者的上皮细胞亚群	数字病理学	膀胱癌	单核RNA测序、空间转录组学、单细胞分辨率空间蛋白质组学	NA	RNA测序数据、蛋白质组学数据	人类膀胱癌样本
2395	2025-03-15	Pdia3 deficiency exacerbates intestinal injury by disrupting goblet and Paneth cell function during ischemia/reperfusion 2025-Jun, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111682 PMID:39988288	研究论文	本研究探讨了PDIA3在肠缺血/再灌注（I/R）损伤中维持肠道完整性和免疫功能的作用	首次揭示了PDIA3在肠I/R损伤中通过影响杯状细胞和潘氏细胞功能来维持肠道屏障完整性的机制，并提出了通过重组防御素α1治疗Pdia3缺陷的可能性	研究主要依赖于小鼠模型，人类样本的应用有限，且未深入探讨PDIA3在其他类型细胞中的作用	探索PDIA3在肠I/R损伤中维持肠道完整性和免疫功能的作用	人类和小鼠的肠上皮细胞，特别是杯状细胞和潘氏细胞	NA	肠缺血/再灌注损伤	单细胞RNA测序、免疫组织化学、转录组分析	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据、转录组数据	人类和小鼠的肠上皮细胞样本
2396	2025-03-15	Timestamp calibration for time-series single cell RNA-seq expression data 2025-May-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169021 PMID:40010431	研究论文	本文提出了一种名为ScPace的新时间戳校准模型，用于处理带有噪声标签的时间序列单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	ScPace模型通过引入潜在变量指示器而非概率采样来有效检测噪声样本，显著提升了时间戳自动注释的性能	当前方法倾向于选择不太关键的清洗样本进行时间戳校准，可能影响校准效果	提高时间序列scRNA-seq数据中时间戳自动注释的准确性和鲁棒性	时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ScPace	时间序列单细胞RNA测序数据	模拟和真实时间序列scRNA-seq数据集
2397	2025-03-15	How fish intestinal cells responded to dietary methylmercury exposure? A single-cell transcriptomic analysis 2025-Apr-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.125967 PMID:40043872	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨了鱼类肠道细胞对膳食甲基汞暴露的响应	首次在单细胞水平上揭示了不同肠道细胞群体对甲基汞暴露的异质性响应	研究仅限于一种鱼类（金头鲷），未涉及其他物种或更广泛的生态影响	探讨鱼类肠道细胞对膳食甲基汞暴露的响应机制	金头鲷的肠道细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
2398	2025-03-15	Hypoxia-Induced Senescent Fibroblasts Secrete IGF1 to Promote Cancer Stemness in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Mar-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1185 PMID:39661488	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了一种与食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤干细胞性相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群，即缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAF），并揭示了其通过分泌胰岛素样生长因子1（IGF1）促进肿瘤干细胞性的机制	首次识别并描述了缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAF）这一CAF亚群，并揭示了其在促进食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤干细胞性和化疗抵抗中的关键作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的功能实验验证hsCAF的具体作用机制	阐明癌症相关成纤维细胞（CAF）在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的具体作用及其对肿瘤干细胞性和化疗抵抗的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本
2399	2025-03-15	Shaping early neural development by timed elevated tissue oxygen tension: Insights from multiomic analysis on human cerebral organoids 2025-Mar-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado1164 PMID:40073136	研究论文	本研究利用体外人类大脑类器官模型和多组学分析，探讨了在神经发育早期组织氧张力的作用	揭示了在神经发育的第4至6周期间，类器官内氧张力升高、能量稳态改变和快速神经生成的关键时期，并探讨了神经球蛋白在神经发育中的作用	由于技术限制，氧在早期神经发育中的作用很少被研究	探讨氧在早期神经发育中的作用及其对神经生成的影响	人类大脑类器官	神经科学	神经退行性疾病	多组学分析、高级显微镜技术、单细胞RNA测序	人类大脑类器官模型	多组学数据	NA
2400	2025-03-15	Single-cell RNA sequencing revealed changes in the tumor microenvironment induced by radiotherapy for cervical cancer and the molecular mechanism of mast cells in immunosuppression 2025-Mar-14, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01564-7 PMID:40082276	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了宫颈癌患者放疗前后肿瘤微环境的变化，揭示了放疗诱导的细胞异质性及其分子机制	首次应用单细胞RNA测序技术分析宫颈癌患者放疗前后的组织样本，揭示了放疗后肿瘤微环境中细胞组成和基因表达的变化，特别是肥大细胞的上调及其在肿瘤免疫抑制和基质重塑中的关键作用	样本量较小，仅包括三名宫颈癌患者，可能影响结果的普遍性	研究宫颈癌放疗后肿瘤微环境的变化，以提供改善放疗治疗效果的证据	宫颈癌患者放疗前后的组织样本	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三名宫颈癌患者的52,506个细胞