单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2381	2025-05-14	Identification and Validation of Four Serum Biomarkers With Optimal Diagnostic and Prognostic Potential for Gastric Cancer Based on Machine Learning Algorithms 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70659 PMID:40084401	研究论文	通过机器学习算法识别并验证了四种具有最佳诊断和预后潜力的胃癌血清生物标志物	结合多种生物信息学分析和机器学习算法，首次鉴定出四种胃癌血清生物标志物，并验证其临床效用	研究主要基于公共数据库数据，临床样本验证规模有限	开发胃癌诊断和预后的新型生物标志物	胃癌患者血清样本	机器学习	胃癌	scRNA-seq, RT-PCR, ELISA	LASSO, 随机森林(RF)	基因表达数据, 血清蛋白数据	来自TCGA和GEO数据库的数据集，以及实验验证的GC样本
2382	2025-05-14	Spatial transcriptome and single-cell RNA sequencing reveal the molecular basis of cotton fiber initiation development 2025-Mar, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.70064 PMID:40084712	研究论文	通过空间转录组和单细胞RNA测序揭示棉花纤维起始发育的分子基础	成功构建了棉花胚珠在-1 DPA、0 DPA和1 DPA的空间转录组图谱，并结合单细胞RNA测序数据，揭示了SVB和SVBL基因在纤维起始中的关键作用	NA	研究棉花纤维起始发育的分子机制	棉花胚珠和纤维细胞	植物分子生物学	NA	空间转录组测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	棉花胚珠在-1 DPA、0 DPA和1 DPA的样本
2383	2025-05-14	InfoScan: A New Transcript Identification Tool Based on scRNA-Seq and Its Application in Glioblastoma 2025-Feb-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052208 PMID:40076844	研究论文	介绍了一种名为InfoScan的新型生物信息学工具，用于全面分析单细胞RNA测序数据，并在胶质母细胞瘤中识别罕见细胞亚群	开发了InfoScan工具，能够识别未注释的转录本和罕见细胞亚群，揭示了胶质母细胞瘤中的'肿瘤干细胞样'亚群及其潜在治疗靶点	未提及样本量大小或数据集的详细限制	开发并应用新型生物信息学工具以探索胶质母细胞瘤的转录组特征和罕见细胞亚群	胶质母细胞瘤中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
2384	2025-05-14	stAI: a deep learning-based model for missing gene imputation and cell-type annotation of spatial transcriptomics 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf158 PMID:40057378	研究论文	介绍了一种基于深度学习的模型stAI，用于空间转录组学数据中的缺失基因填补和细胞类型注释	stAI模型通过联合嵌入scST和参考scRNA-seq数据，利用两个独立的编码器-解码器模块，在潜在空间中以监督方式同时进行基因填补和细胞类型注释	未明确提及具体局限性	解决单细胞空间转录组学(scST)中全转录组水平表征和细胞类型全面注释的挑战	单细胞空间转录组学(scST)数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术, scRNA-seq	深度学习模型(编码器-解码器结构)	空间转录组学数据, scRNA-seq数据	来自不同平台、具有不同测量基因数量的数据集
2385	2025-05-14	Single-Cell Sequencing: Genomic and Transcriptomic Approaches in Cancer Cell Biology 2025-Feb-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052074 PMID:40076700	综述	本文综述了单细胞测序（SCS）在癌症生物学研究中的影响	SCS提供了基因组、转录组和表观基因组的高分辨率分析，揭示了肿瘤异质性、克隆进化和肿瘤微环境中的复杂相互作用	NA	探讨SCS在癌症研究中的应用及其对精准肿瘤学的推动作用	癌细胞及其微环境	癌症生物学	癌症	单细胞测序（SCS）、空间转录组学、原位测序	AI、机器学习	基因组、转录组、表观基因组数据	NA
2386	2025-05-14	Comprehensive SHAP Values and Single-Cell Sequencing Technology Reveal Key Cell Clusters in Bovine Skeletal Muscle 2025-Feb-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052054 PMID:40076676	研究论文	本研究通过SHAP值和单细胞测序技术揭示了牛骨骼肌中的关键细胞群	利用SHAP值分析476个重要基因，重建基因矩阵并成功绘制单细胞图谱，发现Myofiber细胞是骨骼肌中最具代表性的细胞类型	研究仅针对牛骨骼肌，未涉及其他物种或组织的验证	揭示牛骨骼肌中不同类型细胞群的重要性排序及其在肌肉生长和发育中的关键作用	牛骨骼肌中的细胞群	生物信息学	NA	单细胞测序技术、SHAP分析、蛋白质语言模型	NA	基因表达数据	NA
2387	2025-05-14	Identification of Prognostic Genes Related to Cell Senescence and Lipid Metabolism in Glioblastoma Based on Transcriptome and Single-Cell RNA-Seq Data 2025-Feb-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051875 PMID:40076502	研究论文	本研究通过转录组和单细胞RNA测序数据，识别与细胞衰老和脂质代谢相关的预后基因，以改善胶质母细胞瘤的预后和治疗	首次结合细胞衰老和脂质代谢相关基因，构建胶质母细胞瘤的预后风险模型和列线图，并验证其预测能力	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	改善胶质母细胞瘤的预后和治疗策略	胶质母细胞瘤患者	生物信息学	胶质母细胞瘤	转录组测序, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), WGCNA, 单变量Cox回归	风险模型, 列线图	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的胶质母细胞瘤样本
2388	2025-05-14	Spatial Transcriptomic Analysis of Surgical Resection Specimens of Primary Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Treated with Afatinib in a Window-of-Opportunity Study (EORTC90111-24111) 2025-Feb-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051830 PMID:40076457	research paper	该研究通过空间转录组学分析头颈部鳞状细胞癌手术切除标本，评估阿法替尼对肿瘤及其微环境的影响	首次在阿法替尼治疗的头颈部鳞状细胞癌手术标本中应用空间转录组学技术，发现与EMT、MET和PDGF通路相关的13个潜在靶点基因	样本量较小(仅3个病例)，且仅针对特定治疗方案的响应进行研究	探索抗HER治疗下头颈部鳞状细胞癌的肿瘤演变和组成变化	接受阿法替尼治疗的头颈部鳞状细胞癌患者手术标本	digital pathology	head and neck squamous cell carcinoma	空间转录组学(spatial transcriptomics), RNA-seq	NA	转录组数据	3例手术标本(ID08,ID15,ID30)
2389	2025-05-14	The establishment of the anther somatic niche with single-cell sequencing 2025-02, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.11.004 PMID:39547468	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索玉米花药体细胞微环境的发育过程	首次建立玉米花药体细胞微环境的单细胞转录组图谱，揭示了体细胞类型从减数分裂前到减数分裂后的发育轨迹，并鉴定了先前功能未知的体细胞类型标记基因	研究仅针对玉米这一特定物种，结果在其他开花植物中的普适性有待验证	理解花药体细胞微环境的发育机制及其在植物雄性生殖中的功能	玉米花药的体细胞微环境	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但涵盖玉米花药发育多个时期的细胞
2390	2025-05-14	Cellular heterogeneity in metabolism and associated microbiome of a non-model phytoflagellate 2025-Jan-02, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wraf046 PMID:40057978	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术Smart-seq2，对缺乏参考基因组的微真核生物Ochromonas triangulata进行了代谢和生长阶段的研究	首次在非模式微真核生物中应用单细胞转录组学，揭示了与不同生长阶段相关的代谢状态和微生物组	研究仅针对一种微真核生物，结果可能不具有普遍性	探索微真核生物的代谢多样性和生态角色	Ochromonas triangulata微真核生物及其相关微生物组	单细胞转录组学	NA	Smart-seq2单细胞转录组测序	NA	转录组数据	单个微真核生物细胞及其相关微生物组
2391	2025-05-14	Left/right asymmetrically expressed ephrin and Flamingo proteins regulate lateralized axon growth in C. elegans 2025-01, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.09.014 PMID:39341445	研究论文	该研究揭示了秀丽隐杆线虫神经系统中左右不对称表达的ephrin蛋白EFN-2和Flamingo蛋白FMI-1在轴突生长中的调控作用	发现了EFN-2和FMI-1作为HLH-16的下游靶标在AIY神经元谱系中的左右不对称表达，并揭示了它们在轴突生长调控中的协作机制	研究局限于秀丽隐杆线虫模型，在更高等生物中的适用性尚不明确	探究神经系统左右不对称的分子机制及其功能影响	秀丽隐杆线虫的AIY神经元谱系	神经生物学	NA	单细胞RNA测序数据分析	NA	基因表达数据	NA
2392	2025-05-14	Pronounced early differentiation underlies zebra finch gonadal germ cell development 2025-01, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.006 PMID:39214328	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序比较了鸡和斑胸草雀生殖细胞发育的种间差异，揭示了斑胸草雀早期生殖细胞分化的显著特点	首次在斑胸草雀中发现两种早期生殖细胞类型，并揭示了其与鸡的发育时序差异，扩展了对鸟类生殖细胞发育多样性的认识	研究仅比较了鸡和斑胸草雀两种鸟类，可能无法完全代表所有鸟类的生殖细胞发育模式	探究不同鸟类物种间生殖细胞发育的差异，为基因组编辑和生殖技术在其他鸟类中的应用提供基础	鸡和斑胸草雀的早期胚胎性腺	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	鸡和斑胸草雀的早期胚胎性腺样本
2393	2025-05-14	Cellular and molecular determinants mediating the dysregulated germinal center immune dynamics in systemic lupus erythematosus 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530327 PMID:40070830	研究论文	本研究利用空间转录组学和多路成像技术，探讨了系统性红斑狼疮（SLE）患者淋巴结中滤泡免疫景观和原位转录组特征	揭示了SLE滤泡中I型干扰素和浆细胞特征的显著变化，以及滤泡T细胞亚群受I型干扰素影响的机制	研究样本可能有限，且未涉及其他潜在影响因素	探究SLE患者淋巴结滤泡免疫动态的细胞和分子决定因素	系统性红斑狼疮（SLE）患者的淋巴结组织	免疫学	系统性红斑狼疮	空间转录组学、多路成像	NA	转录组数据、图像数据	未明确说明样本数量，但涉及SLE患者和对照组的淋巴结组织
2394	2025-05-14	Single-cell RNA-sequencing reveals cellular heterogeneity and immune microenvironment characteristics between ocular adnexal mucosa-associated lymphoid lymphoma and IgG4-related ophthalmic disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1508559 PMID:40078987	research paper	通过单细胞RNA测序技术比较眼附属器粘膜相关淋巴组织淋巴瘤（MALT淋巴瘤）和IgG4相关眼病（IgG4-ROD）的细胞异质性和免疫微环境特征	首次对眼附属器MALT淋巴瘤和IgG4-ROD进行单细胞转录组测序比较分析，揭示了两种疾病的细胞组成、关键通路和免疫微环境差异	样本量较小（仅3例MALT淋巴瘤和3例IgG4-ROD患者）	研究MALT淋巴瘤和IgG4-ROD的分子发病机制差异	眼附属器MALT淋巴瘤和IgG4-ROD患者的眼眶泪腺区域组织样本	digital pathology	lymphoma	scRNA-seq, 免疫荧光检测	NA	RNA测序数据	3例MALT淋巴瘤患者和3例IgG4-ROD患者的组织样本
2395	2025-05-14	Development of a tertiary lymphoid structure-based prognostic model for breast cancer: integrating single-cell sequencing and machine learning to enhance patient outcomes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534928 PMID:40078998	research paper	开发了一种基于三级淋巴结构（TLS）的乳腺癌预后模型，整合单细胞测序和机器学习以提高患者预后	整合单细胞RNA测序和机器学习算法，开发了基于TLS的预测模型，能够更准确地预测乳腺癌患者的总体生存率	研究依赖于多个独立队列的数据，可能存在样本异质性	提高乳腺癌患者的预后预测准确性并支持个性化治疗策略	乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing	machine learning	RNA-seq	9,551名乳腺癌患者
2396	2025-05-14	The sentinels of coronary artery disease: heterogeneous monocytes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1428978 PMID:40079002	综述	本文探讨了冠状动脉疾病（CAD）中单核细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	提出了单核细胞异质性在CAD中的临床价值提升策略，并展望了未来研究方向	NA	研究单核细胞异质性在冠状动脉疾病中的作用及其临床应用	冠状动脉疾病患者的单核细胞	心血管疾病研究	冠状动脉疾病	高参数流式细胞术和单细胞测序技术	NA	临床数据	NA
2397	2025-05-14	Analysis of single-cell and spatial transcriptomics in TNBC cell-cell interactions 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521388 PMID:40079015	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在探索三阴性乳腺癌（TNBC）异质性、细胞空间分布模式及细胞间相互作用中的应用	强调了scRNA-seq和ST技术在理解TNBC肿瘤微环境中各种细胞类型的分布、功能及相互作用方面的创新应用	作为一篇综述文章，未涉及具体实验数据或新发现，主要基于现有研究的总结	增强对TNBC在细胞水平上的理解，以开发有效的治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤微环境中的细胞（如肿瘤细胞、T细胞、B细胞、巨噬细胞和成纤维细胞）	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq, ST	NA	transcriptomics data	NA
2398	2025-05-14	Molecular Mechanisms of Ischemia/Reperfusion Injury and Graft Dysfunction in Liver Transplantation: Insights from Multi-Omics Studies in Rodent Animal Models 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.109449 PMID:40083684	review	本文综述了啮齿动物缺血再灌注损伤（IRI）和肝移植（LT）模型在模拟移植物损伤和免疫排斥、开发治疗方法及评估治疗效果中的关键作用，以及多组学数据和技术在理解移植病理生理过程中的应用	强调了整合多组学数据（如单细胞RNA测序）和先进组学技术在啮齿动物模型中的应用，为理解肝移植中的病理生理过程提供了新视角	当前挑战包括跨物种验证的不足，以及需要结合更先进的单细胞、空间组学技术和机器学习算法来识别特定细胞群体中的关键调控网络	探讨肝移植中缺血再灌注损伤和移植物功能障碍的分子机制，并评估多组学数据在改善移植结果中的潜力	啮齿动物缺血再灌注损伤和肝移植模型	生物医学研究	肝移植相关疾病	单细胞RNA测序、空间组学技术、机器学习算法	啮齿动物模型	多组学数据	NA
2399	2025-05-14	YBX1/CD36 positive feedback loop-mediated lipid accumulation drives metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105798 PMID:40083711	研究论文	本研究探讨了YBX1/CD36正反馈环路在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中的作用及其机制	揭示了YBX1通过正反馈环路调控CD36表达，进而促进肝脏脂质积累的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的转化潜力尚需进一步验证	探究MASLD的发病机制及YBX1在其中的作用	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）	肝脏疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞测序、透射电子显微镜、生物学和组织学分析	小鼠模型（YBX1敲除和LOXP小鼠）	基因表达数据、组织学图像	人类肝脏样本和小鼠模型
2400	2025-05-14	Contact Cooling-Induced ELOVL4 Enhances Skin Wound Healing by Promoting the Inflammation-to-Proliferation Phase Transition 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.107871 PMID:40083712	research paper	该研究揭示了适宜温度通过诱导ELOVL4表达促进皮肤伤口愈合的机制	首次发现接触冷却通过上调ELOVL4促进伤口愈合，并鉴定DHA和EPA为其关键产物	未明确说明研究样本量及人体试验验证情况	探究温度影响皮肤伤口愈合的分子机制	皮肤伤口模型和皮肤类器官	分子生物学	皮肤创伤	bulk-和single-cell RNA测序、空间转录组分析	NA	转录组数据	NA