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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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221 | 2025-10-05 |
ABCA4-Mutant Human Retinal Organoids Sequencing Reveals Organoids Application in Inherited Retinal Diseases
2025-Sep-30, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110677
PMID:41038369
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序验证人视网膜类器官作为ABCA4突变引起的Stargardt病疾病模型的应用价值 | 首次使用人视网膜类器官模型研究Stargardt病,并在早期发育阶段成功捕捉患者与对照样本之间的分子差异 | 样本量较小(仅2名STGD患者),且视网膜类器官模拟晚发性遗传性视网膜疾病特性的能力仍需进一步验证 | 验证视网膜类器官作为遗传性视网膜疾病模型的适用性 | 人视网膜类器官 | 单细胞测序 | Stargardt病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2名STGD患者和健康对照来源的视网膜类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
222 | 2025-10-05 |
scRNA-seq of Penaeus japonicus hemocytes under environmentally-induced restriction of sand-diving behavior
2025-Sep-30, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111125
PMID:41038398
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析日本对虾在沙潜行为受限条件下的血细胞分子响应机制 | 首次在甲壳动物中应用单细胞转录组技术研究自然行为受限的分子机制,鉴定出与沙潜行为调控相关的关键细胞亚群和候选基因 | 候选基因的具体功能需要进一步实验验证,研究仅关注了血细胞的转录组变化 | 探究日本对虾在沙潜行为受限条件下的分子应激响应机制 | 日本对虾的血细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, RNA原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据 | 三个实验组(沙底组、无沙组、无沙应激组)的日本对虾血细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
223 | 2025-10-05 |
ScASplicer: An interactive shiny/R application for alternative splicing analysis of single-cell sequencing
2025-Sep-30, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111116
PMID:41038402
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研究论文 | 开发了一个名为ScASplicer的交互式Shiny/R应用程序,用于单细胞测序的可变剪切分析 | 开发了Python包简化输入文件生成,并创建了基于Shiny的R包支持多细胞群体分析和交互式无代码探索 | NA | 改进单细胞RNA测序中可变剪切分析的可用性和功能性 | 单细胞RNA测序数据中的可变剪切事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
224 | 2025-10-05 |
GM-CSF-dependent CD301b+ mouse lung dendritic cells confer tolerance to inhaled allergens
2025-Sep-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63547-3
PMID:41022687
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研究论文 | 本研究识别了小鼠肺脏中具有Treg诱导活性的CD301b+ cDC2细胞亚群,并揭示了GM-CSF在维持该细胞群和促进吸入性过敏原耐受中的作用 | 首次发现肺脏驻留的CD301b+ cDC2细胞亚群具有强大的Treg诱导能力,并阐明其在过敏致敏过程中向促Th2分化的CD200+ cDC2逐步转化的动态过程 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需验证;机制研究仍有一定局限性 | 探究特定常规树突细胞亚群在调节过敏性哮喘免疫平衡中的作用机制 | 小鼠肺脏树突细胞亚群、T调节细胞和T辅助2细胞 | 免疫学 | 过敏性哮喘 | 单细胞RNA测序,过继转移实验 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
225 | 2025-10-05 |
Brain-cervical lymph node crosstalk contributes to brain injury induced by subarachnoid hemorrhage in mice
2025-Sep-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63544-6
PMID:41022690
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研究论文 | 本研究揭示了颈淋巴结通过淋巴内皮细胞吞噬外渗红细胞并分泌组织蛋白酶S加剧蛛网膜下腔出血后脑损伤的新机制 | 首次发现颈淋巴结中淋巴内皮细胞通过吞噬红细胞并上调组织蛋白酶S表达参与蛛网膜下腔出血后的神经炎症过程 | 研究仅限于小鼠模型,临床转化价值尚需验证 | 阐明颈淋巴结在蛛网膜下腔出血所致脑损伤中的具体作用和机制 | 小鼠蛛网膜下腔出血模型 | 神经科学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序,转基因小鼠模型 | 动物疾病模型 | 基因表达数据,行为学数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
226 | 2025-10-05 |
mcRigor: a statistical method to enhance the rigor of metacell partitioning in single-cell data analysis
2025-Sep-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63626-5
PMID:41022768
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研究论文 | 提出一种统计方法mcRigor来增强单细胞数据分析中元细胞分区的严谨性 | 开发了基于特征相关性的统计量来测量元细胞异质性,并采用双重置换方案推导其零分布 | NA | 提高单细胞数据分析中元细胞分区的可靠性 | 单细胞RNA-seq和多组学(RNA+ATAC)数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学分析 | 统计方法 | 单细胞基因表达数据, 表观基因组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell multi-omics | NA | NA |
227 | 2025-10-05 |
The pericardium forms as a distinct structure during heart formation
2025-Sep-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63599-5
PMID:41022776
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研究论文 | 本研究揭示了心包膜起源于侧板中胚层中独立于经典心区的特定间皮祖细胞 | 首次发现心包膜形成是独立于心脏形成的自主过程,并鉴定出保守的间皮祖细胞谱系 | 主要基于斑马鱼模型,哺乳动物验证相对有限 | 解析心包膜的发育起源和形成机制 | 斑马鱼胚胎、哺乳动物(大鼠)心包组织 | 发育生物学 | 小儿扩张型心肌病 | 单细胞转录组测序, 光片成像, 机器学习细胞追踪 | 机器学习辅助细胞追踪 | 基因表达数据, 成像数据 | 斑马鱼胚胎发育过程, 新生大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
228 | 2025-10-05 |
Dynamic cell fate plasticity and tissue reintegration drive functional adult synovial joint regeneration after complete resection
2025-Sep-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63596-8
PMID:41022785
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研究论文 | 本研究通过建立成年斑马鱼全关节切除模型,揭示了成年哺乳动物滑膜关节的功能性再生机制 | 首次发现成年脊椎动物骨骼中存在的多能神经嵴衍生细胞群体能够驱动完整滑膜关节的功能性再生 | 研究基于斑马鱼模型,在哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 探索成年脊椎动物滑膜关节再生的分子和细胞机制 | 成年斑马鱼的滑膜关节组织 | 发育生物学 | 关节疾病 | 单细胞RNA测序, 克隆谱系追踪, 显微CT, 组织学分析, 活体成像 | NA | 基因表达数据, 影像数据, 组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
229 | 2025-10-05 |
Neuron-reactive KIR+CD8+ T cells display an encephalitogenic transcriptional program in autoimmune encephalitis
2025-Sep-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63573-1
PMID:41022795
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了神经元反应性KIR+CD8+ T细胞在自身免疫性脑炎中的致病机制 | 首次在抗Ri脑炎患者中鉴定出具有脑炎致病潜能的神经元反应性KIR+CD8+ T细胞,并发现其转录谱特征 | 样本量较小(7名患者和3名对照),且仅在一名患者脑部病灶中验证了TOX表达 | 探究自身免疫性脑炎中神经元反应性CD8 T细胞的致病机制 | 抗Ri脑炎患者和健康对照者的CD8 T细胞 | 单细胞基因组学 | 自身免疫性脑炎 | 单细胞RNA测序,人类诱导多能干细胞分化神经元 | NA | 单细胞转录组数据 | 7名抗Ri脑炎患者和3名年龄匹配的对照,另加6名健康供体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
230 | 2025-10-05 |
Contractile fibroblasts form a transient niche for the branching mammary epithelium
2025-Sep-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63612-x
PMID:41022819
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验揭示了青春期小鼠乳腺中特化的收缩性成纤维细胞亚群在乳腺上皮分支发育中形成短暂生态位的机制 | 首次发现并表征了专门定位在生长乳腺上皮尖端周围的收缩性成纤维细胞亚群,这些细胞从周围脂肪垫基质中的前脂肪细胞招募而来,形成短暂发育生态位 | 研究仅限于小鼠青春期乳腺发育模型,人类或其他哺乳动物中的相关性尚待验证 | 探索乳腺发育过程中成纤维细胞亚型的功能特性和谱系关系 | 青春期小鼠乳腺成纤维细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,空间定位,功能分析,体内谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据,空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
231 | 2025-10-05 |
BLVRA promotes glioblastoma progression by regulating fatty acid metabolism
2025-Sep-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-19026-2
PMID:41023045
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研究论文 | 本研究通过整合批量与单细胞RNA测序数据,首次发现BLVRA作为胶质母细胞瘤脂肪酸代谢的关键调控因子和预后生物标志物 | 首次确立BLVRA在胶质母细胞瘤脂肪酸代谢中的核心调控作用,揭示了其在维持代谢稳态和支持肿瘤生长中的双重功能 | 脂肪酸代谢调控机制尚未完全阐明 | 探究胶质母细胞瘤中脂肪酸代谢的调控机制及其与肿瘤进展的关系 | 胶质母细胞瘤组织和细胞系 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | RNA测序,单细胞RNA测序,体外功能验证 | 十种机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
232 | 2025-10-05 |
Integrated multi omics and machine learning reveal mitochondrial immunometabolic networks in sepsis associated encephalopathy
2025-Sep-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-18650-2
PMID:41023055
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研究论文 | 通过整合多组学和机器学习方法揭示脓毒症相关脑病中线粒体免疫代谢网络的作用机制 | 首次整合多转录组和单细胞测序数据集系统分析SAE脑组织中线粒体相关差异表达基因,并利用机器学习鉴定出三个核心生物标志物 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证部分相对有限 | 探讨脓毒症相关脑病的发病机制,特别关注线粒体功能与免疫代谢的相互作用 | 脓毒症相关脑病患者脑组织样本 | 机器学习 | 脓毒症相关脑病 | 转录组测序, 单细胞测序, 机器学习算法 | 机器学习算法 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 多个转录组和单细胞测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
233 | 2025-10-05 |
Identification of biomarkers and mechanisms associated with palmitoylation in acute kidney injury using transcriptome and single cell data
2025-Sep-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-19191-4
PMID:41023305
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研究论文 | 通过转录组和单细胞数据分析鉴定与急性肾损伤中棕榈酰化相关的生物标志物及其机制 | 首次结合棕榈酰化相关基因、机器学习方法和单细胞测序技术系统研究急性肾损伤的生物标志物和细胞机制 | NA | 识别与棕榈酰化相关的急性肾损伤生物标志物并探索其生物学机制 | 急性肾损伤患者样本数据 | 生物信息学 | 急性肾损伤 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blotting | 机器学习, ROC分析, 伪时序分析 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 数据集GSE139061、GSE30718和GSE174220 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
234 | 2025-10-05 |
Benchmarking multi-slice integration and downstream applications in spatial transcriptomics data analysis
2025-Sep-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03796-z
PMID:41024097
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研究论文 | 本研究提出了一个全面的基准测试框架,用于评估空间转录组学中多切片整合方法的性能 | 首次系统性地评估了12种多切片整合方法在19个不同数据集上的表现,并建立了从上游到下游的完整分析流程 | 方法性能高度依赖于应用场景、数据集大小和技术平台,存在数据依赖性差异 | 评估空间转录组学中多切片整合方法的可靠性和下游应用效果 | 12种多切片整合方法和19个不同的空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 空间基因表达数据 | 19个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
235 | 2025-10-05 |
Microglia networks within the tapestry of alzheimer's disease through spatial transcriptomics
2025-Sep-29, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-025-00897-y
PMID:41024223
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综述 | 通过空间转录组学技术探讨阿尔茨海默病中小胶质细胞网络的作用机制 | 整合成像和测序为基础的空间转录组学方法,揭示小胶质细胞在淀粉样斑块微环境中的区域异质性和功能多样性 | 作为综述文章,不包含原始实验数据,主要基于现有研究进行整合分析 | 理解阿尔茨海默病发病机制中的细胞间相互作用和微环境影响 | 阿尔茨海默病患者脑组织和小鼠模型中的小胶质细胞、星形胶质细胞、神经元和少突胶质细胞 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间位置信息 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
236 | 2025-10-05 |
NOTCH gene pattern predicts prognosis, immune infiltration, and drug response in Head and Neck squamous cell carcinoma
2025-Sep-27, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery
DOI:10.1016/j.jormas.2025.102582
PMID:41022354
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研究论文 | 本研究开发并验证了基于NOTCH相关基因的头颈鳞状细胞癌预后预测模型 | 首次构建NOTCH评分系统用于HNSCC预后预测,并揭示其与肿瘤免疫微环境和治疗反应的关系 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性研究进一步验证模型的临床适用性 | 开发头颈鳞状细胞癌的预后预测模型并探索其临床意义 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,免疫组化,LASSO回归,ROC分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据,临床数据 | 头颈鳞状细胞癌患者队列(训练集和验证集) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
237 | 2025-10-05 |
A Multi-Layered Atlas of Spatial Regulatory Programs and Therapeutic Vulnerabilities in Glioblastoma
2025-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.27.674707
PMID:41040398
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研究论文 | 本研究构建了一个整合多层次的胶质母细胞瘤空间调控图谱,将转录因子和通路活性推断与配体/受体及药物靶点映射相结合 | 开发了整合STAN和SPAN的计算框架,首次在系统水平上解析胶质母细胞瘤空间异质性的调控逻辑与治疗脆弱性关联 | 研究仅基于26个肿瘤样本,样本量相对有限,需要更大规模验证 | 解析胶质母细胞瘤空间异质性的系统调控逻辑并识别治疗脆弱性 | 26个胶质母细胞瘤肿瘤样本 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | STAN, SPAN | 空间转录组数据 | 26个肿瘤样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
238 | 2025-10-05 |
Decoding Gujin Luyan Xuming decoction: How ancient wisdom meets modern science in promoting angiogenesis to ameliorate cerebral infarction
2025-Sep-26, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.120652
PMID:41016542
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研究论文 | 本研究解析了古今录验续命汤通过RAB11A调控Wnt5a/β-catenin信号通路促进脑梗死血管新生的分子机制 | 首次结合网络药理学、RNA测序和单细胞测序技术系统阐明古今录验续命汤治疗脑梗死的作用靶点RAB11A及其分子机制 | 分子机制尚未完全阐明,需要进一步研究验证 | 阐明古今录验续命汤促进脑梗死后血管新生的分子机制 | 脑梗死模型动物和细胞 | 生物信息学 | 脑梗死 | HPLC-MS/MS, RNA-seq, 单细胞测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 使用公共数据集GSE137482和GSE225948 | NA | RNA测序, 单细胞测序 | NA | NA |
239 | 2025-10-05 |
Super-Resolved Spatial Transcriptomics Reveals Early Changes in RNA Localization in the 5xFAD Hippocampus
2025-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.24.678295
PMID:41040317
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研究论文 | 本研究利用超分辨率空间转录组技术揭示了5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠海马区RNA定位的早期变化 | 首次在阿尔茨海默病早期病理出现前,通过超分辨率空间转录组技术发现RNA空间定位紊乱是疾病的早期分子特征 | 研究仅限于5xFAD小鼠模型,且仅分析了101个基因的空间分布 | 探究阿尔茨海默病早期阶段RNA空间定位的变化特征 | 4周龄5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠和野生型小鼠的海马组织 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | Expansion Sequencing (ExSeq), 空间RNA速度分析 | NA | 空间转录组数据 | 5xFAD和野生型小鼠海马组织 | NA | 空间转录组学 | NA | Expansion Sequencing (ExSeq) 超分辨率技术 |
240 | 2025-10-05 |
Inflammatory macrophages drive smooth muscle dedifferentiation via YAP signaling in murine deep vein thrombosis
2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.24.678378
PMID:41040135
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研究论文 | 本研究揭示了炎症巨噬细胞通过YAP信号通路驱动平滑肌细胞去分化在深静脉血栓形成中的机制 | 首次发现炎症巨噬细胞通过抑制Hippo通路效应因子YAP驱动平滑肌细胞去分化在深静脉血栓早期发病中的作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证 | 探究深静脉血栓形成中平滑肌细胞表型变化的分子机制 | 小鼠深静脉血栓模型中的静脉平滑肌细胞和炎症巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 深静脉血栓 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq, Western blotting, qRT-PCR, 功能分析 | 小鼠深静脉血栓停滞模型 | 单细胞转录组数据, 基因表达数据, 蛋白质数据 | 雄性和雌性小鼠的静脉组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |