单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-07-09	Optimized Midgut Tissue Dissociation of Mosquitoes and Sandflies for High-Quality Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5352 PMID:40620806	研究论文	提出了一种用于蚊子和沙蝇中肠组织解离的优化方案，以提高单细胞RNA测序的质量	使用深共晶溶剂（Vivophix, Rapid Labs）在组织解离前稳定RNA，避免了解离过程中由温度和酶处理引起的转录变化及RNase活性	仅针对蚊子和沙蝇的中肠组织进行了验证，未涉及其他组织或物种	优化非模式生物组织解离方案，以提高单细胞RNA测序的质量	蚊子和沙蝇的中肠组织	分子细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三种医学上重要的昆虫载体
222	2025-07-09	Single-cell transcriptomic insights into endosulfan-induced liver injury: Key pathways and inflammatory responses 2025-Jun, Liver research (Beijing, China) DOI:10.1016/j.livres.2025.05.002 PMID:40620502	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了硫丹（ENDO）诱导肝损伤的细胞和分子机制	首次在单细胞水平上解析硫丹诱导肝损伤的关键通路和炎症反应，揭示了细胞间通讯和炎症微环境的变化	研究仅使用小鼠模型，未验证人类样本中的发现	阐明硫丹诱导肝毒性的细胞和分子机制	C57BL/6小鼠的肝脏细胞	单细胞转录组学	肝损伤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明小鼠数量
223	2025-07-09	[Single-cell analysis of immune-lineage features in T-cell large granular lymphocytic leukemia] 2025-May-14, Zhonghua xue ye xue za zhi = Zhonghua xueyexue zazhi DOI:10.3760/cma.j.cn121090-20241125-00479 PMID:40623905	研究论文	通过单细胞转录组测序技术研究T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）的免疫谱系变化及其致病机制	首次在单细胞水平上揭示了T-LGLL患者的免疫谱系特征，包括效应CD8+ T细胞的异常激活和扩增、Treg细胞数量减少及功能受损，以及APCs和NK细胞对T淋巴细胞的正向调节作用	样本量较小（5例患者和3例健康对照），且仅分析了外周血样本	探究T-LGLL的免疫谱系变化及其致病机制	T-LGLL患者和健康对照者的外周血免疫细胞	单细胞转录组学	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序（10× Genomics）	NA	单细胞转录组数据	5例T-LGLL患者（治疗前后）和3例健康对照者
224	2025-07-09	Reduced Thioredoxin Regulates IL-1β Secretion via NLRP3 of IL-1β+ Alveolar Macrophages in COPD 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S513004 PMID:40620599	研究论文	本研究探讨了慢性阻塞性肺疾病(COPD)中氧化还原蛋白硫氧还蛋白(TRX)的变化及其在IL-1β释放中的作用	首次发现reTRX在COPD中的异常变化及其通过NLRP3途径调控IL-1β分泌的机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，临床样本验证不足	探究COPD发病过程中TRX的变化及其在炎症反应中的作用	COPD患者的肺泡巨噬细胞(AM)、COPD小鼠模型和THP-1细胞模型	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、蛋白活性分析、Monocle2分析、分子动力学(MD)模拟、免疫共沉淀(CO-IP)	COPD小鼠模型、THP-1细胞模型	基因表达数据、蛋白质活性数据	GEO数据库中的COPD肺组织scRNA-seq数据、实验构建的体内外模型
225	2025-07-09	Electroacupuncture at ST36 Treatment Suppresses the Microglial Pyroptosis Through Activating α7nAChR in a Rat Model of Asphyxial Cardiac Arrest 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525373 PMID:40620602	研究论文	本研究探讨了电针刺激ST36穴位通过激活α7nAChR抑制小胶质细胞焦亡，从而在大鼠窒息性心脏骤停模型中发挥神经保护作用	首次揭示了电针ST36通过α7nAChR依赖的机制抑制小胶质细胞焦亡，为心脏骤停后脑缺血损伤的治疗提供了新思路	研究仅在大鼠模型中进行，尚未进行临床验证	探究电针ST36对心脏骤停诱导的全局性脑缺血损伤的神经保护作用及其机制	窒息性心脏骤停大鼠模型和原代小胶质细胞OGD/R模型	神经科学	心脏骤停	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、ELISA、组织病理染色	大鼠心脏骤停/心肺复苏模型、原代小胶质细胞OGD/R模型	基因表达数据、行为学数据、细胞学数据	未明确说明具体数量的大鼠和细胞样本
226	2025-07-09	Unveiling PANoptosis in Acute Kidney Injury: An Integrative Multi-Dimensional Approach to Identify Key Biomarkers 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525222 PMID:40620603	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和转录组数据，结合机器学习算法，识别了与急性肾损伤（AKI）中PANoptosis相关的五个关键基因	首次在AKI中研究了PANoptosis的作用，并识别了五个关键基因作为潜在的生物标志物	研究结果需要进一步的临床验证，以确认这些生物标志物在人类AKI中的适用性	探究PANoptosis在急性肾损伤（AKI）中的具体作用及其相关生物标志物	急性肾损伤（AKI）患者和动物模型	生物信息学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组数据分析	机器学习算法	RNA测序数据	未明确提及样本数量，但包括AKI患者和动物模型数据
227	2025-07-09	Integrating single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq and network pharmacology reveals protective effect of salidroside in peritoneal dialysis-associated peritoneal fibrosis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1558366 PMID:40620673	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和网络药理学分析，探讨了红景天苷在腹膜透析相关腹膜纤维化中的保护作用及其机制	首次探索红景天苷在腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的治疗潜力，并整合多种组学技术揭示其作用机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探究红景天苷对腹膜透析相关腹膜纤维化的保护作用及其分子机制	腹膜透析诱导的腹膜纤维化小鼠模型	网络药理学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
228	2025-07-09	Prognostic implications of high- OXPHOS macrophages in gastric cancer: a single-cell transcriptomics and tumor microenvironment communication study 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1533990 PMID:40620715	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析胃癌肿瘤微环境，揭示了高OXPHOS巨噬细胞的作用并建立了一个新的预后标志物	首次基于高OXPHOS巨噬细胞建立胃癌预后标志物，并鉴定出NPC2、LY96和TPP1等关键巨噬细胞表达标记物	研究样本量相对有限，且仅基于公开数据库数据	解析胃癌肿瘤微环境的单细胞转录组学特征，建立预后标志物	胃癌患者肿瘤组织和正常胃组织	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	转录组数据	435例胃癌患者
229	2025-07-09	BCMA: An integrative and versatile database for multi-scale and multi-omics molecular atlas of breast cancer 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.031 PMID:40621063	研究论文	介绍了一个名为BCMA的多尺度、多组学乳腺癌分子图谱数据库，旨在促进乳腺癌的精准治疗研究	整合了多种组学数据和单细胞转录组数据，提供了一个用户友好的基因中心搜索界面，支持多种分析功能	未提及具体的技术验证或独立数据集的验证结果	建立一个综合的、多尺度的乳腺癌分子图谱数据库，以促进对乳腺癌分子特征的理解和生物标志物的发现	乳腺癌患者的多组学数据和单细胞转录组数据	数字病理学	乳腺癌	多组学分析、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、临床数据	5424例病例和236,363个细胞
230	2025-07-08	Decoding the crossroads of aging and cancer through single-cell analysis: Implications for precision oncology 2025-Sep-01, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35456 PMID:40268523	综述	本文探讨了单细胞分析在理解衰老与癌症之间复杂关系中的应用及其对精准肿瘤学的意义	整合单细胞技术与空间转录组学、分子探针和人工智能等先进工具，揭示衰老在肿瘤微环境中的异质性及其对治疗的影响	未提及具体实验数据或样本量的限制	阐明衰老如何影响癌症的发生、进展和治疗抵抗，并探索衰老相关通路在精准肿瘤学中的潜在应用	衰老与癌症的相互作用，特别是衰老细胞在肿瘤微环境中的角色	精准医学	癌症	单细胞分析、空间转录组学、分子探针、人工智能	NA	单细胞数据	NA
231	2025-07-08	Monocyte-derived macrophages-synovial fibroblasts crosstalk unravels oncostatin signaling network as a driver of synovitis in osteoarthritis 2025-Jul-07, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43299 PMID:40621694	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性及其与基质细胞的相互作用，特别是OSM/OSMR信号网络在滑膜炎中的作用	首次系统地描述了骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性、来源及其与基质细胞的通讯机制，特别是发现了OSM/OSMR信号网络在巨噬细胞-成纤维细胞互作中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本（4例OA患者），需要在更大规模的人类队列中进行验证	探究骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性、来源及其与基质细胞的相互作用机制	胶原酶诱导的骨关节炎小鼠模型和4例OA患者的CD14+巨噬细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、遗传命运图谱、成像质谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	胶原酶诱导的骨关节炎小鼠模型和4例OA患者
232	2025-07-08	Magnifying Glass on Sinonasal NUT Carcinoma Heterogeneity via Spatial Transcriptomics 2025-Jul-07, Head & neck DOI:10.1002/hed.28231 PMID:40621801	研究论文	通过空间转录组学技术探索鼻腔鼻窦NUT癌的肿瘤异质性	首次利用空间转录组学技术揭示NUT癌的肿瘤异质性及其与组织学特征的关系	样本量较小（仅3例），且行为相关性仅为推测性	研究NUT癌的肿瘤异质性及其潜在治疗意义	鼻腔鼻窦NUT癌的肿瘤组织	数字病理	鼻腔鼻窦癌	10X Genomics Visium空间基因表达分析	图神经网络	空间转录组数据	3例福尔马林固定石蜡包埋组织样本
233	2025-07-08	CD8a + GZMK + T Cells Inhibit Osteoclastogenesis in Postmenopausal Osteoporosis via the p38-MAPK Pathway 2025-Jul-07, Calcified tissue international IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s00223-025-01402-9 PMID:40622431	研究论文	本研究探讨了骨髓T细胞在绝经后骨质疏松症（PMOP）中的异质性和功能，发现CD8a + GZMK + T细胞通过p38-MAPK通路抑制破骨细胞生成	首次鉴定并表征了CD8a + GZMK + T细胞亚群，揭示了其通过分泌GzmK抑制破骨细胞生成的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究PMOP中骨髓T细胞的异质性及其在骨质疏松病理过程中的作用	绝经后骨质疏松症小鼠的骨髓T细胞	细胞生物学	骨质疏松症	单细胞转录组测序、流式细胞术、TRAP染色、免疫荧光染色、qPCR、RNA测序、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	小鼠股骨骨髓样本
234	2025-07-08	Deciphering the tumor immune microenvironment: single-cell and spatial transcriptomic insights into cervical cancer fibroblasts 2025-Jul-05, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03432-5 PMID:40616092	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了宫颈癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤免疫微环境中的作用	整合单细胞RNA测序、空间转录组学和解卷积分析，首次系统鉴定了宫颈癌中六种不同的成纤维细胞亚型，并发现C0 MYH11+成纤维细胞通过MDK-SDC1信号轴在肿瘤-成纤维细胞互作中起关键作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞的异质性及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用	宫颈癌组织样本和体外培养的癌细胞与成纤维细胞	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 解卷积分析, FACS, 多重免疫荧光	预后模型	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 免疫组化数据	未明确提及样本数量，但包括人类宫颈癌组织样本和体外培养细胞
235	2025-07-08	Identification of inflammation-related biomarkers and therapeutic targets for neurogenic bladder fibrosis via multi-omics analysis 2025-Jul-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110721 PMID:40618693	研究论文	通过多组学分析识别炎症相关生物标志物和治疗神经源性膀胱纤维化的潜在药物	首次通过单细胞和批量RNA测序结合机器学习方法，识别出HIF-1α、IL-1β、CD40和IL10RA作为神经源性膀胱纤维化的诊断生物标志物，并发现MEK抑制剂PD-0325901作为潜在治疗药物	研究主要基于大鼠模型，需要在人类患者中进行进一步验证	识别神经源性膀胱纤维化的诊断生物标志物并探索潜在治疗药物	神经源性膀胱纤维化	生物医学	神经源性膀胱	单细胞RNA测序、批量RNA测序、WGCNA、机器学习、分子对接模拟	机器学习	RNA测序数据	NB大鼠模型和NB患者样本
236	2025-07-08	Molecular mechanism and biological pathway of high-expressed RAD51 in regulating cell adhesion and potentially affecting oral squamous cell carcinoma 2025-Jul-04, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03085-y PMID:40613957	研究论文	本研究探讨了RAD51在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中通过调节细胞粘附相关机制促进癌症进展的分子机制和生物学通路	首次全面验证了RAD51在OSCC中的多平台表达模式及其在细胞粘附中的功能作用，并揭示了其与药物敏感性的关联	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究RAD51在OSCC中的表达模式及其通过调节细胞粘附影响癌症进展的分子机制	口腔鳞状细胞癌(OSCC)组织和细胞	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq, 微阵列, 免疫组化(IHC), 单细胞测序(scRNA-seq), CRISPR基因敲除	NA	基因表达数据, 单细胞数据, 组织样本	1,006例OSCC样本(RNA-seq和微阵列), 162例OSCC组织(IHC), 9,693个恶性上皮细胞(scRNA-seq)
237	2025-07-08	Divide-and-conquer strategy with engineered ossification center organoids for rapid bone healing through developmental cell recruitment 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61619-y PMID:40615395	研究论文	本研究设计了一种类似骨化中心的类器官（OCO），通过分而治之的策略促进大尺寸骨缺损的快速愈合	创新性地开发了由MSCs负载3D打印生成的内核骨形态发生和神经营养球体与外层促血管生成神经营养相组成的OCO，实现了快速骨桥接和连续骨化小骨形成	研究未明确探讨OCO在长期体内的稳定性和潜在副作用	开发一种新型骨修复方法，促进大尺寸骨缺损的快速愈合	骨缺损修复	组织工程	骨缺损	3D打印、单细胞RNA测序、机器学习	机器学习	基因表达数据	NA
238	2025-07-08	DOLPHIN advances single-cell transcriptomics beyond gene level by leveraging exon and junction reads 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61580-w PMID:40615408	research paper	本文介绍了一种名为DOLPHIN的深度学习方法，该方法通过整合外显子水平和连接读取数据，将基因表示为图结构，以提高单细胞转录组学的分析能力	DOLPHIN利用外显子水平和连接读取数据，通过变分图自编码器处理基因图结构，从而在细胞聚类、生物标志物发现和选择性剪接检测方面表现出优越性能，并能检测基因水平分析中常被掩盖的外显子水平的细微转录组差异	NA	提高单细胞转录组学的分析能力，特别是在细胞异质性、亚群识别和选择性剪接检测方面	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	变分图自编码器	单细胞转录组数据	NA
239	2025-07-08	Multi-omics and experimental validation reveal mechanism of compound mylabris capsules in treating diffuse large B-cell lymphoma 2025-Jul-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-09767-5 PMID:40615583	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证揭示了复方斑蝥胶囊（CMC）在治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的作用机制	首次通过多组学分析和实验验证揭示了CMC（主要是豆甾醇）通过调控CDK1和CDK2等靶点在DLBCL中的抗肿瘤作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	阐明复方斑蝥胶囊在DLBCL治疗中的作用机制	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）	生物医学	淋巴瘤	多组学分析（包括差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析）、单细胞RNA测序、分子对接和动力学模拟	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自GEO和TCGA的DLBCL相关数据集
240	2025-07-08	Uncovering key markers and therapeutic targets for renal fibrosis in diabetic kidney disease through bulk and single-cell RNA sequencing 2025-Jul-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06554-8 PMID:40615901	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序揭示糖尿病肾病中肾纤维化的关键标志物和治疗靶点	构建了FibrosisScore模型，识别了PROM1和THY1作为肾纤维化的关键基因，并通过分子对接筛选潜在治疗化合物	研究主要基于小鼠模型和数据库数据，临床验证仍需进一步研究	改善糖尿病肾病的早期诊断和开发新型治疗方法	糖尿病肾病患者的肾纤维化相关基因	数字病理学	糖尿病肾病	WGCNA, ssGSEA, scRNA-seq, 分子对接	FibrosisScore模型	RNA测序数据, 临床数据	两个DKD数据集, STZ诱导的小鼠模型, Nephroseq V5数据库的临床数据